~zorba-coders/zorba/data-cleaning-missing-functions

 : @param $score The score value.

 : @param $penalty The penalty value.

 : @return The Smith-Waterman distance between the two strings.

declare function simc:smith-waterman ( $s1 as xs:string, $s2 as xs:string, $score as xs:integer, $penalty as xs:integer ) as xs:double{ 

 if(string-length($s1) = 0) then 0 else

 if(string-length($s2) = 0) then 0 else

  simc:smith-waterman(substring($s1, 2), substring($s2, 2), $score, $penalty) + ( if(substring($s1, 1, 1) = substring($s2, 1, 1)) then $score else -$penalty )

 ))

};