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Tags: upstream-6.1.20081116a
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object/objmacro.h
17
17
/**************************************************
18
18
*
19
19
*    Generated objects for Module NCBI-Macro
20
 
*    Generated using ASNCODE Revision: 6.16 at Feb 22, 2008 12:57 PM
 
20
*    Generated using ASNCODE Revision: 6.16 at Oct 30, 2008 12:26 PM
21
21
*
22
22
**************************************************/
23
23
 
32
32
**************************************************/
33
33
typedef struct struct_AECR_action {
34
34
   ValNodePtr   action;
 
35
   Uint1   also_change_mrna;
35
36
   ValNodePtr   constraint;
36
37
} AECRAction, PNTR AECRActionPtr;
37
38
 
121
122
#define Seqtype_constraint_nuc 1
122
123
#define Seqtype_constraint_prot 2
123
124
 
 
125
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
 
126
#define Partial_constraint_either 0
 
127
#define Partial_constraint_partial 1
 
128
#define Partial_constraint_complete 2
 
129
 
124
130
 
125
131
 
126
132
/**************************************************
131
137
typedef struct struct_Location_constraint {
132
138
   Uint2   strand;
133
139
   Uint2   seq_type;
 
140
   Uint2   partial5;
 
141
   Uint2   partial3;
134
142
} LocationConstraint, PNTR LocationConstraintPtr;
135
143
 
136
144
 
196
204
#define Feature_type_protein_bind 48
197
205
#define Feature_type_rbs 49
198
206
#define Feature_type_repeat_region 50
199
 
