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Viewing changes to runconf

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Alastair McKinstry
  • Date: 2013-12-09 15:21:31 UTC
  • mfrom: (1.1.2)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20131209152131-jtd4fpmdv3xnunnm
Tags: 1.5.0-1
* New upstream.
* Standards-Version: 3.9.5
* Include latest config.{sub,guess} 
* New watch file.
* Create libadios-bin for binaries.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
runconf
9
9
    ########
10
10
    # Sith #
11
11
    ########
12
 
    echo "Configure on SITH"
 
12
    source /etc/profile.d/modules.sh
 
13
    TARGET=`module list 2>&1 | grep "PE"- | sed "s/^.*PE-\([a-z]*\).*/\1/"`
 
14
 
 
15
    if [ -z "$TARGET" ]; then
 
16
        echo "Cannot determine Programming environment. Exit"
 
17
        exit 1
 
18
    fi
 
19
    echo "Configure on SITH for $TARGET env."
13
20
    source /etc/profile.d/modules.sh
14
21
    module unload hdf5
15
22
    module unload netcdf
18
25
    module unload PE-intel
19
26
    module unload PE-pathscale
20
27
    module unload pgi gcc intel pathscale
21
 
    TARGET=pgi
 
28
    module unload python
22
29
    module load PE-$TARGET
23
30
    module load mxml
 
31
    module load python
24
32
    # Use both seq hdf5 (for utils) and 
25
33
    #   parallel hdf5 (for PHDF5 method)
26
 
    module load hdf5/1.8.5
 
34
    module load hdf5/1.8.10
27
35
    SEQ_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
28
36
    SEQ_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
29
37
    module unload hdf5
30
 
    module load hdf5/1.8.5_par
 
38
    module load hdf5/1.8.10_par
31
39
    PAR_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
32
40
    PAR_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
33
41
    module unload hdf5
34
42
    # Seq. and Parallel NetCDF 4 
35
 
    module load netcdf/4.1.1
 
43
    module load netcdf/4.1.3
36
44
    SEQ_NC_DIR=$NETCDF_DIR
37
45
    SEQ_NC_CLIB=$NETCDF_CLIB
38
46
    module unload netcdf
39
 
    module load netcdf/4.1.1_par
 
47
    module load netcdf/4.1.3_par
40
48
    PAR_NC_DIR=$NETCDF_DIR
41
49
    PAR_NC_CLIB=$NETCDF_CLIB
42
50
    module unload netcdf
47
55
        export CC=pgcc
48
56
        export CXX=pgCC
49
57
        export FC=pgf90
 
58
        WITHDART="--with-dataspaces=/ccs/proj/e2e/dataspaces/sith/$TARGET"
 
59
        WITHFLEX="--with-flexpath=/ccs/proj/e2e/chaos/sith/$TARGET"
50
60
    elif [ "$TARGET" == "gnu" ]; then
51
61
        export CC=gcc
52
62
        export CXX=g++
53
63
        export FC=gfortran
 
64
        WITHDART="--with-dataspaces=/ccs/proj/e2e/dataspaces/sith/$TARGET"
 
65
        WITHFLEX="--with-flexpath=/ccs/proj/e2e/chaos/sith/$TARGET"
54
66
    elif [ "$TARGET" == "intel" ]; then
55
67
        export CC=icc
56
68
        export CXX=icpc
57
69
        export FC=ifort
 
70
        WITHDART=""
 
71
        WITHFLEX=""
58
72
    else
59
 
        echo "TARGET must be pgi or gnu"
 
73
        echo "TARGET must be pgi or gnu or intel"
60
74
        exit 1
61
75
    fi
62
76
        
 
77
    export CPPFLAGS="-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK" 
63
78
    export CFLAGS="-g -fPIC" 
64
79
    ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/pnorbert/ADIOS/sith.$TARGET \
65
80
        --enable-dependency-tracking \
66
 
        --enable-research-transports  \
 
81
        --enable-research-transports \
 
82
        --with-lustre=/usr/lib64 \
 
83
        $WITHDART \
 
84
        $WITHFLEX \
67
85
        --with-hdf5=${SEQ_HDF5_DIR} \
68
86
        --with-hdf5-libs="${SEQ_HDF5_CLIB}" \
69
87
        --with-phdf5=${PAR_HDF5_DIR} \
71
89
        --with-netcdf=${SEQ_NC_DIR} \
72
90
        --with-netcdf-libs="${SEQ_NC_CLIB}" \
73
91
        --with-nc4par=${PAR_NC_DIR} \
74
 
        --with-nc4par-libs="${PAR_NC_CLIB}" \
 
92
        --with-nc4par-libs="${PAR_NC_CLIB}" 
 
93
        #--with-dmalloc=/ccs/proj/e2e/qliu/dmalloc.sith.$TARGET 
 
94
        #--with-dmalloc=/ccs/proj/e2e/pnorbert/dmalloc.$TARGET 
 
95
        #--enable-shared --disable-static
 
96
        #--without-datatap #--without-infiniband
 
97
        #--with-dmalloc=/ccs/proj/e2e/pnorbert/dmalloc.$TARGET 
 
98
        #--with-datatap=/ccs/home/habbasi/work/ewok/
 
99
        #--enable-datatap=ib
 
100
 
 
101
elif [ `hostname | cut -c 1-4` == "yona" ]; then
 
102
 
 
103
    ########
 
104
    # Yona #
 
105
    ########
 
106
    TARGET=pgi
 
107
    echo "Configure on Yona for $TARGET env."
 
