~ubuntu-branches/ubuntu/natty/mgltools-vision/natty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Vision/doc/Tutorial/rmsd_resi/rmsd-resi_pmvnet.py

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Steffen Moeller
  • Date: 2008-07-31 22:00:08 UTC
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080731220008-broax3qn6pq9ygnb
Tags: upstream-1.5.2.cvs.20080731
ImportĀ upstreamĀ versionĀ 1.5.2.cvs.20080731

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
 
1
########################################################################
 
2
#
 
3
#    Vision Network - Python source code - file generated by vision
 
4
#    Wednesday 29 August 2007 13:33:20 
 
5
#    
 
6
#       The Scripps Research Institute (TSRI)
 
7
#       Molecular Graphics Lab
 
8
#       La Jolla, CA 92037, USA
 
9
#
 
10
# Copyright: Daniel Stoffler, Michel Sanner and TSRI
 
11
#   
 
12
# revision: Guillaume Vareille
 
13
#  
 
14
#########################################################################
 
15
#
 
16
# $Header$
 
17
#
 
18
# $Id$
 
19
#
 
20
 
 
21
from traceback import print_exc
 
22
## loading libraries ##
 
23
from Pmv.VisionInterface.PmvNodes import pmvlib
 
24
masterNet.getEditor().addLibraryInstance(pmvlib,"Pmv.VisionInterface.PmvNodes", "pmvlib")
 
25
 
 
26
from MolKit.VisionInterface.MolKitNodes import molkitlib
 
27
masterNet.getEditor().addLibraryInstance(molkitlib,"MolKit.VisionInterface.MolKitNodes", "molkitlib")
 
28
 
 
29
from Vision.StandardNodes import stdlib
 
30
masterNet.getEditor().addLibraryInstance(stdlib,"Vision.StandardNodes", "stdlib")
 
31
 
 
32
try:
 
33
    ## saving node ReadTable ##
 
34
    from Vision.StandardNodes import ReadTable
 
35
    ReadTable_0 = ReadTable(constrkw = {}, name='ReadTable', library=stdlib)
 
36
    masterNet.addNode(ReadTable_0,8,30)
 
37
    ReadTable_0.inputPortByName['filename'].widget.set("holo.pdb.CA_BI.pdb.CA.rmsd", run=False)
 
38
except:
 
39
    print "WARNING: failed to restore ReadTable named ReadTable in network masterNet"
 
40
    print_exc()
 
41
    ReadTable_0=None
 
42
 
 
43
try:
 
44
    ## saving node Select MolFrag ##
 
45
    from MolKit.VisionInterface.MolKitNodes import NodeSelector
 
46
    Select_MolFrag_1 = NodeSelector(constrkw = {}, name='Select MolFrag', library=molkitlib)
 
47
    masterNet.addNode(Select_MolFrag_1,66,143)
 
48
    apply(Select_MolFrag_1.outputPortByName['nodes'].configure, (), {'datatype': 'ResidueSet'})
 
49
    Select_MolFrag_1.inputPortByName['nodeType'].widget.set("Residue", run=False)
 
50
except:
 
51
    print "WARNING: failed to restore NodeSelector named Select MolFrag in network masterNet"
 
52
    print_exc()
 
53
    Select_MolFrag_1=None
 
54
 
 
55
try:
 
56
    ## saving node setattr ##
 
57
    from Vision.StandardNodes import SetAttr
 
58
    setattr_2 = SetAttr(constrkw = {}, name='setattr', library=stdlib)
 
59
    masterNet.addNode(setattr_2,7,262)
 
60
    apply(setattr_2.inputPortByName['object'].configure, (), {'datatype': 'ResidueSet', 'originalDatatype': 'None'})
 
61
    apply(setattr_2.configure, (), {'specialPortsVisible': True})
 
62
    setattr_2.inputPortByName['name'].widget.set("myattribut", run=False)
 
63
    apply(setattr_2.configure, (), {'specialPortsVisible': True})
 
64
except:
 
65
    print "WARNING: failed to restore SetAttr named setattr in network masterNet"
 
66
    print_exc()
 
67
    setattr_2=None
 
68
 
 
69
try:
 
70
    ## saving node Pmv ##
 
71
    from Pmv.VisionInterface.PmvNodes import PmvNode
 
72
    Pmv_3 = PmvNode(vf=masterNet.editor.vf, constrkw = {'vf': 'masterNet.editor.vf'}, name='Pmv', library=pmvlib)
 
73
    masterNet.addNode(Pmv_3,145,7)
 
74
    Pmv_3.inputPortByName['cmdName'].widget.set("", run=False)
 
75
    Pmv_3.inputPortByName['molecule'].widget.set("", run=False)
 
76
except:
 
77
    print "WARNING: failed to restore PmvNode named Pmv in network masterNet"
 
78
    print_exc()
 
79
    Pmv_3=None
 
80
 
 
81
try:
 
82
    ## saving node Choose Cmd ##
 
83
    from Pmv.VisionInterface.PmvNodes import PmvChooseCommand
 
84
    Choose_Cmd_4 = PmvChooseCommand(constrkw = {}, name='Choose Cmd', library=pmvlib)
 
85
    masterNet.addNode(Choose_Cmd_4,145,67)
 
86
    Choose_Cmd_4.inputPortByName['cmdName'].widget.set("colorByProperty", run=False)
 
87
except:
 
88
    print "WARNING: failed to restore PmvChooseCommand named Choose Cmd in network masterNet"
 
89
    print_exc()
 
90
    Choose_Cmd_4=None
 
91
 
 
92
try:
 
93
    ## saving node myattribut ##
 
94
    from Vision.StandardNodes import Eval
 
95
    myattribut_5 = Eval(constrkw = {}, name='myattribut', library=stdlib)
 
96
    masterNet.addNode(myattribut_5,196,144)
 
97
    myattribut_5.inputPortByName['command'].widget.set("'myattribut'", run=False)
 
98
except:
 
99
    print "WARNING: failed to restore Eval named myattribut in network masterNet"
 
100
    print_exc()
 
101
    myattribut_5=None
 
102
 
 
103
try:
 
104
    ## saving node [lines,stick... ##
 
105
    from Vision.StandardNodes import Eval
 
106
    _lines_stick____6 = Eval(constrkw = {}, name='[lines,stick...', library=stdlib)
 
107
    masterNet.addNode(_lines_stick____6,179,103)
 
