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Viewing changes to algo/blast/core/blast_diagnostics.c

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2006-01-12 18:50:27 UTC
  • mfrom: (1.1.4 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060112185027-88f9xtb35uekr1v7
Tags: 6.1.20051206-1
* New upstream release.
* Temporarily switch to pmake (added to Build-Depends) for upstream's
  makefiles, as GNU make 3.81.b4 gets mysteriously confused when trying
  to build from them (but, oddly, only when invoked from debian/rules).
* Add "new" blastall_old executable to the blast2 package.
* Reshuffle documents slightly, and make sure to register all top-level
  HTML documents with doc-base.
* Loosen libncbi6's dependency on ncbi-data to accommodate binary-only
  NMUs.

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Lines of Context:
algo/blast/core/blast_diagnostics.c
1
 
/* $Id: blast_diagnostics.c,v 1.5 2004/11/02 18:19:22 madden Exp $
 
1
/* $Id: blast_diagnostics.c,v 1.8 2005/11/16 14:27:03 madden Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
6
6
 *
7
7
 *  This software/database is a "United States Government Work" under the
8
8
 *  terms of the United States Copyright Act.  It was written as part of
9
 
 *  the author's offical duties as a United States Government employee and
 
9
 *  the author's official duties as a United States Government employee and
10
10
 *  thus cannot be copyrighted.  This software/database is freely available
11
11
 *  to the public for use. The National Library of Medicine and the U.S.
12
12
 *  Government have not placed any restriction on its use or reproduction.
34
34
 
35
35
#ifndef SKIP_DOXYGEN_PROCESSING
36
36
static char const rcsid[] = 
37
 
    "$Id: blast_diagnostics.c,v 1.5 2004/11/02 18:19:22 madden Exp $";
 
37
    "$Id: blast_diagnostics.c,v 1.8 2005/11/16 14:27:03 madden Exp $";
38
38
#endif /* SKIP_DOXYGEN_PROCESSING */
39
39
 
40
40
#include <algo/blast/core/blast_diagnostics.h>
94
94
void 
95
95
Blast_DiagnosticsUpdate(BlastDiagnostics* global, BlastDiagnostics* local)
96
96
{
 
97
    if (!local)
 
98
        return;
 
99
 
97
100
   if (global->mt_lock) 
98
101
      MT_LOCK_Do(global->mt_lock, eMT_Lock);
99
102
 
128
131
      global->cutoffs->x_drop_gap = local->cutoffs->x_drop_gap;
129
132
      global->cutoffs->x_drop_gap_final = local->cutoffs->x_drop_gap_final;
130
133
      global->cutoffs->ungapped_cutoff = local->cutoffs->ungapped_cutoff;
 
134
      global->cutoffs->cutoff_score = local->cutoffs->cutoff_score;
131
135
   }
132
136
 
133
137
   if (global->mt_lock)