108
    source /etc/profile.d/modules.sh
 
109
    module unload hdf5
 
110
    module unload netcdf
 
111
    module unload PE-gnu
 
112
    module unload PE-pgi
 
113
    module unload PE-intel
 
114
    module unload PE-pathscale
 
115
    module unload pgi gcc intel pathscale
 
116
    #module unload python
 
117
    module load PE-$TARGET
 
118
    module load mxml
 
119
    #module load python
 
120
    # Use both seq hdf5 (for utils) and 
 
121
    #   parallel hdf5 (for PHDF5 method)
 
122
    module load hdf5/1.8.5
 
123
    SEQ_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
 
124
    SEQ_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
 
125
    module unload hdf5
 
126
    #module load hdf5/1.8.5_par
 
127
    #PAR_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
 
128
    #PAR_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
 
129
    #module unload hdf5
 
130
    # Seq. and Parallel NetCDF 4 
 
131
    module load netcdf/3.6.2
 
132
    SEQ_NC_DIR=$NETCDF_DIR
 
133
    SEQ_NC_CLIB=$NETCDF_CLIB
 
134
    module unload netcdf
 
135
    #module load netcdf/4.1.1_par
 
136
    #PAR_NC_DIR=$NETCDF_DIR
 
137
    #PAR_NC_CLIB=$NETCDF_CLIB
 
138
    #module unload netcdf
 
139
    export MPICC=mpicc
 
140
    export MPICXX=mpiCC
 
141
    export MPIFC=mpif90
 
142
    if [ "$TARGET" == "pgi" ]; then
 
143
        export CC=pgcc
 
144
        export CXX=pgCC
 
145
        export FC=pgf90
 
146
    elif [ "$TARGET" == "gnu" ]; then
 
147
        export CC=gcc
 
148
        export CXX=g++
 
149
        export FC=gfortran
 
150
    elif [ "$TARGET" == "intel" ]; then
 
151
        export CC=pgcc
 
152
        export CXX=pgCC
 
153
        export FC=pgf90
 
154
    elif [ "$TARGET" == "gnu" ]; then
 
155
        export CC=gcc
 
156
        export CXX=g++
 
157
        export FC=gfortran
 
158
    elif [ "$TARGET" == "intel" ]; then
 
159
        export CC=icc
 
160
        export CXX=icpc
 
161
        export FC=ifort
 
162
    else
 
163
        echo "TARGET must be pgi or gnu or intel"
 
164
        exit 1
 
165
    fi
 
166
        
 
167
    export CFLAGS="-g -fPIC" 
 
168
    ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/pnorbert/ADIOS/yona.$TARGET \
 
169
        --enable-dependency-tracking \
 
170
        --enable-research-transports  \
 
171
        --with-hdf5=${SEQ_HDF5_DIR} \
 
172
        --with-hdf5-libs="${SEQ_HDF5_CLIB}" \
 
173
        --with-netcdf=${SEQ_NC_DIR} \
 
174
        --with-netcdf-libs="${SEQ_NC_CLIB}" \
75
175
        --with-lustre=/usr \
76
176
        --without-datatap --without-infiniband
 
177
        #--with-phdf5=${PAR_HDF5_DIR} \
 
178
        #--with-phdf5-libs="${PAR_HDF5_CLIB}" \
 
179
        #--with-nc4par=${PAR_NC_DIR} \
 
180
        #--with-nc4par-libs="${PAR_NC_CLIB}" \
77
181
        #--with-dmalloc=/ccs/proj/e2e/pnorbert/dmalloc.$TARGET 
78
182
        #--with-datatap=/ccs/home/habbasi/work/ewok/
79
183
        #--enable-datatap=ib
80
184
 
81
185
 
82
186
elif [ `hostname | cut -c 1-4` == "lens" ]; then
83
 
    echo "Configure on LENS"
84
 
    source /etc/profile.d/modules.sh
 
187
    source /etc/profile.d/modules.sh
 
188
    source /etc/profile.d/modules.sh
 
189
    TARGET=`module list 2>&1 | grep "PE"- | sed "s/^.*PE-\([a-z]*\).*/\1/"`
 
190
 
 
191
    if [ -z "$TARGET" ]; then
 
192
        echo "Cannot determine Programming environment. Exit"
 
193
        exit 1
 
194
    fi
 
195
    echo "Configure on LENS for $TARGET env."
85
196
    module unload hdf5
86
197
    module unload netcdf
87
198
    module unload PE-gnu
88
199
    module unload PE-pgi
89
200
    module unload PE-pathscale
90
201
    module unload pgi
91
 
    TARGET=pgi
92
202
    module load PE-$TARGET
 
203
    module load mxml
93
204
    # Use both seq hdf5 (for utils) and 
94
205
    #   parallel hdf5 (for PHDF5 method)
95
 
    #module load hdf5/1.8.2
 
206
    module load hdf5/1.8.6
96
207
    SEQ_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
97
208
    SEQ_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
98
 
