← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/hardy/openbabel/hardy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to scripts/java/OBAtomAtomIter.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Jonathan Riddell
  • Date: 2007-08-06 17:28:40 UTC
  • mfrom: (1.1.4 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070806172840-22hoqb3ve230qav1
Tags: 2.1.1-0ubuntu1
* New upstream release
* New so version 2

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
scripts/java/OBAtomAtomIter.java
 
1
/* ----------------------------------------------------------------------------
 
2
 * This file was automatically generated by SWIG (http://www.swig.org).
 
3
 * Version 1.3.31
 
4
 *
 
5
 * Do not make changes to this file unless you know what you are doing--modify
 
6
 * the SWIG interface file instead.
 
7
 * ----------------------------------------------------------------------------- */
 
8
 
 
9
 
 
10
public class OBAtomAtomIter {
 
11
  private long swigCPtr;
 
12
  protected boolean swigCMemOwn;
 
13
 
 
14
  protected OBAtomAtomIter(long cPtr, boolean cMemoryOwn) {
 
15
    swigCMemOwn = cMemoryOwn;
 
16
    swigCPtr = cPtr;
 
17
  }
 
18
 
 
19
  protected static long getCPtr(OBAtomAtomIter obj) {
 
20
    return (obj == null) ? 0 : obj.swigCPtr;
 
21
  }
 
22
 
 
23
  protected void finalize() {
 
24
    delete();
 
25
  }
 
26
 
 
27
  public synchronized void delete() {
 
28
    if(swigCPtr != 0 && swigCMemOwn) {
 
29
      swigCMemOwn = false;
 
30
      openbabelJNI.delete_OBAtomAtomIter(swigCPtr);
 
31
    }
 
32
    swigCPtr = 0;
 
33
  }
 
34
 
 
35
  public OBAtomAtomIter() {
 
36
    this(openbabelJNI.new_OBAtomAtomIter__SWIG_0(), true);
 
37
  }
 
38
 
 
39
  public OBAtomAtomIter(OBAtom atm) {
 
40
    this(openbabelJNI.new_OBAtomAtomIter__SWIG_1(OBAtom.getCPtr(atm), atm), true);
 
41
  }
 
42
 
 
43
  public OBAtomAtomIter(OBAtomAtomIter ai) {
 
44
    this(openbabelJNI.new_OBAtomAtomIter__SWIG_2(OBAtomAtomIter.getCPtr(ai), ai), true);
 
45
  }
 
46
 
 
47
  public OBAtom __deref__() {
 
48
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter___deref__(swigCPtr, this);
 
49
    return (cPtr == 0) ? null : new OBAtom(cPtr, false);
 
50
  }
 
51
 
 
52
  public OBAtom __ref__() {
 
53
    return new OBAtom(openbabelJNI.OBAtomAtomIter___ref__(swigCPtr, this), false);
 
54
  }
 
55
 
 
56
  public void setVisit(boolean value) {
 
57
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_Visit_set(swigCPtr, this, value);
 
58
  }
 
59
 
 
60
  public boolean getVisit() {
 
61
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_Visit_get(swigCPtr, this);
 
62
  }
 
63
 
 
64
  public boolean Clear() {
 
65
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_Clear(swigCPtr, this);
 
66
  }
 
67
 
 
68
  public void SetIdx(int idx) {
 
69
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetIdx(swigCPtr, this, idx);
 
70
  }
 
71
 
 
72
  public void SetHyb(int hyb) {
 
73
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetHyb(swigCPtr, this, hyb);
 
74
  }
 
75
 
 
76
  public void SetAtomicNum(int atomicnum) {
 
77
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetAtomicNum(swigCPtr, this, atomicnum);
 
78
  }
 
79
 
 
80
  public void SetIsotope(long iso) {
 
81
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetIsotope(swigCPtr, this, iso);
 
82
  }
 
83
 
 
84
  public void SetImplicitValence(int val) {
 
85
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetImplicitValence(swigCPtr, this, val);
 
86
  }
 
87
 
 
88
  public void IncrementImplicitValence() {
 
89
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IncrementImplicitValence(swigCPtr, this);
 
90
  }
 
91
 
 
92
  public void DecrementImplicitValence() {
 
93
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DecrementImplicitValence(swigCPtr, this);
 
94
  }
 
95
 
 
96
  public void SetFormalCharge(int fcharge) {
 
97
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetFormalCharge(swigCPtr, this, fcharge);
 
