~ubuntu-branches/ubuntu/lucid/bioperl/lucid

# -*-Perl-*-

## Bioperl Test Harness Script for Modules

 

# Before `make install' is performed this script should be runnable with

# `make test'. After `make install' it should work as `perl test.t'

 

use strict;

 

BEGIN {     

    # to handle systems with no installed Test module

    # we include the t dir (where a copy of Test.pm is located)

    # as a fallback

    eval { require Test; };

    if( $@ ) {

        use lib 't';

    }

    use Test;

    use vars qw($NUMTESTS $DEBUG);

    $NUMTESTS = 23;

    $DEBUG   = 0;

    plan test => $NUMTESTS;

}

 

use Bio::Tools::EPCR;

use Bio::SeqIO;

use Bio::Root::IO;

 

my $seqio = new Bio::SeqIO('-format' => 'fasta', '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","genomic-seq.fasta"));

 

my $seq = $seqio->next_seq;

ok($seq);

my $epcr = new Bio::Tools::EPCR( '-file' => Bio::Root::IO->catfile("t","data","genomic-seq.epcr"));

ok ($epcr);

while( defined(my $feature = $epcr->next_feature) ) {

    ok($feature);

    ok($feature->start);

    ok($feature->end);

    $seq->add_SeqFeature($feature);

}

 

 

if( $DEBUG ) {

    $seqio = new Bio::SeqIO('-format' => 'genbank' );

    $seqio->write_seq($seq);

}