← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/precise/psicode/precise

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/userman/oeprop.tex

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Banck
  • Date: 2008-06-07 16:49:57 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hardy)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080607164957-8pifvb133yjlkagn
Tags: 3.3.0-3
http://bugs.debian.org/464867
* debian/rules (DEB_MAKE_CHECK_TARGET): Do not abort test suite on
  failures.
* debian/rules (DEB_CONFIGURE_EXTRA_FLAGS): Set ${bindir} to /usr/lib/psi.
* debian/rules (install/psi3): Move psi3 file to /usr/bin.
* debian/patches/07_464867_move_executables.dpatch: New patch, add
  /usr/lib/psi to the $PATH, so that the moved executables are found.
  (closes: #464867)
* debian/patches/00list: Adjusted.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/userman/oeprop.tex
45
45
the following keywords are common:
46
46
\begin{description}
47
47
\item[JOBTYPE = string]\mbox{}\\
48
 
This keyword must be set to {\tt oeprop} for \PSIthree\
 
48
This keyword should be set to {\tt oeprop} for \PSIthree\
49
49
to compute electron properties. There is no default.
 
50
For CI wavefunctions, limited properties such as dipole and 
 
51
transition moments may be evaluated directly
 
52
in {\tt detci} without having to specify {\tt JOBTYPE = oeprop}.
50
53
\item[WFN = string]\mbox{}\\
51
54
Acceptable values are {\tt scf} for HF, {\tt mp2} for MP2,
52
55
{\tt detci} for CI, {\tt detcas} for CASSCF, and {\tt ccsd}
336
339
{\tt Gaussian Cube} files can be processed by a number of programs. We cannot recommend
337
340
any particular program for that purpose here.
338
341
 
 
342
\subsection{Visualizing Molecular Obitals with gOpenMol}
 
343
The {\tt Gaussian Cube} files generated by oeprop can be converted and viewed with gOpenMol. 
 
344
gOpenMol offers good looking plots in a graphical user interface. Information on 
 
345
downloading gOpenMol and samples of gOpenMol output may be found at 
 
346
\url{http://www.csc.fi/gopenmol/}.
 
347
 
 
348
Installation instructions are included with the gOpenMol download. Once installed, the first 
 
349
step to viewing molecular orbitals is to convert the \keyword{mo.cube} into a format that 
 
350
gOpenMol recognizes. Under the Run menu, select \keyword{gCube2plt/g94cub2pl (cube) $\dots$}, 
 
351
this will bring up a window with the heading \keyword{Run gCube2plt/g94cub2pl}. In the 
 
352
input file name field, select the \keyword{mo.cube} file you want to convert. Likewise, in 
 
353
the output file name field type the name of the output file you want. Click the Apply button 
 
354
to perform the conversion. This procedure will create a \keyword{.plt} and a 
 
355
\keyword{.crd} file. Once converted, click Dismiss to close the window. The 
 
356
{\tt Gaussian Cube} file is now converted and in a form that gOpenMol can recognize.
 
357
 
 
358
In order to view the molecular orbital, the first step is to import the coordinate file 
 
359
(\keyword{.crd}). This is done under the File menu$\rightarrow$Import$\rightarrow$Coords$\dots$. 
 
360
Again, a window will pop up. In the Import file name field chose the \keyword{.crd} you just 
 
361
created from the conversion procedure. Click apply, then Dismiss to close the window. Now
 
362
we have to import the \keyword{.plt} file to view the molecular orbital. Under the the 
 
363
Plot menu selct Contour$\dots$, this will bring up a window. In the File name field, 
 
364
either type the full path of the file name or use browse to select the \keyword{.plt} 
 
365
file you just created in the conversion, then click Import. In the Define contour levels 
 
366
we have to define the contour cutoffs for the positive and negative parts of the wave 
 
367
function seperately. I recommend trying 0.1 in the first box and -0.1 in the second. Click 
 
368
Apply to view the molecular orbital. You can change the colors of the positive and negative 
 
369
sections independently by clicking on the Colour button next to the respective cutoffs. Also, 
 
370
in the Details$\dots$ section, you can fine tune the properties of the molecular orbital, 
 
371
such as, the opacity, solid vs. mesh, smoothness, and cullface state. You can play around 
 
372
with various settings to get the surface to look exactly how you want it to. There is more 
 
373
information in the Help$\rightarrow$Tutorials menu on this subject as well as many other abilities 
 
374
of gOpenMol.