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Viewing changes to algo/blast/core/blast_psi_priv.h

Tags: upstream-6.1.20080302
Import upstream version 6.1.20080302

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Lines of Context:
algo/blast/core/blast_psi_priv.h
1
 
/*  $Id: blast_psi_priv.h,v 1.33 2006/11/22 15:35:17 papadopo Exp $
 
1
/*  $Id: blast_psi_priv.h,v 1.34 2007/12/07 18:25:42 kazimird Exp $
2
2
 * ===========================================================================
3
3
 *
4
4
 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
347
347
#define PSIERR_STARTINGGAP      (-10)
348
348
/** Found flanking gap at end of alignment */
349
349
#define PSIERR_ENDINGGAP        (-11)
 
350
/** Unknown error */
 
351
#define PSIERR_UNKNOWN          (-255)
350
352
 
351
353
/****************************************************************************/
352
354
/* Function prototypes for the various stages of the PSSM generation engine */
412
414
 * @param aligned_blocks data structure describing the aligned blocks'
413
415
 * properties for each position of the multiple sequence alignment [in]
414
416
 * @param pseudo_count pseudo count constant [in]
 
417
 * @param nsg_compatibility_mode set to true to emulate the structure group's
 
418
 * use of PSSM engine in the cddumper application. By default should be FALSE
415
419
 * @param internal_pssm PSSM being computed [out]
416
420
 * @return PSIERR_BADPARAM if arguments are NULL, PSI_SUCCESS otherwise
417
421
 */
421
425
                      const BlastScoreBlk* sbp,
422
426
                      const _PSIAlignedBlock* aligned_blocks,
423
427
                      Int4 pseudo_count,
 
428
                      Boolean nsg_compatibility_mode,
424
429
                      _PSIInternalPssmData* internal_pssm);
425
430
 
426
431
/** Converts the PSSM's frequency ratios obtained in the previous stage to a 
625
630
}
626
631
#endif
627
632
 
628
 
 
629
 
/*
630
 
 * ===========================================================================
631
 
 *
632
 
 * $Log: blast_psi_priv.h,v $
633
 
 * Revision 1.33  2006/11/22 15:35:17  papadopo
634
 
 * doxygen fixes
635
 
 *
636
 
 * Revision 1.32  2006/11/21 17:07:38  papadopo
637
 
 * rearrange headers
638
 
 *
639
 
 * Revision 1.31  2006/11/14 15:37:19  camacho
640
 
 * PSSM engine performance optimizations
641
 
 *
642
 
 * Revision 1.30  2006/04/19 19:16:49  camacho
643
 
 * Refactoring of structure group customization and addition of validation
644
 
 *
645
 
 * Revision 1.29  2005/05/24 12:49:24  camacho
646
 
 * doxygen fix
647
 
 *
648
 
 * Revision 1.28  2005/05/10 16:07:51  camacho
649
 
 * Changed *_ENCODING #defines to EBlastEncoding enumeration
650
 
 *
651
 
 * Revision 1.27  2005/03/23 14:04:24  camacho
652
 
 * doxygen fix
653
 
 *
654
 
 * Revision 1.26  2005/03/22 15:35:10  camacho
655
 
 * Fix to enable backwards compatibility with old PSSM engine when the query is
656
 
 * the only sequence aligned for a given column of the multiple sequence
657
 
 * alignment.
658
 
 *
659
 
 * Revision 1.25  2005/02/28 13:40:11  camacho
660
 
 * Minor doxygen fix
661
 
 *
662
 
 * Revision 1.24  2005/02/23 17:24:41  camacho
663
 
 * 1. Moved prototype of _PSIUpdateLambdaK to blast_psi_priv.h
664
 
 * 2. Removed unneeded fields from Kappa_compactSearchItems
665
 
 * 3. Doxygen fixes
666
 
 *
667
 
 * Revision 1.23  2005/02/22 22:49:34  camacho
668
 
 * + impala_scaling_factor, first cut
669
 
 *
670
 
 * Revision 1.22  2005/01/31 16:50:21  camacho
671
 
 * 1. Moved constants to private header.
672
 
 * 2. Changed signature of functions to copy matrices.
673
 
 *
674
 
 * Revision 1.21  2004/12/13 22:26:59  camacho
675
 
 * Consolidated structure group customizations in option: nsg_compatibility_mode
676
 