98
  }
 
99
 
 
100
  public void SetSpinMultiplicity(short spin) {
 
101
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetSpinMultiplicity(swigCPtr, this, spin);
 
102
  }
 
103
 
 
104
  public void SetType(String type) {
 
105
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetType__SWIG_0(swigCPtr, this, type);
 
106
  }
 
107
 
 
108
  public void SetType(SWIGTYPE_p_std__string type) {
 
109
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetType__SWIG_1(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__string.getCPtr(type));
 
110
  }
 
111
 
 
112
  public void SetPartialCharge(double pcharge) {
 
113
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetPartialCharge(swigCPtr, this, pcharge);
 
114
  }
 
115
 
 
116
  public void SetVector(vector3 v) {
 
117
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetVector__SWIG_0(swigCPtr, this, vector3.getCPtr(v), v);
 
118
  }
 
119
 
 
120
  public void SetVector(double x, double y, double z) {
 
121
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetVector__SWIG_1(swigCPtr, this, x, y, z);
 
122
  }
 
123
 
 
124
  public void SetVector() {
 
125
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetVector__SWIG_2(swigCPtr, this);
 
126
  }
 
127
 
 
128
  public void SetCoordPtr(SWIGTYPE_p_p_double c) {
 
129
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetCoordPtr(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_p_double.getCPtr(c));
 
130
  }
 
131
 
 
132
  public void SetResidue(OBResidue res) {
 
133
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetResidue(swigCPtr, this, OBResidue.getCPtr(res), res);
 
134
  }
 
135
 
 
136
  public void SetParent(OBMol ptr) {
 
137
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetParent(swigCPtr, this, OBMol.getCPtr(ptr), ptr);
 
138
  }
 
139
 
 
140
  public void SetAromatic() {
 
141
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetAromatic(swigCPtr, this);
 
142
  }
 
143
 
 
144
  public void UnsetAromatic() {
 
145
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_UnsetAromatic(swigCPtr, this);
 
146
  }
 
147
 
 
148
  public void SetClockwiseStereo() {
 
149
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetClockwiseStereo(swigCPtr, this);
 
150
  }
 
151
 
 
152
  public void SetAntiClockwiseStereo() {
 
153
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetAntiClockwiseStereo(swigCPtr, this);
 
154
  }
 
155
 
 
156
  public void SetPositiveStereo() {
 
157
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetPositiveStereo(swigCPtr, this);
 
158
  }
 
159
 
 
160
  public void SetNegativeStereo() {
 
161
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetNegativeStereo(swigCPtr, this);
 
162
  }
 
163
 
 
164
  public void UnsetStereo() {
 
165
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_UnsetStereo(swigCPtr, this);
 
166
  }
 
167
 
 
168
  public void SetInRing() {
 
169
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetInRing(swigCPtr, this);
 
170
  }
 
171
 
 
172
  public void SetChiral() {
 
173
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetChiral(swigCPtr, this);
 
174
  }
 
175
 
 
176
  public void ClearCoordPtr() {
 
177
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_ClearCoordPtr(swigCPtr, this);
 
178
  }
 
179
 
 
180
  public int GetFormalCharge() {
 
181
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetFormalCharge(swigCPtr, this);
 
182
  }
 
183
 
 
184
  public long GetAtomicNum() {
 
185
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetAtomicNum(swigCPtr, this);
 
186
  }
 
187
 
 
188
  public int GetIsotope() {
 
189
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetIsotope(swigCPtr, this);
 
190
  }
 
191
 
 
192
  public int GetSpinMultiplicity() {
 
193
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetSpinMultiplicity(swigCPtr, this);
 
194
  }
 
195
 
 
196
  public double GetAtomicMass() {
 
197
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetAtomicMass(swigCPtr, this);
 
198
  }
 
199
 
 
200
  public double GetExactMass() {
 
201
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetExactMass(swigCPtr, this);
 
202
  }
 
203
 
 
204
  public long GetIdx() {
 
205
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetIdx(swigCPtr, this);
 
206
  }
 
207
 
 
208
  public long GetCoordinateIdx() {
 
209
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetCoordinateIdx(swigCPtr, this);
 
210
  }
 
211
 
 
212
  public long GetCIdx() {
 
213
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetCIdx(swigCPtr, this);
 
214
  }
 
215
 
 
216
  public long GetValence() {
 
217
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetValence(swigCPtr, this);
 
218
  }
 
219
 
 
220
  public long GetHyb() {
 
221
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetHyb(swigCPtr, this);
 