    #module unload hdf5
99
 
    #module load hdf5/1.8.2_par
100
 
    PAR_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
101
 
    PAR_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
 
209
    module unload hdf5
 
210
    #module load hdf5/1.8.6_ompi1.4.2
 
211
    #PAR_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
 
212
    #PAR_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
102
213
    #module unload hdf5
103
214
    # Seq NetCDF 3 for bp2ncd
104
215
    #module load netcdf/3.6.2
120
231
    fi
121
232
 
122
233
    export CFLAGS="-g -fPIC"
123
 
    ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/qliu/ADIOS/sith.$TARGET \
124
 
        --enable-dependency-tracking \
125
 
        --with-mxml=/ccs/proj/e2e/pnorbert/mxml \
126
 
        --enable-research-transports  \
127
 
        --without-datatap \
128
 
        --with-dmalloc=/ccs/proj/e2e/qliu/dmalloc.lens.$TARGET
129
 
 
130
 
elif [ `hostname | cut -c 1-6` == "jaguar" -o `hostname | cut -c 1-7` == "chester" ]; then
 
234
    ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/pnorbert/ADIOS/lens.$TARGET \
 
235
        --enable-dependency-tracking \
 
236
        --enable-research-transports  \
 
237
        --with-hdf5=${SEQ_HDF5_DIR} \
 
238
        --with-hdf5-libs="${SEQ_HDF5_CLIB}" \
 
239
        --without-datatap
 
240
        #--with-mxml=/ccs/proj/e2e/pnorbert/mxml \
 
241
 
 
242
 
 
243
elif [ `hostname | cut -c 1-5` == "titan" ]; then
 
244
 
 
245
    BUILD_STAGING=true
 
246
    if [ $BUILD_STAGING == "false" ]; then
 
247
    
 
248
        ################
 
249
        # Titan #
 
250
        ################
 
251
        TARGET=pgi
 
252
        echo "Configure on TITAN (XK7) for $TARGET env."
 
253
        export CC=cc
 
254
        #export CFLAGS="-Wall -g" 
 
255
        export FC=ftn
 
256
        export CXX=CC
 
257
        source /opt/modules/default/etc/modules.sh
 
258
        module unload szip
 
259
        module unload hdf5
 
260
        module unload netcdf
 
261
        module unload netcdf-hdf5parallel
 
262
        module unload hdf5-parallel
 
263
        module unload mxml
 
264
        module unload PrgEnv-gnu
 
265
        module unload PrgEnv-pgi
 
266
        module unload PrgEnv-intel
 
267
        module unload PrgEnv-cray
 
268
        #module unload papi
 
269
        module load PrgEnv-$TARGET
 
270
        module swap xtpe-interlagos xtpe-istanbul
 
271
        #module load szip
 
272
        #module load xt-papi
 
273
        module load mxml
 
274
        # use the two lines below for openmpi
 
275
        #export CC=mpicc
 
276
        #export FC=mpif90
 
277
        CFLAGS="-g -fPIC" ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/qliu/ADIOS/test.$TARGET \
 
278
            --host=titan --host_alias=titan  \
 
279
            --enable-dependency-tracking \
 
280
            #--with-hdf5=/opt/cray/hdf5/1.8.7/pgi/109 \
 
281
            #--with-phdf5=/opt/cray/hdf5-parallel/1.8.7/pgi/109 \
 
282
#            --with-lustre=/opt/xt-lustre-ss/2.2_1.6.5/usr
 
283
#            --with-dmalloc=/ccs/proj/e2e/qliu/dmalloc.$TARGET
 
284
#            --enable-research-transports \
 
285
#            --with-netcdf=/opt/cray/netcdf/3.6.2/netcdf-${TARGET} \
 
286
#            --with-nc4par=/opt/cray/netcdf-hdf5parallel/4.0.1.3/netcdf-hdf5parallel-$TARGET \
 
287
#            --with-phdf5=/opt/cray/hdf5-parallel/1.8.4.1/hdf5-parallel-$TARGET \
 
288
#            --with-hdf5=/sw/xt5/hdf5/1.8.2/cnl2.1_gnu7.2.3 \
 
289
#            --with-hdf5=/sw/xt5/hdf5/1.8.2/cnl2.1_gnu4.2.0 \
 
290
#            --with-mxml=/ccs/proj/e2e/pnorbert/mxml.xt5.$TARGET \
 
291
            
 
292
    else 
 
293
    
 
294
        ##########################
 
295
        # Titan + staging #
 
296
        ##########################
 
297
        TARGET=pgi
 
298
        echo "Configure on TITAN (XK7) including staging methods for $TARGET env."
 
299
        export CC=cc
 
300
        export FC=ftn
 
301
        export CXX=CC
 
302
        source /opt/modules/default/etc/modules.sh
 
303
        module unload szip
 
304
        module unload hdf5
 
305
        module unload netcdf
 
306
        module unload hdf5-parallel
 
307
        module unload netcdf-hdf5parallel
 
308
        module unload mxml
 
309
        module unload PrgEnv-gnu
 
310
        module unload PrgEnv-pgi
 
311
        module unload PrgEnv-intel
 
312
        module unload PrgEnv-cray
 
313
        #module unload papi
 
314
        #module unload xtpe-quadcore
 
315
        module load PrgEnv-$TARGET
 
316
        module swap xtpe-interlagos xtpe-istanbul
 
317
        #module load dataspaces/1.0.0
 
318
        unset EXTRA_LIBS
 
319
        unset LDFLAGS
 
320
        if [ "$TARGET" == "pgi" ]; then
 
321
            #module swap pgi pgi/11.8.0
 
322
            # NSSI needs -pgcpplibs flag 
 
323
            export LDFLAGS="-pgcpplibs" 
 