 *
677
 
 * Revision 1.20  2004/12/08 15:06:02  camacho
678
 
 * Call _PSIUpdatePositionCounts is needed after purging query sequence for
679
 
 * structure group customization, thus this function has been changed to reset the
680
 
 * appropriate _PSIMsa fields so that residue counts/aligned sequences are
681
 
 * reported accurately.
682
 
 *
683
 
 * Revision 1.19  2004/12/07 22:07:34  camacho
684
 
 * Add sanity checks for purge identity threshold
685
 
 *
686
 
 * Revision 1.18  2004/11/26 14:22:54  camacho
687
 
 * doxygen fixes
688
 
 *
689
 
 * Revision 1.17  2004/11/22 14:38:48  camacho
690
 
 * + option to set % identity threshold to PSSM engine
691
 
 *
692
 
 * Revision 1.16  2004/11/18 16:25:32  camacho
693
 
 * Rename _PSIGetStandardProbabilities to BLAST_GetStandardAaProbabilities
694
 
 *
695
 
 * Revision 1.15  2004/11/02 20:37:30  camacho
696
 
 * Doxygen fixes
697
 
 *
698
 
 * Revision 1.14  2004/10/18 14:33:14  camacho
699
 
 * 1. Added validation routines
700
 
 * 2. Fixed bug in calculating sequence weights
701
 
 * 3. Expanded error codes
702
 
 *
703
 
 * Revision 1.13  2004/08/31 16:13:28  camacho
704
 
 * Documentation changes
705
 
 *
706
 
 * Revision 1.12  2004/08/04 20:18:26  camacho
707
 
 * 1. Renaming of structures and functions that pertain to the internals of PSSM
708
 
 *    engine.
709
 
 * 2. Updated documentation (in progress)
710
 
 *
711
 
 * Revision 1.11  2004/08/02 13:25:49  camacho
712
 
 * 1. Various renaming of structures, in progress
713
 
 * 2. Addition of PSIDiagnostics structures, in progress
714
 
 *
715
 
 * Revision 1.10  2004/07/29 19:16:02  camacho
716
 
 * Moved PSIExtractQuerySequenceInfo
717
 
 *
718
 
 * Revision 1.9  2004/07/22 19:05:58  camacho
719
 
 * 1. Removed information content from _PSISequenceWeights structure.
720
 
 * 2. Added functions to calculate information content.
721
 
 *
722
 
 * Revision 1.8  2004/07/02 17:57:57  camacho
723
 
 * Made _PSIUpdatePositionCounts non-static
724
 
 *
725
 
 * Revision 1.7  2004/06/21 12:52:44  camacho
726
 
 * Replace PSI_ALPHABET_SIZE for BLASTAA_SIZE
727
 
 *
728
 
 * Revision 1.6  2004/06/17 20:46:59  camacho
729
 
 * doxygen fixes
730
 
 *
731
 
 * Revision 1.5  2004/06/09 14:20:30  camacho
732
 
 * Updated comments
733
 
 *
734
 
 * Revision 1.4  2004/05/28 16:00:10  camacho
735
 
 * + first port of PSSM generation engine
736
 
 *
737
 
 * Revision 1.3  2004/05/06 14:01:40  camacho
738
 
 * + _PSICopyDoubleMatrix
739
 
 *
740
 
 * Revision 1.2  2004/04/07 21:43:47  camacho
741
 
 * Removed unneeded #include directive
742
 
 *
743
 
 * Revision 1.1  2004/04/07 19:11:17  camacho
744
 
 * Initial revision
745
 
 *
746
 
 *
747
 
 * ===========================================================================
748
 
 */
749
 
 
750
633
#endif /* !ALGO_BLAST_CORE__BLAST_PSI_PRIV__H */