222
  }
 
223
 
 
224
  public long GetImplicitValence() {
 
225
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetImplicitValence(swigCPtr, this);
 
226
  }
 
227
 
 
228
  public long GetHvyValence() {
 
229
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetHvyValence(swigCPtr, this);
 
230
  }
 
231
 
 
232
  public long GetHeteroValence() {
 
233
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetHeteroValence(swigCPtr, this);
 
234
  }
 
235
 
 
236
  public String GetType() {
 
237
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetType(swigCPtr, this);
 
238
  }
 
239
 
 
240
  public double GetX() {
 
241
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetX(swigCPtr, this);
 
242
  }
 
243
 
 
244
  public double GetY() {
 
245
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetY(swigCPtr, this);
 
246
  }
 
247
 
 
248
  public double GetZ() {
 
249
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetZ(swigCPtr, this);
 
250
  }
 
251
 
 
252
  public double x() {
 
253
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_x(swigCPtr, this);
 
254
  }
 
255
 
 
256
  public double y() {
 
257
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_y(swigCPtr, this);
 
258
  }
 
259
 
 
260
  public double z() {
 
261
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_z(swigCPtr, this);
 
262
  }
 
263
 
 
264
  public SWIGTYPE_p_double GetCoordinate() {
 
265
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetCoordinate(swigCPtr, this);
 
266
    return (cPtr == 0) ? null : new SWIGTYPE_p_double(cPtr, false);
 
267
  }
 
268
 
 
269
  public vector3 GetVector() {
 
270
    return new vector3(openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetVector__SWIG_0(swigCPtr, this), false);
 
271
  }
 
272
 
 
273
  public double GetPartialCharge() {
 
274
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetPartialCharge(swigCPtr, this);
 
275
  }
 
276
 
 
277
  public OBResidue GetResidue() {
 
278
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetResidue(swigCPtr, this);
 
279
    return (cPtr == 0) ? null : new OBResidue(cPtr, false);
 
280
  }
 
281
 
 
282
  public OBMol GetParent() {
 
283
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetParent(swigCPtr, this);
 
284
    return (cPtr == 0) ? null : new OBMol(cPtr, false);
 
285
  }
 
286
 
 
287
  public boolean GetNewBondVector(vector3 v, double length) {
 
288
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetNewBondVector(swigCPtr, this, vector3.getCPtr(v), v, length);
 
289
  }
 
290
 
 
291
  public OBBond GetBond(OBAtom arg0) {
 
292
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetBond(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(arg0), arg0);
 
293
    return (cPtr == 0) ? null : new OBBond(cPtr, false);
 
294
  }
 
295
 
 
296
  public OBAtom GetNextAtom() {
 
297
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetNextAtom(swigCPtr, this);
 
298
    return (cPtr == 0) ? null : new OBAtom(cPtr, false);
 
299
  }
 
300
 
 
301
  public SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator BeginBonds() {
 
302
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator(openbabelJNI.OBAtomAtomIter_BeginBonds(swigCPtr, this), true);
 
303
  }
 
304
 
 
305
  public SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator EndBonds() {
 
306
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator(openbabelJNI.OBAtomAtomIter_EndBonds(swigCPtr, this), true);
 
307
  }
 
308
 
 
309
  public OBBond BeginBond(SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator i) {
 
310
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_BeginBond(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator.getCPtr(i));
 
311
    return (cPtr == 0) ? null : new OBBond(cPtr, false);
 
312
  }
 
313
 
 
314
  public OBBond NextBond(SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator i) {
 
315
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_NextBond(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator.getCPtr(i));
 
316
    return (cPtr == 0) ? null : new OBBond(cPtr, false);
 
317
  }
 
318
 
 
319
  public OBAtom BeginNbrAtom(SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator i) {
 
320
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_BeginNbrAtom(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator.getCPtr(i));
 
321
    return (cPtr == 0) ? null : new OBAtom(cPtr, false);
 
322
  }
 
323
 
 
324
  public OBAtom NextNbrAtom(SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator i) {
 
325
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_NextNbrAtom(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator.getCPtr(i));
 
326
    return (cPtr == 0) ? null : new OBAtom(cPtr, false);
 
327
  }
 
328
 
 
329
  public double GetDistance(int index) {
 
330
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetDistance__SWIG_0(swigCPtr, this, index);
 