108
    _lines_stick____6.inputPortByName['command'].widget.set("['lines','sticks','balls','cpk','secondarystructure','MSMS-MOL']", run=False)
 
109
except:
 
110
    print "WARNING: failed to restore Eval named [lines,stick... in network masterNet"
 
111
    print_exc()
 
112
    _lines_stick____6=None
 
113
 
 
114
try:
 
115
    ## saving node Pmv Viewer ##
 
116
    from Pmv.VisionInterface.PmvNodes import PmvViewer
 
117
    Pmv_Viewer_7 = PmvViewer(viewer=masterNet.editor.vf.GUI.VIEWER, constrkw = {'viewer': 'masterNet.editor.vf.GUI.VIEWER'}, name='Pmv Viewer', library=pmvlib)
 
118
    masterNet.addNode(Pmv_Viewer_7,74,8)
 
119
    ##
 
120
    ## Saving State for Viewer
 
121
    Pmv_Viewer_7.vi.TransformRootOnly(1)
 
122
    ##
 
123
 
 
124
    ## Light Model
 
125
    ## End Light Model
 
126
 
 
127
    ## Light sources
 
128
    ## End Light sources 7
 
129
 
 
130
    ## Cameras
 
131
    ## Camera Number 0
 
132
    state = {'color': (0.0, 0.0, 0.0, 1.0), 'd2off': 1, 'height': 400, 'lookAt': [0.0, 0.0, 0.0], 'rootx': 27, 'pivot': [0.0, 0.0, 0.0], 'translation': [0.0, 0.0, 0.0], 'sideBySideTranslation': 0.0, 'fov': 18.942887821059475, 'scale': [1.0, 1.0, 1.0], 'stereoMode': 'MONO', 'width': 624, 'sideBySideRotAngle': 3.0, 'boundingbox': 0, 'projectionType': 0, 'contours': False, 'd2cutL': 150, 'direction': [0.0, 0.0, -101.28376007080078], 'd2cutH': 255, 'far': 256.56851789070731, 'd1off': 4, 'lookFrom': [0.0, 0.0, 101.28376007080078], 'd1cutH': 60, 'antialiased': 0, 'rotation': [1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0], 'd1ramp': [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 3.0, 3.0, 3.0, 3.0, 3.0, 3.0, 4.0, 4.0, 4.0, 4.0, 7.0, 9.0, 12.0, 14.0, 17.0, 19.0, 22.0, 24.0, 27.0, 29.0, 32.0, 34.0, 37.0, 44.0, 51.0, 57.0, 64.0, 71.0, 78.0, 84.0, 91.0, 98.0, 105.0, 111.0, 118.0, 125.0, 126.0, 128.0, 129.0, 130.0, 132.0, 133.0, 135.0, 136.0, 137.0, 139.0, 140.0, 141.0, 143.0, 144.0, 145.0, 147.0, 148.0, 149.0, 151.0, 152.0, 154.0, 155.0, 156.0, 158.0, 159.0, 160.0, 162.0, 163.0, 164.0, 166.0, 167.0, 168.0, 170.0, 171.0, 173.0, 174.0, 175.0, 177.0, 178.0, 179.0, 181.0, 182.0, 183.0, 185.0, 186.0, 187.0, 189.0, 190.0, 192.0, 193.0, 194.0, 196.0, 197.0, 197.0, 198.0, 198.0, 199.0, 199.0, 199.0, 200.0, 200.0, 200.0, 201.0, 201.0, 202.0, 202.0, 202.0, 203.0, 203.0, 204.0, 204.0, 204.0, 205.0, 205.0, 205.0, 206.0, 206.0, 207.0, 207.0, 207.0, 208.0, 208.0, 209.0, 209.0, 209.0, 210.0, 210.0, 210.0, 211.0, 211.0, 212.0, 212.0, 212.0, 213.0, 213.0, 214.0, 214.0, 214.0, 215.0, 215.0, 215.0, 216.0, 216.0, 217.0, 217.0, 217.0, 218.0, 218.0, 219.0, 219.0, 219.0, 220.0, 220.0, 220.0, 221.0, 221.0, 222.0, 222.0, 222.0, 223.0, 223.0, 224.0, 224.0, 224.0, 225.0, 225.0, 225.0, 226.0, 226.0, 227.0, 227.0, 227.0, 228.0, 228.0, 228.0, 229.0, 229.0, 230.0, 230.0, 230.0, 231.0, 231.0, 232.0, 232.0, 232.0, 233.0, 233.0, 233.0, 234.0, 234.0, 235.0, 235.0, 235.0, 236.0, 236.0, 237.0, 237.0, 237.0, 238.0, 238.0, 238.0, 239.0, 239.0, 240.0, 240.0, 240.0, 241.0, 241.0, 242.0, 242.0, 242.0, 243.0, 243.0, 243.0, 244.0, 244.0, 245.0, 245.0, 245.0, 246.0, 246.0, 247.0, 247.0, 247.0, 248.0, 248.0, 248.0, 249.0, 249.0, 250.0, 250.0, 250.0, 251.0, 251.0, 252.0, 252.0, 252.0, 253.0, 253.0, 253.0, 254.0, 254.0, 255.0, 255.0], 'suspendRedraw': False, 'd1cutL': 0, 'd2scale': 0.0, 'near': 0.10000000000000001, 'drawThumbnail': False, 'rooty': 122, 'd1scale': 0.012999999999999999}
 
133
    apply(Pmv_Viewer_7.vi.cameras[0].Set, (), state)
 
134
 
 
135
    state = {'end': 128.28425894535366, 'density': 0.10000000000000001, 'color': (0.0, 0.0, 0.0, 1.0), 'enabled': 1, 'start': 74.283259494670048, 'mode': 'GL_LINEAR'}
 
136
    apply(Pmv_Viewer_7.vi.cameras[0].fog.Set, (), state)
 
