← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/gutsy/ncbi-tools6/gutsy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to api/sqnutils.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Barry deFreese
  • Date: 2005-09-27 15:38:20 UTC
  • mfrom: (1.1.3 upstream) (2.1.1 sarge)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050927153820-1t1sta0qirjpxaar
Tags: 6.1.20050429-1ubuntu1
GL/GLU Transition

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
api/sqnutils.h
29
29
*
30
30
* Version Creation Date:   9/2/97
31
31
*
32
 
* $Revision: 6.107 $
 
32
* $Revision: 6.118 $
33
33
*
34
34
* File Description: 
35
35
*
48
48
#include <ncbi.h>
49
49
#include <sequtil.h>
50
50
#include <objpubme.h>
 
51
#include <objentgene.h>
51
52
#include <util/creaders/alnread.h>
52
53
 
53
54
#undef NLM_EXTERN
69
70
NLM_EXTERN SeqEntryPtr LIBCALL GetBestTopParentForItemIDEx (Uint2 entityID, Uint2 itemID, Uint2 itemtype, Boolean skipGenProdSet);
70
71
 
71
72
NLM_EXTERN SeqIdPtr SeqIdFindWorst (SeqIdPtr sip);
 
73
NLM_EXTERN void ChangeSeqIdToWorstID (SeqIdPtr sip);
 
74
NLM_EXTERN void ChangeSeqLocToWorstID (SeqLocPtr slp);
 
75
 
72
76
NLM_EXTERN SeqIdPtr MakeSeqID (CharPtr str);
73
77
NLM_EXTERN SeqIdPtr MakeUniqueSeqID (CharPtr prefix);
74
78
 
119
123
NLM_EXTERN void        AddSeqFeatInterval (SeqFeatPtr sfp, BioseqPtr bsp, Int4 from, Int4 to,
120
124
                                       Boolean partial5, Boolean partial3);
121
125
 
 
126
NLM_EXTERN void        AddSeqLocPoint (SeqLocPtr PNTR old_slp, SeqIdPtr sip, Int4 location,
 
127
                                       Boolean fuzz_before, Boolean fuzz_after, Int2 strand);
122
128
NLM_EXTERN void        AddSeqFeatPoint (SeqFeatPtr sfp, BioseqPtr bsp, Int4 location, Boolean fuzz_before, Boolean fuzz_after, Int2 strand);
123
129
 
124
130
/* AddSeqEntryToSeqEntry and ReplaceSeqEntryWithSeqEntry leave
314
320
NLM_EXTERN int LIBCALLBACK SortVnpByString (VoidPtr ptr1, VoidPtr ptr2);
315
321
NLM_EXTERN ValNodePtr UniqueValNode (ValNodePtr list);
316
322
 
317
 
/* for sorting valnode list by data.intvalue */
 
323
/* for sorting and uniquing valnode list by data.intvalue */
318
324
 
319
325
NLM_EXTERN int LIBCALLBACK SortByIntvalue (VoidPtr ptr1, VoidPtr ptr2);
 
326
NLM_EXTERN ValNodePtr UniqueIntValNode (ValNodePtr list);
320
327
 
321
328
/* keytag sorts/uniques and then owns valnode character list */
322
329
 
393
400
                                           Boolean forceNuc, Boolean forceProt,
394
401
                                           Boolean parseFastaSeqId, Boolean fastaAsSimpleSeq);
395
402
 
 
403
/* ReadDeltaFasta reads a FASTA file, combining raw sequence and >?unk100 lines into
 
404
a delta Bioseq.  The file pointer stops at the next FASTA with a real SeqID. */
 
405
 
 
406
NLM_EXTERN BioseqPtr ReadDeltaFasta (FILE *fp, Uint2Ptr entityIDptr);
 
407
 
396
408
/* PromoteXrefs expands generef or protref feature cross-references (made by reading a
397
409
feature table with ReadAsnFastaOrFlatFile) to stand-alone gene features or protein features
398
410
and protein bioseqs.  It processes ALL features in the list - you give it the FIRST sfp. */
430
442
 
431
443
NLM_EXTERN void BasicSeqEntryCleanup (SeqEntryPtr sep);
432
444
 
 
445
/* CleanUpSeqFeat componenet of BasicSeqEntryCleanup, can be called for external features */
 
446
 
 
447
NLM_EXTERN void CleanUpSeqFeat (SeqFeatPtr sfp, Boolean isEmblOrDdbj, Boolean stripSerial, ValNodePtr PNTR publist);
 
448
 
433
449
/* CautiousSeqEntryCleanup is a gradual consolidation and replacement of functions in SeriousSeqEntryCleanup,
434
450
which does change the itemID structure, and is intended to be safe for a retrofit of the ID database */
435
451
 
570
586
typedef void (*ScanBioseqSetFunc) (SeqEntryPtr sep, Pointer userdata);
571
587
NLM_EXTERN Int4 ScanBioseqSetRelease (CharPtr inputFile, Boolean binary, Boolean compressed, Pointer userdata, ScanBioseqSetFunc callback);
572
588
 
 
589
/* function to scan binary ASN.1 file of entrezgene release as Entrezgene-Set */
 
590
 
 
591
typedef void (*ScanEntrezgeneSetFunc) (EntrezgenePtr egp, Pointer userdata);
 
592
NLM_EXTERN Int4 ScanEntrezgeneSetRelease (CharPtr inputFile, Boolean binary, Boolean compressed, Pointer userdata, ScanEntrezgeneSetFunc callback);
 
593
 
 
594
/* general file recursion function - directory must not be empty, proc callback function must not be NULL */
 
595
 
 
596
typedef void (*DirExpProc) (CharPtr filename, Pointer userdata);
 
597
 
 
598
NLM_EXTERN Int4 DirExplore (
 
599
  CharPtr directory,
 
600
  CharPtr filter,
 
601
  CharPtr suffix,
 
602
  DirExpProc proc,
 
603
  Pointer userdata
 
604
);
 
605
 
573
606
/* PubMed registered fetch functionality */
574
607
 
575
608
NLM_EXTERN PubmedEntryPtr LIBCALL GetPubMedForUid (Int4 uid);
599
632
 
600
633
extern void FreeBufferedReadList (ValNodePtr vnp);
601
634
 
 
635
extern CharPtr AlignmentStringToSequenceString (CharPtr aln_str, Uint1 moltype);
602
636
extern SeqEntryPtr MakeSequinDataFromAlignment (TAlignmentFilePtr afp, Uint1 moltype);
603
637
extern SeqEntryPtr MakeSequinDataFromAlignmentEx (TAlignmentFilePtr afp, Uint1 moltype, Boolean check_ids);
604
638
extern SeqEntryPtr make_seqentry_for_seqentry (SeqEntryPtr sep);
606
640
extern void ConvertPseudoCDSToMiscFeatsForEntityID (Uint2 entityID);
607
641
 
608
642
extern SeqAlignPtr FindAlignmentsForBioseq (BioseqPtr bsp);
 
643
extern ValNodePtr FindAlignSeqAnnotsForBioseq (BioseqPtr bsp);
 
644
extern Boolean IsSequenceFirstInPairwise (SeqEntryPtr sep, SeqIdPtr sip);
 
645
extern Boolean RemoveSequenceFromAlignments (SeqEntryPtr sep, SeqIdPtr sip);
609
646
 
610
647
#ifdef __cplusplus
611
648
}