← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/hardy/ncbi-tools6/hardy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to tools/blastdef.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2007-10-26 19:27:01 UTC
  • mfrom: (1.1.7 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20071026192701-qt697jomcoz75ftt
Tags: 6.1.20070822-2
http://bugs.debian.org/448031
* debian/control: set Homepage.
* debian/{control,makemenu,rules,*.desktop.in}: supply XDG desktop
  entries and icons for inherently graphical apps.  (Closes: #448031.)
* debian/{man.unused,old-blast-man,shlibs.local}: remove (obsolete
  cruft; shlibs.local contained only comments anyway.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
tools/blastdef.h
30
30
Contents: #defines and definitions for structures used by BLAST.
31
31
 
32
32
******************************************************************************/
33
 
/* $Revision: 6.168 $ 
 
33
/* $Revision: 6.169 $ 
34
34
* $Log: blastdef.h,v $
 
35
* Revision 6.169  2007/03/13 20:39:58  madden
 
36
*  - Change the type of the dropoff_1st_pass, dropoff_2nd_pass,
 
37
*    gap_x_dropoff, and gap_x_dropoff_final fields of the
 
38
*    BLAST_OptionsBlk struct to Nlm_FloatHi.
 
39
*  [from Mike Gertz]
 
40
*
35
41
* Revision 6.168  2006/05/03 14:41:50  madden
36
42
* Added a Boolean field "unified_p" to the BLAST_OptionsBlk
37
43
* structure.  The field indicates whether to use a combination of
1093
1099
        Boolean multiple_hits_only; /* Only the multiple hits alg. used. */
1094
1100
        Int4    hitlist_size;   /* How many hits should be returned. */
1095
1101
        Nlm_FloatHi number_of_bits; /* Number of bits to initiate 2nd pass (default is used if zero) */
1096
 
        Int4    dropoff_1st_pass, /* dropoff ("X") used for 1st pass. */
 
1102
        Nlm_FloatHi     dropoff_1st_pass, /* dropoff ("X") used for 1st pass. */
1097
1103
                dropoff_2nd_pass; /* dropoff ("X") used for 2nd pass. */
1098
1104
        Int2    number_of_cpus; /* How many CPU's. */
1099
1105
        CharPtr matrix;         /* name of matrix to use. */
1111
1117
        Boolean         gapped_calculation; /* Is a gapped calc. being done? */
1112
1118
        /* The next three are used ONLY for gapped alignments. */
1113
1119
        Int4            gap_open,       /* Cost to open a gap (NO extension). */
1114
 
                        gap_extend,     /* Cost to extend a gap one letter. */
1115
 
                        gap_x_dropoff,  /* X-dropoff (in bits) used by Gapped align routine. */
 
1120
                        gap_extend;     /* Cost to extend a gap one letter. */
 
1121
        Nlm_FloatHi     gap_x_dropoff,  /* X-dropoff (in bits) used by Gapped align routine. */
1116
1122
                        gap_x_dropoff_final;    /* X-dropoff (in bits) used by Gapped align routine for FINAL alignment. */
1117
1123
        Int4            decline_align;  /* Cost for declining alignment */
1118
1124
        Nlm_FloatHi     gap_trigger; /* Score (in bits) to gap, if an HSP gaps well. */