← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/oneiric/ncbi-tools6/oneiric

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/blast/bl2seq.html

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/blast/bl2seq.html
 
1
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN"
 
2
    "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
 
3
 
 
4
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
 
5
  <head>
 
6
    <meta name="generator"
 
7
    content="HTML Tidy for Linux/x86 (vers 1st October 2002), see www.w3.org" />
 
8
 
 
9
    <title></title>
 
10
  </head>
 
11
 
 
12
  <body>
 
13
<pre>
 
14
Bl2seq
 
15
------
 
16
 
 
17
Bl2seq performs a comparison between two sequences using either the blastn or
 
18
blastp algorithm.  Both sequences must be either nucleotides or proteins.
 
19
The options may be obtained by executing 'bl2seq -'.
 
20
 
 
21
  -i  First sequence [File In]
 
22
  -j  Second sequence [File In]
 
23
  -p  Program name: blastp, blastn, blastx. For blastx 1st argument should be nucleotide [String]
 
24
    default = blastp
 
25
  -g  Gapped [T/F]
 
26
    default = T
 
27
  -o  alignment output file [File Out]
 
28
    default = stdout
 
29
  -d  theor. db size (zero is real size) [Integer]
 
30
    default = 0
 
31
  -a  SeqAnnot output file [File Out]  Optional
 
32
  -G  Cost to open a gap (zero invokes default behavior) [Integer]
 
33
    default = 0
 
34
  -E  Cost to extend a gap (zero invokes default behavior) [Integer]
 
35
    default = 0
 
36
  -X  X dropoff value for gapped alignment (in bits) (zero invokes default behavior) [Integer]
 
37
    default = 0
 
38
  -W  Wordsize (zero invokes default behavior) [Integer]
 
39
    default = 0
 
40
  -M  Matrix [String]
 
41
    default = BLOSUM62
 
42
  -q  Penalty for a nucleotide mismatch (blastn only) [Integer]
 
43
    default = -3
 
44
  -r  Reward for a nucleotide match (blastn only) [Integer]
 
45
    default = 1
 
46
  -F  Filter query sequence (DUST with blastn, SEG with others) [String]
 
47
    default = T
 
48
  -e  Expectation value (E) [Real]
 
49
    default = 10.0
 
50
  -S  Query strands to search against database (blastn only).  3 is both, 1 is top, 2 is bottom [Integer]
 
51
    default = 3
 
52
  -T  Produce HTML output [T/F]
 
53
    default = F
 
54
</pre>
 
55
  </body>
 
56
</html>
 
57