~ubuntu-branches/ubuntu/precise/kalzium/precise

/***************************************************************************

 *  Copyright (C) 2006 by Carsten Niehaus <cniehaus@kde.org>

 *  Copyright (C) 2007-2008 by Marcus D. Hanwell <marcus@cryos.org>

 ***************************************************************************/

 

/***************************************************************************

 *                                                                         *

 *   This program is free software; you can redistribute it and/or modify  *

 *   it under the terms of the GNU General Public License as published by  *

 *   the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or     *

 *   (at your option) any later version.                                   *

 *                                                                         *

 ***************************************************************************/

#include "openbabel2wrapper.h"

 

#include <kdebug.h>

#include <klocale.h>

#include <KMessageBox>

 

#include <sstream>

#include <stdio.h>

#include <iostream>

#include <fstream>

#include <string.h>

#include <stdlib.h>

 

#include <QMouseEvent>

#include <QRegExp>

#include <QFile>

 

 

Avogadro::Molecule* OpenBabel2Wrapper::readMolecule( const QString& filename )

{

        OpenBabel::OBConversion Conv;

        OpenBabel::OBFormat *inFormat = NULL;

 

        // the Avogadro Molecule

        Avogadro::Molecule *mol = new Avogadro::Molecule;

        OpenBabel::OBMol *obmol = new OpenBabel::OBMol;

        std::ifstream inFileStream( QFile::encodeName(filename) );

        if ( !inFileStream ) {

    KMessageBox::error(  0, 

      i18n( "Problem while opening the file" ),

      i18n( "Cannot open the specified file." ) );

    delete mol;

    return 0;

        }

 

        //find out which format the file has...

        inFormat = Conv.FormatFromExt( QFile::encodeName(filename) );

  if (!inFormat || !Conv.SetInFormat(inFormat))

  {

    KMessageBox::error( 0, i18n("Cannot read the file format. Check your OpenBabel installation."), i18n("Problem reading file format"));

    delete mol;

    return 0;

  }

        Conv.SetInAndOutFormats( inFormat,inFormat );

        Conv.Read( obmol, &inFileStream );

 

        kDebug() << QString::fromLatin1( obmol->GetFormula().c_str() )  << " (Weight: " << obmol->GetMolWt() << ", Title: "<< obmol->GetTitle() << ")";

        mol->setOBMol(obmol);

        return mol;

}

 

bool OpenBabel2Wrapper::writeMolecule( const QString& filename, Avogadro::Molecule* mol )

{

  OpenBabel::OBConversion Conv;

  OpenBabel::OBFormat *outFormat = NULL;

 

  std::ofstream outFileStream( QFile::encodeName(filename) );

  if ( !outFileStream ) {

    KMessageBox::error(  0,

      i18n( "Cannot save to the specified file." )

      );

    return false;

  }

  outFormat = Conv.FormatFromExt( QFile::encodeName(filename) );

  if (!outFormat || !Conv.SetOutFormat(outFormat))

  {

    KMessageBox::error( 0, i18n("Unrecognized file format extension. Please append an extension to the file name, "

                                "for example \".cml\".") );

    delete mol;

    return false;

  }

  Conv.SetInAndOutFormats( outFormat,outFormat );

  OpenBabel::OBMol obmol = mol->OBMol();

  Conv.Write( &obmol, &outFileStream );

  return true;

}

 

QString OpenBabel2Wrapper::getFormula( Avogadro::Molecule* molecule )

{

        QString formula( molecule->OBMol().GetFormula().c_str() );

        return formula;

}

                

QString OpenBabel2Wrapper::getPrettyFormula( Avogadro::Molecule* molecule )

{

        QString formula( molecule->OBMol().GetSpacedFormula(1,"").c_str() );

        formula.replace( QRegExp( "(\\d+)" ), "_\\1" );

        return formula;

}