#define Feature_type_repeat_unit 51
200
 
#define Feature_type_rep_origin 52
201
 
#define Feature_type_s_region 53
202
 
#define Feature_type_satellite 54
203
 
#define Feature_type_sig_peptide 55
204
 
#define Feature_type_source 56
205
 
#define Feature_type_stem_loop 57
206
 
#define Feature_type_sts 58
207
 
#define Feature_type_tata_signal 59
208
 
#define Feature_type_terminator 60
209
 
#define Feature_type_transit_peptide 61
210
 
#define Feature_type_unsure 62
211
 
#define Feature_type_v_region 63
212
 
#define Feature_type_v_segment 64
213
 
#define Feature_type_variation 65
214
 
#define Feature_type_virion 66
215
 
#define Feature_type_n3clip 67
216
 
#define Feature_type_n3UTR 68
217
 
#define Feature_type_n5clip 69
218
 
#define Feature_type_n5UTR 70
219
 
#define Feature_type_n10_signal 71
220
 
#define Feature_type_n35_signal 72
221
 
#define Feature_type_site_ref 73
222
 
#define Feature_type_region 74
223
 
#define Feature_type_comment 75
224
 
#define Feature_type_bond 76
225
 
#define Feature_type_site 77
226
 
#define Feature_type_rsite 78
227
 
#define Feature_type_user 79
228
 
#define Feature_type_txinit 80
229
 
#define Feature_type_num 81
230
 
#define Feature_type_psec_str 82
231
 
#define Feature_type_non_std_residue 83
232
 
#define Feature_type_het 84
233
 
#define Feature_type_biosrc 85
234
 
#define Feature_type_preprotein 86
235
 
#define Feature_type_mat_peptide_aa 87
236
 
#define Feature_type_sig_peptide_aa 88
237
 
#define Feature_type_transit_peptide_aa 89
238
 
#define Feature_type_snoRNA 90
239
 
#define Feature_type_gap 91
240
 
#define Feature_type_operon 92
241
 
#define Feature_type_oriT 93
242
 
#define Feature_type_ncRNA 94
243
 
#define Feature_type_tmRNA 95
 
207
#define Feature_type_rep_origin 51
 
208
#define Feature_type_s_region 52
 
209
#define Feature_type_sig_peptide 53
 
210
#define Feature_type_source 54
 
211
#define Feature_type_stem_loop 55
 
212
#define Feature_type_sts 56
 
213
#define Feature_type_tata_signal 57
 
214
#define Feature_type_terminator 58
 
215
#define Feature_type_transit_peptide 59
 
216
#define Feature_type_unsure 60
 
217
#define Feature_type_v_region 61
 
218
#define Feature_type_v_segment 62
 
219
#define Feature_type_variation 63
 
220
#define Feature_type_virion 64
 
221
#define Feature_type_n3clip 65
 
222
#define Feature_type_n3UTR 66
 
223
#define Feature_type_n5clip 67
 
224
#define Feature_type_n5UTR 68
 
225
#define Feature_type_n10_signal 69
 
226
#define Feature_type_n35_signal 70
 
227
#define Feature_type_site_ref 71
 
228
#define Feature_type_region 72
 
229
#define Feature_type_comment 73
 
230
#define Feature_type_bond 74
 
231
#define Feature_type_site 75
 
232
#define Feature_type_rsite 76
 
233
#define Feature_type_user 77
 
234
#define Feature_type_txinit 78
 
235
#define Feature_type_num 79
 
236
#define Feature_type_psec_str 80
 
237
#define Feature_type_non_std_residue 81
 
238
#define Feature_type_het 82
 
239
#define Feature_type_biosrc 83
 
240
#define Feature_type_preprotein 84
 
241
#define Feature_type_mat_peptide_aa 85
 
242
#define Feature_type_sig_peptide_aa 86
 
243
#define Feature_type_transit_peptide_aa 87
 
244
#define Feature_type_snoRNA 88
 
245
#define Feature_type_gap 89
 
246
#define Feature_type_operon 90
 
247
#define Feature_type_oriT 91
 
248
#define Feature_type_ncRNA 92
 
249
#define Feature_type_tmRNA 93
244
250
 
245
251
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
246
252
#define Feat_qual_legal_allele 1
304
310
#define Feat_qual_legal_transl_except 59
305
311
#define Feat_qual_legal_transl_table 60
306
312
#define Feat_qual_legal_usedin 61
 
313
#define Feat_qual_legal_mobile_element_type 62
 
314
#define Feat_qual_legal_mobile_element_name 63
 
315
#define Feat_qual_legal_gene_comment 64
 
316
#define Feat_qual_legal_satellite 65
 
317
#define Feat_qual_legal_satellite_type 66
 
318
#define Feat_qual_legal_satellite_name 67
307
319
 
308
320
 
309
321
 
417
429
NLM_EXTERN FeatureFieldPairPtr LIBCALL FeatureFieldPairAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
418
430
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL FeatureFieldPairAsnWrite PROTO (( FeatureFieldPairPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
419
431
 
 
432
typedef ValNodePtr RnaFeatTypePtr;
 
433
typedef ValNode RnaFeatType;
 
434
#define RnaFeatType_preRNA 1
 
435
#define RnaFeatType_mRNA 2
 
436
#define RnaFeatType_tRNA 3
 
437
#define RnaFeatType_rRNA 4
 
438
#define RnaFeatType_ncRNA 5
 
439
#define RnaFeatType_tmRNA 6
 
440
#define RnaFeatType_miscRNA 7
 
441
 
 
442
 
 
443
NLM_EXTERN RnaFeatTypePtr LIBCALL RnaFeatTypeFree PROTO ((RnaFeatTypePtr ));
 
444
NLM_EXTERN RnaFeatTypePtr LIBCALL RnaFeatTypeAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
445
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL RnaFeatTypeAsnWrite PROTO (( RnaFeatTypePtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
446
 
 
447
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
 
448
#define Rna_field_product 1
 
449
#define Rna_field_comment 2
 
450
#define Rna_field_codons_recognized 3
 
451
#define Rna_field_ncrna_class 4
 
452
#define Rna_field_anticodon 5
 
453
#define Rna_field_transcript_id 6
 
454
#define Rna_field_gene_locus 7
 
455
#define Rna_field_gene_description 8
 
456
#define Rna_field_gene_maploc 9
 
457
#define Rna_field_gene_locus_tag 10
 
458
#define Rna_field_gene_synonym 11
 
459
#define Rna_field_gene_comment 12
 
460
 
 
461
 
 
462
 
 
463
/**************************************************
 
464
*
 
465
*    RnaQual
 
466
*
 
467
**************************************************/
 
468
typedef struct struct_Rna_qual {
 
469
   ValNodePtr   type;
 
470
   Uint2   field;
 
471
} RnaQual, PNTR RnaQualPtr;
 