137
 
 
138
    ## End Cameras
 
139
 
 
140
    ## Clipping planes
 
141
    ## End Clipping planes
 
142
 
 
143
    ## Root object
 
144
    state = {'scissorAspectRatio': 1.0, 'inheritStippleLines': 0, 'stippleLines': False, 'replace': True, 'visible': True, 'immediateRendering': False, 'inheritLighting': False, 'invertNormals': False, 'pivot': [26.170499801635742, 147.7344970703125, 60.412002563476562], 'rotation': [-0.035082042217254639, -0.85756176710128784, -0.51318323612213135, 0.0, 0.037250112742185593, 0.51202046871185303, -0.8581652045249939, 0.0, 0.99869000911712646, -0.049222324043512344, 0.013981548137962818, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0], 'scissorH': 200, 'frontPolyMode': 'fill', 'blendFunctions': ('GL_SRC_ALPHA', 'GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA'), 'outline': False, 'instanceMatrices': [[1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0]], 'scissorX': 0, 'scissorY': 0, 'listed': True, 'inheritPointWidth': 0, 'pickable': True, 'pointWidth': 2, 'scissorW': 200, 'needsRedoDpyListOnResize': False, 'stipplePolygons': False, 'pickableVertices': False, 'inheritMaterial': False, 'depthMask': 1, 'inheritSharpColorBoundaries': False, 'scale': [1.0, 1.0, 1.0], 'lighting': True, 'inheritCulling': False, 'inheritShading': False, 'shading': 'smooth', 'translation': [-26.777395248413086, -138.92216491699219, -60.411998748779297], 'transparent': False, 'sharpColorBoundaries': True, 'culling': 'back', 'name': 'root', 'backPolyMode': 'fill', 'inheritFrontPolyMode': False, 'inheritStipplePolygons': 0, 'inheritBackPolyMode': False, 'scissor': 0, 'inheritLineWidth': 0, 'lineWidth': 2, 'inheritXform': 0}
 
145
    apply(Pmv_Viewer_7.vi.rootObject.Set, (), state)
 
146
 
 
147
    ## End Root Object
 
148
 
 
149
    ## Material for root
 
150
    if Pmv_Viewer_7.vi.rootObject:
 
151
        pass  ## needed in case there no modif
 
152
    ## End Materials for root
 
153
 
 
154
    ## Clipping Planes for root
 
155
    if Pmv_Viewer_7.vi.rootObject:
 
156
        Pmv_Viewer_7.vi.rootObject.clipP = []
 
157
        Pmv_Viewer_7.vi.rootObject.clipPI = []
 
158
        pass  ## needed in case there no modif
 
159
    ## End Clipping Planes for root
 
160
 
 
161
except:
 
162
    print "WARNING: failed to restore PmvViewer named Pmv Viewer in network masterNet"
 
163
    print_exc()
 
164
    Pmv_Viewer_7=None
 
165
 
 
166
try:
 
167
    ## saving node CA rmsd ##
 
168
    from Vision.StandardNodes import Generic
 
169
    CA_rmsd_8 = Generic(constrkw = {}, name='CA rmsd', library=stdlib)
 
170
    masterNet.addNode(CA_rmsd_8,7,164)
 
171
    apply(CA_rmsd_8.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'in0', 'cast': True, 'datatype': 'None', 'required': True, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
172
    apply(CA_rmsd_8.addOutputPort, (), {'name': 'out0', 'datatype': 'None', 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
173
    apply(CA_rmsd_8.addOutputPort, (), {'name': 'out2', 'datatype': 'None', 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
174
    code = """def doit(self, in0):
 
175
   from string import  atof
 
176
   data = []
 
177
   data2 = []
 
178
   for line in in0:
 
179
       data.append(atof(line[1]))
 
180
       data2.append(atof(line[2]))
 
181
   self.outputData(out0=data,out2=data2)
 
182
 
 
183
 
 
184
 
 
185
## to ouput data on port out2 use
 
186
## self.outputData(out2=data)
 
187
 
 
188
 
 
189
 
 
190
"""
 
191
    CA_rmsd_8.configure(function=code)
 
192
except:
 
193
    print "WARNING: failed to restore Generic named CA rmsd in network masterNet"
 
194
    print_exc()
 
195
    CA_rmsd_8=None
 
196
 
 
197
try:
 
198
    ## saving node 2 ##
 
199
    from Vision.StandardNodes import Eval
 
200
    _2_9 = Eval(constrkw = {}, name='2', library=stdlib)
 
201
    masterNet.addNode(_2_9,247,207)
 
202
    _2_9.inputPortByName['command'].widget.set("2", run=False)
 
203
except:
 
204
    print "WARNING: failed to restore Eval named 2 in network masterNet"
 
205
    print_exc()
 
206
    _2_9=None
 
207
 
 
208
try:
 
209
    ## saving node 1 ##
 
210
    from Vision.StandardNodes import Eval
 
211
    _1_10 = Eval(constrkw = {}, name='1', library=stdlib)
 
212
    masterNet.addNode(_1_10,213,182)
 
213
    _1_10.inputPortByName['command'].widget.set("1", run=False)
 
214
except:
 
215
    print "WARNING: failed to restore Eval named 1 in network masterNet"
 
216
    print_exc()
 
217
    _1_10=None
 
218
 
 
219
try:
 
220
    ## saving node Run colorByProperty ##
 
221
    from Pmv.VisionInterface.PmvNodes import PmvRunCommand
 
222
    Run_colorByProperty_11 = PmvRunCommand(sortedArgNames=['mini', 'topCommand', 'setupUndo', 'colormap', 'propertyLevel', 'maxi', 'redraw', 'log'], command=masterNet.editor.vf.colorByProperty, namedArgs={'mini': None, 'topCommand': True, 'setupUndo': True, 'colormap': 'rgb256', 'propertyLevel': None, 'maxi': None, 'redraw': True, 'log': True}, posArgsNames=['nodes', 'geomsToColor', 'property'], constrkw = {'sortedArgNames': "['mini', 'topCommand', 'setupUndo', 'colormap', 'propertyLevel', 'maxi', 'redraw', 'log']", 'command': 'masterNet.editor.vf.colorByProperty', 'namedArgs': "{'mini': None, 'topCommand': True, 'setupUndo': True, 'colormap': 'rgb256', 'propertyLevel': None, 'maxi': None, 'redraw': True, 'log': True}", 'posArgsNames': "['nodes', 'geomsToColor', 'property']"}, name='Run colorByProperty', library=pmvlib)
 
223
    masterNet.addNode(Run_colorByProperty_11,145,262)
 
224
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'nodes', 'cast': True, 'datatype': 'ResidueSet', 'required': True, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'oval', 'color': '#f64e70', 'originalDatatype': 'None'})
 
225
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'geomsToColor', 'cast': True, 'datatype': 'None', 'required': True, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
226
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'property', 'cast': True, 'datatype': 'None', 'required': True, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
227
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'mini', 'cast': True, 'datatype': 'None', 'balloon': 'Defaults toNone', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
228
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'topCommand', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toTrue', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
229
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'setupUndo', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toTrue', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
230
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'colormap', 'cast': True, 'datatype': 'string', 'balloon': 'Defaults torgb256', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'oval', 'color': 'white'})
 
