← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/bioperl/vivid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Bio/AlignIO/proda.pm

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Ilya Barygin
  • Date: 2010-01-27 22:48:22 UTC
  • mfrom: (3.1.4 squeeze)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20100127224822-ebot4qbrjxcv38au
Tags: 1.6.1-1ubuntu1
* Merge from Debian testing, remaining changes:
  - disable tests, they produce a FTBFS trying to access the network 
    during run.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Bio/AlignIO/proda.pm
1
 
# $Id: proda.pm 11480 2007-06-14 14:16:21Z sendu $
 
1
# $Id: proda.pm 16123 2009-09-17 12:57:27Z cjfields $
2
2
#
3
3
# BioPerl module for Bio::AlignIO::proda
4
4
#
40
40
  bioperl-l@bioperl.org                  - General discussion
41
41
  http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists  - About the mailing lists
42
42
 
 
43
=head2 Support 
 
44
 
 
45
Please direct usage questions or support issues to the mailing list:
 
46
 
 
47
I<bioperl-l@bioperl.org>
 
48
 
 
49
rather than to the module maintainer directly. Many experienced and 
 
50
reponsive experts will be able look at the problem and quickly 
 
51
address it. Please include a thorough description of the problem 
 
52
with code and data examples if at all possible.
 
53
 
43
54
=head2 Reporting Bugs
44
55
 
45
56
Report bugs to the Bioperl bug tracking system to help us keep track
219
230
        );
220
231
        $aln->add_seq($seq);
221
232
    }
222
 
 
223
 
    # not sure if this should be a default option - or we can pass in
224
 
    # an option to do this in the future? --jason stajich
225
 
    # $aln->map_chars('\.','-');
226
 
    undef $aln if ( !defined $end || $end <= 0 );
227
 
    return $aln;
 
233
    
 
234
    return $aln if $aln->num_sequences;
 
235
    return;
228
236
}
229
237
 
230
238
=head2 write_aln