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~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/amap-align/oneiric

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Viewing changes to display/src/amap/Alignment.java

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy, Charles Plessy
  • Date: 2008-04-10 09:17:01 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream) (2.1.1 gutsy)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080410091701-ioqvofeuaify075g
Tags: 2.2-1
http://bugs.debian.org/468060
[ Charles Plessy ]
* New upstream release:
  - Corrected DNA alignment parameters file. Improved debug output. (2.01)
  - Includes new output for the AMAP Display Java based GUI. (2.1)
* debian/amap.1, debian/amap.1.xml: updated the manpage.
* debian/watch: changed URI to monitor.
* debian/patches, debian/rules, debian/control: switched to quilt.
* debian/patches/fix-gcc-4.3.diff: updated for version 2.2 (Closes: #468060).
* debian/control:
  - Moved the 'Conflicts:' field from the source to the binary section.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
display/src/amap/Alignment.java
 
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//============================================================================
 
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// 
 
4
//  file: Alignment.java
 
5
// 
 
6
//  Copyright (c) 2007, Michael E. Smoot 
 
7
// 
 
8
//  This program is free software; you can redistribute it and/or modify it 
 
9
//  under the terms of the GNU General Public License as published by the 
 
10
//  Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your 
 
11
//  option) any later version.
 
12
//  
 
13
//  This program is distributed in the hope that it will be useful, but 
 
14
//  WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY 
 
15
//  or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License 
 
16
//  for more details.
 
17
//  
 
18
//  You should have received a copy of the GNU General Public License along 
 
19
//  with this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 
 
20
//  59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA 02111-1307 USA
 
21
// 
 
22
//============================================================================
 
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package amap;
 
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import java.util.*;
 
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public class Alignment {
 
29
 
 
30
        Map<String,String> seqs;
 
31
        Map<String,String> colors;
 
32
        List<String> keys;
 
33
        double nWeight;
 
34
 
 
35
        public Alignment(List<String> keys, Map<String,String> seqs, Map<String,String> colors, double nWeight) {
 
36
                this.keys = keys;
 
37
                this.seqs = seqs;
 
38
                this.colors = colors;
 
39
                this.nWeight = nWeight;
 
40
        }
 
41
 
 
42
        public List<String> getOrderedKeys() {
 
43
                return keys;
 
44
        }
 
45
 
 
46
        public Map<String,String> getSequences() {
 
47
                return seqs;
 
48
        }
 
49
 
 
50
        public Map<String,String> getColors() {
 
51
                return colors;
 
52
        }
 
53
 
 
54
        public double getWeight() {
 
55
                return nWeight;
 
56
        }
 
57
 
 
58
        public String toString() {
 
59
                StringBuffer sb = new StringBuffer();
 
60
                sb.append("Weight      = ");
 
61
                sb.append((new Double(nWeight)).toString());
 
62
                sb.append("\n");
 
63
                for ( String key : seqs.keySet() ) {
 
64
                        sb.append(key);
 
65
                        sb.append("\t");
 
66
                        sb.append(seqs.get(key));
 
67
                        sb.append("\n");
 
68
                }
 
69
                sb.append("\n");
 
70
                sb.append("\n");
 
71
 
 
72
                return sb.toString();
 
73
        }
 
74
 
 
75
        public String toMultiFasta() {
 
76
                StringBuffer sb = new StringBuffer();
 
77
                for ( String key : keys ) {
 
78
                        sb.append(">");
 
79
                        sb.append(key);
 
80
                        sb.append("\n");
 
81
                        sb.append(seqs.get(key));
 
82
                        sb.append("\n");
 
83
                }
 
84
                return sb.toString();
 
85
        }
 
86
}