← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/edgy/ncbi-tools6/edgy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to util/tables/sm_pam30.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2004-06-26 00:18:09 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040626001809-ma39ub7j6dbh8r3t
Tags: 6.1.20040616-1
* New upstream release.
* debian/blast2.docs: adjusted for new arrangement (a separate
  source-tree directory full of HTML files).
* debian/{control,lib*-dbg.install,rules}: switch to new-style -dbg
  packages containing just the stripped-out symbols.
* debian/{installman,ncbi-tools-bin.install,rules}: upstream has dropped
  f(asta)merge.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
util/tables/sm_pam30.c
 
1
/*  $Id: sm_pam30.c,v 1.1 2003/08/21 19:48:20 ucko Exp $
 
2
* ===========================================================================
 
3
*
 
4
*                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
 
5
*               National Center for Biotechnology Information
 
6
*
 
7
*  This software/database is a "United States Government Work" under the
 
8
*  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
 
9
*  the author's official duties as a United States Government employee and
 
10
*  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
 
11
*  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
 
12
*  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
 
13
*
 
14
*  Although all reasonable efforts have been taken to ensure the accuracy
 
15
*  and reliability of the software and data, the NLM and the U.S.
 
16
*  Government do not and cannot warrant the performance or results that
 
17
*  may be obtained by using this software or data. The NLM and the U.S.
 
18
*  Government disclaim all warranties, express or implied, including
 
19
*  warranties of performance, merchantability or fitness for any particular
 
20
*  purpose.
 
21
*
 
22
*  Please cite the author in any work or product based on this material.
 
23
*
 
24
* ===========================================================================
 
25
*
 
26
* Author:  Aaron Ucko (via ./convert_scoremat.pl)
 
27
*
 
28
* File Description:
 