231
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'propertyLevel', 'cast': True, 'datatype': 'None', 'balloon': 'Defaults toNone', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
232
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'maxi', 'cast': True, 'datatype': 'None', 'balloon': 'Defaults toNone', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
233
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'redraw', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toTrue', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
234
    apply(Run_colorByProperty_11.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'log', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toTrue', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
235
    apply(Run_colorByProperty_11.configure, (), {'specialPortsVisible': True})
 
236
    apply(Run_colorByProperty_11.inputPortByName['topCommand'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': True, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 1, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 1}, 'labelCfg': {'text': 'topCommand'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
237
    apply(Run_colorByProperty_11.inputPortByName['setupUndo'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': True, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 3, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 3}, 'labelCfg': {'text': 'setupUndo'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
238
    apply(Run_colorByProperty_11.inputPortByName['colormap'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': 'rgb256', 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 5, 'sticky': 'w'}, 'width': 10, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'labelSide': 'left', 'column': 1, 'row': 5}, 'labelCfg': {'text': 'colormap'}, 'class': 'NEEntry'}})
 
239
    apply(Run_colorByProperty_11.inputPortByName['redraw'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': True, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 7, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 7}, 'labelCfg': {'text': 'redraw'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
240
    apply(Run_colorByProperty_11.inputPortByName['log'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': True, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 9, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 9}, 'labelCfg': {'text': 'log'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
241
    apply(Run_colorByProperty_11.configure, (), {'specialPortsVisible': True})
 
242
except:
 
243
    print "WARNING: failed to restore PmvRunCommand named Run colorByProperty in network masterNet"
 
244
    print_exc()
 
245
    Run_colorByProperty_11=None
 
246
 
 
247
try:
 
248
    ## saving node apo ##
 
249
    import os
 
250
    from mglutil.util.relpath import rel2abs
 
251
    lRelFileName = 'apo.pdb'
 
252
    lNetworkDir = os.path.dirname(os.path.abspath(masterNet.filename))
 
253
    lAbsFileName = rel2abs(lRelFileName, lNetworkDir)
 
254
    mol = masterNet.editor.vf.loadMoleculeIfNeeded(lAbsFileName)
 
255
    assert mol
 
256
    from Pmv.VisionInterface.PmvNodes import PmvMolecule
 
257
    apo_12 = PmvMolecule(molecule=masterNet.editor.vf.expandNodes("apo")[0], constrkw = {'molecule': 'masterNet.editor.vf.expandNodes("apo")[0]'}, name='apo', library=pmvlib)
 
258
    masterNet.addNode(apo_12,76,59)
 
259
except:
 
260
    print "WARNING: failed to restore PmvMolecule named apo in network masterNet"
 
261
    print_exc()
 
262
    apo_12=None
 
263
 
 
264
try:
 
265
    ## saving node Run displaySticksAndBalls ##
 
266
    from Pmv.VisionInterface.PmvNodes import PmvRunCommand
 
267
    Run_displaySticksAndBalls_13 = PmvRunCommand(sortedArgNames=['topCommand', 'setupUndo', 'log', 'cquality', 'sticksBallsLicorice', 'bquality', 'cradius', 'only', 'bRad', 'negate', 'bScale', 'redraw'], command=masterNet.editor.vf.displaySticksAndBalls, namedArgs={'topCommand': True, 'setupUndo': True, 'log': True, 'cquality': 0, 'sticksBallsLicorice': 'Sticks and Balls', 'bquality': 0, 'cradius': 0.20000000000000001, 'only': False, 'bRad': 0.29999999999999999, 'negate': False, 'bScale': 0.0, 'redraw': True}, posArgsNames=['nodes'], constrkw = {'sortedArgNames': "['topCommand', 'setupUndo', 'log', 'cquality', 'sticksBallsLicorice', 'bquality', 'cradius', 'only', 'bRad', 'negate', 'bScale', 'redraw']", 'command': 'masterNet.editor.vf.displaySticksAndBalls', 'namedArgs': "{'topCommand': True, 'setupUndo': True, 'log': True, 'cquality': 0, 'sticksBallsLicorice': 'Sticks and Balls', 'bquality': 0, 'cradius': 0.20000000000000001, 'only': False, 'bRad': 0.29999999999999999, 'negate': False, 'bScale': 0.0, 'redraw': True}", 'posArgsNames': "['nodes']"}, name='Run displaySticksAndBalls', library=pmvlib)
 
268
    masterNet.addNode(Run_displaySticksAndBalls_13,291,327)
 
269
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'nodes', 'cast': True, 'datatype': 'None', 'required': True, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'diamond', 'color': 'white'})
 
270
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'topCommand', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toTrue', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
271
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'setupUndo', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toTrue', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
272
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'log', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toTrue', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
273
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'cquality', 'cast': True, 'datatype': 'int', 'balloon': 'Defaults to0', 'required': False, 'height': 12, 'width': 12, 'shape': 'circle', 'color': 'yellow'})
 
274
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'sticksBallsLicorice', 'cast': True, 'datatype': 'string', 'balloon': 'Defaults toSticks and Balls', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'oval', 'color': 'white'})
 
275
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'bquality', 'cast': True, 'datatype': 'int', 'balloon': 'Defaults to0', 'required': False, 'height': 12, 'width': 12, 'shape': 'circle', 'color': 'yellow'})
 
276
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'cradius', 'cast': True, 'datatype': 'float', 'balloon': 'Defaults to0.2', 'required': False, 'height': 12, 'width': 12, 'shape': 'circle', 'color': 'green'})
 
277
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'only', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toFalse', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
278
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'bRad', 'cast': True, 'datatype': 'float', 'balloon': 'Defaults to0.3', 'required': False, 'height': 12, 'width': 12, 'shape': 'circle', 'color': 'green'})
 
279
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'negate', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toFalse', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
280
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'bScale', 'cast': True, 'datatype': 'float', 'balloon': 'Defaults to0.0', 'required': False, 'height': 12, 'width': 12, 'shape': 'circle', 'color': 'green'})
 
281
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.addInputPort, (), {'singleConnection': True, 'name': 'redraw', 'cast': True, 'datatype': 'boolean', 'balloon': 'Defaults toTrue', 'required': False, 'height': 8, 'width': 12, 'shape': 'rect', 'color': 'yellow'})
 
