← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/quantal/ncbi-tools6/quantal

« back to all changes in this revision

Viewing changes to algo/blast/core/blast_def.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2008-03-19 19:42:00 UTC
  • mfrom: (1.1.8 upstream)
  • mto: This revision was merged to the branch mainline in revision 5.
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20080319194200-7t0o0fgni3pijh1x
Tags: 6.1.20080302-1
* New upstream release
* debian/lib{ncbi6,vibrant6a}.symbols: update and clean up.
* debian/lib{ncbi,vibrant}6-dev.install: ship new headers.
* debian/ncbi-tools-bin.docs, doc/man/tbl2asn.1: belatedly ship
  tbl2asn.txt, and restore tbl2asn.1's reference thereto.
* doc/man/*.1: correct usage of ' and -.
* doc/man/{blast,cleanasn,nps2gps,tbl2asn}.1: resync with help output.
* debian/control: tighten dependencies between binary packages.
* debian/{control,rules}: require cdbs 0.4.51; drop workaround for #462130.
* debian/{control,rules,*.override}: rename Lintian overrides to
  $pkg.lintian-overrides and employ dh_lintian from debhelper (>= 6.0.7)
  in lieu of custom logic.
* debian/*.doc-base*: modernize (and correct) section assignments per
  doc-base 0.8.10: science -> Science/Biology, net -> System/Administration.
* debian/makemenu: drop obsolete Encoding key from generated .desktop files.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
algo/blast/core/blast_def.h
1
 
/* $Id: blast_def.h,v 1.79 2007/03/20 14:55:37 kazimird Exp $
 
1
/* $Id: blast_def.h,v 1.83 2008/01/31 23:55:41 kazimird Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
42
42
 
43
43
/****************************** Constants *********************************/
44
44
 
45
 
extern const int kDustLevel;  /**< Level parameter used by dust. */
46
 
extern const int kDustWindow; /**< Window parameter used by dust. */
47
 
extern const int kDustLinker; /**< Parameter used by dust to link together close low-complexity segments. */
 
45
NCBI_XBLAST_EXPORT extern const int kDustLevel;  /**< Level parameter used by dust. */
 
46
NCBI_XBLAST_EXPORT extern const int kDustWindow; /**< Window parameter used by dust. */
 
47
NCBI_XBLAST_EXPORT extern const int kDustLinker; /**< Parameter used by dust to link together close low-complexity segments. */
48
48
 
49
 
extern const int kSegWindow;  /**< Window that SEG examines at once. */
50
 
extern const double kSegLocut;   /**< Locut parameter for SEG. */
51
 
extern const double kSegHicut;   /**< Hicut parameter for SEG. */
 
49
NCBI_XBLAST_EXPORT extern const int kSegWindow;  /**< Window that SEG examines at once. */
 
50
NCBI_XBLAST_EXPORT extern const double kSegLocut;   /**< Locut parameter for SEG. */
 
51
NCBI_XBLAST_EXPORT extern const double kSegHicut;   /**< Hicut parameter for SEG. */
52
52
 
53
53
/** Maximum number of HPSs to be saved in an ungapped search.
54
54
 * Value defined in blast_options.c
55
55
 */
56
 
extern const int kUngappedHSPNumMax; 
 
56
NCBI_XBLAST_EXPORT extern const int kUngappedHSPNumMax; 
57
57
 
58
58
/******************** Preprocessor definitions ******************************/
59
59