← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/grace/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/UsersGuide.html

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Nicholas Breen
  • Date: 2010-06-06 14:36:06 UTC
  • mfrom: (4.1.7 sid)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100606143606-g8rdx6m4wyg3xx8l
Tags: 1:5.1.22-7
http://bugs.debian.org/542335
http://bugs.debian.org/583956
http://bugs.debian.org/583964
http://bugs.debian.org/583966
* Replace defoma font management with new /usr/sbin/update-grace-fonts
  trigger.  Many thanks to Kenshi Muto for the implementation.
  (Closes: #542335, #583956, #583964)
  - README.Debian: Update description of font handling, eliminate all
    references to defoma.
  - control: Depends -= defoma, += fontconfig.
* grace.preinst, grace.postinst: Additionally remove code only needed for
  upgrades from truly antique (pre-oldstable) releases.
* patches/nonlinear_extended.diff: Add menu entry for Doniach-Sunjic peak
  fitting.  (Closes: #583966)
* Backed out subscript-superscript-scale.diff pending coordination with
  upstream, to avoid distro-specific incompatibilities.
* compat: Increment to debhelper v7.
* Convert to source format 3.0 (quilt).  Replace uuencoded icons with 
  their decoded PNG forms; clean out the associated decoding and patching
  logic from rules, and remove Build-Depends on sharutils and quilt.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/UsersGuide.html
1516
1516
sample range or to produce an evenly spaced set from an irregular
1517
1517
one.</P>
1518
1518
 
 
1519
<P>Under the "Library" menu, several functions are available under the
 
1520
categories: "Gaussian Functions", "Lorentzian Functions", "Peak Functions",
 
1521
 "Periodic Peak Functions" and "Baseline Functions".</P>
 
1522
 
 
1523
<P><i>Gaussian</i><br>&nbsp y = A0 + (A3*2*sqrt(ln(2)/pi)/A2)*exp(-4*ln(2)*((x-A1)/A2)^2)<br>
 
1524
&nbsp where: A0: Baseline offset; A1: Center of the peak; A2: Full width at half
 
1525
maximum; A3: Peak area.<br> The center and initial amplitude of the peak can be set from
 
1526
 user input (via mouse coordinates). </P>
 
1527
 
 
1528
<br>
 
1529
<P><i>Gaussian (Chromatography):</i><br>
 
1530
&nbsp y = A0 + (1/sqrt(2*pi))*(A3/A2)*exp(-(x-A1)^2/2*A2^2)
 
1531
 A0: Baseline offset; A1: Center of the peak (retention time); A2:
 
1532
 Standard deviation of the peak; A3: Peak area. <br> The center and initial amplitude of the peak can be set from
 
1533
 user input (via mouse coordinates). </P>
 
1534
 
 
1535
<br>
 
1536
<P><i>Lorentzian</i><br>&nbsp y = A0 + (2*A2*A3/pi)/(4*(x-A1)^2 + A2^2)<br>
 
1537
&nbsp where: A0: Baseline offset; A1: Center of the peak; A2: Full width at half
 
1538
maximum; A3: Peak area. <br> The center and initial amplitude of the peak can be set from
 
1539
 user input (via mouse coordinates).</P>
 
1540
 
 
1541
<br>
 
1542
<P><i>Peak Functions</i><br>
 
1543
<i>Pseudo Voigt 1</i><br>
 
1544
&nbsp y = A0 + A3 * (A4*(2/pi)*A2/(4*(x-A1)^2+A2^2) + <br>(1-A4)*exp(-4*ln(2)*(x-A1)^2/A2^2)*(sqrt(4*ln(2))/(A2*sqrt(pi))))<br>
 
1545
&nbsp where: Gaussian and Lorentzian have the same width; A0: Baseline offset;
 
1546
 A1: Center of the peak; A2: Full width at half maximum; A3: Amplitude;
 
1547
 A4: Profile shape factor.<br>
 
1548
<i>Pseudo Voigt 2</i><br>
 
1549
&nbsp y = A0 + A3 * (A5*(2/pi)*A2/(4*(x-A1)^2+A2^2) + (1-A5)*exp(-4*ln(2)*(x-A1)^2/A4^2)*(sqrt(4*ln(2))/(A2*sqrt(pi))))<br>
 
1550
&nbsp where: Gaussian and Lorentzian have different width; A0: Baseline offset;
 
1551
 A1: Center of the peak; A2: Full width at half maximum; A3: Amplitude;
 
1552
 A4: Profile shape factor.<br>
 
1553
<i>Doniach-Sunjic</i><br>
 
1554
&nbsp y = A0 + A3*cos((pi*A4/2)+(1-A4)*atan((x-A1)/A2))/(A2^2+(x-A1)^2)^((1-A4)/2)<br>
 
1555
&nbsp where:A0: Baseline offset; A1: Center of the peak; A2: Full width at half maximum;<br>
 