331
  }
 
332
 
 
333
  public double GetDistance(OBAtom arg0) {
 
334
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetDistance__SWIG_1(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(arg0), arg0);
 
335
  }
 
336
 
 
337
  public double GetAngle(int b, int c) {
 
338
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetAngle__SWIG_0(swigCPtr, this, b, c);
 
339
  }
 
340
 
 
341
  public double GetAngle(OBAtom b, OBAtom c) {
 
342
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetAngle__SWIG_1(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(b), b, OBAtom.getCPtr(c), c);
 
343
  }
 
344
 
 
345
  public void NewResidue() {
 
346
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_NewResidue(swigCPtr, this);
 
347
  }
 
348
 
 
349
  public void AddResidue(OBResidue res) {
 
350
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_AddResidue(swigCPtr, this, OBResidue.getCPtr(res), res);
 
351
  }
 
352
 
 
353
  public void DeleteResidue() {
 
354
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DeleteResidue(swigCPtr, this);
 
355
  }
 
356
 
 
357
  public void AddBond(OBBond bond) {
 
358
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_AddBond(swigCPtr, this, OBBond.getCPtr(bond), bond);
 
359
  }
 
360
 
 
361
  public void InsertBond(SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator i, OBBond bond) {
 
362
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_InsertBond(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBBond_p_t__iterator.getCPtr(i), OBBond.getCPtr(bond), bond);
 
363
  }
 
364
 
 
365
  public boolean DeleteBond(OBBond bond) {
 
366
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DeleteBond(swigCPtr, this, OBBond.getCPtr(bond), bond);
 
367
  }
 
368
 
 
369
  public void ClearBond() {
 
370
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_ClearBond(swigCPtr, this);
 
371
  }
 
372
 
 
373
  public boolean HtoMethyl() {
 
374
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HtoMethyl(swigCPtr, this);
 
375
  }
 
376
 
 
377
  public boolean SetHybAndGeom(int arg0) {
 
378
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetHybAndGeom(swigCPtr, this, arg0);
 
379
  }
 
380
 
 
381
  public void ForceNoH() {
 
382
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_ForceNoH(swigCPtr, this);
 
383
  }
 
384
 
 
385
  public boolean HasNoHForced() {
 
386
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasNoHForced(swigCPtr, this);
 
387
  }
 
388
 
 
389
  public long CountFreeOxygens() {
 
390
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_CountFreeOxygens(swigCPtr, this);
 
391
  }
 
392
 
 
393
  public long ImplicitHydrogenCount() {
 
394
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_ImplicitHydrogenCount(swigCPtr, this);
 
395
  }
 
396
 
 
397
  public long ExplicitHydrogenCount(boolean ExcludeIsotopes) {
 
398
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_ExplicitHydrogenCount__SWIG_0(swigCPtr, this, ExcludeIsotopes);
 
399
  }
 
400
 
 
401
  public long ExplicitHydrogenCount() {
 
402
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_ExplicitHydrogenCount__SWIG_1(swigCPtr, this);
 
403
  }
 
404
 
 
405
  public long MemberOfRingCount() {
 
406
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_MemberOfRingCount(swigCPtr, this);
 
407
  }
 
408
 
 
409
  public long MemberOfRingSize() {
 
410
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_MemberOfRingSize(swigCPtr, this);
 
411
  }
 
412
 
 
413
  public long CountRingBonds() {
 
414
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_CountRingBonds(swigCPtr, this);
 
415
  }
 
416
 
 
417
  public double SmallestBondAngle() {
 
418
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SmallestBondAngle(swigCPtr, this);
 
419
  }
 
420
 
 
421
  public double AverageBondAngle() {
 
422
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_AverageBondAngle(swigCPtr, this);
 
423
  }
 
424
 
 
425
  public long BOSum() {
 
426
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_BOSum(swigCPtr, this);
 
427
  }
 
428
 
 
429
  public long KBOSum() {
 
430
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_KBOSum(swigCPtr, this);
 
431
  }
 
432
 
 
433
  public boolean HasResidue() {
 
434
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasResidue(swigCPtr, this);
 
435
  }
 
436
 
 
437
  public boolean IsHydrogen() {
 
438
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsHydrogen(swigCPtr, this);
 
439
  }
 
440
 
 
441
  public boolean IsCarbon() {
 
442
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsCarbon(swigCPtr, this);
 
443
  }
 
444
 
 
445
  public boolean IsNitrogen() {
 
446
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsNitrogen(swigCPtr, this);
 
