~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/libbpp-phyl/saucy

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This software is a computer program whose purpose is to provide classes

for phylogenetic data analysis.

 

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professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore

encouraged to load and test the software's suitability as regards their

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data to be ensured and,  more generally, to use and operate it in the 

same conditions as regards security. 

 

The fact that you are presently reading this means that you have had

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*/

#include "CodonAsynonymousFrequenciesReversibleSubstitutionModel.h"

 

 * 

class YN98:

  public AbstractReversibleSubstitutionModel

 

  CodonAsynonymousFrequenciesReversibleSubstitutionModel pmodel_;

 

private:

  /**

   * @brief Tools to make the link between the Parameters of the

   * object and those of pmodel_.

   *

   */

 

  std::map<std::string,std::string> mapParNamesFromPmodel_;

  

  ParameterList lParPmodel_;

  

  YN98(const YN98& yn98) : AbstractReversibleSubstitutionModel(yn98),

                           pmodel_(yn98.pmodel_),

                           mapParNamesFromPmodel_(yn98.mapParNamesFromPmodel_),

                           lParPmodel_(yn98.lParPmodel_) {}

  ~YN98() {}

  

 

        

  const Vdouble& getFrequencies() const { return pmodel_.getFrequencies(); }

       

  const Matrix<double>& getGenerator() const { return pmodel_.getGenerator(); }

    

  const Vdouble& getEigenValues() const { return pmodel_.getEigenValues(); }

    

  const Matrix<double>& getRowLeftEigenVectors() const { return pmodel_.getRowLeftEigenVectors(); }

  

  const Matrix<double>& getColumnRightEigenVectors() const { return pmodel_.getColumnRightEigenVectors(); }

    

  double freq(unsigned int i) const { return pmodel_.freq(i); }

    

  double Qij(unsigned int i, unsigned int j) const { return pmodel_.Qij(i,j); }

    

  double Pij_t    (unsigned int i, unsigned int j, double t) const { return pmodel_.Pij_t(i, j, t); }

  double dPij_dt  (unsigned int i, unsigned int j, double t) const { return pmodel_.dPij_dt(i, j, t); }

  double d2Pij_dt2(unsigned int i, unsigned int j, double t) const { return pmodel_.d2Pij_dt2(i, j, t); }

 

  const Matrix<double>& getPij_t    (double d) const { return pmodel_.getPij_t(d);  }

  const Matrix<double>& getdPij_dt  (double d) const { return pmodel_.getdPij_dt(d);  }

  const Matrix<double>& getd2Pij_dt2(double d) const { return pmodel_.getd2Pij_dt2(d);  }

 

  void setFreq(std::map<int, double>& m);

  

  unsigned int getNumberOfStates() const  { return pmodel_.getNumberOfStates();  }

 

  double getInitValue(unsigned int i, int state) const throw (BadIntException) { return pmodel_.getInitValue(i,state); }

 

  void enableEigenDecomposition(bool yn) { eigenDecompose_ = 1; }

 

  bool enableEigenDecomposition() { return pmodel_.enableEigenDecomposition(); }

 

  const FrequenciesSet& getFreq() const { return pmodel_.getFreq(); }

 

  double getRate() const { return pmodel_.getRate();}

  

  void setRate(double rate) { pmodel_.setRate(rate);}

 

  void addRateParameter();

  

protected:

  void updateMatrices();

 

} //end of namespace bpp.

#endif  //_YN98_H_