← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/clustalx/trusty

« back to all changes in this revision

Viewing changes to clustalW/fileInput/GDEFileParser.h

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Charles Plessy, Steffen Moeller, Charles Plessy
  • Date: 2009-10-21 13:25:44 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20091021132544-r4hbcnjxp354wxh0
Tags: 2.0.12-1
https://launchpad.net/bugs/423648
https://launchpad.net/bugs/393769
http://bugs.debian.org/550893
* New upstream release (LP: #423648, #393769):
  - Uses Qt instead of lesstif.
  - Includes new code for UPGMA guide trees.
  - Includes iterative alignment facility.

[ Steffen Moeller ]
* New upstream release.
* Updated watch file (Closes: #550893).
* Removed LICENSE from debian/clustalx.docs
* rename to clustalx seems no longer required in debian/rules
* moved clustalx.1 into debian folder (eases working with svn-buildpackage)
* added German translation to desktop file

[ Charles Plessy ]
* Updated my email address.
* debian/copyright made machine-readable.
* Added various informations in debian/upstream-metadata.yaml.
* Switched to Debhelper 7.
  (debian/rules, debian/control, debian/patches, debian/compat)
* Removed useless Debhelper file debian/clustalx.dirs.
* Updated package description.
* Hardcoded the localisation of accessory files in /usr/share/clustalx.
  (debian/patches/hardcode-accessory-file-locations.patch)
* Documented in debian/README.source that the documentation for quilt
  is in /usr/share/doc/quilt.
* Added upstream changelog downloaded from upstream website
  (debian/rules, debian/CHANGELOG.upstream).
* Incremented Standards-Version to reflect conformance with Policy 3.8.3
  (debian/control, no other changes needed).
* Updated homepage in debian/clustalw.1.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
clustalW/fileInput/GDEFileParser.h
 
1
/**
 
2
 * Author: Mark Larkin
 
3
 * 
 
4
 * Copyright (c) 2007 Des Higgins, Julie Thompson and Toby Gibson.  
 
5
 */
 
6
#ifndef GDEFILEPARSER_H
 
7
#define GDEFILEPARSER_H
 
8
 
 
9
#include <string>
 
10
#include "FileParser.h"
 
11
 
 
12
namespace clustalw
 
13
{
 
14
 
 
15
class GDEFileParser : public FileParser
 
16
{
 
17
    public:
 
18
        /* Functions */
 
19
        GDEFileParser(string filePath);
 
20
        ~GDEFileParser();
 
21
        virtual vector<Sequence> getSeqRange(int firstSeq, int num, string *offendingSeq=NULL);
 
22
        virtual Sequence getSeq(int seqNum, string *offendingSeq=NULL);
 
23
        virtual int countSeqs();
 
24
        virtual void getSecStructure(vector<char>& gapPenaltyMask, 
 
25
                vector<char>& secStructMask,
 
26
               string& secStructName, int &structPenalties, int length); 
 
27
 
 
28
        /* Attributes */
 
29
 
 
30
    private:
 
31
        /* Functions */
 
32
 
 
33
        /* Attributes */
 
34
        string fileName;
 
35
};
 
36
 
 
37
}
 
38
#endif
 
39