282
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['topCommand'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': True, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 1, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 1}, 'labelCfg': {'text': 'topCommand'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
283
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['setupUndo'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': True, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 3, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 3}, 'labelCfg': {'text': 'setupUndo'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
284
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['log'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': True, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 5, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 5}, 'labelCfg': {'text': 'log'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
285
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['cquality'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': 0, 'type': 'int', 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 7, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 7}, 'labelCfg': {'text': 'cquality'}, 'class': 'NEDial', 'oneTurn': 1}})
 
286
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['sticksBallsLicorice'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': 'Sticks and Balls', 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 9, 'sticky': 'w'}, 'width': 10, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'labelSide': 'left', 'column': 1, 'row': 9}, 'labelCfg': {'text': 'sticksBallsLicorice'}, 'class': 'NEEntry'}})
 
287
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['bquality'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': 0, 'type': 'int', 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 11, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 11}, 'labelCfg': {'text': 'bquality'}, 'class': 'NEDial', 'oneTurn': 1}})
 
288
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['cradius'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': 0.20000000000000001, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 13, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 13}, 'labelCfg': {'text': 'cradius'}, 'class': 'NEDial', 'oneTurn': 1}})
 
289
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['only'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': False, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 15, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 15}, 'labelCfg': {'text': 'only'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
290
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['bRad'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': 0.29999999999999999, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 17, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 17}, 'labelCfg': {'text': 'bRad'}, 'class': 'NEDial', 'oneTurn': 1}})
 
291
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['negate'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': False, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 19, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 19}, 'labelCfg': {'text': 'negate'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
292
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['bScale'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': 0.0, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 21, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 21}, 'labelCfg': {'text': 'bScale'}, 'class': 'NEDial', 'oneTurn': 1}})
 
293
    apply(Run_displaySticksAndBalls_13.inputPortByName['redraw'].createWidget, (), {'descr':{'initialValue': True, 'labelGridCfg': {'column': 0, 'row': 23, 'sticky': 'w'}, 'master': 'ParamPanel', 'widgetGridCfg': {'column': 1, 'labelSide': 'left', 'row': 23}, 'labelCfg': {'text': 'redraw'}, 'class': 'NECheckButton'}})
 
294
except:
 
295
    print "WARNING: failed to restore PmvRunCommand named Run displaySticksAndBalls in network masterNet"
 
296
    print_exc()
 
297
    Run_displaySticksAndBalls_13=None
 
298
 
 
299
try:
 
300
    ## saving node Choose Cmd ##
 
301
    from Pmv.VisionInterface.PmvNodes import PmvChooseCommand
 
302
    Choose_Cmd_14 = PmvChooseCommand(constrkw = {}, name='Choose Cmd', library=pmvlib)
 
303
    masterNet.addNode(Choose_Cmd_14,291,71)
 
304
    Choose_Cmd_14.inputPortByName['cmdName'].widget.set("displaySticksAndBalls", run=False)
 
305
except:
 
306
    print "WARNING: failed to restore PmvChooseCommand named Choose Cmd in network masterNet"
 
307
    print_exc()
 
308
    Choose_Cmd_14=None
 
309
 
 
310
masterNet.run()
 
311
masterNet.freeze()
 
312
 
 
313
## saving connections for network rmsd-resi ##
 
314
if Select_MolFrag_1 is not None and setattr_2 is not None:
 
315
    try:
 
316
        masterNet.connectNodes(
 
317
            Select_MolFrag_1, setattr_2, "nodes", "object", blocking=True)
 
318
    except:
 
319
        print "WARNING: failed to restore connection between Select_MolFrag_1 and setattr_2 in network masterNet"
 
320
if Pmv_3 is not None and Choose_Cmd_4 is not None:
 
321
    try:
 
322
        masterNet.connectNodes(
 
323
            Pmv_3, Choose_Cmd_4, "PMV", "viewer", blocking=True)
 
324
    except:
 
325
        print "WARNING: failed to restore connection between Pmv_3 and Choose_Cmd_4 in network masterNet"
 
326
if ReadTable_0 is not None and CA_rmsd_8 is not None:
 
327
    try:
 
328
        masterNet.connectNodes(
 
329
            ReadTable_0, CA_rmsd_8, "data", "in0", blocking=True)
 
330
    except:
 
331
        print "WARNING: failed to restore connection between ReadTable_0 and CA_rmsd_8 in network masterNet"
 
332
if CA_rmsd_8 is not None and setattr_2 is not None:
 
333
    try:
 
334
        masterNet.connectNodes(
 
335
            CA_rmsd_8, setattr_2, "out2", "value", blocking=True)
 
336
    except:
 
337
        print "WARNING: failed to restore connection between CA_rmsd_8 and setattr_2 in network masterNet"
 
338
if Choose_Cmd_4 is not None and Run_colorByProperty_11 is not None:
 
339
    try:
 
340
        masterNet.connectNodes(
 
341
            Choose_Cmd_4, Run_colorByProperty_11, "cmd", "command", blocking=True)
 
342
    except:
 
343
        print "WARNING: failed to restore connection between Choose_Cmd_4 and Run_colorByProperty_11 in network masterNet"
 
344
if Select_MolFrag_1 is not None and Run_colorByProperty_11 is not None:
 
345
    try:
 
346
        masterNet.connectNodes(
 
347
            Select_MolFrag_1, Run_colorByProperty_11, "nodes", "nodes", blocking=True)
 
348
    except:
 
349
        print "WARNING: failed to restore connection between Select_MolFrag_1 and Run_colorByProperty_11 in network masterNet"
 
350
if _lines_stick____6 is not None and Run_colorByProperty_11 is not None:
 
351
    try:
 
352
        masterNet.connectNodes(
 
353
            _lines_stick____6, Run_colorByProperty_11, "result", "geomsToColor", blocking=True)
 
354
    except:
 
355
        print "WARNING: failed to restore connection between _lines_stick____6 and Run_colorByProperty_11 in network masterNet"
 
356
if myattribut_5 is not None and Run_colorByProperty_11 is not None:
 
357
    try:
 
358
        masterNet.connectNodes(
 
359
            myattribut_5, Run_colorByProperty_11, "result", "property", blocking=True)
 
360
    except:
 
361
        print "WARNING: failed to restore connection between myattribut_5 and Run_colorByProperty_11 in network masterNet"
 
362
if _1_10 is not None and Run_colorByProperty_11 is not None:
 
363
    try:
 
364
        masterNet.connectNodes(
 
365
            _1_10, Run_colorByProperty_11, "result", "mini", blocking=True)
 
