← Back to branch summary

~kovalp/siesta/4.0

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/bessel.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-06-13 19:25:31 UTC
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20180613192531-ywkvx48gw10hvtak
Reran all tests for 4.0

Since this 4.0 update implements new tabulated values
a lot of the tests changed values. I have gone through
all OUT.diffs and asserted that the values are agreeing
while they are not equal.

Secondly, many of the tests with HarrisFunctional have been
changed to use regular diagon to make them more predictable
and stable tests.

This commit only deals with Siesta tests.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/bessel.out
1
 
Siesta Version: siesta-4.0--527
2
 
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
3
 
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore 
4
 
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF  -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__FLOOK  
 
1
Siesta Version  : siesta-4.0--578
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-25-35
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpif90 -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizationns -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/hdf5-serial/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/netcdf-serial/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DSIESTA__MRRR 
5
6
PARALLEL version
6
7
NetCDF support
7
8
 
8
9
* Running on    8 nodes in parallel
9
 
>> Start of run:   2-JUL-2017  11:46:44
 
10
>> Start of run:  10-JUN-2018  20:57:00
10
11
 
11
12
                           ***********************       
12
13
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
368
369
 
369
370
Dumping basis to NetCDF file O.ion.nc
370
371
Dumping basis to NetCDF file H.ion.nc
371
 
Skipping creation of NetCDF file Bessel.ion.nc (ghost atom)
 
372
Dumping basis to NetCDF file Bessel.ion.nc
372
373
coor:   Atomic-coordinates input format  =     Cartesian coordinates
373
374
coor:                                          (in Angstroms)
374
375
 
401
402
redata: Number of Atomic Species         =        3
402
403
redata: Charge density info will appear in .RHO file
403
404
redata: Write Mulliken Pop.              =     NO
404
 
redata: Mesh Cutoff                      =   100.0000  Ry
 
405
redata: Matel table size (NRTAB)         =     1024
 
406
redata: Mesh Cutoff                      =   100.0000 Ry
405
407
redata: Net charge of the system         =     0.0000 |e|
406
408
redata: Min. number of SCF Iter          =        0
407
409
redata: Max. number of SCF Iter          =       50
500
502
stepf: Fermi-Dirac step function
501
503
 
502
504
siesta: Program's energy decomposition (eV):
503
 
siesta: Ebs     =      -124.146949
 
505
siesta: Ebs     =      -124.146884
504
506
siesta: Eions   =       815.854478
505
 
siesta: Ena     =       175.154321
506
 
siesta: Ekin    =       341.667405
507
 
siesta: Enl     =       -52.736757
508
 
siesta: DEna    =        -0.000002
 
507
siesta: Ena     =       175.155695
 
508
siesta: Ekin    =       341.667406
 
509
siesta: Enl     =       -52.736859
 
510
siesta: DEna    =        -0.000003
509
511
siesta: DUscf   =         0.000000
510
512
siesta: DUext   =         0.000000
511
513
siesta: Exc     =      -109.897180
514
516
siesta: Emeta   =         0.000000
515
517
siesta: Emolmec =         0.000000
516
518
siesta: Ekinion =         0.000000
517
 
siesta: Eharris =      -466.554405
518
 
siesta: Etot    =      -461.666691
519
 
siesta: FreeEng =      -461.666691
 
519
siesta: Eharris =      -466.552968
 
520
siesta: Etot    =      -461.665420
 
521
siesta: FreeEng =      -461.665420
520
522
 
521
523
   scf: iscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)    dDmax  Ef(eV)
522
 
   scf:    1     -466.5544     -461.6667     -461.6667  1.44006 -7.5506
523
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.019   1.71
524
 
