~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/amap-align/trusty-proposed

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# Makefile for amap

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# 1) Choose C++ compiler.

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CXX = g++

 

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# 2) Set C++ flags.

#    a) DEBUG mode -- no optimizations, enable SafeVector checking, no inlining

#    b) PROFILE mode -- for gprof

#    c) RELEASE mode

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OTHERFLAGS = -DNumInsertStates=1 -DVERSION='"AMAP.2.0"'

 

# debug mode    

#CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -DENABLE_CHECKS -fno-inline $(OTHERFLAGS)

#CXXFLAGS = -g -W -Wall -pedantic -fno-inline $(OTHERFLAGS)

 

# profile mode

#CXXFLAGS = -pg -W -Wall -pedantic $(OTHERFLAGS)

 

# release mode

#CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -mmmx -msse -msse2 -mfpmath=sse -march=pentium4 -mcpu=pentium4 -funroll-loops -fomit-frame-pointer 

CXXFLAGS = -O3 -W -Wall -pedantic -DNDEBUG $(OTHERFLAGS) -funroll-loops

 

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# 3) Dependencies

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TARGETS = amap

 

.PHONY : all

all : $(TARGETS)

 

amap : MultiSequenceDag.h MultiSequence.h ProbabilisticModel.h ScoreType.h Sequence.h FileBuffer.h SparseMatrix.h EvolutionaryTree.h Defaults.h SafeVector.h Amap.cc

        $(CXX) $(CXXFLAGS) -lm -o amap Amap.cc 

 

.PHONY : clean

clean:

        rm -f $(TARGETS)