366
    except:
 
367
        print "WARNING: failed to restore connection between _1_10 and Run_colorByProperty_11 in network masterNet"
 
368
if _2_9 is not None and Run_colorByProperty_11 is not None:
 
369
    try:
 
370
        masterNet.connectNodes(
 
371
            _2_9, Run_colorByProperty_11, "result", "maxi", blocking=True)
 
372
    except:
 
373
        print "WARNING: failed to restore connection between _2_9 and Run_colorByProperty_11 in network masterNet"
 
374
if setattr_2 is not None and Run_colorByProperty_11 is not None:
 
375
    try:
 
376
        masterNet.specialConnectNodes(
 
377
            setattr_2, Run_colorByProperty_11, "trigger", "runNode", blocking=True)
 
378
    except:
 
379
        print "WARNING: failed to restore connection between setattr_2 and Run_colorByProperty_11 in network masterNet"
 
380
if apo_12 is not None and Select_MolFrag_1 is not None:
 
381
    try:
 
382
        masterNet.connectNodes(
 
383
            apo_12, Select_MolFrag_1, "Molecule", "nodes", blocking=True)
 
384
    except:
 
385
        print "WARNING: failed to restore connection between apo_12 and Select_MolFrag_1 in network masterNet"
 
386
if Pmv_3 is not None and Choose_Cmd_14 is not None:
 
387
    try:
 
388
        masterNet.connectNodes(
 
389
            Pmv_3, Choose_Cmd_14, "PMV", "viewer", blocking=True)
 
390
    except:
 
391
        print "WARNING: failed to restore connection between Pmv_3 and Choose_Cmd_14 in network masterNet"
 
392
if Choose_Cmd_14 is not None and Run_displaySticksAndBalls_13 is not None:
 
393
    try:
 
394
        masterNet.connectNodes(
 
395
            Choose_Cmd_14, Run_displaySticksAndBalls_13, "cmd", "command", blocking=True)
 
396
    except:
 
397
        print "WARNING: failed to restore connection between Choose_Cmd_14 and Run_displaySticksAndBalls_13 in network masterNet"
 
398
if Run_colorByProperty_11 is not None and Run_displaySticksAndBalls_13 is not None:
 
399
    try:
 
400
        masterNet.connectNodes(
 
401
            Run_colorByProperty_11, Run_displaySticksAndBalls_13, "result", "nodes", blocking=True)
 
402
    except:
 
403
        print "WARNING: failed to restore connection between Run_colorByProperty_11 and Run_displaySticksAndBalls_13 in network masterNet"
 
404
masterNet.unfreeze()
 
405
 
 
406
 
 
407
def loadSavedStates_Pmv_Viewer_7(self=Pmv_Viewer_7, event=None):
 
408
    ##
 
409
    ## Saving State for objects in Viewer
 
410
    ##
 
411
 
 
412
    ## Object root|misc
 
413
    ## Object root|CoarseAPBSbox
 
414
    ## Object root|FineAPBSbox
 
415
    ## Object root|apo
 
416
    ## Object root|misc|addBondsGeom
 
417
    ## Object root|misc|edit_geoms
 
418
    ## Object root|misc|measure_geoms
 
419
    ## Object root|misc|selectInSphereGeoms
 
420
    ## Object root|apo|selection
 
421
    ## Object root|apo|lines
 
422
    ## Object root|apo|AtomLabels
 
423
    ## Object root|apo|ResidueLabels
 
424
    ## Object root|apo|ChainLabels
 
425
    ## Object root|apo|ProteinLabels
 
426
    ## Object root|apo|sticks
 
427
    ## Object root|apo|balls
 
428
    state = {'scissorAspectRatio': 1.0, 'inheritStippleLines': True, 'stippleLines': False, 'replace': True, 'visible': 1, 'immediateRendering': False, 'inheritLighting': True, 'invertNormals': False, 'pivot': [0.0, 0.0, 0.0], 'rotation': [1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0], 'scissorH': 200, 'frontPolyMode': 'fill', 'blendFunctions': ('GL_SRC_ALPHA', 'GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA'), 'outline': False, 'instanceMatrices': [[1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0]], 'scissorX': 0, 'scissorY': 0, 'listed': True, 'inheritPointWidth': True, 'pickable': True, 'pointWidth': 2, 'scissorW': 200, 'needsRedoDpyListOnResize': False, 'stipplePolygons': False, 'pickableVertices': False, 'inheritMaterial': 0, 'depthMask': 1, 'inheritSharpColorBoundaries': True, 'scale': [1.0, 1.0, 1.0], 'lighting': True, 'inheritCulling': True, 'inheritShading': True, 'shading': 'smooth', 'translation': [0.0, 0.0, 0.0], 'transparent': 0, 'sharpColorBoundaries': True, 'culling': 'back', 'name': 'balls', 'backPolyMode': 'fill', 'inheritFrontPolyMode': True, 'inheritStipplePolygons': True, 'inheritBackPolyMode': True, 'scissor': 0, 'protected': True, 'inheritLineWidth': True, 'lineWidth': 2, 'inheritXform': 1}
 
429
    obj = self.vi.FindObjectByName('root|apo|balls')
 
430
    if obj:
 
431
        apply(obj.Set, (), state)
 
432
 
 
433
    ## Material for balls
 
434
    if obj:
 
435
        pass  ## needed in case there no modif
 
436
    ## End Materials for balls
 
437
 
 
438
    ## Clipping Planes for balls
 
439
    if obj:
 
440
        obj.clipP = []
 
441
        obj.clipPI = []
 
442
        pass  ## needed in case there no modif
 
443
    ## End Clipping Planes for balls
 
444
 
 
445
    ## Object root|apo|cpk
 
446
    state = {'scissorAspectRatio': 1.0, 'inheritStippleLines': True, 'stippleLines': False, 'replace': True, 'visible': 1, 'immediateRendering': False, 'inheritLighting': True, 'invertNormals': False, 'pivot': [0.0, 0.0, 0.0], 'rotation': [1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0], 'scissorH': 200, 'frontPolyMode': 'fill', 'blendFunctions': ('GL_SRC_ALPHA', 'GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA'), 'outline': False, 'instanceMatrices': [[1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0]], 'scissorX': 0, 'scissorY': 0, 'listed': True, 'inheritPointWidth': True, 'pickable': True, 'pointWidth': 2, 'scissorW': 200, 'needsRedoDpyListOnResize': False, 'stipplePolygons': False, 'pickableVertices': False, 'inheritMaterial': 0, 'depthMask': 1, 'inheritSharpColorBoundaries': True, 'scale': [1.0, 1.0, 1.0], 'lighting': True, 'inheritCulling': True, 'inheritShading': True, 'shading': 'smooth', 'translation': [0.0, 0.0, 0.0], 'transparent': 0, 'sharpColorBoundaries': True, 'culling': 'back', 'name': 'cpk', 'backPolyMode': 'fill', 'inheritFrontPolyMode': True, 'inheritStipplePolygons': True, 'inheritBackPolyMode': True, 'scissor': 0, 'protected': True, 'inheritLineWidth': True, 'lineWidth': 2, 'inheritXform': 1}
 
