← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/ffindex/vivid-proposed

« back to all changes in this revision

Viewing changes to README

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Laszlo Kajan
  • Date: 2012-12-16 14:47:49 UTC
  • mfrom: (1.1.3)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20121216144749-3cx19skfasqhvyzd
Tags: 0.9.9-1
New upstream release

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
README
30
30
$ make
31
31
$ make test
32
32
 
 
33
If you have MPI and want to compile ffindex_apply_mpi:
 
34
$ make HAVE_MPI=1
 
35
 
33
36
On OS X use for the first make line:
34
37
$ make -f Makefile.osx
35
38
 
37
40
# or $HOME/ffindex instead of "..".
38
41
$ make install INSTALL_DIR=.. 
39
42
 
 
43
and with MPI:
 
44
 
 
45
$ make install INSTALL_DIR=.. HAVE_MPI=1
 
46
 
40
47
 
41
48
* Usage
42
49
 
76
83
Count the number of characters in each sequence, without the header:
77
84
$ ffindex_apply fasta.ffdata fasta.ffindex perl -ne '$x += length unless(/^>/); END{print "$x\n"}'
78
85
 
 
86
Parallel version for counting the characters including header in each entry:
 
87
$ mpirun -np 4 ffindex_apply_mpi fasta.ffdata fasta.ffindex -- wc -c
 
88
 
 
89
Parallel version for counting the characters including header in each entry and
 
90
saving the output to a new ffindex:
 
91
$ mpirun -np 4 ffindex_apply_mpi fasta.ffdata fasta.ffindex -i out-wc.ffindex -o out-wc.ffdata -- wc -c