472
 
 
473
 
 
474
NLM_EXTERN RnaQualPtr LIBCALL RnaQualFree PROTO ((RnaQualPtr ));
 
475
NLM_EXTERN RnaQualPtr LIBCALL RnaQualNew PROTO (( void ));
 
476
NLM_EXTERN RnaQualPtr LIBCALL RnaQualAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
477
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL RnaQualAsnWrite PROTO (( RnaQualPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
478
 
 
479
 
 
480
 
 
481
/**************************************************
 
482
*
 
483
*    RnaQualPair
 
484
*
 
485
**************************************************/
 
486
typedef struct struct_Rna_qual_pair {
 
487
   ValNodePtr   type;
 
488
   Uint2   field_from;
 
489
   Uint2   field_to;
 
490
} RnaQualPair, PNTR RnaQualPairPtr;
 
491
 
 
492
 
 
493
NLM_EXTERN RnaQualPairPtr LIBCALL RnaQualPairFree PROTO ((RnaQualPairPtr ));
 
494
NLM_EXTERN RnaQualPairPtr LIBCALL RnaQualPairNew PROTO (( void ));
 
495
NLM_EXTERN RnaQualPairPtr LIBCALL RnaQualPairAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
496
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL RnaQualPairAsnWrite PROTO (( RnaQualPairPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
497
 
420
498
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
421
499
#define Source_qual_acronym 1
422
500
#define Source_qual_anamorph 2
499
577
#define Source_qual_transposon_name 79
500
578
#define Source_qual_type 80
501
579
#define Source_qual_variety 81
 
580
#define Source_qual_specimen_voucher_INST 82
 
581
#define Source_qual_specimen_voucher_COLL 83
 
582
#define Source_qual_specimen_voucher_SpecID 84
 
583
#define Source_qual_culture_collection_INST 85
 
584
#define Source_qual_culture_collection_COLL 86
 
585
#define Source_qual_culture_collection_SpecID 87
 
586
#define Source_qual_bio_material_INST 88
 
587
#define Source_qual_bio_material_COLL 89
 
588
#define Source_qual_bio_material_SpecID 90
 
589
#define Source_qual_all_notes 91
 
590
#define Source_qual_mating_type 92
 
591
#define Source_qual_linkage_group 93
 
592
#define Source_qual_haplogroup 94
 
593
#define Source_qual_all_quals 95
502
594
 
503
595
 
504
596
 
585
677
#define CDSGeneProt_field_mat_peptide_ec_number 19
586
678
#define CDSGeneProt_field_mat_peptide_activity 20
587
679
#define CDSGeneProt_field_mat_peptide_comment 21
 
680
#define CDSGeneProt_field_cds_inference 22
 
681
#define CDSGeneProt_field_gene_inference 23
 
682
#define CDSGeneProt_field_codon_start 24
588
683
 
589
684
 
590
685
 
611
706
#define Molecule_type_mRNA 3
612
707
#define Molecule_type_rRNA 4
613
708
#define Molecule_type_tRNA 5
614
 
#define Molecule_type_snRNA 6
615
 
#define Molecule_type_scRNA 7
616
 
#define Molecule_type_genomic_mRNA 8
617
 
#define Molecule_type_cRNA 9
618
 
#define Molecule_type_snoRNA 10
619
 
#define Molecule_type_transcribed_RNA 11
620
 
#define Molecule_type_ncRNA 12
621
 
#define Molecule_type_transfer_messenger_RNA 13
622
 
#define Molecule_type_other 14
 
709
#define Molecule_type_genomic_mRNA 6
 
710
#define Molecule_type_cRNA 7
 
711
#define Molecule_type_transcribed_RNA 8
 
712
#define Molecule_type_ncRNA 9
 
713
#define Molecule_type_transfer_messenger_RNA 10
 
714
#define Molecule_type_other 11
623
715
 
624
716
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
625
717
#define Technique_type_unknown 0
822
914
 
823
915
/**************************************************
824
916
*
 
917
*    MolinfoFieldList
 
918
*
 
919
**************************************************/
 
920
typedef ValNode MolinfoFieldList;
 
921
typedef ValNodePtr MolinfoFieldListPtr;
 
922
#define MolinfoFieldListNew() ValNodeNew(NULL) 
 