   scf:    2     -467.2832     -465.0226     -465.0226  0.21387 -2.9211
525
 
   scf:    3     -465.9505     -465.3256     -465.3256  0.05943 -4.6211
526
 
   scf:    4     -465.8475     -465.4619     -465.4619  0.02496 -5.0852
527
 
   scf:    5     -465.8384     -465.5566     -465.5566  0.01355 -5.2158
528
 
   scf:    6     -465.8374     -465.6268     -465.6268  0.00850 -5.2513
529
 
   scf:    7     -465.8373     -465.6795     -465.6795  0.00581 -5.2596
530
 
   scf:    8     -465.8373     -465.7189     -465.7189  0.00415 -5.2607
531
 
   scf:    9     -465.8373     -465.7485     -465.7485  0.00302 -5.2601
532
 
   scf:   10     -465.8373     -465.7707     -465.7707  0.00222 -5.2594
533
 
   scf:   11     -465.8373     -465.7874     -465.7874  0.00163 -5.2588
534
 
   scf:   12     -465.8373     -465.7998     -465.7998  0.00121 -5.2584
535
 
   scf:   13     -465.8373     -465.8092     -465.8092  0.00089 -5.2581
536
 
   scf:   14     -465.8373     -465.8162     -465.8162  0.00066 -5.2580
537
 
   scf:   15     -465.8373     -465.8215     -465.8215  0.00049 -5.2579
538
 
   scf:   16     -465.8373     -465.8254     -465.8254  0.00036 -5.2578
539
 
   scf:   17     -465.8373     -465.8284     -465.8284  0.00027 -5.2577
540
 
   scf:   18     -465.8373     -465.8306     -465.8306  0.00020 -5.2577
541
 
   scf:   19     -465.8373     -465.8323     -465.8323  0.00015 -5.2577
542
 
   scf:   20     -465.8373     -465.8335     -465.8335  0.00011 -5.2577
543
 
   scf:   21     -465.8373     -465.8345     -465.8345  0.00008 -5.2577
 
524
   scf:    1     -466.5530     -461.6654     -461.6654  1.44018 -7.5471
 
525
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.016   1.22
 
526
   scf:    2     -467.2818     -465.0211     -465.0211  0.21387 -2.9177
 
527
   scf:    3     -465.9491     -465.3242     -465.3242  0.05942 -4.6178
 
528
   scf:    4     -465.8461     -465.4605     -465.4605  0.02495 -5.0818
 
529
   scf:    5     -465.8369     -465.5551     -465.5551  0.01355 -5.2125
 
530
   scf:    6     -465.8360     -465.6254     -465.6254  0.00850 -5.2479
 
531
   scf:    7     -465.8359     -465.6781     -465.6781  0.00581 -5.2562
 
532
   scf:    8     -465.8359     -465.7175     -465.7175  0.00415 -5.2573
 
533
   scf:    9     -465.8359     -465.7471     -465.7471  0.00302 -5.2567
 
534
   scf:   10     -465.8359     -465.7693     -465.7693  0.00222 -5.2560
 
535
   scf:   11     -465.8359     -465.7859     -465.7859  0.00163 -5.2554
 
536
   scf:   12     -465.8359     -465.7984     -465.7984  0.00121 -5.2550
 
537
   scf:   13     -465.8359     -465.8078     -465.8078  0.00089 -5.2548
 
538
   scf:   14     -465.8359     -465.8148     -465.8148  0.00066 -5.2546
 
539
   scf:   15     -465.8359     -465.8201     -465.8201  0.00049 -5.2545
 
540
   scf:   16     -465.8359     -465.8240     -465.8240  0.00036 -5.2544
 
541
   scf:   17     -465.8359     -465.8270     -465.8270  0.00027 -5.2544
 
542
   scf:   18     -465.8359     -465.8292     -465.8292  0.00020 -5.2543
 
543
   scf:   19     -465.8359     -465.8309     -465.8309  0.00015 -5.2543
 
544
   scf:   20     -465.8359     -465.8321     -465.8321  0.00011 -5.2543
 
545
   scf:   21     -465.8359     -465.8331     -465.8331  0.00008 -5.2543
544
546
 
545
547
SCF Convergence by dMax criterion
546
 
max |DM_out - DM_in|:     0.00008315
 
548
max |DM_out - DM_in|:     0.00008313
547
549
SCF cycle converged after   21 iterations
548
550
 
549
551
Using DM_out to compute the final energy and forces
550
552
 
551
 
siesta: E_KS(eV) =             -465.8373
 
553
siesta: E_KS(eV) =             -465.8359
552
554
 
553
 
siesta: E_KS - E_eggbox =      -465.8373
 
555
siesta: E_KS - E_eggbox =      -465.8359
554
556
 
555
557
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
556
558
----------------------------------------
557
 
   Tot   -0.000000   -0.051165   -0.000000
558
 
----------------------------------------
559
 
   Max    0.691999
560
 
   Res    0.323313    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
561
 
----------------------------------------
562
 
   Max    0.691999    constrained
 
559
   Tot   -0.000000   -0.051134   -0.000000
 
560
----------------------------------------
 
561
   Max    0.649243
 
562
   Res    0.306784    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
563
----------------------------------------
 
564
   Max    0.649243    constrained
563
565
 
564
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):       -6.55       -2.92       -1.01        0.00        0.00        0.00
565
 