324
            DATASPACES_DIR="/ccs/proj/e2e/dataspaces/titan/$TARGET"
 
325
        elif [ "$TARGET" == "gnu" ]; then
 
326
            # NSSI needs libstdc++
 
327
            export EXTRA_LIBS="/opt/gcc/4.7.2/snos/lib64/libstdc++.a"
 
328
            #module swap gcc gcc/4.4.4
 
329
            DATASPACES_DIR="/ccs/proj/e2e/dataspaces/titan/$TARGET"
 
330
        else
 
331
            unset DATASPACES_DIR
 
332
        fi
 
333
     
 
334
        # NOTE hdf5-parallel module does not work with C++ compiler
 
335
        #module load hdf5-parallel
 
336
        #module load netcdf-hdf5parallel
 
337
        module load szip
 
338
        #module load papi
 
339
        module load mxml
 
340
        # use the two lines below for openmpi
 
341
        #export CC=mpicc
 
342
        #export FC=mpif90
 
343
        export CPPFLAGS="-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -DDART_DO_VERSIONING" 
 
344
        export CFLAGS="-fPIC -g -O0" 
 
345
        #./configure --prefix=/ccs/proj/fus022/norbert/RMP/adios.xt5.$TARGET \
 
346
        ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/pnorbert/ADIOS/titan.$TARGET \
 
347
        --enable-dependency-tracking \
 
348
        --with-cray-pmi=/opt/cray/pmi/default \
 
349
        --with-cray-ugni-incdir=/opt/cray/gni-headers/default/include \
 
350
        --with-cray-ugni-libdir=/opt/cray/ugni/default/lib \
 
351
        --with-dataspaces=$DATASPACES_DIR 
 
352
        #--with-netcdf=/opt/cray/netcdf/3.6.2/netcdf-${TARGET} \
 
353
        #--with-hdf5=/sw/xt5/hdf5/1.8.2/cnl2.1_gnu4.2.0 \
 
354
        #--with-nc4par=/opt/cray/netcdf-hdf5parallel/4.0.1.3/netcdf-hdf5parallel-$TARGET \
 
355
        #--with-phdf5=/opt/cray/hdf5-parallel/1.8.4.1/hdf5-parallel-$TARGET \
 
356
        #--with-dimes=/ccs/proj/e2e/pnorbert/spaces/$TARGET
 
357
        #--with-nssi=/ccs/proj/e2e/pnorbert/nssi/xt5/$TARGET \
 
358
        #--with-datatap=/ccs/home/zf2/work/pe.$TARGET \
 
359
        #--with-datatap=/ccs/proj/e2e/pnorbert/datatap/xt5/$TARGET \
 
360
    
 
361
    fi
 
362
    
 
363
 
 
364
 
 
365
elif [ `hostname | cut -c 1-7` == "chester" ]; then
 
366
 
 
367
      ###############
 
368
      # Chester XK6 #
 
369
      ###############
 
370
      TARGET=`module list 2>&1 | grep "PrgEnv"- | sed "s/^.*PrgEnv-\([a-z]*\).*/\1/"`
 
371
      echo "Configure on Chester (XK6) for $TARGET env."
 
372
      export CC=cc
 
373
      #export CFLAGS="-Wall -g" 
 
374
      export FC=ftn
 
375
      export CXX=CC
 
376
      source /opt/modules/default/etc/modules.sh
 
377
      module unload szip
 
378
      module unload hdf5
 
379
      module unload netcdf
 
380
      module unload netcdf-hdf5parallel
 
381
      module unload hdf5-parallel
 
382
      module unload PrgEnv-gnu
 
383
      module unload PrgEnv-pgi
 
384
      module unload PrgEnv-intel
 
385
      module unload PrgEnv-cray
 
386
      module unload papi
 
387
      module unload pmi
 
388
      module load PrgEnv-$TARGET
 
389
      module load dataspaces/1.0.0
 
390
      if [ "$TARGET" == "pgi" ]; then
 
391
          module swap pgi pgi/11.8.0
 
392
          # NSSI needs -pgcpplibs flag 
 
393
          export LDFLAGS="-pgcpplibs" 
 
394
          unset EXTRA_LIBS 
 
395
          WITHDART="--with-dataspaces=$DATASPACES_DIR"
 
396
      elif [ "$TARGET" == "gnu" ]; then
 
397
          # NSSI needs libstdc++
 
398
          unset LDFLAGS 
 
399
          export EXTRA_LIBS="/opt/gcc/4.7.1/snos/lib64/libstdc++.a"
 
400
          #module swap gcc gcc/4.4.4
 
401
          WITHDART="--with-dataspaces=$DATASPACES_DIR"
 
402
      else
 
403
          unset LDFLAGS 
 
404
          unset EXTRA_LIBS 
 
405
          WITHDART=""
 
406
      fi
 
407
      #module load szip
 
408
      #module load xt-papi
 
409
      module load mxml
 
410
      module load pmi
 
411
      # use the two lines below for openmpi
 
412
      #export CC=mpicc
 
413
      #export FC=mpif90
 
414
      CFLAGS="-g -fPIC" ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/pnorbert/ADIOS/chester.$TARGET \
 
415
          --enable-dependency-tracking 
 
416
#          --with-cray-pmi=/opt/cray/pmi/default \
 
417
#          --with-cray-ugni-incdir=/opt/cray/gni-headers/2.1-1.0400.4351.3.1.gem/include \
 
