← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/utopic/r-cran-genabel/utopic

« back to all changes in this revision

Viewing changes to man/polygenic.Rd

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Andreas Tille, Charles Plessy, Andreas Tille
  • Date: 2014-08-07 17:30:04 UTC
  • mfrom: (1.1.6)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20140807173004-24c20tmrw61yl5dz
Tags: 1.8-0-1
[ Charles Plessy ]
* debian/control: removed myself from Uploaders.

[ Andreas Tille ]
* New upstream version
* Moved debian/upstream to debian/upstream/metadata
* cme fix dpkg-control
* More detailed copyright

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
man/polygenic.Rd
100
100
  "environmental residuals"!}
101
101
  \item{pgresidualY}{Environmental residuals from analysis,
102
102
  based on covariate effects and predicted breeding value.
103
 
  } \item{grresidualY}{GRAMMAR-transform trait
104
 
  transformation} \item{grammarGamma}{list with
105
 
  GRAMMAR-gamma correction factors} \item{InvSigma}{Inverse
106
 
  of the variance-covariance matrix, computed at the MLEs
107
 
  -- these are used in \code{\link{mmscore}} and
 
103
  } \item{grresidualY}{GRAMMAR+ transformed trait
 
104
  residuals} \item{grammarGamma}{list with GRAMMAR-gamma
 
105
  correction factors} \item{InvSigma}{Inverse of the
 
106
  variance-covariance matrix, computed at the MLEs -- these
 
107
  are used in \code{\link{mmscore}} and
108
108
  \code{\link{grammar}} functions.} \item{call}{The details
109
109
  of call} \item{measuredIDs}{Logical values for IDs who
110
110
  were used in analysis (traits and all covariates
178
178
}
179
179
\examples{
180
180
# note that procedure runs on CLEAN data
 
181
require(GenABEL.data)
181
182
data(ge03d2ex.clean)
182
183
gkin <- ibs(ge03d2ex.clean,w="freq")
183
184
h2ht <- polygenic(height ~ sex + age, kin=gkin, ge03d2ex.clean)
203
204
  quantitative traits: variance components without matrix
204
205
  inversion. Biometrics 46, 399-413.
205
206
 
 
207
  for original GRAMMAR
 
208
 
206
209
  Aulchenko YS, de Koning DJ, Haley C. Genomewide rapid
207
210
  association using mixed model and regression: a fast and
208
211
  simple method for genome-wide pedigree-based quantitative
209
212
  trait loci association analysis. Genetics. 2007
210
213
  177(1):577-85.
211
214
 
 
215
  for GRAMMAR-GC
 
216
 
212
217
  Amin N, van Duijn CM, Aulchenko YS. A genomic background
213
218
  based method for association analysis in related
214
219
  individuals. PLoS ONE. 2007 Dec 5;2(12):e1274.
215
220
 
216
 
  G. Svischeva et al. (in preparation)
 
221
  for GRAMMAR-Gamma
 
222
 
 
223
  Svischeva G, Axenovich TI, Belonogova NM, van Duijn CM,
 
224
  Aulchenko YS. Rapid variance components-based method for
 
225
  whole-genome association analysis. Nature Genetics. 2012
 
226
  44:1166-1170. doi:10.1038/ng.2410
 
227
 
 
228
  for GRAMMAR+ transformation
 
229
 
 
230
  Belonogova NM, Svishcheva GR, van Duijn CM, Aulchenko YS,
 
231
  Axenovich TI (2013) Region-Based Association Analysis of
 
232
  Human Quantitative Traits in Related Individuals. PLoS
 
233
  ONE 8(6): e65395. doi:10.1371/journal.pone.0065395
217
234
}
218
235
\seealso{
219
236
  \code{\link{polygenic_hglm}}, \code{\link{mmscore}},