(Free)E + p*V (eV/cell)     -465.3243
566
 
Target enthalpy (eV/cell)     -465.8373
 
566
Stress-tensor-Voigt (kbar):       -6.26       -2.75       -1.01       -0.00        0.00       -0.00
 
567
(Free)E + p*V (eV/cell)     -465.3455
 
568
Target enthalpy (eV/cell)     -465.8359
567
569
 
568
570
siesta: Program's energy decomposition (eV):
569
 
siesta: Ebs     =      -104.363629
 
571
siesta: Ebs     =      -104.364150
570
572
siesta: Eions   =       815.854478
571
 
siesta: Ena     =       175.154321
572
 
siesta: Ekin    =       353.865317
573
 
siesta: Enl     =       -63.181133
574
 
siesta: DEna    =        -3.376789
575
 
siesta: DUscf   =         0.753223
 
573
siesta: Ena     =       175.155695
 
574
siesta: Ekin    =       353.866526
 
575
siesta: Enl     =       -63.182129
 
576
siesta: DEna    =        -3.377003
 
577
siesta: DUscf   =         0.753181
576
578
siesta: DUext   =         0.000000
577
 
siesta: Exc     =      -113.197753
 
579
siesta: Exc     =      -113.197667
578
580
siesta: eta*DQ  =         0.000000
579
581
siesta: Emadel  =         0.000000
580
582
siesta: Emeta   =         0.000000
581
583
siesta: Emolmec =         0.000000
582
584
siesta: Ekinion =         0.000000
583
 
siesta: Eharris =      -465.837292
584
 
siesta: Etot    =      -465.837292
585
 
siesta: FreeEng =      -465.837292
 
585
siesta: Eharris =      -465.835876
 
586
siesta: Etot    =      -465.835876
 
587
siesta: FreeEng =      -465.835876
586
588
 
587
589
siesta: Final energy (eV):
588
 
siesta:  Band Struct. =    -104.363629
589
 
siesta:       Kinetic =     353.865317
590
 
siesta:       Hartree =     385.115879
 
590
siesta:  Band Struct. =    -104.364150
 
591
siesta:       Kinetic =     353.866526
 
592
siesta:       Hartree =     385.115288
591
593
siesta:    Ext. field =       0.000000
592
 
siesta:   Exch.-corr. =    -113.197753
593
 
siesta:  Ion-electron =   -1080.143029
594
 
siesta:       Ion-ion =     -11.477707
 
594
siesta:   Exch.-corr. =    -113.197667
 
595
siesta:  Ion-electron =   -1080.143690
 
596
siesta:       Ion-ion =     -11.476334
595
597
siesta:       Ekinion =       0.000000
596
 
siesta:         Total =    -465.837292
 
598
siesta:         Total =    -465.835876
597
599
 
598
600
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
599
 
siesta:      1    0.000000   -0.691999    0.000000
600
 
siesta:      2    0.663221    0.322214   -0.000000
601
 
siesta:      3   -0.663221    0.322214   -0.000000
602
 
siesta:      4   -0.029434   -0.001797   -0.000000
603
 
siesta:      5    0.029434   -0.001797   -0.000000
 
601
siesta:      1   -0.000000   -0.649243    0.000000
 
602
siesta:      2    0.635274    0.301032   -0.000000
 
603
siesta:      3   -0.635274    0.301032   -0.000000
 
604
siesta:      4   -0.030281   -0.001977   -0.000000
 
605
siesta:      5    0.030281   -0.001977   -0.000000
604
606
siesta: ----------------------------------------
605
 
siesta:    Tot   -0.000000   -0.051165   -0.000000
 
607
siesta:    Tot   -0.000000   -0.051134   -0.000000
606
608
 
607
609
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
608
 
siesta:    -0.004091    0.000000   -0.000000
609
 
siesta:     0.000000   -0.001819   -0.000000
610
 
siesta:     0.000000    0.000000   -0.000628
 
610
siesta:    -0.003908   -0.000000    0.000000
 
611
siesta:    -0.000000   -0.001713   -0.000000
 
612
siesta:    -0.000000    0.000000   -0.000628
611
613
 
612
614
siesta: Cell volume =        235.378012 Ang**3
613
615
 
614
616
siesta: Pressure (static):
615
617
siesta:                Solid            Molecule  Units
616
 
siesta:           0.00002374          0.00000251  Ry/Bohr**3
617
 
siesta:           0.00217937          0.00023016  eV/Ang**3
618
 
siesta:           3.49177241          0.36875303  kBar
619
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -465.239517
620
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -465.239517
 
618
siesta:           0.00002269          0.00000251  Ry/Bohr**3
 
619
siesta:           0.00208323          0.00023017  eV/Ang**3
 
620
siesta:           3.33773929          0.36877082  kBar
 
621
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -465.238101
 
622
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -465.238101
621
623
 
622
 
siesta: Electric dipole (a.u.)  =   -0.000000    0.560111    0.000000
623
 
siesta: Electric dipole (Debye) =   -0.000000    1.423662    0.000000
624
 
>> End of run:   2-JUL-2017  11:46:45
 
624
siesta: Electric dipole (a.u.)  =   -0.000000    0.560136    0.000000
 
625
siesta: Electric dipole (Debye) =   -0.000000    1.423725    0.000000
 
626
>> End of run:  10-JUN-2018  20:57:02
625
627
Job completed