← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/paml/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/TipDate/HIV2ge.tre

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille
  • Date: 2013-08-08 22:07:27 UTC
  • mfrom: (1.1.3)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20130808220727-deh08eeugdwjff1h
Tags: 4.7-1
* New upstream version
* debian/control:
   - cme fix dpkg-control
   - use anonscm in Vcs fields
* debian/rules: provide get-orig-source target to make use of new uscan
  to remove windows binaries

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/TipDate/HIV2ge.tre
1
 
  33  1
2
 
 
3
 
 
4
 
(((SL92eSM1992, (SL92fSM1992, SL92aSM1992)), (((Lib1sm1988,
5
 
FO784h1989), SIVMNE1982), (SIVSTM1989, ((((((JA1990, ON1990),
6
 
EHO1988), UC1h1988), D205h1986), 2238h1989), (((D194h1987, UC2h1988),
7
 
BEN1987), (CAM2CG1987, (ROD1985, ((P07h1995, (P09h1995, NIHZ1986)),
8
 
(P08h1995, (P010h1995, ((P01h1995, ((P02h1995, P06h1995), (P05h1995,
9
 
ALI1989))), (P04h1995, P03h1995)))))))))))), (SL2h1993, (SL92bSM1992,
10
 
SL92cSM1992))); /*  RAxML tree under GTR+G, rooted according to Lemey tree. */
11
 
 
12
 
 
13
 
((((SL92aSM1992, SL92fSM1992), SL92eSM1992), SIVSTM1989, (FO784h1989,
14
 
Lib1sm1988), SIVMNE1982, ((((((ON1990, JA1990), EHO1988), UC1h1988),
15
 
D205h1986), 2238h1989), (((D194h1987, UC2h1988), BEN1987), (P08h1995,
16
 
P010h1995, CAM2CG1987, P09h1995, NIHZ1986, P07h1995, ROD1985,
17
 
((((P06h1995, P02h1995), ALI1989, P05h1995), P01h1995), (P03h1995,
18
 
P04h1995)))))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), 
19
 
SL2h1993)); /* RAxML GTR+G bootstrap consensus tree, with 100 replicates */
20
 
 
21
 
 
22
 
((((((((((P08h1995, (P010h1995, P07h1995)), ((P04h1995, P03h1995),
23
 
(((P05h1995, ALI1989), (P02h1995, P06h1995)), P01h1995))), (P09h1995,
24
 
NIHZ1986)), ROD1985), CAM2CG1987), ((UC2h1988, D194h1987), BEN1987)),
25
 
((D205h1986, ((EHO1988, (ON1990, JA1990)), UC1h1988)), 2238h1989)),
26
 
(SIVSTM1989, ((FO784h1989, Lib1sm1988), SIVMNE1982))), (SL92eSM1992,
27
 
(SL92fSM1992, SL92aSM1992))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), 
28
 
SL2h1993));  /* phyml tree under HKY+G5 */
29
 
 
30
 
 
31
 
((((SL92aSM1992, SL92fSM1992), SL92eSM1992), (SIVMNE1982, (Lib1sm1988,
32
 
FO784h1989)), SIVSTM1989, ((((ON1990, JA1990), UC1h1988, EHO1988,
33
 
D205h1986), 2238h1989), ((BEN1987, (UC2h1988, D194h1987)),
34
 
(((((P02h1995, P06h1995), ALI1989, P05h1995), P01h1995), (P04h1995,
35
 
P03h1995)), ROD1985, NIHZ1986, P010h1995, P09h1995, P08h1995,
36
 
CAM2CG1987, P07h1995)))), ((SL92cSM1992, SL92bSM1992), 
37
 
SL2h1993));  /* PhyML HKY+G5 bootstrap tree, with 1000 replicates */ 
38
 
 
39
 
 
40
 
((SL2h1993, (SL92bSM1992, SL92cSM1992)), ((SIVSTM1989, (SL92eSM1992,
41
 
(SL92aSM1992, SL92fSM1992))), (SIVMNE1982, (Lib1sm1988, FO784h1989)),
42
 
(2238h1989, ((UC1h1988, EHO1988, D205h1986, (JA1990, ON1990)),
43
 
((BEN1987, (D194h1987, UC2h1988)), ((ROD1985, P07h1995, P08h1995,
44
 
CAM2CG1987, NIHZ1986, P09h1995, P010h1995), ((P01h1995, ((P06h1995,
45
 
P02h1995), (ALI1989, P05h1995))), (P03h1995, P04h1995))))))));  /* tree from Lemey et al. */