923
 
 
924
#ifdef NLM_GENERATED_CODE_PROTO
 
925
 
 
926
NLM_EXTERN MolinfoFieldListPtr LIBCALL MolinfoFieldListFree PROTO ((MolinfoFieldListPtr ));
 
927
NLM_EXTERN MolinfoFieldListPtr LIBCALL MolinfoFieldListNew PROTO (( void ));
 
928
NLM_EXTERN MolinfoFieldListPtr LIBCALL MolinfoFieldListAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
929
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL MolinfoFieldListAsnWrite PROTO (( MolinfoFieldListPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
930
 
 
931
#endif /* NLM_GENERATED_CODE_PROTO */
 
932
 
 
933
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
 
934
#define Publication_field_cit 1
 
935
#define Publication_field_authors 2
 
936
#define Publication_field_journal 3
 
937
#define Publication_field_volume 4
 
938
#define Publication_field_issue 5
 
939
#define Publication_field_pages 6
 
940
#define Publication_field_date 7
 
941
#define Publication_field_serial_number 8
 
942
#define Publication_field_title 9
 
943
#define Publication_field_affiliation 10
 
944
#define Publication_field_affil_div 11
 
945
#define Publication_field_affil_city 12
 
946
#define Publication_field_affil_sub 13
 
947
#define Publication_field_affil_country 14
 
948
#define Publication_field_affil_street 15
 
949
#define Publication_field_affil_email 16
 
950
#define Publication_field_affil_fax 17
 
951
#define Publication_field_affil_phone 18
 
952
#define Publication_field_affil_zipcode 19
 
953
#define Publication_field_authors_initials 20
 
954
 
 
955
typedef ValNodePtr StructuredCommentFieldPtr;
 
956
typedef ValNode StructuredCommentField;
 
957
#define StructuredCommentField_database 1
 
958
#define StructuredCommentField_named 2
 
959
#define StructuredCommentField_field_name 3
 
960
 
 
961
 
 
962
NLM_EXTERN StructuredCommentFieldPtr LIBCALL StructuredCommentFieldFree PROTO ((StructuredCommentFieldPtr ));
 
963
NLM_EXTERN StructuredCommentFieldPtr LIBCALL StructuredCommentFieldAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
964
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL StructuredCommentFieldAsnWrite PROTO (( StructuredCommentFieldPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
965
 
 
966
 
 
967
 
 
968
/**************************************************
 
969
*
 
970
*    StructuredCommentFieldPair
 
971
*
 
972
**************************************************/
 
973
typedef struct struct_Structured_comment_field_pair {
 
974
   ValNodePtr   from;
 
975
   ValNodePtr   to;
 
976
} StructuredCommentFieldPair, PNTR StructuredCommentFieldPairPtr;
 
977
 
 
978
 
 
979
NLM_EXTERN StructuredCommentFieldPairPtr LIBCALL StructuredCommentFieldPairFree PROTO ((StructuredCommentFieldPairPtr ));
 
980
NLM_EXTERN StructuredCommentFieldPairPtr LIBCALL StructuredCommentFieldPairNew PROTO (( void ));
 
981
NLM_EXTERN StructuredCommentFieldPairPtr LIBCALL StructuredCommentFieldPairAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
982
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL StructuredCommentFieldPairAsnWrite PROTO (( StructuredCommentFieldPairPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
983
 
 
984
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
 
985
#define Misc_field_genome_project_id 1
 
986
 
 
987
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
 
988
#define Pub_type_any 0
 
989
#define Pub_type_published 1
 
990
#define Pub_type_unpublished 2
 
991
#define Pub_type_in_press 3
 
992
#define Pub_type_submitter_block 4
 
993
 
 
994
 
 
995
 
 
996
/**************************************************
 
997
*
 
998
*    PubFieldConstraint
 
999
*
 
1000
**************************************************/
 
1001
typedef struct struct_Pub_field_constraint {
 
1002
   Uint2   field;
 
1003
   struct struct_String_constraint PNTR   constraint;
 
1004
} PubFieldConstraint, PNTR PubFieldConstraintPtr;
 
1005
 
 
1006
 
 
1007
NLM_EXTERN PubFieldConstraintPtr LIBCALL PubFieldConstraintFree PROTO ((PubFieldConstraintPtr ));
 
1008
NLM_EXTERN PubFieldConstraintPtr LIBCALL PubFieldConstraintNew PROTO (( void ));
 
1009
NLM_EXTERN PubFieldConstraintPtr LIBCALL PubFieldConstraintAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1010
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL PubFieldConstraintAsnWrite PROTO (( PubFieldConstraintPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1011
 