447
  }
 
448
 
 
449
  public boolean IsOxygen() {
 
450
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsOxygen(swigCPtr, this);
 
451
  }
 
452
 
 
453
  public boolean IsSulfur() {
 
454
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsSulfur(swigCPtr, this);
 
455
  }
 
456
 
 
457
  public boolean IsPhosphorus() {
 
458
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsPhosphorus(swigCPtr, this);
 
459
  }
 
460
 
 
461
  public boolean IsAromatic() {
 
462
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsAromatic(swigCPtr, this);
 
463
  }
 
464
 
 
465
  public boolean IsInRing() {
 
466
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsInRing(swigCPtr, this);
 
467
  }
 
468
 
 
469
  public boolean IsInRingSize(int arg0) {
 
470
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsInRingSize(swigCPtr, this, arg0);
 
471
  }
 
472
 
 
473
  public boolean IsHeteroatom() {
 
474
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsHeteroatom(swigCPtr, this);
 
475
  }
 
476
 
 
477
  public boolean IsNotCorH() {
 
478
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsNotCorH(swigCPtr, this);
 
479
  }
 
480
 
 
481
  public boolean IsConnected(OBAtom arg0) {
 
482
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsConnected(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(arg0), arg0);
 
483
  }
 
484
 
 
485
  public boolean IsOneThree(OBAtom arg0) {
 
486
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsOneThree(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(arg0), arg0);
 
487
  }
 
488
 
 
489
  public boolean IsOneFour(OBAtom arg0) {
 
490
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsOneFour(swigCPtr, this, OBAtom.getCPtr(arg0), arg0);
 
491
  }
 
492
 
 
493
  public boolean IsCarboxylOxygen() {
 
494
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsCarboxylOxygen(swigCPtr, this);
 
495
  }
 
496
 
 
497
  public boolean IsPhosphateOxygen() {
 
498
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsPhosphateOxygen(swigCPtr, this);
 
499
  }
 
500
 
 
501
  public boolean IsSulfateOxygen() {
 
502
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsSulfateOxygen(swigCPtr, this);
 
503
  }
 
504
 
 
505
  public boolean IsNitroOxygen() {
 
506
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsNitroOxygen(swigCPtr, this);
 
507
  }
 
508
 
 
509
  public boolean IsAmideNitrogen() {
 
510
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsAmideNitrogen(swigCPtr, this);
 
511
  }
 
512
 
 
513
  public boolean IsPolarHydrogen() {
 
514
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsPolarHydrogen(swigCPtr, this);
 
515
  }
 
516
 
 
517
  public boolean IsNonPolarHydrogen() {
 
518
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsNonPolarHydrogen(swigCPtr, this);
 
519
  }
 
520
 
 
521
  public boolean IsAromaticNOxide() {
 
522
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsAromaticNOxide(swigCPtr, this);
 
523
  }
 
524
 
 
525
  public boolean IsChiral() {
 
526
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsChiral(swigCPtr, this);
 
527
  }
 
528
 
 
529
  public boolean IsAxial() {
 
530
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsAxial(swigCPtr, this);
 
531
  }
 
532
 
 
533
  public boolean IsClockwise() {
 
534
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsClockwise(swigCPtr, this);
 
535
  }
 
536
 
 
537
  public boolean IsAntiClockwise() {
 
538
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsAntiClockwise(swigCPtr, this);
 
539
  }
 
540
 
 
541
  public boolean IsPositiveStereo() {
 
542
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsPositiveStereo(swigCPtr, this);
 
543
  }
 
544
 
 
545
  public boolean IsNegativeStereo() {
 
546
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsNegativeStereo(swigCPtr, this);
 
547
  }
 
548
 
 
549
  public boolean HasChiralitySpecified() {
 
550
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasChiralitySpecified(swigCPtr, this);
 
551
  }
 
552
 
 
553
  public boolean HasChiralVolume() {
 
554
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasChiralVolume(swigCPtr, this);
 
555
  }
 
556
 
 
557
  public boolean IsHbondAcceptor() {
 
558
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsHbondAcceptor(swigCPtr, this);
 
559
  }
 
560
 
 
561
  public boolean IsHbondDonor() {
 
562
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsHbondDonor(swigCPtr, this);
 
563
  }
 
564
 
 
565
  public boolean IsHbondDonorH() {
 
566
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_IsHbondDonorH(swigCPtr, this);
 
