← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/libbpp-seq/saucy-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/Bpp/Seq/Io/OSequence.h

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Julien Dutheil
  • Date: 2013-03-05 14:31:00 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130305143100-2jox395vr1ghao46
Tags: 2.1.0-1
* 'omics' tools now in bpp-seq-omics
* Extended BppO support
* StateProperties renamed to AlphabetIndex

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/Bpp/Seq/Io/OSequence.h
6
6
//
7
7
 
8
8
/*
9
 
Copyright or © or Copr. CNRS, (November 17, 2004)
 
9
Copyright or © or Copr. Bio++ Development Team, (November 17, 2004)
10
10
 
11
11
This software is a computer program whose purpose is to provide classes
12
12
for sequences analysis.
41
41
#ifndef _OSEQUENCE_H_
42
42
#define _OSEQUENCE_H_
43
43
 
 
44
#include "../Container/SequenceContainer.h"
 
45
#include "../Container/SiteContainer.h"
44
46
#include "IoSequence.h"
45
47
 
46
48
#include <Bpp/Exceptions.h>
69
71
       * @param sc        The container to write.
70
72
       * @throw Exception If the file is not in the specified format.
71
73
       */
72
 
      virtual void write(std::ostream & output, const SequenceContainer & sc) const throw (Exception) = 0;
 
74
      virtual void writeSequences(std::ostream& output, const SequenceContainer& sc) const throw (Exception) = 0;
73
75
 
74
76
      /**
75
77
       * @brief Write a container to a file.
80
82
       *                  Any previous content will be lost.
81
83
       * @throw Exception If the file is not in the specified format.
82
84
       */
83
 
      virtual void write(const std::string & path, const SequenceContainer & sc, bool overwrite) const throw (Exception) = 0;
 
85
      virtual void writeSequences(const std::string& path, const SequenceContainer & sc, bool overwrite) const throw (Exception) = 0;
84
86
 
85
87
  };
86
88
 
106
108
       * @param sc        The container to write.
107
109
       * @throw Exception If the file is not in the specified format.
108
110
       */
109
 
      virtual void write(std::ostream& output, const SiteContainer& sc) const throw (Exception) = 0;
 
111
      virtual void writeAlignment(std::ostream& output, const SiteContainer& sc) const throw (Exception) = 0;
110
112
 
111
113
      /**
112
114
       * @brief Write a container to a file.
117
119
       *                  Any previous content will be lost.
118
120
       * @throw Exception If the file is not in the specified format.
119
121
       */
120
 
      virtual void write(const std::string& path, const SiteContainer& sc, bool overwrite) const throw (Exception) = 0;
 
122
      virtual void writeAlignment(const std::string& path, const SiteContainer& sc, bool overwrite) const throw (Exception) = 0;
121
123
 
122
124
  };
123
125
} //end of namespace bpp.