← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/raring/paml/raring

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/evolver.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-09-30 21:48:20 UTC
  • mfrom: (1.1.1)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110930214820-34le7vftkcq97n9i
Tags: 4.4e-1
http://bugs.debian.org/643843
* Team upload.
* New upstream release.
* Upload to unstable (Closes: #643843).
* Corrected debian/watch for downloading sources with uscan.
* Removed links to inexsistant Git repositories in debian/README.source.
* Corrected VCS URLs (debian/control).
* Conforms to Policy 3.9.2 (debian/control, no other changes needed).
* Use Debhelper 8 (debian/control, debian/compat).
* Converted debian/copyright to machine readable format version 1.0.
* Compress binary packages with xz.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/evolver.c
28
28
 
29
29
#define NS            7000
30
30
#define NBRANCH       (NS*2-2)
31
 
#define MAXNSONS      100
 
31
#define MAXNSONS      200
32
32
#define LSPNAME       50
33
33
#define NCODE         64
34
34
#define NCATG         40
110
110
   }
111
111
   if(argc==3) {
112
112
      sscanf(argv[1],"%d",&option);
113
 
      MCctlf=argv[2];
 
113
      MCctlf = argv[2];
114
114
      if(option<5 || option>7) error2("command line option not right.");
115
115
   }
116
116
   else if(argc>=4) {
159
159
         rooted = !(option%2);
160
160
         if (option<3) {
161
161
            printf("\nnumber of trees & random number seed? ");
162
 
            scanf("%d%d",&ntree,&i);  
163
 
            SetSeed(i==-1?(int)time(NULL):i);
 
162
            scanf("%d%d", &ntree, &i);
 
163
            SetSeed(i, 1);
164
164
            printf ("Want branch lengths from the birth-death process (0/1)? ");
165
165
            scanf ("%d", &BD);
166
166
         }
894
894
   double T,C,A,G,Y,R, Falias[NCATG];
895
895
   int    Lalias[NCATG];
896
896
 
897
 
   noisy=1;
 
897
   noisy = 1;
898
898
   printf("\nReading options from data file %s\n", ctlf);
899
 
   com.ncode=n=(com.seqtype==0 ? 4 : (com.seqtype==1?64:20));
900
 
   fin=(FILE*)gfopen(ctlf,"r");
 
899
   com.ncode = n = (com.seqtype==0 ? 4 : (com.seqtype==1?64:20));
 
900
   fin = (FILE*)gfopen(ctlf,"r");
901
901
   fscanf(fin, "%d", &format);  fgets(line, lline, fin);
902
902
   printf("\nSimulated data will go into %s.\n", seqf[format]);
903
903
   if(format==2) printf("%s, %s, & %s will be appended if existent.\n",
905
905
 
906
906
   fscanf (fin, "%d", &i);
907
907
   fgets(line, lline, fin);
908
 
   SetSeed(i<=0?(int)time(NULL)*2+1:i);
 
908
   SetSeed(i, 1);
909
909
   fscanf (fin, "%d%d%d", &com.ns, &com.ls, &nr);
910
910
   fgets(line, lline, fin);
911
911
   i=(com.ns*2-1)*sizeof(struct TREEN);