← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/saucy/paml/saucy

« back to all changes in this revision

Viewing changes to src/treespace.c

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-09-30 21:48:20 UTC
  • mfrom: (1.1.1)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110930214820-34le7vftkcq97n9i
Tags: 4.4e-1
http://bugs.debian.org/643843
* Team upload.
* New upstream release.
* Upload to unstable (Closes: #643843).
* Corrected debian/watch for downloading sources with uscan.
* Removed links to inexsistant Git repositories in debian/README.source.
* Corrected VCS URLs (debian/control).
* Conforms to Policy 3.9.2 (debian/control, no other changes needed).
* Use Debhelper 8 (debian/control, debian/compat).
* Converted debian/copyright to machine readable format version 1.0.
* Compress binary packages with xz.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
src/treespace.c
264
264
 
265
265
   tree.root=newroot;
266
266
   BranchToNode ();
267
 
   for (b=oldroot,a=nodes[b].father; b!=newroot; b=a,a=nodes[b].father)
268
 
      { nodes[b].branch=nodes[a].branch; nodes[b].label=nodes[a].label; }
269
 
   nodes[newroot].branch=-1;  nodes[newroot].label=-1;
 
267
   for (b=oldroot,a=nodes[b].father; b!=newroot; b=a,a=nodes[b].father) { 
 
268
      nodes[b].branch = nodes[a].branch; 
 
269
      nodes[b].label  = nodes[a].label;
 
270
   }
 
271
   nodes[newroot].branch = -1;
 
272
   nodes[newroot].label = -1;
270
273
 
271
274
#if (CODEML)
272
275
   /* omega's are moved in updateconP for NSbranchsites models */
273
276
   if(com.model && com.NSsites==0) { 
274
277
      for (b=oldroot,a=nodes[b].father; b!=newroot; b=a,a=nodes[b].father)
275
 
         nodes[b].omega=nodes[a].omega;
276
 
      nodes[newroot].omega=-1;
 
278
         nodes[b].omega = nodes[a].omega;
 
279
      nodes[newroot].omega = -1;
277
280
   }
278
281
#endif
279
282
#if (BASEML)
280
283
   if(com.nhomo==2) { 
281
284
      for (b=oldroot,a=nodes[b].father; b!=newroot; b=a,a=nodes[b].father)
282
 
         nodes[b].kappa=nodes[a].kappa;
283
 
      nodes[newroot].kappa=-1;
 
285
         nodes[b].kappa = nodes[a].kappa;
 
286
      nodes[newroot].kappa = -1;
284
287
   }
285
288
#endif
286
289