← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/lucid/amap-align/lucid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to PROBCONS.README

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2006-07-09 12:53:25 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20060709125325-e2k17k14gwszguvh
Tags: upstream-2.0
Import upstream version 2.0

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
PROBCONS.README
 
1
 
 
2
                          PROBCONS
 
3
                          ~~~~~~~~                          
 
4
 
 
5
   Probabilistic consistency-based multiple sequence alignment 
 
6
 
 
7
-----------------------------------------------------------------
 
8
                                                             
 
9
PROBCONS is a novel tool for generating  multiple  alignments
 
10
of protein sequences.  Using a combination  of  probabilistic 
 
11
modeling and consistency-based alignment techniques, PROBCONS
 
12
has achieved the highest accuracy of all alignment methods to
 
13
date. 
 
14
 
 
15
PROBCONS was developed by Chuong B. Do in collaboration  with 
 
16
Michael Brudno in the research group  of  Serafim  Batzoglou,
 
17
Department of Computer Science, Stanford University.
 
18
 
 
19
For more information on the algorithms, please see
 
20
 
 
21
     Do, C.B., Brudno, M., and Batzoglou, S. (2004) PROBCONS:
 
22
     Probabilistic Consistency-based  Multiple  Alignment  of
 
23
     Amino Acid Sequences.  12th International Conference  on
 
24
     Intelligent Systems for Molecular Biology.  In press.
 
25
 
 
26
and
 
27
 
 
28
     Do, C.B., Brudno, M., and Batzoglou, S. (2004) PROBCONS:
 
29
     Probabilistic Consistency-based  Multiple  Alignment  of
 
30
     Amino Acid Sequences.  The 19th National  Conference  on
 
31
     Artificial Intelligence (AAAI-04).  In press.
 
32
 
 
33
-----------------------------------------------------------------
 
34
 
 
35
PROBCONS has been made  freely  available  as  PUBLIC  DOMAIN
 
36
software and hence is not subject to copyright in the  United
 
37
States.  This system and/or any portion of  the  source  code
 
38
may be used, modified, or redistributed without restrictions.  
 
39
PROBCONS is distributed WITHOUT WARRANTY, express or implied.
 
40
The authors accept NO LEGAL LIABILITY OR  RESPONSIBILITY  for
 
41
loss due to reliance on the program.
 
42
   
 
43
-----------------------------------------------------------------
 
44
 
 
45
Version History
 
46
 
 
47
1.0, 3/23/2004 (Chuong Do)
 
48
   -- initial release
 
49
 
 
50
1.01, 3/25/2004 (Chuong Do)
 
51
   -- fixed error in training procedure
 
52
   -- retrained default parameters for 1 and 2 pairs of insert
 
53
      states
 
54
 
 
55
1.02, 4/17/2004 (Chuong Do)
 
56
   -- replaced LOG_ADD and EXP routines
 
57
   -- added support for reading MSF format files
 
58
   -- added two extra utilities for scoring PROBCONS alignments
 
59
      (for benchmarking purposes)
 
60
      -- added the "compare" program for scoring alignments
 
61
         according to a reference alignment with respect to 
 
62
         sum-of-pairs and column scores
 
63
      -- added the "fixref" program for adjusting PREFAB 
 
64
         alignments to contain all letters of the input 
 
65
         sequences; basically the main program for PROBCONS
 
66
         "hacked" to get the job done
 
67
 
 
68
1.03, 5/3/2004 (Chuong Do)
 
69
   -- added option to do all-pairs pairwise alignments instead
 
70
      of constructing a full multiple alignment
 
71
   -- added support for reading DIALIGN style files
 
72
   -- enabled support for using BAliBASE annotations for scoring
 
73
      BAliBASE alignments
 
74
   -- several minor bug fixes thanks to Bob Edgar
 
75
   -- added "project" program to project multiple alignment to
 
76
      pairwise alignments
 
77
 
 
78
1.04, 5/9/2004 (Chuong Do)
 
79
   -- switched over to default of one-insert state pair
 
80
   -- retrained default parameters
 
81
   -- added annotation scores
 
82
   -- small changes to model topology to make end gaps symmetrical
 
83
   -- added makegnuplot utility to plot annotation scores
 
84
 
 
85
1.05, 5/26/2004 (Chuong Do)
 
86
   -- added cutoff filtering for posterior scores
 
87
   -- made small corrections to recurrences for computing alignments
 
88
   -- added CLUSTALW output support
 
89
 
 
90
1.06, 7/13/2004 (Chuong Do)
 
91
   -- ProbCons is now PUBLIC DOMAIN software.
 
92
 
 
93
1.07, 8/30/2004 (Chuong Do)
 
94
   -- Fixed CLUSTALW output for sequence names (thanks to John Calley
 
95
      for pointing this out)
 
96
 
 
97
1.08, 8/31/2004 (Chuong Do)
 
98
   -- Added option for alignment order output (-a).
 
99
 
 
100
1.09, 9/1/2004 (Chuong Do)
 
101
   -- PROBCONS now allows input files with existing gaps -- these are
 
102
      automatically stripped before alignment.