567
  }
 
568
 
 
569
  public boolean HasAlphaBetaUnsat(boolean includePandS) {
 
570
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasAlphaBetaUnsat__SWIG_0(swigCPtr, this, includePandS);
 
571
  }
 
572
 
 
573
  public boolean HasAlphaBetaUnsat() {
 
574
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasAlphaBetaUnsat__SWIG_1(swigCPtr, this);
 
575
  }
 
576
 
 
577
  public boolean HasBondOfOrder(long bo) {
 
578
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasBondOfOrder(swigCPtr, this, bo);
 
579
  }
 
580
 
 
581
  public int CountBondsOfOrder(long bo) {
 
582
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_CountBondsOfOrder(swigCPtr, this, bo);
 
583
  }
 
584
 
 
585
  public boolean HasNonSingleBond() {
 
586
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasNonSingleBond(swigCPtr, this);
 
587
  }
 
588
 
 
589
  public boolean HasSingleBond() {
 
590
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasSingleBond(swigCPtr, this);
 
591
  }
 
592
 
 
593
  public boolean HasDoubleBond() {
 
594
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasDoubleBond(swigCPtr, this);
 
595
  }
 
596
 
 
597
  public boolean HasAromaticBond() {
 
598
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasAromaticBond(swigCPtr, this);
 
599
  }
 
600
 
 
601
  public boolean MatchesSMARTS(String arg0) {
 
602
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_MatchesSMARTS(swigCPtr, this, arg0);
 
603
  }
 
604
 
 
605
  public OBBase DoTransformations(SWIGTYPE_p_std__mapTstd__string_std__string_t arg0) {
 
606
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DoTransformations(swigCPtr, this, SWIGTYPE_p_std__mapTstd__string_std__string_t.getCPtr(arg0));
 
607
    return (cPtr == 0) ? null : new OBBase(cPtr, false);
 
608
  }
 
609
 
 
610
  public String ClassDescription() {
 
611
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_ClassDescription(swigCPtr, this);
 
612
  }
 
613
 
 
614
  public boolean HasData(long type) {
 
615
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_HasData__SWIG_2(swigCPtr, this, type);
 
616
  }
 
617
 
 
618
  public void DeleteData(long type) {
 
619
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DeleteData__SWIG_0(swigCPtr, this, type);
 
620
  }
 
621
 
 
622
  public void DeleteData(OBGenericData arg0) {
 
623
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DeleteData__SWIG_1(swigCPtr, this, OBGenericData.getCPtr(arg0), arg0);
 
624
  }
 
625
 
 
626
  public void DeleteData(vectorData arg0) {
 
627
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DeleteData__SWIG_2(swigCPtr, this, vectorData.getCPtr(arg0), arg0);
 
628
  }
 
629
 
 
630
  public boolean DeleteData(String s) {
 
631
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DeleteData__SWIG_3(swigCPtr, this, s);
 
632
  }
 
633
 
 
634
  public void SetData(OBGenericData d) {
 
635
    openbabelJNI.OBAtomAtomIter_SetData(swigCPtr, this, OBGenericData.getCPtr(d), d);
 
636
  }
 
637
 
 
638
  public long DataSize() {
 
639
    return openbabelJNI.OBAtomAtomIter_DataSize(swigCPtr, this);
 
640
  }
 
641
 
 
642
  public OBGenericData GetData(long type) {
 
643
    long cPtr = openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetData__SWIG_0(swigCPtr, this, type);
 
644
    return (cPtr == 0) ? null : new OBGenericData(cPtr, false);
 
645
  }
 
646
 
 
647
  public vectorData GetData() {
 
648
    return new vectorData(openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetData__SWIG_3(swigCPtr, this), false);
 
649
  }
 
650
 
 
651
  public vectorData GetData(DataOrigin source) {
 
652
    return new vectorData(openbabelJNI.OBAtomAtomIter_GetData__SWIG_4(swigCPtr, this, source.swigValue()), true);
 
653
  }
 
654
 
 
655
  public SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBGenericData_p_t__iterator BeginData() {
 
656
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBGenericData_p_t__iterator(openbabelJNI.OBAtomAtomIter_BeginData(swigCPtr, this), true);
 
657
  }
 
658
 
 
659
  public SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBGenericData_p_t__iterator EndData() {
 
660
    return new SWIGTYPE_p_std__vectorTOpenBabel__OBGenericData_p_t__iterator(openbabelJNI.OBAtomAtomIter_EndData(swigCPtr, this), true);
 
661
  }
 
662
 
 
663
}