 
1012
 
 
1013
 
 
1014
/**************************************************
 
1015
*
 
1016
*    PublicationConstraint
 
1017
*
 
1018
**************************************************/
 
1019
typedef struct struct_Publication_constraint {
 
1020
   Uint2   type;
 
1021
   struct struct_Pub_field_constraint PNTR   field;
 
1022
} PublicationConstraint, PNTR PublicationConstraintPtr;
 
1023
 
 
1024
 
 
1025
NLM_EXTERN PublicationConstraintPtr LIBCALL PublicationConstraintFree PROTO ((PublicationConstraintPtr ));
 
1026
NLM_EXTERN PublicationConstraintPtr LIBCALL PublicationConstraintNew PROTO (( void ));
 
1027
NLM_EXTERN PublicationConstraintPtr LIBCALL PublicationConstraintAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1028
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL PublicationConstraintAsnWrite PROTO (( PublicationConstraintPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1029
 
 
1030
 
 
1031
 
 
1032
/**************************************************
 
1033
*
825
1034
*    SourceConstraint
826
1035
*
827
1036
**************************************************/
892
1101
NLM_EXTERN CDSGeneProtQualConstraintPtr LIBCALL CDSGeneProtQualConstraintAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
893
1102
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL CDSGeneProtQualConstraintAsnWrite PROTO (( CDSGeneProtQualConstraintPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
894
1103
 
 
1104
 
 
1105
 
 
1106
/**************************************************
 
1107
*
 
1108
*    FieldConstraint
 
1109
*
 
1110
**************************************************/
 
1111
typedef struct struct_Field_constraint {
 
1112
   ValNodePtr   field;
 
1113
   struct struct_String_constraint PNTR   string_constraint;
 
1114
} FieldConstraint, PNTR FieldConstraintPtr;
 
1115
 
 
1116
 
 
1117
NLM_EXTERN FieldConstraintPtr LIBCALL FieldConstraintFree PROTO ((FieldConstraintPtr ));
 
1118
NLM_EXTERN FieldConstraintPtr LIBCALL FieldConstraintNew PROTO (( void ));
 
1119
NLM_EXTERN FieldConstraintPtr LIBCALL FieldConstraintAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1120
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL FieldConstraintAsnWrite PROTO (( FieldConstraintPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1121
 
 
1122
typedef ValNodePtr FieldTypePtr;
 
1123
typedef ValNode FieldType;
 
1124
#define FieldType_source_qual 1
 
1125
#define FieldType_feature_field 2
 
1126
#define FieldType_rna_field 3
 
1127
#define FieldType_cds_gene_prot 4
 
1128
#define FieldType_molinfo_field 5
 
1129
#define FieldType_pub 6
 
1130
#define FieldType_struc_comment_field 7
 
1131
#define FieldType_misc 8
 
1132
 
 
1133
 
 
1134
NLM_EXTERN FieldTypePtr LIBCALL FieldTypeFree PROTO ((FieldTypePtr ));
 
1135
NLM_EXTERN FieldTypePtr LIBCALL FieldTypeAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1136
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL FieldTypeAsnWrite PROTO (( FieldTypePtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1137
 
895
1138
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
896
1139
#define Sequence_constraint_rnamol_any 0
897
1140
#define Sequence_constraint_rnamol_genomic 1
899
1142
#define Sequence_constraint_rnamol_mRNA 3
900
1143
#define Sequence_constraint_rnamol_rRNA 4
901
1144
#define Sequence_constraint_rnamol_tRNA 5
902
 
#define Sequence_constraint_rnamol_snRNA 6
903
 
#define Sequence_constraint_rnamol_scRNA 7
904
 
#define Sequence_constraint_rnamol_genomic_mRNA 8
905
 
#define Sequence_constraint_rnamol_cRNA 9
906
 
#define Sequence_constraint_rnamol_snoRNA 10
907
 
#define Sequence_constraint_rnamol_transcribed_RNA 11
908
 
#define Sequence_constraint_rnamol_ncRNA 12
909
 
#define Sequence_constraint_rnamol_transfer_messenger_RNA 13
 
1145
#define Sequence_constraint_rnamol_genomic_mRNA 6
 
1146
#define Sequence_constraint_rnamol_cRNA 7
 
1147
#define Sequence_constraint_rnamol_transcribed_RNA 8
 
1148
#define Sequence_constraint_rnamol_ncRNA 9
 
1149
#define Sequence_constraint_rnamol_transfer_messenger_RNA 10
910
1150
 
911
1151
typedef ValNodePtr SequenceConstraintMolTypeConstraintPtr;
912
1152
typedef ValNode SequenceConstraintMolTypeConstraint;
944
1184
typedef ValNode ConstraintChoice;
945
1185
#define ConstraintChoice_string 1
946
1186
#define ConstraintChoice_location 2
947
 
