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Viewing changes to munge/vbmaskinfo.hlp

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Michael Hanke
  • Date: 2011-02-25 13:23:31 UTC
  • mfrom: (1.1.2 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20110225132331-g2oxsilh28koblaz
Tags: 1.8.5~svn1246-1
New upstream code.

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Lines of Context:
munge/vbmaskinfo.hlp
4
4
usage:
5
5
  vbmaskinfo <flags> <img> [<img> ...]
6
6
flags:
7
 
  -m <mask>      inclusion mask (voxels with non-zero values will be included)
 
7
  -m <mask>      inclusion mask (include voxels with non-zero values)
8
8
  -n <num>       minimum lesions for a voxel to be included (default 1)
9
9
  -u <file>      write unique-voxel volume
 
10
  -s <file> <n>  select n random distinct in-mask voxels, write as matrix
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  -r             see below
11
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  -h             show help
12
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  -v             show version
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  a summary of the number of total and distinct voxels in the
17
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  combined volume.
18
19
 
19
 
  Documentation for the -u and -r options coming soon!
20
 
 
21
 
  Note that when writing feature files, the .mat extension will get
22
 
  you a VoxBo matrix (MAT1) file, while the .mtx extension will get
23
 
  you a text format matrix file with features in columns and subjects
24
 
  (volumes) in rows.  Lines beginning with # are comments.
 
20
  The -u option creates a volume with only unique voxels.  For every
 
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  set of n identical voxels (voxels that have the same value at every
 
22
  point in the series), only one will be included.
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23
 
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  The -r flag is used to extract matrices of feature vectors
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  heuristically from a 4D mask set.  Each feature vector contains the
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  you'd like to extract.  maxrmul is the maximum R value for a model
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  of the candidate vector, with the already-included vectors as the
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  IVs (the higher the maxrmul, the less the multicollinearity among
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  the features).  countweight is the amount of weight given to the
42
 
  number of voxels containing the pattern to be considered.
 
39
  the features).  if maxrmul is 1.0 or greater, then all voxels will
 
40
  be included (this is useful if you want to create a "district" map
 
41
  of identical voxels).  countweight is the amount of weight given to
 
42
  the number of voxels containing the pattern to be considered.
43
43
  countweight can be given either in the 0-1 range or in the 0-100
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44
  range.  the remaining weight is given to the feature's variance.  if
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45
  both weighting parameters are non-zero, then the numbers used are
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46
  scaled to the 0-1 range, so that they're at least roughly
47
47
  comparable.
48
48
 
 
49
  Note that when writing matrix files using -s or -r, the .mat
 
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  extension will get you a VoxBo matrix (MAT1) file, while the .mtx
 
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  extension will get you a text format matrix file with features in
 
52
  columns and subjects (volumes) in rows.  Lines beginning with # are
 
53
  comments.
 
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