← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/ncbi-tools6/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to make/makenet.unx

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2011-09-05 18:55:02 UTC
  • mfrom: (1.1.11 upstream)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110905185502-iuvmoe65ytljhckn
Tags: 6.1.20110713-1
* New upstream release.
* debian/*.symbols: update accordingly.
* make/makeshlb.unx: link libcn3dOGL.so against -lm for sqrt.
* doc/man/*.1: update for new release.
* debian/rules:
  - (VIB): add asnmacro, as upstream takes care to publish binaries thereof.
  - Retire obsolete multiarch-unaware checks for libpthread.
  - Fully modernize Debhelper usage; in particular, transition to overrides.
* debian/compat: advance to 9 per rules modernization.
* debian/ncbi-tools-bin.install: add asnmacro.
* make/makenet.unx: link asnmacro only against libraries it directly needs.
* doc/man/asnmacro.1: give asnmacro a man page.
* doc/man/Psequin.1: list it in SEE ALSO.
* network/id1arch/idfetch.c: revert redundant change (from #295110).
* Convert to multiarch.
  - debian/rules: Install libraries (and ncbithr.o) to multiarch directories.
  - debian/lib*.install: match multiarch library paths.
  - debian/control:
    + Build-Depends: debhelper (>= 8.1.3~), implying a recent dpkg-dev.
    + Set Multi-Arch: as appropriate across the board, and specify
      Pre-Depends: ${misc:Pre-Depends} for runtime libraries.
* debian/*.lintian-overrides: drop leading slashes for Lintian 2.5.x.
* debian/control: Standards-Version: 3.9.2 (already compliant).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
make/makenet.unx
1
1
#   -*- makefile -*- for network demo programs and network entrez
2
2
#
3
 
#       $Id: makenet.unx,v 6.239 2010/08/05 16:13:14 kans Exp $
 
3
#       $Id: makenet.unx,v 6.246 2011/04/26 15:32:34 ucko Exp $
4
4
#   test, ignore
5
5
#
6
6
#   Sun with unbundled ANSI compiler [ make CC=acc RAN=ranlib ]
265
265
 
266
266
SRC41 = id1gen.c id1arch.c accid1.c
267
267
 
268
 
SRC42 = accpubseq.c ctliberr.c ctlibutils.c password.c gipropmmap.c gicache.c
 
268
SRC42 = accpubseq.c ctliberr.c ctlibutils.c password.c gipropmmap.c gicache.c acclinkos.c
269
269
 
270
270
SRC43 = os_mtutils.c already_running.c
271
271
 
313
313
 
314
314
OBJ41 = id1gen.o id1arch.o accid1.o 
315
315
 
316
 
OBJ42 = accpubseq.o ctliberr.o ctlibutils.o password.o gipropmmap.o gicache.o
 
316
OBJ42 = accpubseq.o ctliberr.o ctlibutils.o password.o gipropmmap.o gicache.o acclinkos.o
317
317
 
318
318
OBJ43 = os_mtutils.o already_running.o
319
319
 
395
395
 
396
396
vibutilities : $(EXEUTILVIB)
397
397
 
398
 
.NO_PARALLEL: copy nocopy Tentrez sequin Psequin sbtedit streamer Ssequin elecpcr asn2fast asn2asn cleanasn cleanasn_psf cspeedtest sugint Nbatch Nbatch3 Nentrcmd seqget idfetch test_nc bi_socket test_ncbi_dsock debug_server rtestval rasn2ff asn2gb asn2gb_psf asn2fsa asn2fsa_psf tbl2asn tbl2asn_psf raw2delt aceread_tst asn2all gene2xml asnval asnval_psf asndisc asndisc_psf asnbarval demo_aceread_tst asnmacro asnstrip flint gbseqget insdseqget trna2sap trna2tbl testent2 entrez2 spidey dotmatrix ingenue condense bl2seq src_chk src_chk_psf tbl_chk tbl_chk_psf
 
398
.NO_PARALLEL: copy nocopy Tentrez sequin Psequin sbtedit streamer Ssequin elecpcr asn2fast asn2asn cleanasn cleanasn_psf cspeedtest sqn2agp sugint Nbatch Nbatch3 Nentrcmd seqget idfetch test_nc bi_socket test_ncbi_dsock debug_server rtestval rasn2ff asn2gb asn2gb_psf asn2fsa asn2fsa_psf tbl2asn tbl2asn_psf raw2delt aceread_tst asn2all gene2xml asnval asnval_psf asndisc asndisc_psf asnbarval demo_aceread_tst asnmacro asnstrip flint xlint diffshift gbseqget insdseqget trna2sap trna2tbl testent2 entrez2 spidey dotmatrix ingenue condense bl2seq src_chk src_chk_psf tbl_chk tbl_chk_psf
399
399
 
400
400
.WAIT:
401
401
        echo Waiting...go
529
529
        $(SRCCOPY) ../demo/asn2asn.c .
530
530
        $(SRCCOPY) ../demo/cleanasn.c .
531
531
        $(SRCCOPY) ../demo/cspeedtest.c .
 