#define ConstraintChoice_source 3
948
 
#define ConstraintChoice_cdsgeneprot_qual 4
949
 
#define ConstraintChoice_cdsgeneprot_pseudo 5
950
 
#define ConstraintChoice_sequence 6
 
1187
#define ConstraintChoice_field 3
 
1188
#define ConstraintChoice_source 4
 
1189
#define ConstraintChoice_cdsgeneprot_qual 5
 
1190
#define ConstraintChoice_cdsgeneprot_pseudo 6
 
1191
#define ConstraintChoice_sequence 7
 
1192
#define ConstraintChoice_pub 8
951
1193
 
952
1194
 
953
1195
NLM_EXTERN ConstraintChoicePtr LIBCALL ConstraintChoiceFree PROTO ((ConstraintChoicePtr ));
1021
1263
NLM_EXTERN FieldEditPtr LIBCALL FieldEditAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
1022
1264
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL FieldEditAsnWrite PROTO (( FieldEditPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
1023
1265
 
1024
 
typedef ValNodePtr FieldTypePtr;
1025
 
typedef ValNode FieldType;
1026
 
#define FieldType_source_qual 1
1027
 
#define FieldType_feature_field 2
1028
 
#define FieldType_cds_gene_prot 3
1029
 
#define FieldType_molinfo_field 4
1030
 
 
1031
 
 
1032
 
NLM_EXTERN FieldTypePtr LIBCALL FieldTypeFree PROTO ((FieldTypePtr ));
1033
 
NLM_EXTERN FieldTypePtr LIBCALL FieldTypeAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
1034
 
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL FieldTypeAsnWrite PROTO (( FieldTypePtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
1035
 
 
1036
1266
typedef ValNodePtr FieldPairTypePtr;
1037
1267
typedef ValNode FieldPairType;
1038
1268
#define FieldPairType_source_qual 1
1039
1269
#define FieldPairType_feature_field 2
1040
 
#define FieldPairType_cds_gene_prot 3
1041
 
#define FieldPairType_molinfo_field 4
 
1270
#define FieldPairType_rna_field 3
 
1271
#define FieldPairType_cds_gene_prot 4
 
1272
#define FieldPairType_molinfo_field 5
 
1273
#define FieldPairType_struc_comment_field 6
1042
1274
 
1043
1275
 
1044
1276
NLM_EXTERN FieldPairTypePtr LIBCALL FieldPairTypeFree PROTO ((FieldPairTypePtr ));
1056
1288
#define ExistingTextOption_prefix_colon 8
1057
1289
#define ExistingTextOption_prefix_none 9
1058
1290
#define ExistingTextOption_leave_old 10
 
1291
#define ExistingTextOption_add_qual 11
1059
1292
 
1060
1293
 
1061
1294
 
1103
1336
**************************************************/
1104
1337
typedef struct struct_Convert_action {
1105
1338
   ValNodePtr   fields;
 
1339
   Uint1   strip_name;
 
1340
   Uint1   keep_original;
1106
1341
   Uint2   existing_text;
1107
1342
} ConvertAction, PNTR ConvertActionPtr;
1108
1343
 
1159
1394
   struct struct_Text_portion PNTR   portion;
1160
1395
   ValNodePtr   fields;
1161
1396
   Uint1   remove_from_parsed;
 
1397
   Uint1   remove_left;
 
1398
   Uint1   remove_right;
1162
1399
   Uint2   existing_text;
1163
1400
} AECRParseAction, PNTR AECRParseActionPtr;
1164
1401
 
1383
1620
NLM_EXTERN RemoveFeatureActionPtr LIBCALL RemoveFeatureActionAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
1384
1621
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL RemoveFeatureActionAsnWrite PROTO (( RemoveFeatureActionPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
1385
1622
 
