~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/circos/utopic-proposed

#!/bin/bash

 

# Parses UCSC Chromosome Band table into a Circos karyotype file. 

#

# This script will only work on the Chromosome Band table - it will not 

# work on an 'Assembly' or 'Scaffold' table. Many organisms do not have

# a Chromosome Band table, and for these you will need to 

#

# parse.karyotype chromosome.band.hg19.txt hs > karyotype.hg19.txt

#

# The prefix, e.g. hs, will be used to label the chromosomes (e.g. hs1, hs2 ... )

# By default, "chr" is used.

#

# To download data tables, see http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

 

file=$1

prefix=$2

 

if [ ! -n "$file" ]

then

echo "Plese specify the UCSC karyotype table file"

exit

fi

 

if [ ! -n "$prefix" ]

then

prefix="chr"

fi

 

# chromosomes

cat $file | grep -v ^\# | tr A-Z a-z | sort +0 -1 +2rn -3 | sort -u -k 1,1 | sed 's/\t/ /g' | tr -s " " | sed 's/chr//' | awk '{print $1,$0}' | awk -v prefix=$2 '{print "chr -",prefix$2,$1,0,$4,"chr"$1}' | sort -n +3 -4 

 

# bands

cat $file  | grep -v ^\# | tr A-Z a-z | sed 's/\t/ /g' | tr -s " " | sed "s/chr/$prefix/" | awk '{print $1,$0}' | sed 's/chr//' | awk '{print "band",$2,$5,$5,$3,$4,$6}' | sort +1 -2 +4n -5