532
        $(SRCCOPY) ../demo/sqn2agp.c .
532
533
        $(SRCCOPY) ../demo/sugint.c .
533
534
        $(SRCCOPY) ../demo/fetchent.c .
534
535
        $(SRCCOPY) ../demo/udvmain.c .
548
549
        $(SRCCOPY) ../demo/tbl2asn.c .
549
550
        $(SRCCOPY) ../demo/raw2delt.c .
550
551
        $(SRCCOPY) ../demo/flint.c .
 
552
        $(SRCCOPY) ../demo/xlint.c .
 
553
        $(SRCCOPY) ../demo/diffshift.c .
551
554
        $(SRCCOPY) ../demo/gbseqget.c .
552
555
        $(SRCCOPY) ../demo/insdseqget.c .
553
556
        $(SRCCOPY) ../demo/nps2gps.c .
897
900
# Since Sybase needs special include, and becuase of the TLIB/DLIB trick
898
901
#  this will not be invoked unless BLIB42 defined on the make line, we
899
902
#  can safely have an NCBI-only rule here
900
 
# SRC42 = accpubseq.c ctliberr.c ctlibutils.c password.c gipropmmap.c
 
903
# SRC42 = accpubseq.c ctliberr.c ctlibutils.c password.c gipropmmap.c acclinkos.c
901
904
 
902
905
ctlibutils.o : ctlibutils.c
903
906
        $(CC) $(CFLAGS) $(IN_HOUSE_CFLAGS) -c ctlibutils.c
924
927
idload_lib.o : idload_lib.c
925
928
        $(CC) $(CFLAGS) $(IN_HOUSE_CFLAGS) -c idload_lib.c
926
929
 
 
930
acclinkos.o : acclinkos.c
 
931
        $(CC) $(CFLAGS) $(IN_HOUSE_CFLAGS) -c acclinkos.c
927
932
 
928
933
## make applications
929
934
##
1077
1082
 
1078
1083
# asnmacro
1079
1084
asnmacro : asnmacro.c 
1080
 
        $(CC) -o asnmacro $(LDFLAGS) asnmacro.c $(LIB61) $(LIB60) $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) \
1081
 
                $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
1085
        $(CC) -o asnmacro $(LDFLAGS) asnmacro.c $(LIB60) $(LIB23) \
 
1086
                $(LIB2) $(LIB1)
1082
1087
 
1083
1088
# asnstrip program (asnstrip)
1084
1089
asnstrip : asnstrip.c 
1090
1095
        $(CC) -g -o flint $(LDFLAGS) flint.c $(LIB41) $(NETCLILIB) \
1091
1096
                $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1092
1097
 
 
1098
# xlint program (xlint)
 
1099
xlint : xlint.c
 
1100
        $(CC) -g -o xlint $(LDFLAGS) xlint.c $(LIB41) $(NETCLILIB) \
 
1101
                $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
1102
 
 
1103
# diffshift program (diffshift)
 
1104
diffshift :     diffshift.c
 
1105
        $(CC) -g -o diffshift $(LDFLAGS) diffshift.c $(LIB41) $(NETCLILIB) \
 
1106
                $(LIB23) $(LIBCOMPADJ) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
1107
 
1093
1108
# gbseqget program (gbseqget)
1094
1109
gbseqget :      gbseqget.c
1095
1110
        $(CC) -g -o gbseqget $(LDFLAGS) gbseqget.c $(LIB2) $(LIB1)
1171
1186
cspeedtest : cspeedtest.c
1172
1187
        $(CC) -o cspeedtest $(LDFLAGS) cspeedtest.c $(LIB41) $(LIB23) $(LIB6) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
1173
1188
 
 
1189
# demo program (sqn2agp)
 
1190
 
 
1191
sqn2agp : sqn2agp.c
 
1192
        $(CC) -o sqn2agp $(LDFLAGS) sqn2agp.c $(LIB41) $(LIB23) $(LIB6) $(LIB2) $(LIB1) $(OTHERLIBS)
 
1193
 
1174
1194
# demo program (sugint)
1175
1195
 
1176
1196
sugint : sugint.c