 
1623
 
 
1624
 
 
1625
/**************************************************
 
1626
*
 
1627
*    ConvertFromCDSOptions
 
1628
*
 
1629
**************************************************/
 
1630
typedef struct struct_Convert_from_CDS_options {
 
1631
   Uint1   remove_mRNA;
 
1632
   Uint1   remove_gene;
 
1633
   Uint1   remove_transcript_id;
 
1634
} ConvertFromCDSOptions, PNTR ConvertFromCDSOptionsPtr;
 
1635
 
 
1636
 
 
1637
NLM_EXTERN ConvertFromCDSOptionsPtr LIBCALL ConvertFromCDSOptionsFree PROTO ((ConvertFromCDSOptionsPtr ));
 
1638
NLM_EXTERN ConvertFromCDSOptionsPtr LIBCALL ConvertFromCDSOptionsNew PROTO (( void ));
 
1639
NLM_EXTERN ConvertFromCDSOptionsPtr LIBCALL ConvertFromCDSOptionsAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1640
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL ConvertFromCDSOptionsAsnWrite PROTO (( ConvertFromCDSOptionsPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1641
 
 
1642
typedef ValNodePtr ConvertFeatureSrcOptionsPtr;
 
1643
typedef ValNode ConvertFeatureSrcOptions;
 
1644
#define ConvertFeatureSrcOptions_cds 1
 
1645
 
 
1646
 
 
1647
NLM_EXTERN ConvertFeatureSrcOptionsPtr LIBCALL ConvertFeatureSrcOptionsFree PROTO ((ConvertFeatureSrcOptionsPtr ));
 
1648
NLM_EXTERN ConvertFeatureSrcOptionsPtr LIBCALL ConvertFeatureSrcOptionsAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1649
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL ConvertFeatureSrcOptionsAsnWrite PROTO (( ConvertFeatureSrcOptionsPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1650
 
 
1651
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
 
1652
#define Bond_type_disulfide 1
 
1653
#define Bond_type_thioester 2
 
1654
#define Bond_type_crosslink 3
 
1655
#define Bond_type_thioether 4
 
1656
#define Bond_type_other 5
 
1657
 
 
1658
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
 
1659
#define Site_type_active 1
 
1660
#define Site_type_binding 2
 
1661
#define Site_type_cleavage 3
 
1662
#define Site_type_inhibit 4
 
1663
#define Site_type_modified 5
 
1664
#define Site_type_glycosylation 6
 
1665
#define Site_type_myristoylation 7
 
1666
#define Site_type_mutagenized 8
 
1667
#define Site_type_metal_binding 9
 
1668
#define Site_type_phosphorylation 10
 
1669
#define Site_type_acetylation 11
 
1670
#define Site_type_amidation 12
 
1671
#define Site_type_methylation 13
 
1672
#define Site_type_hydroxylation 14
 
1673
#define Site_type_sulfatation 15
 
1674
#define Site_type_oxidative_deamination 16
 
1675
#define Site_type_pyrrolidone_carboxylic_acid 17
 
1676
#define Site_type_gamma_carboxyglutamic_acid 18
 
1677
#define Site_type_blocked 19
 
1678
#define Site_type_lipid_binding 20
 
1679
#define Site_type_np_binding 21
 
1680
#define Site_type_dna_binding 22
 
1681
#define Site_type_signal_peptide 23
 
1682
#define Site_type_transit_peptide 24
 
1683
#define Site_type_transmembrane_region 25
 
1684
#define Site_type_nitrosylation 26
 
1685
#define Site_type_other 27
 
1686
 
 
1687
 
 
1688
 
 
1689
/**************************************************
 
1690
*
 
1691
*    RegionType
 
1692
*
 
1693
**************************************************/
 
1694
typedef struct struct_Region_type {
 
1695
   Uint1   create_nucleotide;
 
1696
} RegionType, PNTR RegionTypePtr;
 
1697
 
 
1698
 
 
1699
NLM_EXTERN RegionTypePtr LIBCALL RegionTypeFree PROTO ((RegionTypePtr ));
 
1700
NLM_EXTERN RegionTypePtr LIBCALL RegionTypeNew PROTO (( void ));
 
1701
NLM_EXTERN RegionTypePtr LIBCALL RegionTypeAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1702
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL RegionTypeAsnWrite PROTO (( RegionTypePtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1703
 
 
1704
typedef ValNodePtr ConvertFeatureDstOptionsPtr;
 