447
    obj = self.vi.FindObjectByName('root|apo|cpk')
 
448
    if obj:
 
449
        apply(obj.Set, (), state)
 
450
 
 
451
    ## Material for cpk
 
452
    if obj:
 
453
        pass  ## needed in case there no modif
 
454
    ## End Materials for cpk
 
455
 
 
456
    ## Clipping Planes for cpk
 
457
    if obj:
 
458
        obj.clipP = []
 
459
        obj.clipPI = []
 
460
        pass  ## needed in case there no modif
 
461
    ## End Clipping Planes for cpk
 
462
 
 
463
    ## Object root|apo|CAsticks
 
464
    ## Object root|apo|CAballs
 
465
    state = {'scissorAspectRatio': 1.0, 'inheritStippleLines': True, 'stippleLines': False, 'replace': True, 'visible': 0, 'immediateRendering': False, 'inheritLighting': True, 'invertNormals': False, 'pivot': [0.0, 0.0, 0.0], 'rotation': [1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0], 'scissorH': 200, 'frontPolyMode': 'fill', 'blendFunctions': ('GL_SRC_ALPHA', 'GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA'), 'outline': False, 'instanceMatrices': [[1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0]], 'scissorX': 0, 'scissorY': 0, 'listed': True, 'inheritPointWidth': True, 'pickable': True, 'pointWidth': 2, 'scissorW': 200, 'needsRedoDpyListOnResize': False, 'stipplePolygons': False, 'pickableVertices': False, 'inheritMaterial': True, 'depthMask': 1, 'inheritSharpColorBoundaries': True, 'scale': [1.0, 1.0, 1.0], 'lighting': True, 'inheritCulling': True, 'inheritShading': True, 'shading': 'smooth', 'translation': [0.0, 0.0, 0.0], 'transparent': False, 'sharpColorBoundaries': True, 'culling': 'back', 'name': 'CAballs', 'backPolyMode': 'fill', 'inheritFrontPolyMode': True, 'inheritStipplePolygons': True, 'inheritBackPolyMode': True, 'scissor': 0, 'protected': True, 'inheritLineWidth': True, 'lineWidth': 2, 'inheritXform': 1}
 
466
    obj = self.vi.FindObjectByName('root|apo|CAballs')
 
467
    if obj:
 
468
        apply(obj.Set, (), state)
 
469
 
 
470
    ## Material for CAballs
 
471
    if obj:
 
472
        pass  ## needed in case there no modif
 
473
    ## End Materials for CAballs
 
474
 
 
475
    ## Clipping Planes for CAballs
 
476
    if obj:
 
477
        obj.clipP = []
 
478
        obj.clipPI = []
 
479
        pass  ## needed in case there no modif
 
480
    ## End Clipping Planes for CAballs
 
481
 
 
482
    ## Object root|misc|addBondsGeom|addBondsSpheres
 
483
    ## Object root|misc|edit_geoms|editAtomTypeSphere
 
484
    ## Object root|misc|edit_geoms|editAtomChargeSphere
 
485
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureDistGeomCtrl
 
486
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureDistGeom
 
487
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureAngleGeom
 
488
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureTorsionGeom
 
489
    ## Object root|misc|selectInSphereGeoms|SelSphReg_selSph
 
490
    ## Object root|misc|selectInSphereGeoms|SelSphReg_cenCross
 
491
    ## Object root|apo|lines|bonded
 
492
    ## Object root|apo|lines|nobnds
 
493
    ## Object root|apo|lines|bondorder
 
494
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureDistGeomCtrl|distLine
 
495
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureDistGeomCtrl|distLabel
 
496
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureDistGeomCtrl|distSpheres
 
497
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureDistGeom|distLine
 
498
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureDistGeom|distLabel
 
499
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureDistGeom|distSpheres
 
500
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureAngleGeom|angleLine
 
501
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureAngleGeom|angleLabel
 
502
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureAngleGeom|angleSpheres
 
503
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureAngleGeom|angles
 
504
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureTorsionGeom|torsionLine
 
505
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureTorsionGeom|torsionLabel
 
506
    ## Object root|misc|measure_geoms|measureTorsionGeom|torsionSpheres
 
507
    ## End Object root|misc|measure_geoms|measureTorsionGeom|torsionSpheres
 
508
 
 
509
    ##
 
510
    ## Saving State for Viewer
 
511
    self.vi.TransformRootOnly(1)
 
