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Viewing changes to options.cpp

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2009-10-23 13:35:02 UTC
  • mfrom: (1.1.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20091023133502-rmnkrfi314mevnvt
Tags: 1.07-1
* New upstream version
* Removed debian/patches/20_plink-1.06-gcc4.4.patch because it
  is applied upstream
* Standards-Version: 3.8.3 (no changes needed)
* Debhelper 7
* Build-Depends: zlib1g-dev

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added added

removed removed

Lines of Context:
options.cpp
20
20
// Temporary dummy function
21
21
bool par::myfunction = false;
22
22
 
 
23
Options par::opt;
 
24
 
23
25
bool   par::verbose = false;
24
26
bool   par::flag = false;
25
27
bool   par::dumpped = false;
37
39
 
38
40
int par::simul_ncases = 1000;
39
41
int par::simul_ncontrols = 1000;
 
42
string par::simul_label = "";
40
43
double par::simul_prevalence = 0.01;
41
44
bool par::simul = false;
42
45
string par::simul_file = "";
43
46
bool par::simul_tags = false;
44
47
bool par::simul_haps = false;
 
48
bool par::simul_qt = false;
 
49
double par::simul_qt_var = 0.05;
45
50
 
46
51
bool   par::lookup = false;
47
52
bool   par::lookup_single_snp = false;
55
60
 
56
61
bool    par::lookup2 = false;
57
62
string  par::lookup2_cmd = "";
58
 
Options par::lookup2_options;
59
63
 
60
64
bool par::idhelp = false;
61
65
string par::idhelp_output_delimit = " ";
69
73
string par::idhelp_subset_string ="";
70
74
bool   par::idhelp_replace = false;
71
75
string par::idhelp_replace_string = "";
72
 
Options par::idhelp_replace_options;
 
76
 
73
77
bool   par::idhelp_match = false;
74
78
vector<string> par::idhelp_match_string;
75
 
Options par::idhelp_match_options;
 
79
 
76
80
bool   par::idhelp_no_dict = false;
77
81
bool   par::idhelp_list_aliases = false;
78
82
bool   par::idhelp_alias_update = true;
87
91
 
88
92
bool   par::recode = false;
89
93
bool   par::recode_transpose = false;
 
94
bool   par::recode_long = false;
 
95
bool   par::recode_long_ref = false;
 
96
bool   par::recode_mutlist = false;
90
97
bool   par::recode_12 = false;
91
98
bool   par::recode_AD = false;
92
99
bool   par::recode_AD_fixed = false;
190
197
bool par::flip_subset = false;
191
198
string par::flip_subset_file = "plink.file";
192
199
 
 
200
bool par::compress_file = false;
 
201
bool par::uncompress_file = false;
 
202
string par::compress_filename = "";
 
203
 
193
204
bool par::read_ped = false;
194
205
string par::pedfile  = "plink.ped";
195
206
string par::mapfile  = "plink.map";
271
282
 
272
283
string par::pheno_filename = "plink.phe";
273
284
string par::covar_filename = "plink.cov";
 
285
string par::clist_filename = "plink.cov";
274
286
string par::filter_filename = "plink.cov";
275
287
 
276
288
string par::missing_genotype = "0";
310
322
bool par::score_risk_on_qrange = false;
311
323
string par::score_qrange_file = "";
312
324
string par::score_qfile = "";
313
 
 
 
325
bool par::score_test = false; 
 
326
bool par::profile_sets = false;
314
327
 
315
328
bool par::proxy_assoc = false;
316
329
bool par::proxy_glm = false;
378
391
string par::greport_subset_file = "file3";
379
392
bool   par::greport_display_empty = false;
380
393
 
 
394
bool   par::annot_file = false;
 
395
string par::annot_filename = "";
 
396
 
 
397
bool   par::meta_analysis = false;
 
398
vector<string> par::meta_files;
 
399
 
381
400
bool   par::set_screen = false;
382
401
string par::set_screen_resultfile = "";
383
402
 
502
521
bool par::gmulti_output = false;
503
522
bool par::pihat_filter = true;
504
523
bool par::genome_output = false;
 
524
bool par::compress_genome = false;
505
525
bool par::genome_only_check_rels = false;
506
526
bool par::genome_output_minimal = false;
507
527
bool par::genome_output_full = false;
600
620
bool par::chap_add_grp_specifics = false;
601
621
 
602
622
bool par::assoc_test = false;
 
623
bool par::assoc_counts = false;
603
624
bool par::assoc_glm = false;
 
625
bool par::standard_beta = false;
604
626
bool par::assoc_glm_without_main_snp = false;
605
627
bool par::assoc_test_alt_perm = false;
606
628
bool par::full_model_assoc = false;
739
761
bool par::write_set = false;
740
762
bool par::read_set = false;
741
763
 
 
764
bool par::drop_sets = true;
 
765
 
742
766
bool par::snp_include_from_cl = false;
743
767
string par::snp_include_range = "";
744
768
 
809
833
 
810
834
bool par::prune_ld = false;
811
835
bool par::prune_ld_pairwise = false;
 
836
bool par::prune_ld_pairwise_maf = true;
812
837
double par::prune_ld_vif = 2;
813
838
double par::prune_ld_r2 = 1 - 1e-6;
814
839
int par::prune_ld_win = 100;
895
920
bool par::cluster_plot = false;
896
921
int  par::cluster_mds_dim = 2;
897
922
bool par::mds_by_individual = true;
 
923
bool par::genome_groups = false;
898
924
bool par::cluster_ibm_constraint = false;
899
925
double par::cluster_ibm_constraint_value = 0;
900
926
bool par::cluster_missing = false;
927
953
bool par::af_write = false;
928
954
bool par::af_count = false;
929
955
bool par::af_read = false;
 
956
 
930
957
bool par::ibd_read = false;
 
958
string par::ibd_file = "plink.genome";
931
959
bool par::ibd_read_minimal = false;
932
 
string par::ibd_file = "plink.genome";
 
960
bool par::ibd_read_list = false;
 
961
string par::ibd_file_list = "plink.genome.list";
 
962
 
933
963
bool par::inc_write = false;
934
964
bool par::inc_read = false;
935
965
string par::inc_file = "plink.inc";
1009
1039
bool par::cnv_count_baseline = false;
1010
1040
string par::cnv_count_baseline_file = "";
1011
1041
bool par::cnv_weighted_gene_test = false;
 
1042
bool par::cnv_enrichment_test = false;
 
1043
int par::cnv_en_model = 4;
 
1044
bool par::cnv_glm = false;
1012
1045
 
1013
1046
bool par::seg_test_window = false;
1014
1047
double par::seg_test_window_bp = 100000;
1015
1048
bool par::seg_test_region = false;
1016
1049
 
 
1050
bool par::dosage_assoc = false;
 
1051
string par::dosage_file = "";
 
1052
bool par::dosage_hard_call = false;
 
1053
double par::dosage_hard_call_thresh = 0.99;
 
1054
int par::dosage_hard_call_thresh2 = 0;
 
1055
bool par::dosage_hasMap = false;
 
1056
bool par::write_dosage = false;