← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/maverick/samtools/maverick

« back to all changes in this revision

Viewing changes to kaln.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2009-11-17 21:38:24 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20091117213824-dfouynpy3r7ismpj
Tags: 0.1.7a~dfsg-1
* New upstream release: new script sam2vcf.pl, and many other changes.
* Package converted to the format ‘3.0 (quilt)’ (debian/source/format).
* Wrote a manual page for razip (debian/razip.1).
* Better clean the example directory to make the source package
  buildable twice in a row (debian/rules).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
kaln.h
 
1
/* The MIT License
 
2
 
 
3
   Copyright (c) 2003-2006, 2008, 2009 by Heng Li <lh3@live.co.uk>
 
4
 
 
5
   Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
 
6
   a copy of this software and associated documentation files (the
 
7
   "Software"), to deal in the Software without restriction, including
 
8
   without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
 
9
   distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
 
10
   permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
 
11
   the following conditions:
 
12
 
 
13
   The above copyright notice and this permission notice shall be
 
14
   included in all copies or substantial portions of the Software.
 
15
 
 
16
   THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
 
17
   EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
 
18
   MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
 
19
   NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
 
20
   BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
 
21
   ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
 
22
   CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
 
23
   SOFTWARE.
 
24
*/
 
25
 
 
26
#ifndef LH3_KALN_H_
 
27
#define LH3_KALN_H_
 
28
 
 
29
#include <stdint.h>
 
30
 
 
31
#define MINOR_INF -1073741823
 
32
 
 
33
typedef struct {
 
34
        int gap_open;
 
35
        int gap_ext;
 
36
        int gap_end;
 
37
 
 
38
        int *matrix;
 
39
        int row;
 
40
        int band_width;
 
41
} ka_param_t;
 
42
 
 
43
#ifdef __cplusplus
 
44
extern "C" {
 
45
#endif
 
46
 
 
47
        uint32_t *ka_global_core(uint8_t *seq1, int len1, uint8_t *seq2, int len2, const ka_param_t *ap, int *_score, int *n_cigar);
 
48
 
 
49
#ifdef __cplusplus
 
50
}
 
51
#endif
 
52
 
 
53
extern ka_param_t ka_param_blast; /* = {  5,  2,  2, aln_sm_blast, 5, 50 }; */
 
54
 
 
55
#endif