← Back to branch summary

~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/paml/vivid

« back to all changes in this revision

Viewing changes to doc/pamlHistory.txt

  • Committer: Package Import Robot
  • Author(s): Charles Plessy
  • Date: 2011-09-30 21:48:20 UTC
  • mfrom: (1.1.1)
  • Revision ID: package-import@ubuntu.com-20110930214820-34le7vftkcq97n9i
Tags: 4.4e-1
http://bugs.debian.org/643843
* Team upload.
* New upstream release.
* Upload to unstable (Closes: #643843).
* Corrected debian/watch for downloading sources with uscan.
* Removed links to inexsistant Git repositories in debian/README.source.
* Corrected VCS URLs (debian/control).
* Conforms to Policy 3.9.2 (debian/control, no other changes needed).
* Use Debhelper 8 (debian/control, debian/compat).
* Converted debian/copyright to machine readable format version 1.0.
* Compress binary packages with xz.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
doc/pamlHistory.txt
10
10
 
11
11
 
12
12
 
 
13
Version 4.4e, May 2011
 
14
 
 
15
mcmctree.  I have added an option of automatically adjusting the step
 
16
lengths for proposals in the MCMC algorithm.  The program will use the
 
17
burn in to automatically adjust the step lengths, using those values
 
18
specified in the control file as initial values.
 
19
 
 
20
codeml: The iteration method that updates one branch length at a time
 
21
(method = 1) is broken for the free-ratios model (model = 1) from
 
22
versions 4.3 to 4.4d inclusive.  When codeml runs, you will see
 
23
messages like the following on the screen: 
 
24
Warning rounding error? b=3 cycle=0 lnL=6036.9413757 != 6070.1069284 
 
25
Version 4.2 and earlier are correct.  This bug is now fixed.  
 
26
Thanks to Tae-Kun Seo for reporting the bug.
 
27
 
 
28
 
 
29
 
 
30
Version 4.4d, March 2011
 
31
 
 
32
yn00.  The option of using weighting (weighting = 1) in the
 
33
calculation of dN and dS by the YN00 method (Yang and Nielsen 2000)
 
34
has been broken since Version 4.4 (February 2010).  A bug was
 
35
introduced when I changed the character coding in Version 4.4, so that
 
36
this bug affects Versions 4.4, 4.4a, 4.4b, and 4.4c.  The bug
 
37
typically causes a crash.  The result for weighting = 0 is not
 
38
affected.  Versions before 4.4 are correct.  This bug is now fixed.
 
39
Thanks for Charlie
 
40
(http://www.ucl.ac.uk/discussions/viewtopic.php?t=8726&highlight=yn00).
 
41
 
 
42
 
 
43
 
13
44
Version 4.4c, August 2010
14
45
 
15
46
mcmctree.  A bug causes the exotic calibrations (gamma, skew normal
548
579
special case of the model on the right:.  Two LRTs can be constructed
549
580
using those models.  The first one compares M1a against M2a, using a
550
581
chi square with df 2, and the second one compares M7 against M8, using
551
 
a chi square with d.f. 2.
 
582
a chi square with d.f. = 2.
552
583
 
553
584
(1b) Similarly branch-site model A (Yang and Nielsen 2002) is changed.
554
585
The old model assumes 0 = 0 and is unrealistic.  This is replaced by 0