~ubuntu-branches/ubuntu/vivid/relion/vivid

/***************************************************************************

 *

 * Author: "Sjors H.W. Scheres"

 * MRC Laboratory of Molecular Biology

 *

 * This program is free software; you can redistribute it and/or modify

 * it under the terms of the GNU General Public License as published by

 * the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or

 * (at your option) any later version.

 *

 * This program is distributed in the hope that it will be useful,

 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of

 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the

 * GNU General Public License for more details.

 *

 * This complete copyright notice must be included in any revised version of the

 * source code. Additional authorship citations may be added, but existing

 * author citations must be preserved.

 ***************************************************************************/

#include "src/particle_sorter_mpi.h"

 

void ParticleSorterMpi::read(int argc, char **argv)

{

    // Define a new MpiNode

    node = new MpiNode(argc, argv);

 

    // First read in non-parallelisation-dependent variables

    ParticleSorter::read(argc, argv);

 

    // Don't put any output to screen for mpi slaves

    verb = (node->isMaster()) ? 1 : 0;

 

    // Possibly also read parallelisation-dependent variables here

 

    // Print out MPI info

        printMpiNodesMachineNames(*node);

 

 

}

void ParticleSorterMpi::run()

{

 

        int total_nr_images = MDin.numberOfObjects();

        features.resize(total_nr_images, NR_FEATURES);

 

        // Each node does part of the work

        long int my_first_image, my_last_image, my_nr_images;

        divide_equally(total_nr_images, node->size, node->rank, my_first_image, my_last_image);

        my_nr_images = my_last_image - my_first_image + 1;

 

        int barstep;

        if (verb > 0)

        {

                std::cout << "Calculating sorting features for all input particles..." << std::endl;

                init_progress_bar(my_nr_images);

                barstep = XMIPP_MAX(1, my_nr_images/ 60);

        }

 

        long int ipart = 0;

        FOR_ALL_OBJECTS_IN_METADATA_TABLE(MDin)

        {

 

                if (ipart >= my_first_image && ipart <= my_last_image)

                {

                        if (verb > 0 && ipart % barstep == 0)

                                progress_bar(ipart);

 

                        calculateFeaturesOneParticle(ipart);

 

                }

                ipart++;

        }

 

        if (verb > 0)

                progress_bar(my_nr_images);

 

        // Combine results from all nodes

        MultidimArray<double> allnodes_features;

        allnodes_features.resize(features);

        MPI_Allreduce(MULTIDIM_ARRAY(features), MULTIDIM_ARRAY(allnodes_features), MULTIDIM_SIZE(features), MPI_DOUBLE, MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);

        features = allnodes_features;

 

        // Only the master writes out files

        if (verb > 0)

        {

                normaliseFeatures();

 

                writeFeatures();

        }

 

}