512
    ##
 
513
 
 
514
    ## Light Model
 
515
    ## End Light Model
 
516
 
 
517
    ## Light sources
 
518
    ## End Light sources 7
 
519
 
 
520
    ## Cameras
 
521
    ## Camera Number 0
 
522
    state = {'color': (0.0, 0.0, 0.0, 1.0), 'd2off': 1, 'height': 400, 'lookAt': [0.0, 0.0, 0.0], 'pivot': [0.0, 0.0, 0.0], 'translation': [0.0, 0.0, 0.0], 'sideBySideTranslation': 0.0, 'fov': 18.942887821059475, 'scale': [1.0, 1.0, 1.0], 'stereoMode': 'MONO', 'width': 624, 'sideBySideRotAngle': 3.0, 'boundingbox': 0, 'projectionType': 0, 'contours': False, 'd2cutL': 150, 'direction': [0.0, 0.0, -101.28376007080078], 'd2cutH': 255, 'far': 256.56851789070731, 'd1off': 4, 'lookFrom': [0.0, 0.0, 101.28376007080078], 'd1cutH': 60, 'antialiased': 0, 'rotation': [1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0], 'd1ramp': [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 1.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 3.0, 3.0, 3.0, 3.0, 3.0, 3.0, 4.0, 4.0, 4.0, 4.0, 7.0, 9.0, 12.0, 14.0, 17.0, 19.0, 22.0, 24.0, 27.0, 29.0, 32.0, 34.0, 37.0, 44.0, 51.0, 57.0, 64.0, 71.0, 78.0, 84.0, 91.0, 98.0, 105.0, 111.0, 118.0, 125.0, 126.0, 128.0, 129.0, 130.0, 132.0, 133.0, 135.0, 136.0, 137.0, 139.0, 140.0, 141.0, 143.0, 144.0, 145.0, 147.0, 148.0, 149.0, 151.0, 152.0, 154.0, 155.0, 156.0, 158.0, 159.0, 160.0, 162.0, 163.0, 164.0, 166.0, 167.0, 168.0, 170.0, 171.0, 173.0, 174.0, 175.0, 177.0, 178.0, 179.0, 181.0, 182.0, 183.0, 185.0, 186.0, 187.0, 189.0, 190.0, 192.0, 193.0, 194.0, 196.0, 197.0, 197.0, 198.0, 198.0, 199.0, 199.0, 199.0, 200.0, 200.0, 200.0, 201.0, 201.0, 202.0, 202.0, 202.0, 203.0, 203.0, 204.0, 204.0, 204.0, 205.0, 205.0, 205.0, 206.0, 206.0, 207.0, 207.0, 207.0, 208.0, 208.0, 209.0, 209.0, 209.0, 210.0, 210.0, 210.0, 211.0, 211.0, 212.0, 212.0, 212.0, 213.0, 213.0, 214.0, 214.0, 214.0, 215.0, 215.0, 215.0, 216.0, 216.0, 217.0, 217.0, 217.0, 218.0, 218.0, 219.0, 219.0, 219.0, 220.0, 220.0, 220.0, 221.0, 221.0, 222.0, 222.0, 222.0, 223.0, 223.0, 224.0, 224.0, 224.0, 225.0, 225.0, 225.0, 226.0, 226.0, 227.0, 227.0, 227.0, 228.0, 228.0, 228.0, 229.0, 229.0, 230.0, 230.0, 230.0, 231.0, 231.0, 232.0, 232.0, 232.0, 233.0, 233.0, 233.0, 234.0, 234.0, 235.0, 235.0, 235.0, 236.0, 236.0, 237.0, 237.0, 237.0, 238.0, 238.0, 238.0, 239.0, 239.0, 240.0, 240.0, 240.0, 241.0, 241.0, 242.0, 242.0, 242.0, 243.0, 243.0, 243.0, 244.0, 244.0, 245.0, 245.0, 245.0, 246.0, 246.0, 247.0, 247.0, 247.0, 248.0, 248.0, 248.0, 249.0, 249.0, 250.0, 250.0, 250.0, 251.0, 251.0, 252.0, 252.0, 252.0, 253.0, 253.0, 253.0, 254.0, 254.0, 255.0, 255.0], 'suspendRedraw': False, 'd1cutL': 0, 'd2scale': 0.0, 'near': 0.10000000000000001, 'drawThumbnail': False, 'd1scale': 0.012999999999999999}
 
523
    apply(self.vi.cameras[0].Set, (), state)
 
524
 
 
525
    state = {'end': 128.28425894535366, 'density': 0.10000000000000001, 'color': (0.0, 0.0, 0.0, 1.0), 'enabled': 1, 'start': 74.283259494670048, 'mode': 'GL_LINEAR'}
 
526
    apply(self.vi.cameras[0].fog.Set, (), state)
 
527
 
 
528
    ## End Cameras
 
529
 
 
530
    ## Clipping planes
 
531
    ## End Clipping planes
 
532
 
 
533
    ## Root object
 
534
    state = {'scissorAspectRatio': 1.0, 'inheritStippleLines': 0, 'stippleLines': False, 'replace': True, 'visible': True, 'immediateRendering': False, 'inheritLighting': False, 'invertNormals': False, 'pivot': [26.170499801635742, 147.7344970703125, 60.412002563476562], 'rotation': [-0.035082042217254639, -0.85756176710128784, -0.51318323612213135, 0.0, 0.037250112742185593, 0.51202046871185303, -0.8581652045249939, 0.0, 0.99869000911712646, -0.049222324043512344, 0.013981548137962818, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0], 'scissorH': 200, 'frontPolyMode': 'fill', 'blendFunctions': ('GL_SRC_ALPHA', 'GL_ONE_MINUS_SRC_ALPHA'), 'outline': False, 'instanceMatrices': [[1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0]], 'scissorX': 0, 'scissorY': 0, 'listed': True, 'inheritPointWidth': 0, 'pickable': True, 'pointWidth': 2, 'scissorW': 200, 'needsRedoDpyListOnResize': False, 'stipplePolygons': False, 'pickableVertices': False, 'inheritMaterial': False, 'depthMask': 1, 'inheritSharpColorBoundaries': False, 'scale': [1.0, 1.0, 1.0], 'lighting': True, 'inheritCulling': False, 'inheritShading': False, 'shading': 'smooth', 'translation': [-26.777395248413086, -138.92216491699219, -60.411998748779297], 'transparent': False, 'sharpColorBoundaries': True, 'culling': 'back', 'name': 'root', 'backPolyMode': 'fill', 'inheritFrontPolyMode': False, 'inheritStipplePolygons': 0, 'inheritBackPolyMode': False, 'scissor': 0, 'inheritLineWidth': 0, 'lineWidth': 2, 'inheritXform': 0}
 
535
    apply(self.vi.rootObject.Set, (), state)
 
536
 
 
537
    ## End Root Object
 
538
 
 
539
    ## Material for root
 
540
    if self.vi.rootObject:
 
541
        pass  ## needed in case there no modif
 
542
    ## End Materials for root
 
543
 
 
544
    ## Clipping Planes for root
 
545
    if self.vi.rootObject:
 
546
        self.vi.rootObject.clipP = []
 
547
        self.vi.rootObject.clipPI = []
 
548
        pass  ## needed in case there no modif
 
549
    ## End Clipping Planes for root
 
550
 
 
551
Pmv_Viewer_7.restoreStates_cb = Pmv_Viewer_7.restoreStatesFirstRun = loadSavedStates_Pmv_Viewer_7
 
552
Pmv_Viewer_7.menu.add_separator()
 
553
Pmv_Viewer_7.menu.add_command(label='Restore states', command=Pmv_Viewer_7.restoreStates_cb)
 
554
 
 
555
#masterNet.run()