~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/brian/utopic

Next releases

=============

Version 1.4

-----------

Initial deadline: January

        * Examples from the twister

        * New model fitting

        * MultiLinear...

        * Refractoriness

        * Victor's spatializer: syntax

        * ReverseCorrelationOnline (with online stimulus using RecentStateMonitor)

        * VanRossum

        * More docs (see Brian meeting 25 Oct 2011)

        * Trace analysis: are there other functions we might want to insert? (some used to process Anna's traces?)

        * Saving spikes from a SpikeMonitor

        * IRNS/IRNO (in Sound, by Jonathan) 

        * Example: model fitting

        * PositiveCrossing (currently in dev/ideas/multiple_events)

 

SpikeGeneratorGroup

-------------------

Old one is in DirectControl. Slow for many spikes.

New one is in experimental/neuromorphic/AER and works for fixed arrays of spikes (not iterators).

 

* Write NewSpikeGeneratorGroup

* Have new threshold (FastDC???) and choose at init time depending on argument type

* [Marcel] Tests and make sure it works and is fast enough!

* Docs

* FastDCThreshold: other name?

* AERSpikeMonitor -> in main distribution

 

(* Syntax that combines MultipleGG and the basic one? (using MultipleSpikeGeneratorThreshold))

(* Add SpikeMonitor.save?)

 

Tests: in tests/testinterface/test_directcontrol

and neuromorphic/test_AERSpikeMonitor.py

 

Metrics

-------

Examples

in monitor:

        CoincidenceCounter: compares each model spike train with the corresponding target spike train (or more complex)

                data should be:

                        1 spike train

                        N spike trains

                        dictionary of spike trains with keys = subgroups

                remove spikedelays

                model_length -> count (as in SpikeCounter)

                remove target_length

                gamma_factor method

        CoincidenceMatrixCounter: compares each model spike train with all model spike trains

                name: PopulationCoincidenceCounter

                update docstring

                group1, group2 (optional) instead of source

                gamma_factor method

        VanRossumMetric: use Romain's new version

        

in tools/statistics:

        get_gamma_factor: remove and copy in gamma_factor and CoincidenceCounter.gamma_factor()

        get_gamma_factor_matrix: move to CoincidenceMatrixCounter.gamma_factor()

        

in Audition/electrophysiology/Joris/utils

        -> in tools/statistics

        compute_sac

                same keywords as in correlogram

                spike_times -> spiketrains

        compute_xsac

                same thing

        DONE revcor

                ignore_transient -> onset

                only one spike train

                spike_times -> spikes

                name: spike_triggered_average

 

-------------

Version 1.3.1

-------------

TODO:

        [OK] * check Brian Hears docs

        [OK] * check PoissonInput

                [OK (Rossantetal2011bis)] do we have an example? 

                [OK] do we have docs? (should be documented in inputs.txt)

                [OK] init(**kwargs) should be avoided: does not show in help() and no argument control

                [OK] argument names should be consistent with other functions:

                        [? here, n is the number of independent Poisson inputs, not the number of neurons in the NeuronGroup] n -> N

                        [OK] w -> weight

                        [OK] var -> state

                        [OK] frozen -> freeze

                [OK: removed] is add_input needed now?

                [OK: should be clearer now] jitter, reliability: not clear what is meant by "number of synchronous spikes",

                                                         plus it is doubly defined (jitter + reliability)

        [OK] * SpikeGeneratorGroup: replace with new class

        [OK] * check svn history for new features

 

Initial deadline: 10 November

        [DONE] * Brian examples for our papers [add: pi-limit]

        [DONE] * New SpikeGeneratorGroup: tests

        [DONE]  - check syntax

                - test speed

        [DONE]  - test bugs

        [V] : I haven't tested speed yet. but as far as I remember the gain is quite big.

        [DONE] * Brian Hears updates (Tan/Carney)

            - name: TanCarney

            - doc

        [DONE] * Bug fixes added by Marcel (put in new_features.txt)

        * Trace analysis library (new electrophysiology library package)

                [DONE] - docs

                [DONE] - update our own scripts to use this library instead of the experimental code

                [DONE] - remove functions taken from experimental/trace_analysis

                [DONE] - examples (examples/electrophysiology)

        [DONE] * PoissonInputs: docs and syntax

        [DONE] * Maybe: Sompolinsky example? (if it doesn't require a sound database)

        * What is the state of the experimental neuromorphic module, anything stable there?

        [V] : We could add the ability to save spikes from a SpikeMonitor, and load the same files. This is implemented, and works on linux and mac, not on windows.

            -> Marcel suggested we drop the support for windows.

        [DONE] * Check all new features (see svn history) and add in new_features.txt