418
#          --with-cray-ugni-libdir=/opt/cray/ugni/default/lib \
 
419
#          $WITHDART
 
420
#            --with-lustre=/opt/xt-lustre-ss/2.2_1.6.5/usr \
 
421
#            --with-dmalloc=/ccs/proj/e2e/qliu/dmalloc.$TARGET \
 
422
#            --enable-research-transports \
 
423
#            --with-netcdf=/opt/cray/netcdf/3.6.2/netcdf-${TARGET} \
 
424
#            --with-nc4par=/opt/cray/netcdf-hdf5parallel/4.0.1.3/netcdf-hdf5parallel-$TARGET \
 
425
#            --with-phdf5=/opt/cray/hdf5-parallel/1.8.4.1/hdf5-parallel-$TARGET \
 
426
#            --with-hdf5=/sw/xt5/hdf5/1.8.2/cnl2.1_gnu7.2.3 \
 
427
#            --with-hdf5=/sw/xt5/hdf5/1.8.2/cnl2.1_gnu4.2.0 \
 
428
#            --with-mxml=/ccs/proj/e2e/pnorbert/mxml.xt5.$TARGET \
 
429
            
 
430
 
 
431
elif [ `hostname | cut -c 1-5` == "smoky" ]; then
 
432
 
 
433
    #########
 
434
    # Smoky #
 
435
    #########
 
436
    echo "Configure on SMOKY"
 
437
    source /etc/profile.d/modules.sh
 
438
    module unload hdf5
 
439
    module unload netcdf
 
440
    module unload PE-gnu
 
441
    module unload PE-pgi
 
442
    module unload PE-intel
 
443
    module unload PE-pathscale
 
444
    module unload pgi gcc intel pathscale
 
445
    TARGET=pgi
 
446
    module load PE-$TARGET
 
447
    # Use both seq hdf5 (for utils) and 
 
448
    #   parallel hdf5 (for PHDF5 method)
 
449
    #module load hdf5/1.8.5
 
450
    #SEQ_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
 
451
    #SEQ_HDF5_DIR=/sw/smoky/hdf5/1.8.5/centos5.5_pgi10.4
 
452
    #SEQ_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
 
453
    #module unload hdf5/1.8.5
 
454
    #module load hdf5/1.8.5_ompi1.4.2
 
455
    #PAR_HDF5_DIR=$HDF5_DIR
 
456
    #PAR_HDF5_DIR=/sw/smoky/hdf5/1.8.5/centos5.5_pgi10.4_ompi1.4.2
 
457
    #PAR_HDF5_CLIB=$HDF5_CLIB
 
458
    export MPICC=mpicc
 
459
    export MPICXX=mpiCC
 
460
    export MPIFC=mpif90
 
461
    if [ "$TARGET" == "pgi" ]; then
 
462
        export CC=pgcc
 
463
        export CXX=pgCC
 
464
        export FC=pgf90
 
465
    elif [ "$TARGET" == "gnu" ]; then
 
466
        export CC=gcc
 
467
        export CXX=g++
 
468
        export FC=gfortran
 
469
    elif [ "$TARGET" == "intel" ]; then
 
470
        export CC=icc
 
471
        export CXX=icpc
 
472
        export FC=ifort
 
473
    else
 
474
        echo "TARGET must be pgi or gnu"
 
475
        exit 1
 
476
    fi
 
477
        
 
478
    export CFLAGS="-g -fPIC" 
 
479
    ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/pnorbert/ADIOS/smoky.$TARGET \
 
480
        --enable-dependency-tracking \
 
481
        --enable-research-transports  \
 
482
        --with-mxml=/ccs/proj/e2e/pnorbert/mxml.smoky.$TARGET \
 
483
        --without-hdf5 --without-phdf5 \
 
484
        --without-netcdf --without-nc4par \
 
485
        --with-lustre=/usr \
 
486
        --without-datatap --without-infiniband \
 
487
        #--with-phdf5=${PAR_HDF5_DIR} \
 
488
        #--with-phdf5-libs="${PAR_HDF5_CLIB}" \
 
489
        #--with-hdf5=${SEQ_HDF5_DIR} \
 
490
        #--with-hdf5-libs="${SEQ_HDF5_CLIB}" \
 
491
        #--with-netcdf=${SEQ_NC_DIR} \
 
492
        #--with-netcdf-libs="${SEQ_NC_CLIB}" \
 
493
        #--with-nc4par=${PAR_NC_DIR} \
 
494
        #--with-nc4par-libs="${PAR_NC_CLIB}" \
 
495
 
 
496
 
 
497
elif [ `hostname | cut -c 1-6` == "jaguar" ]; then
131
498
 
132
499
    BUILD_STAGING=false
133
500
    if [ $BUILD_STAGING == "false" ]; then
135
502
        ##########
136
503
        # Jaguar #
137
504
        ##########
138
 
        echo "Configure on JAGUAR"
 