29
*   Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
 
30
*
 
31
* ===========================================================================
 
32
*/
 
33
 
 
34
#include <util/tables/raw_scoremat.h>
 
35
 
 
36
/* This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93] */
 
37
/* PAM 30 substitution matrix, scale = ln(2)/2 = 0.346574 */
 
38
/* Expected score = -5.06, Entropy = 2.57 bits */
 
39
/* Lowest score = -17, Highest score = 13 */
 
40
 
 
41
static const TNCBIScore s_Pam30PSM[24][24] = {
 
42
    /*       A,  R,  N,  D,  C,  Q,  E,  G,  H,  I,  L,  K,
 
43
             M,  F,  P,  S,  T,  W,  Y,  V,  B,  Z,  X,  * */
 
44
    /*A*/ {  6, -7, -4, -3, -6, -4, -2, -2, -7, -5, -6, -7,
 
45
            -5, -8, -2,  0, -1,-13, -8, -2, -3, -3, -3,-17 },
 
46
    /*R*/ { -7,  8, -6,-10, -8, -2, -9, -9, -2, -5, -8,  0,
 
47
            -4, -9, -4, -3, -6, -2,-10, -8, -7, -4, -6,-17 },
 
48
    /*N*/ { -4, -6,  8,  2,-11, -3, -2, -3,  0, -5, -7, -1,
 
49
            -9, -9, -6,  0, -2, -8, -4, -8,  6, -3, -3,-17 },
 
50
    /*D*/ { -3,-10,  2,  8,-14, -2,  2, -3, -4, -7,-12, -4,
 
51
           -11,-15, -8, -4, -5,-15,-11, -8,  6,  1, -5,-17 },
 
52
    /*C*/ { -6, -8,-11,-14, 10,-14,-14, -9, -7, -6,-15,-14,
 
53
           -13,-13, -8, -3, -8,-15, -4, -6,-12,-14, -9,-17 },
 
54
    /*Q*/ { -4, -2, -3, -2,-14,  8,  1, -7,  1, -8, -5, -3,
 
55
            -4,-13, -3, -5, -5,-13,-12, -7, -3,  6, -5,-17 },
 
56
    /*E*/ { -2, -9, -2,  2,-14,  1,  8, -4, -5, -5, -9, -4,
 
57
            -7,-14, -5, -4, -6,-17, -8, -6,  1,  6, -5,-17 },
 
58
    /*G*/ { -2, -9, -3, -3, -9, -7, -4,  6, -9,-11,-10, -7,
 
59
            -8, -9, -6, -2, -6,-15,-14, -5, -3, -5, -5,-17 },
 
60
    /*H*/ { -7, -2,  0, -4, -7,  1, -5, -9,  9, -9, -6, -6,
 
61
           -10, -6, -4, -6, -7, -7, -3, -6, -1, -1, -5,-17 },
 
62
    /*I*/ { -5, -5, -5, -7, -6, -8, -5,-11, -9,  8, -1, -6,
 
63
            -1, -2, -8, -7, -2,-14, -6,  2, -6, -6, -5,-17 },
 
64
    /*L*/ { -6, -8, -7,-12,-15, -5, -9,-10, -6, -1,  7, -8,
 
65
             1, -3, -7, -8, -7, -6, -7, -2, -9, -7, -6,-17 },
 
66
    /*K*/ { -7,  0, -1, -4,-14, -3, -4, -7, -6, -6, -8,  7,
 
67
            -2,-14, -6, -4, -3,-12, -9, -9, -2, -4, -5,-17 },
 
68
    /*M*/ { -5, -4, -9,-11,-13, -4, -7, -8,-10, -1,  1, -2,
 
69
            11, -4, -8, -5, -4,-13,-11, -1,-10, -5, -5,-17 },
 
70
    /*F*/ { -8, -9, -9,-15,-13,-13,-14, -9, -6, -2, -3,-14,
 
71
            -4,  9,-10, -6, -9, -4,  2, -8,-10,-13, -8,-17 },
 
72
    /*P*/ { -2, -4, -6, -8, -8, -3, -5, -6, -4, -8, -7, -6,
 
73
            -8,-10,  8, -2, -4,-14,-13, -6, -7, -4, -5,-17 },
 
74
    /*S*/ {  0, -3,  0, -4, -3, -5, -4, -2, -6, -7, -8, -4,
 
75
            -5, -6, -2,  6,  0, -5, -7, -6, -1, -5, -3,-17 },
 
76
    /*T*/ { -1, -6, -2, -5, -8, -5, -6, -6, -7, -2, -7, -3,
 
77
            -4, -9, -4,  0,  7,-13, -6, -3, -3, -6, -4,-17 },
 
78
    /*W*/ {-13, -2, -8,-15,-15,-13,-17,-15, -7,-14, -6,-12,
 
79
           -13, -4,-14, -5,-13, 13, -5,-15,-10,-14,-11,-17 },
 
80
    /*Y*/ { -8,-10, -4,-11, -4,-12, -8,-14, -3, -6, -7, -9,
 
81
           -11,  2,-13, -7, -6, -5, 10, -7, -6, -9, -7,-17 },
 
82
    /*V*/ { -2, -8, -8, -8, -6, -7, -6, -5, -6,  2, -2, -9,
 
83
            -1, -8, -6, -6, -3,-15, -7,  7, -8, -6, -5,-17 },
 
84
    /*B*/ { -3, -7,  6,  6,-12, -3,  1, -3, -1, -6, -9, -2,
 
85
           -10,-10, -7, -1, -3,-10, -6, -8,  6,  0, -5,-17 },
 
86
    /*Z*/ { -3, -4, -3,  1,-14,  6,  6, -5, -1, -6, -7, -4,
 
87
            -5,-13, -4, -5, -6,-14, -9, -6,  0,  6, -5,-17 },
 
88
    /*X*/ { -3, -6, -3, -5, -9, -5, -5, -5, -5, -5, -6, -5,
 
89
            -5, -8, -5, -3, -4,-11, -7, -5, -5, -5, -5,-17 },
 
90
    /***/ {-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,
 
91
           -17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,-17,  1 }
 
92
};
 
93
const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Pam30 = {
 
94
    "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*",
 
95
    s_Pam30PSM[0],
 
96
    -17
 
97
};