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~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/libbio-asn1-entrezgene-perl/saucy

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Viewing changes to lib/Bio/ASN1/EntrezGene.pm

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Florian Schlichting, Florian Schlichting, Nathan Handler, Salvatore Bonaccorso, Ansgar Burchardt, gregor herrmann
  • Date: 2012-01-12 23:41:22 UTC
  • mfrom: (1.1.1)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20120112234122-pn5dg6kbodsan3ls
Tags: 1.100-1
[ Florian Schlichting ]
* Imported Upstream version 1.100.
* Bumped debhelper compatibility to 8, switched to short d/rules.
* Set source format to "3.0 (quilt)".
* Refreshed debian/copyright.
* Bumped Standards-Version to 3.9.2 (no change).
* Added myself to Uploaders.
* Added fix-spelling-error.patch.

[ Nathan Handler ]
* debian/watch: Update to ignore development releases.

[ Salvatore Bonaccorso ]
* debian/control: Changed: Replace versioned (build-)dependency on
  perl (>= 5.6.0-{12,16}) with an unversioned dependency on perl (as
  permitted by Debian Policy 3.8.3).

[ Ansgar Burchardt ]
* debian/control: Convert Vcs-* fields to Git.

[ gregor herrmann ]
* debian/watch: add uversionmangles to deal with version suffix and
  2-digit minor versions.

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removed removed

Lines of Context:
lib/Bio/ASN1/EntrezGene.pm
112
112
use Carp qw(carp croak);
113
113
use vars qw ($VERSION);
114
114
 
115
 
$VERSION = '1.09';
 
115
$VERSION = '1.10';
116
116
 
117
117
=head2 new
118
118
 
219
219
  Function:   Takes in name of a file containing Entrez Gene records.
220
220
              opens the file and stores file handle
221
221
  Returns:    none.
222
 
  Notes:      Attemps to open file larger than 2 GB even on Perl that
 
222
  Notes:      Attempts to open file larger than 2 GB even on Perl that
223
223
                does not support 2 GB file (accomplished by calling
224
224
                "cat" and piping output. On OS that does not have "cat"
225
225
                error message will be displayed)
310
310
      $self->{linenumber} += $lines =~ s/\n//g || $lines =~ s/\r//g; # count by *NIX/Win or Mac
311
311
      my $tmp;
312
312
      # we put \s* in lookahead for linenumber counting purpose (which slows things down)
313
 
      if(($self->{input} =~ /\G"((?:[^"]|"")*)"(?=\s*[,}])/cg && ++$tmp) ||
 
313
      if(($self->{input} =~ /\G"((?:[^"]+|"")*)"(?=\s*[,}])/cg && ++$tmp) ||
314
314
         $self->{input} =~ /\G([\w-]+)(?=\s*[,}])/cg)
315
315
      {
316
316
        my $value = $1;
344
344
        return $data;
345
345
      }
346
346
    }
347
 
    elsif($self->{input} =~ /\G[ \t]*"((?:[^"]|"")*)"(?=\s*[,}])/cg)
 
347
    elsif($self->{input} =~ /\G[ \t]*"((?:[^"]+|"")*)"(?=\s*[,}])/cg)
348
348
    {
349
349
      my $value = $1;
350
350
      $value =~ s/""/"/g;