* New upstream release. (Closes: #627582, #627712)
* debian/control
  - Drop bunch of not used build dependencies - libcommons-cli-java,
    libcrimson-java, libmysql-java, libpgjava, xsltproc.
  - Add javahelper as build dependency to use jh_classpath and jh_depends
    utilities.
* debian/rules
  - Include javahelper.mk
  - Remove ant-nodeps, vecmath, log4j-1.2, commons-cli from build classpath.
    Build classpath is managed by upstream build system.
  - Remove modules which do not contain any class files when built - inchi,
    pdbcml, qsarxml.
  - Add logic to generate debian/classpath file. This file is used by
    jh_classpath to update classpath in manifest files. (Closes: #627683)
* debian/patches/
  - 21_vecmath_lib_name.patch - Remove. Not needed anymore.
  - 22_fix_build.patch - Update as per current upstream source.