← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/karmic/bioperl/karmic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to t/data/megablast_output.paracel_btk

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Matt Hope
  • Date: 2004-04-18 14:24:11 UTC
  • mfrom: (1.2.1 upstream) (2.1.1 warty)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20040418142411-gr92uexquw4w8liq
Tags: 1.4-1
* New upstream release
* Examples and working code are installed by default to usr/bin,
  this has been moved to usr/share/doc/bioperl/bin

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
t/data/megablast_output.paracel_btk
 
1
MEGABLAST 1.4.13-Paracel [2002-12-12]
 
2
 
 
3
 
 
4
Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), 
 
5
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", 
 
6
J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.
 
7
 
 
8
Database: bwb/tmp/vISbyVPvvB 
 
9
           2 sequences; 80 total letters
 
10
 
 
11
Searching. done
 
12
Query= DNA sequence #1
 
13
         (40 letters)
 
14
 
 
15
 
 
16
 
 
17
                                                                 Score    E
 
18
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
 
19
 
 
20
reverse-complement of sequence #1                                      74   1e-19
 
21
DNA sequence #1                                                        74   1e-19
 
22
 
 
23
>reverse-complement of sequence #1
 
24
          Length = 40
 
25
 
 
26
 Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-19
 
27
 Identities = 37/37 (100%)
 
28
 Strand = Plus / Minus
 
29
 
 
30
                                               
 
31
Query: 2  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 38
 
32
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
33
Sbjct: 40 ccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 4
 
34
 
 
35
 
 
36
 
 
37
 Score = 67.9 bits (34), Expect = 8e-18
 
38
 Identities = 34/34 (100%)
 
39
 Strand = Plus / Minus
 
40
 
 
41
                                            
 
42
Query: 1  cccccccccccccccccccccccccccccccccc 34
 
43
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
44
Sbjct: 36 cccccccccccccccccccccccccccccccccc 3
 
45
 
 
46
 
 
47
>DNA sequence #1
 
48
          Length = 40
 
49
 
 
50
 Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-19
 
51
 Identities = 37/37 (100%)
 
52
 Strand = Plus / Plus
 
53
 
 
54
                                               
 
55
Query: 2  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 38
 
56
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
57
Sbjct: 1  ccccccccccccccccccccccccccccccccccccc 37
 
58
 
 
59
 
 
60
 
 
61
 Score = 71.9 bits (36), Expect = 5e-19
 
62
 Identities = 36/36 (100%)
 
63
 Strand = Plus / Plus
 
64
 
 
65
                                              
 
66
Query: 1  cccccccccccccccccccccccccccccccccccc 36
 
67
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
68
Sbjct: 3  cccccccccccccccccccccccccccccccccccc 38
 
69
 
 
70
 
 
71
Searching. done
 
72
Query= reverse-complement of sequence #1
 
73
         (40 letters)
 
74
 
 
75
 
 
76
 
 
77
                                                                 Score    E
 
78
Sequences producing significant alignments:                      (bits) Value
 
79
 
 
80
reverse-complement of sequence #1                                      74   1e-19
 
81
DNA sequence #1                                                        74   1e-19
 
82
 
 
83
>reverse-complement of sequence #1
 
84
          Length = 40
 
85
 
 
86
 Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-19
 
87
 Identities = 37/37 (100%)
 
88
 Strand = Plus / Plus
 
89
 
 
90
                                               
 
91
Query: 3  ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg 39
 
92
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
93
Sbjct: 4  ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg 40
 
94
 
 
95
 
 
96
 
 
97
 Score = 67.9 bits (34), Expect = 8e-18
 
98
 Identities = 34/34 (100%)
 
99
 Strand = Plus / Plus
 
100
 
 
101
                                            
 
102
Query: 7  gggggggggggggggggggggggggggggggggg 40
 
103
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
104
Sbjct: 3  gggggggggggggggggggggggggggggggggg 36
 
105
 
 
106
 
 
107
>DNA sequence #1
 
108
          Length = 40
 
109
 
 
110
 Score = 73.8 bits (37), Expect = 1e-19
 
111
 Identities = 37/37 (100%)
 
112
 Strand = Plus / Minus
 
113
 
 
114
                                               
 
115
Query: 3  ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg 39
 
116
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
117
Sbjct: 37 ggggggggggggggggggggggggggggggggggggg 1
 
118
 
 
119
 
 
120
 
 
121
 Score = 71.9 bits (36), Expect = 5e-19
 
122
 Identities = 36/36 (100%)
 
123
 Strand = Plus / Minus
 
124
 
 
125
                                              
 
126
Query: 5  gggggggggggggggggggggggggggggggggggg 40
 
127
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 
128
Sbjct: 38 gggggggggggggggggggggggggggggggggggg 3
 
129
 
 
130
 
 
131
  Database: bwb/tmp/vISbyVPvvB
 
132
    Posted date:  Jan 23, 2003  9:25 AM
 
133
  Number of letters in database: 80
 
134
  Number of sequences in database:  2
 
135
  
 
136
Lambda     K      H
 
137
    1.37    0.711     1.31 
 
138
 
 
139
Gapped
 
140
Lambda     K      H
 
141
    1.37    0.711     1.31 
 
142
 
 
143
 
 
144
Matrix: blastn matrix:1 -3
 
145
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 0
 
146
Number of Hits to DB: 0
 
147
Number of Sequences: 2
 
148
length of database: 80
 
149
effective search space used:        0
 
150
S2: 4 ( 8.4 bits)