505
        TARGET=pgi
 
506
        echo "Configure on JAGUAR (XT5) for $TARGET env."
139
507
        export CC=cc
140
508
        #export CFLAGS="-Wall -g" 
141
509
        export FC=ftn
151
519
        module unload PrgEnv-intel
152
520
        module unload PrgEnv-cray
153
521
        module unload xt-papi
154
 
        TARGET=pgi
155
522
        module load PrgEnv-$TARGET
 
523
        module swap xtpe-interlagos xtpe-istanbul
156
524
        #module load szip
157
525
        #module load xt-papi
158
526
        module load mxml
159
527
        # use the two lines below for openmpi
160
528
        #export CC=mpicc
161
529
        #export FC=mpif90
162
 
        CFLAGS="-g -fPIC" ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/adios/xt5.$TARGET \
 
530
        CFLAGS="-g -fPIC" ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/qliu/ADIOS/test.$TARGET \
163
531
            --enable-dependency-tracking \
164
532
            --with-mxml=/ccs/proj/e2e/pnorbert/mxml.xt5.pgi \
165
 
            --without-portals \
166
 
            --with-lustre=/opt/xt-lustre-ss/2.2_1.6.5/usr
 
533
            --with-hdf5=/opt/cray/hdf5/1.8.7/pgi/109 \
 
534
            --with-phdf5=/opt/cray/hdf5-parallel/1.8.7/pgi/109 \
 
535
            --without-portals
 
536
#            --with-lustre=/opt/xt-lustre-ss/2.2_1.6.5/usr
167
537
#            --with-dmalloc=/ccs/proj/e2e/qliu/dmalloc.$TARGET
168
538
#            --enable-research-transports \
169
539
#            --with-netcdf=/opt/cray/netcdf/3.6.2/netcdf-${TARGET} \
178
548
        ##########
179
549
        # Jaguar #
180
550
        ##########
181
 
        echo "Configure on JAGUAR including staging methods"
 
551
        TARGET=pgi
 
552
        echo "Configure on JAGUAR including staging methods for $TARGET env."
182
553
        export CC=cc
183
554
        export FC=ftn
184
555
        export CXX=CC
194
565
        module unload PrgEnv-cray
195
566
        module unload xt-papi
196
567
        #module unload xtpe-quadcore
197
 
        TARGET=pgi
198
568
        module load PrgEnv-$TARGET
199
569
        if [ "$TARGET" == "pgi" ]; then
200
570
            module swap pgi pgi/10.4.0
237
607
    
238
608
    fi
239
609
    
 
610
elif [ "x"`hostname -f | cut -c 8-15` == "xintrepid" ]; then
 
611
    #####################
 
612
    # Intrepid BlueGene #
 
613
    #####################
 
614
    echo "Configure on Intrepid (BlueGene)"
 
615
    export MPICC=mpixlc_r
 
616
    export MPIFC=mpixlf90
 
617
    export CFLAGS=""
 
618
    export FC=xlf90
 
619
    export CC=xlc_r
 
620
 
 
621
    ./configure --prefix=/home/qliu/ADIOS \
 
622
            --enable-dependency-tracking \
 
623
            --with-mxml=/home/qliu/mxml
 
624
 
240
625
elif [ `hostname | cut -c 1-4` == "euge" ]; then
241
626
    ###################
242
627
    # Eugene BlueGene #
248
633
    export CFLAGS=""
249
634
    export FC=xlf90
250
635
    export CC=xlc_r
 
636
    export MACRODEFFLAG="-WL,-D"
251
637
 
252
638
    source /etc/profile.d/modules.sh
253
639
    module load python
265
651
            --with-hdf5-libs="$HDF5_CLIB" \
266
652
            --without-phdf5
267
653
 
268
 
 
269
 
elif [ `hostname | cut -c 1-4` == "lens" ]; then
270
 
 
271
 
    ########
272
 
    # Lens #
273
 
    ########
274
 
    echo "Configure on LENS"
275
 
    export CC=mpicc
276
 
    export CXX=mpiCC
277
 
    source /etc/profile.d/modules.sh
278
 
    module load hdf5
279
 
    #module load netcdf
280
 
    CFLAGS="-fPIC" ./configure --prefix=/ccs/proj/e2e/pnorbert/adios/lens \
281
 
        --enable-dependency-tracking \
282
 
        --with-mxml=/ccs/proj/e2e/pnorbert/mxml \
283
 
        --without-netcdf
284
 
        #--with-hdf5=/sw/analysis-x64/hdf5/1.6.7/sl5.0_pgi7.1.5_ompi1.2.6 \
285
 
        #--with-netcdf=/sw/analysis-x64/netcdf/3.6.2/sl5.0_pgi7.1.5
286
 
    
287
654
    
288
655
elif [ `hostname | cut -c 1-4` == "nid0" ]; then
289
656
    ############
290
657
    # Franklin #
291
658
    ############
292
 
    echo "Configure on FRANKLIN"
 
659
    TARGET=pgi
 
660
    echo "Configure on FRANKLIN for $TARGET env."
293
661
    export CC=cc
294
662
    export CXX=CC
295
663
    export FC=ftn
301
669
    module unload PrgEnv-pgi
302
670
    module unload PrgEnv-pathscale
303
671
    module unload PrgEnv-cray
304
 
    TARGET=pgi
305
672
    module load PrgEnv-$TARGET
306
673
    #if [ "${TARGET}" == "pgi" ]; then
307
674
    #    module swap pgi pgi/10.5.0
319
686
        --with-nc4par=/opt/cray/netcdf-hdf5parallel/4.1.1.0/netcdf-hdf5parallel-${TARGET} \
320
687
        --with-dart=/global/homes/p/pnorbert/dart.0628.pgi
321
688
    
 
689
 
 
690
elif [ `hostname | cut -c 1-6` == "hopper" ]; then
 
691
    ##########
 
692
    # Hopper #
 
693
    ##########
 
694
    TARGET=pgi
 
695
    echo "Configure on HOPPER for $TARGET env."
 