1705
typedef ValNode ConvertFeatureDstOptions;
 
1706
#define ConvertFeatureDstOptions_bond 1
 
1707
#define ConvertFeatureDstOptions_site 2
 
1708
#define ConvertFeatureDstOptions_region 3
 
1709
#define ConvertFeatureDstOptions_ncrna_class 4
 
1710
 
 
1711
 
 
1712
NLM_EXTERN ConvertFeatureDstOptionsPtr LIBCALL ConvertFeatureDstOptionsFree PROTO ((ConvertFeatureDstOptionsPtr ));
 
1713
NLM_EXTERN ConvertFeatureDstOptionsPtr LIBCALL ConvertFeatureDstOptionsAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1714
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL ConvertFeatureDstOptionsAsnWrite PROTO (( ConvertFeatureDstOptionsPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1715
 
 
1716
 
 
1717
 
 
1718
/**************************************************
 
1719
*
 
1720
*    ConvertFeatureAction
 
1721
*
 
1722
**************************************************/
 
1723
typedef struct struct_Convert_feature_action {
 
1724
   Uint2   type_from;
 
1725
   Uint2   type_to;
 
1726
   ValNodePtr   src_options;
 
1727
   ValNodePtr   dst_options;
 
1728
   Uint1   leave_original;
 
1729
   ValNodePtr   src_feat_constraint;
 
1730
} ConvertFeatureAction, PNTR ConvertFeatureActionPtr;
 
1731
 
 
1732
 
 
1733
NLM_EXTERN ConvertFeatureActionPtr LIBCALL ConvertFeatureActionFree PROTO ((ConvertFeatureActionPtr ));
 
1734
NLM_EXTERN ConvertFeatureActionPtr LIBCALL ConvertFeatureActionNew PROTO (( void ));
 
1735
NLM_EXTERN ConvertFeatureActionPtr LIBCALL ConvertFeatureActionAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1736
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL ConvertFeatureActionAsnWrite PROTO (( ConvertFeatureActionPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1737
 
1386
1738
/* following #defines are for enumerated type, not used by object loaders */
1387
1739
#define Feature_location_strand_from_any 0
1388
1740
#define Feature_location_strand_from_plus 1
1510
1862
NLM_EXTERN EditFeatureLocationActionPtr LIBCALL EditFeatureLocationActionAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
1511
1863
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL EditFeatureLocationActionAsnWrite PROTO (( EditFeatureLocationActionPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
1512
1864
 
 
1865
 
 
1866
 
 
1867
/**************************************************
 
1868
*
 
1869
*    MolinfoBlock
 
1870
*
 
1871
**************************************************/
 
1872
typedef struct struct_Molinfo_block {
 
1873
   ValNodePtr   to_list;
 
1874
   ValNodePtr   from_list;
 
1875
   ValNodePtr   constraint;
 
1876
} MolinfoBlock, PNTR MolinfoBlockPtr;
 
1877
 
 
1878
 
 
1879
NLM_EXTERN MolinfoBlockPtr LIBCALL MolinfoBlockFree PROTO ((MolinfoBlockPtr ));
 
1880
NLM_EXTERN MolinfoBlockPtr LIBCALL MolinfoBlockNew PROTO (( void ));
 
1881
NLM_EXTERN MolinfoBlockPtr LIBCALL MolinfoBlockAsnRead PROTO (( AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1882
NLM_EXTERN Boolean LIBCALL MolinfoBlockAsnWrite PROTO (( MolinfoBlockPtr , AsnIoPtr, AsnTypePtr));
 
1883
 
1513
1884
typedef ValNodePtr MacroActionChoicePtr;
1514
1885
typedef ValNode MacroActionChoice;
1515
1886
#define MacroActionChoice_aecr 1
1516
1887
#define MacroActionChoice_parse 2
1517
1888
#define MacroActionChoice_add_feature 3
1518
1889
#define MacroActionChoice_remove_feature 4
1519
 
#define MacroActionChoice_edit_location 5
 
1890
#define MacroActionChoice_convert_feature 5
 
1891
#define MacroActionChoice_edit_location 6
1520
1892
 
1521
1893
 
1522
1894
NLM_EXTERN MacroActionChoicePtr LIBCALL MacroActionChoiceFree PROTO ((MacroActionChoicePtr ));