~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/cctools/vivid

include(manual.h)dnl

HEADER(maker_wq)

 

SECTION(NAME) 

BOLD(maker_wq) - Run the Maker genome annotation tool using Work Queue to harness heterogenous resources 

 

SECTION(SYNOPSIS)

CODE(BOLD(maker_wq [options] <maker_opts> <maker_bopts> <maker_exe> ))

 

SECTION(DESCRIPTION)

BOLD(maker_wq) is a master script to run the Maker genome annotation tool using Work Queue to enable the user to harness the heterogenous power of multiple systems simultaneously. It accepts all of the Maker inputs. The primary difference is that the MPI code has been replaced with Work Queue components. 

PARA

BOLD(maker_wq) expects a maker_wq_worker in the path, and can be used from any working directory. All required input files are specified in the standard Maker control files just as in the standard Maker distribution. 

 

SECTION(OPTIONS)

OPTIONS_BEGIN

OPTION_PAIR(-port, port) Specify the port on which to create the Work Queue

OPTION_PAIR(-fa, fast_abort) Specify a fast abort multiplier

OPTION_PAIR(-N, project) Specify a project name for utilizing shared workers

OPTIONS_END

 

SECTION(EXIT STATUS)

On success, returns zero.  On failure, returns non-zero.

 

SECTION(ENVIRONMENT VARIABLES)

 

SECTION(EXAMPLES)

 

To run maker_wq, specify the same arguments as standard Maker:

LONGCODE_BEGIN

maker_wq maker_opts.ctl maker_bopts.ctl maker_exe.ctl > output

LONGCODE_END

This will begin the Maker run. All that is needed now is to submit workers that can be accessed by our master.

 

SECTION(COPYRIGHT)

 

COPYRIGHT_BOILERPLATE

 

SECTION(SEE ALSO)

 

FOOTER