696
    export MPICC=cc
 
697
    export MPICXX=CC
 
698
    export MPIFC=ftn
 
699
    module unload hdf5
 
700
    module unload netcdf
 
701
    module unload hdf5-parallel
 
702
    module unload netcdf-hdf5parallel
 
703
    module unload PrgEnv-gnu
 
704
    module unload PrgEnv-pgi
 
705
    module unload PrgEnv-pathscale
 
706
    module unload PrgEnv-cray
 
707
    TARGET=pgi
 
708
    module load PrgEnv-$TARGET
 
709
    module load python
 
710
    if [ "$TARGET" == "pgi" ]; then
 
711
        export CC=pgcc
 
712
        export CXX=pgCC
 
713
        export FC=pgf90
 
714
        export LDFLAGS="-pgcpplibs"
 
715
        WITHDART="--with-dataspaces=/global/homes/p/pnorbert/dataspaces/1.1.0/$TARGET"
 
716
    elif [ "$TARGET" == "gnu" ]; then
 
717
        export CC=gcc
 
718
        export CXX=g++
 
719
        export FC=gfortran
 
720
        export LDFLAGS=""
 
721
        WITHDART="--with-dataspaces=/global/homes/p/pnorbert/dataspaces/1.1.0/$TARGET"
 
722
    elif [ "$TARGET" == "intel" ]; then
 
723
        export CC=icc
 
724
        export CXX=icpc
 
725
        export FC=ifort
 
726
        export LDFLAGS=""
 
727
        WITHDART=""
 
728
    else
 
729
        echo "TARGET must be pgi or gnu or intel"
 
730
        exit 1
 
731
    fi
 
732
    export CPPFLAGS="-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK"
 
733
    export CFLAGS="-fPIC"
 
734
    ./configure --prefix=/global/homes/p/pnorbert/adios/1.4.1/hopper/$TARGET \
 
735
        --enable-dependency-tracking \
 
736
        --with-mxml=$HOME/mxml/mxml.hopper \
 
737
        --with-lustre=/usr \
 
738
        $WITHDART \
 
739
        --with-cray-pmi-incdir=/opt/cray/pmi/default/include \
 
740
        --with-cray-pmi-libdir=/opt/cray/pmi/default/lib64 \
 
741
        --with-cray-ugni-incdir=/opt/cray/gni-headers/default/include \
 
742
        --with-cray-ugni-libdir=/opt/cray/ugni/default/lib64 \
 
743
        --without-hdf5 --without-netcdf
 
744
 
 
745
 
 
746
elif [ `hostname | cut -c 1-6` == "kraken" ]; then
 
747
    ##########
 
748
    # Kraken #
 
749
    ##########
 
750
    source /opt/modules/default/etc/modules.sh
 
751
    TARGET=`module list 2>&1 | grep PrgEnv | sed "s/^.*Env-\([a-z]*\).*/\1/"`
 
752
 
 
753
    if [ -z "$TARGET" ]; then
 
754
        echo "Cannot determine Programming environment. Exit"
 
755
        exit 1
 
756
    fi
 
757
    echo ""
 
758
    echo "Configure KRAKEN for the $TARGET compiler"
 
759
    echo ""
 
760
    export CC=cc
 
761
    export FC=ftn
 
762
    export CXX=CC
 
763
    module unload szip
 
764
    module unload hdf5
 
765
    module unload netcdf
 
766
    module unload hdf5-parallel
 
767
    module unload netcdf-hdf5parallel
 
768
    module unload xt-papi
 
769
    module unload papi
 
770
    if [ "$TARGET" == "pgi" ]; then
 
771
        #module swap pgi pgi/10.4.0
 
772
        # NSSI needs -pgcpplibs flag 
 
773
        export EXTRA_LIBS=""
 
774
        export LDFLAGS="-pgcpplibs" 
 
775
    elif [ "$TARGET" == "gnu" ]; then
 
776
        # NSSI needs libstdc++
 
777
        export EXTRA_LIBS="/opt/gcc/4.4.4/snos/lib64/libstdc++.a"
 
778
        export LDFLAGS="" 
 
779
        #module swap gcc gcc/4.4.4
 
780
    fi
 
781
 
 
782
    module load szip
 
783
    module load mxml
 
784
    module load subversion
 
785
    export CPPFLAGS="-DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK" 
 
786
    export CFLAGS="-fPIC -g -O0" 
 
