← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/bwa/saucy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to bwtaln.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy, 9ce640c, e641dd6, 4ada685
  • Date: 2011-11-14 19:28:44 UTC
  • mfrom: (1.1.9)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20111114192844-0yqvb9dez02za2mq
Tags: 0.6.0-1
[9ce640c] New upstream release (not to use in a production pipeline).
[e641dd6] Corrected the name of the file downloaded by uscan.
[4ada685] Pass Dpkg build flags to the compiler through Debhelper 9.  Thanks, Niels Thykier!

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
bwtaln.h
34
34
} bwt_width_t;
35
35
 
36
36
typedef struct {
37
 
        uint32_t n_mm:8, n_gapo:8, n_gape:8, a:1;
 
37
        uint32_t n_mm:16, n_gapo:8, n_gape:8;
38
38
        bwtint_t k, l;
39
39
        int score;
40
40
} bwt_aln1_t;
51
51
#define __cigar_create(__op, __len) ((__op)<<CIGAR_OP_SHIFT | (__len))
52
52
 
53
53
typedef struct {
54
 
        uint32_t pos;
55
54
        uint32_t n_cigar:15, gap:8, mm:8, strand:1;
 
55
        bwtint_t pos;
56
56
        bwa_cigar_t *cigar;
57
57
} bwt_multi1_t;
58
58
 
135
135
        void bwa_free_read_seq(int n_seqs, bwa_seq_t *seqs);
136
136
 
137
137
        int bwa_cal_maxdiff(int l, double err, double thres);
138
 
        void bwa_cal_sa_reg_gap(int tid, bwt_t *const bwt[2], int n_seqs, bwa_seq_t *seqs, const gap_opt_t *opt);
 
138
        void bwa_cal_sa_reg_gap(int tid, bwt_t *const bwt, int n_seqs, bwa_seq_t *seqs, const gap_opt_t *opt);
139
139
 
140
140
        void bwa_cs2nt_core(bwa_seq_t *p, bwtint_t l_pac, ubyte_t *pac);
141
141