1556
&nbspA3: Peak area; A4: Asymmetry parameter.<br>
 
1557
<i>Asymmetric double Sigmoidal</i><br>
 
1558
&nbsp y = A0 + A3*(1/(1+exp(-(x-A1+A2/2)/A4)))*(1-(1/(1+exp(-(x-A1-A2/2)/A5))))<br>
 
1559
&nbsp where: A0: Baseline offset; A1: Center of the peak; A2: Width 1;
 
1560
 A3: Amplitude; A4: Width 2; A5: Width 5.<br>
 
1561
<i>Logarithm Normal:</i> <br>
 
1562
&nbsp y = A0 + A3*exp(-((ln(x)-ln(A1))^2)/(2*A2))<br>
 
1563
&nbsp where: A0: Baseline offset; A1: Center of the peak; A2: Width <br>
 
1564
<i>Gram-Charlier A-Series (GCAS)</i><br>
 
1565
&nbsp y = A0 + A3/(A2*sqrt(2*pi))*exp(-0.5*((x-A1)/A2)^2)*(1+(A4/6)*
 
1566
 (((x-A1)/A2)^3-3*(x-A1)/A2)+(A5/24)*(((x-A1)/A2)^4-6*((x-A1)/A2)^3+3))<br>
 
1567
&nbsp where: A0: Baseline offset; A1: Center of the peak; A2: Standard deviation;
 
1568
 A3: Peak Area; A4: Skew; A5: Excess. <br>
 
1569
<i>Edgeworth-Cramer Series</i><br>
 
1570
&nbsp y = A0 + A3/(A2*sqrt(2*pi))*exp(-0.5*((x-A1)/A2)^2)*(1+(A4/6)*
 
1571
 (((x-A1)/A2)^3-3*(x-A1)/A2)+(A5/24)*(((x-A1)/A2)^4-6 *((x-A1)/A2)^3+3)
 
1572
 +(A5^2/720)*(((x-A1)/A2)^6-15*((x-A1)/A2)^4+45*((x-A1)/A2)^2-15))<br>
 
1573
&nbsp where: A0: Baseline offset; A1: Center of the peak; A2: Standard deviation;
 
1574
 A3: Peak Area; A4: Skew; A5: Excess. <br>
 
1575
<i>Inverse Polynomial</i><br>
 
1576
&nbsp y=A0+A3/(1+ A4*(2*(x-A1)/A2)^2 + A5*(2*(x-A1)/A2)^4 + A6*(2*(x-A1)/A2)^6) <br>
 
1577
&nbsp where: A0: Baseline offset; A1: Center of the peak; A2: Standard deviation;
 
1578
 A3: Peak Area; A4, A5, A6: Parameters. <br>
 
1579
 </P>
 
1580
 
 
1581
<br>
 
1582
<P><i>Periodic Peak Functions</i><br>
 
1583
<i>Sine:</i> <br>
 
1584
&nbspy=A0+A3*sin(pi*(x-A1)/A2)<br>
 
1585
&nbspwhere: A0: Baseline offset; A1: Center; A2: Width; A3: Amplitude.<br>
 
1586
<i>Sine Square: </i><br>
 
1587
&nbspy=A0+A3*sin(pi*(x-A1)/A2)^2<br>
 
1588
&nbspwhere: A0: Baseline offset; A1: Center; A2: Width; A3: Amplitude.<br>
 
1589
<i>Sine damp: </i><br>
 
1590
&nbspy=A0+A3*exp(-x/A4)*sin(pi*(x-A1)/A2)<br>
 
1591
&nbspwhere: A0: Baseline offset; A1: Center; A2: Width; A3: Amplitude; A4: Decay time. <br>
 
1592
</P>
 
1593
 
 
1594
<br>
 
1595
<P><i>Baseline Functions</i><br>
 
1596
<i>Exponential Decay 1:</i><br>
 
1597
&nbsp;y=A0+A3*exp(-(x-A1)/A2)<br>
 
1598
<b>Exponential Decay 2:</b> <br>
 
1599
&nbsp;y=A0+A3*exp(-(x-A1)/A2)+A6*exp(-(x-A4)/A5);<br>
 
1600
<i>Exponential Growth 1:</i> <br>
 
1601
&nbsp;y=A0+A3*exp((x-A1)/A2)<br>
 
1602
<i>Exponential Growth 2: </i><br>
 
1603
&nbsp;y=A0+A3*exp(-(x-A1)/A2)+A6*exp((x-A4)/A5);<br>
 
1604
<i>Hyperbolic:</i><br>
 
1605
&nbsp;y=A0+(A1*x)/(A2+x)<br>
 
1606
<i>Bradley:</i> <br>
 
1607
&nbsp;y=A0*ln(-A1*ln(x))<br>
 
1608
<i>Logarithm 3 Parameters: </i><br>
 
1609
&nbsp;y=A0-A1*ln(x+A2)<br>
 
1610
</P>
 
1611
 
1519
1612
<H3><A NAME="correlation/covariance"></A> Correlation/covariance          </H3>
1520
1613
 
1521
1614
<P>This popup can be used to compute autocorrelation