787
    ./configure --prefix=/${HOME}/adios/$TARGET \
 
788
        --enable-dependency-tracking \
 
789
        --with-portals=yes \
 
790
        --without-netcdf --without-nc4par --without-hdf5 --without-phdf5 \
 
791
        --with-dataspaces=${HOME}/dataspaces/1.0.0/$TARGET
 
792
 
 
793
 
322
794
elif [ `hostname | cut -c 1-4` == "dyn9" -o `hostname | cut -c 1-3` == "pnb" ]; then
323
795
 
324
796
    #######
326
798
    #######
327
799
    echo "Configure on Mac"
328
800
    # Installed MacPorts and GCC4.4 and OpenMPI 1.4.2 ports 
329
 
    # But should work with default openmpi and gcc, using --disable-fortran
 
801
    # But should work with default mpicc and gcc, using --disable-fortran
330
802
    export CC=/opt/local/bin/gcc-mp-4.4
331
803
    export FC=/opt/local/bin/gfortran-mp-4.4
332
804
    export CXX=/opt/local/bin/g++-mp-4.4
333
805
    export MPICC=/opt/local/bin/openmpicc
334
806
    export MPIFC=/opt/local/bin/openmpif90
335
807
    export MPICXX=/opt/local/bin/openmpicxx
336
 
    CFLAGS="-DO_LARGEFILE=0 -fno-common" ./configure --prefix=/opt/adios \
 
808
    CFLAGS="-g -DO_LARGEFILE=0 -fno-common" ./configure --prefix=/opt/adios \
337
809
        --with-mxml=/opt/mxml \
338
810
        --with-netcdf=/opt/netcdf \
339
811
        --with-phdf5=/opt/hdf5 \
340
812
        --with-hdf5=/opt/hdf5.seq
341
813
 
 
814
 
342
815
elif [ `hostname | cut -c 1-7` == "ubuntu" ]; then
343
816
 
344
817
    #########################
353
826
        #--with-phdf5=/usr/local \
354
827
        #--with-netcdf=/usr 
355
828
 
 
829
 
356
830
elif [ `hostname | cut -c 1-6` == "tomato" ]; then
357
831
 
358
832
    #########################
367
841
        --with-hdf5=/home/thkorde/local \
368
842
        --with-netcdf=/home/thkorde/local
369
843
 
 
844
 
370
845
elif [ `hostname | cut -c 1-4` == "qliu" ]; then
371
846
 
372
847
    #########################
382
857
        #--with-hdf5=/home/thkorde/local \
383
858
        #--with-netcdf=/home/thkorde/local
384
859
 
385
 
elif [ `hostname | cut -c 1-5` == "smoky" ]; then
386
 
 
387
 
    #########
388
 
    # Smoky #
389
 
    #########
390
 
    echo "Configure on SMOKY"
391
 
export CC=mpicc
392
 
export FC=mpif90
393
 
# use the two lines below for openmpi
394
 
#export CC=mpicc
395
 
#export FC=mpif90
396
 
# use for both MPI implementations
397
 
./configure --prefix=/ccs/home/ge1/work/smoky \
398
 
            --enable-dependency-tracking \
399
 
            --with-mxml=/ccs/home/ge1/work/smoky \
400
 
            --with-hdf5=/sw/xt5/hdf5/1.6.7/cnl2.1_gnu4.2.4 \
401
 
            --with-hdf5-libdir="/sw/xt5/hdf5/1.6.7/cnl2.1_gnu4.2.4/lib -L/sw/xt5/szip/2.1/sles10.1_gnu4.2.4/lib -lsz -lz" \
402
 
            --with-phdf5=/sw/xt5/hdf5/1.6.7/cnl2.1_gnu4.2.4_par \
403
 
            --with-phdf5-libdir="/sw/xt5/hdf5/1.6.7/cnl2.1_gnu4.2.4_par/lib -L/sw/xt5/szip/2.1/sles10.1_gnu4.2.4/lib -lsz -lz" \
404
 
            --with-netcdf=/sw/xt5/netcdf/3.6.2/sles10.1_gnu4.2.0
 
860
elif [ `hostname | cut -c 1-7` == "esimmon" ]; then
 
861
 
 
862
    #######################
 
863
    # Esimmon Virtual Box #
 
864
    #######################
 
865
    echo "Configure on ESIMMON VirtualBox."
 
866
    export MPICC=mpicc
 
867
    export MPICXX=mpicxx
 
868
    export MPIFC=mpif90
 
869
    export CC=gcc
 
870
    export CXX=g++
 
871
    export FC=gfortran
 
872
 
 
873
    #export CFLAGS="-g -fPIC" 
 
874
    ./configure --prefix=/opt/adios/1.5.0 \
 
875
        --enable-dependency-tracking \
 
876
        --with-mxml=/opt/mxml \
 
877
        --with-hdf5=/opt/hdf5 \
 
878
        --with-phdf5=/opt/phdf5 \
 
879
        --with-netcdf=/opt/netcdf3 \
 
880
        --with-nc4par=/opt/nc4par \
 
881
        --with-flexpath=/opt/chaos
405
882
 
406
883
else
407
 
    echo "Could not determine what machine is this"
408
 
    echo "This script is for configuring adios on the authors' machines"
409
 
    echo "You can study it to figure out how to configure adios on your system"
 
884
    echo "Could not determine what machine is this."
 
885
    echo "This script is for configuring adios on the authors' machines."
 
886
    echo "You can study it to figure out how to configure adios on your system."
410
887
fi
411
888
    
412
889