~ubuntu-branches/ubuntu/trusty/travis/trusty

extern CxObArray g_oaSingleMolecules;

extern CxObArray g_oaMolecules;

extern CxIntArray g_laAtomSMIndex;

class CClusterAnalysis;

class CExtendedCluster : public CxObject

{

public:

        bool IsHydrogenBond(int i1, int i2);

        int CountDifferentAtomCodesUndir();

        int CountDifferentAtomCodes();

        void BuildAtomCodesUndir();

        void BuildAtomCodes();

        void CreateFrom(CClusterNode *n, CTimeStep *ts, CClusterAnalysis *ca, bool wrap);

        CExtendedCluster();

        ~CExtendedCluster();

 

        int m_iClusterIndex;

        int m_iIndex;

        int m_iInterBonds;

        int m_iMonomers;

        int m_iCount;

        int m_iCountUndir;

        double m_fSignificance;

        double m_fSignificanceUndir;

        CxIntArray m_iaAtoms;

        CxObArray m_oaBonds;

        CxObArray m_oaRelBonds;

        CxIntArray m_iaMonomerSM;

        CxObArray m_oaRelBondsUndir;

        CxDoubleArray m_faAtomCodes;

        CxDoubleArray m_faTempAtomCodes;

        CxDoubleArray m_faAtomCodesUndir;

        CxDoubleArray m_faTempAtomCodesUndir;

        CxDoubleArray m_faCountAC;

};

 

 

        bool m_bVoroMetric;

        void REC_DumpAgr(CClusterNode *n, CGrace *g, int ec, unsigned long color);

        unsigned int POVColorFunction(int i);

        void WriteClusterXYZ(CClusterNode *n, CTimeStep *ts, FILE *a);

        void RenderStepPOV(CTimeStep *ts, const char *s);

        void REC_IsConnected(CExtendedCluster *ec, int i);

        bool IsConnected(CExtendedCluster *ec);

        void RenderFormula(const char *s);

        void DumpAtomDOT(CExtendedCluster *ec, const char *s);

        void DumpSchematicDirectedDOT(CExtendedCluster *ec, const char *s);

        void DumpSchematicUndirectedDOT(CExtendedCluster *ec, const char *s);

        bool AddToClusterTopo(CExtendedCluster *ec, int *i);

        bool AddToClusterTopoUndir(CExtendedCluster *ec, int *i);

        inline int MassCenter(int i)

        {

                return ((CxIntArray*)((CSingleMolecule*)g_oaSingleMolecules[g_laAtomSMIndex[i]])->m_oaAtomOffset[((CSingleMolecule*)g_oaSingleMolecules[g_laAtomSMIndex[i]])->m_oaAtomOffset.GetSize()-1])->GetAt(1);

        }

 

 

        bool m_bCOMTrick;

        bool m_bPOVDiagram;

        int m_iPOVMonomersMin;

        int m_iPOVMonomersMax;

        float m_fPOVAngleIncrement;

        float m_fPOVAngle;

        int m_iPOVColCount;

        int m_iPOVFrameCounter;

        CxObArray m_oaPOVSMColorHistory;

        FILE *m_fPOVScript;

        CxObArray m_oaPOVExtendedCluster;

        CxIntArray m_iaPOVSMColor;

        CxIntArray m_iaPOVSMCluster;

        bool m_bPOVTrajectory;

        bool m_bClusterTopoTrajectories;

        CxIntArray m_iaConnectedBuffer;

        bool m_bSelectBonds;

        CxIntArray m_iaAtomBondFrom;

        CxIntArray m_iaAtomBondTo;

        int m_iClusterTopoTries;

        CxIntArray m_iaClusterTopoSMTemp;

        CxObArray m_oaClusterTopo;

        CxObArray m_oaClusterTopoUndir;

        bool m_bClusterTopoAllBonds;

        bool m_bClusterTopoDrawAtom;

        bool m_bClusterTopoDrawDirected;

        bool m_bClusterTopoDrawUndirected;

        float m_fClusterTopoHBThres;

        float m_fClusterTopoDispThres;

        CxIntArray m_iaClusterTopoMolColor;

        bool m_bClusterTopo;

        int m_iClusterTopoMax;