9
9
CALLMETHOD_DEF(valid_cigar, 2),
10
CALLMETHOD_DEF(explode_cigar_ops, 2),
11
CALLMETHOD_DEF(explode_cigar_op_lengths, 2),
10
12
CALLMETHOD_DEF(split_cigar, 1),
11
13
CALLMETHOD_DEF(cigar_op_table, 1),
12
CALLMETHOD_DEF(cigar_to_qwidth, 2),
13
CALLMETHOD_DEF(cigar_to_width, 1),
14
CALLMETHOD_DEF(cigar_ranges, 9),
15
CALLMETHOD_DEF(cigar_width, 3),
16
CALLMETHOD_DEF(cigar_narrow, 3),
14
17
CALLMETHOD_DEF(cigar_qnarrow, 3),
15
CALLMETHOD_DEF(cigar_narrow, 3),
16
CALLMETHOD_DEF(cigar_to_IRanges, 4),
17
CALLMETHOD_DEF(cigar_to_list_of_IRanges_by_alignment, 6),
18
CALLMETHOD_DEF(cigar_to_list_of_IRanges_by_rname, 7),
19
CALLMETHOD_DEF(ref_locs_to_query_locs, 4),
20
CALLMETHOD_DEF(query_locs_to_ref_locs, 4),
18
CALLMETHOD_DEF(ref_locs_to_query_locs, 4),
19
CALLMETHOD_DEF(query_locs_to_ref_locs, 4),
22
21
/* transcript_utils.c */
23
22
CALLMETHOD_DEF(transcript_widths, 2),