← Back to branch summary

~kovalp/siesta/4.0

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/h2o_am05.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2018-06-13 19:25:31 UTC
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20180613192531-ywkvx48gw10hvtak
Reran all tests for 4.0

Since this 4.0 update implements new tabulated values
a lot of the tests changed values. I have gone through
all OUT.diffs and asserted that the values are agreeing
while they are not equal.

Secondly, many of the tests with HarrisFunctional have been
changed to use regular diagon to make them more predictable
and stable tests.

This commit only deals with Siesta tests.

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/h2o_am05.out
1
 
Siesta Version: siesta-4.0--527
2
 
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
3
 
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore 
4
 
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF  -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DSIESTA__FLOOK  
 
1
Siesta Version  : siesta-4.0--578
 
2
Architecture    : x86_64-linux-n-62-25-35
 
3
Compiler version: GNU Fortran (GCC) 7.3.0
 
4
Compiler flags  : mpif90 -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizationns -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore
 
5
PP flags        : -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/gcc/7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/zlib/1.2.11/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/libxml2/2.9.7/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/hwloc/1.11.9/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/openmpi/3.0.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/szip/2.1.1/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/hdf5-serial/1.8.18/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/netcdf-serial/4.6.0/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/scalapack/204/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/openblas/0.2.20/gnu-7.3.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2018-feb/XeonE5-2660v3/elpa/2017.05.003/gnu-7.3.0/include -DSIESTA__ELPA -DMPI -D1 -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DSIESTA__MRRR 
5
6
PARALLEL version
6
7
NetCDF support
7
8
 
8
9
* Running on    8 nodes in parallel
9
 
>> Start of run:   3-JUL-2017   9:18:38
 
10
>> Start of run:  10-JUN-2018  21:46:42
10
11
 
11
12
                           ***********************       
12
13
                           *  WELCOME TO SIESTA  *       
405
406
redata: Number of Atomic Species         =        2
406
407
redata: Charge density info will appear in .RHO file
407
408
redata: Write Mulliken Pop.              =     Atomic and Orbital charges
408
 
redata: Mesh Cutoff                      =   200.0000  Ry
 
409
redata: Matel table size (NRTAB)         =     1024
 
410
redata: Mesh Cutoff                      =   200.0000 Ry
409
411
redata: Net charge of the system         =     0.0000 |e|
410
412
redata: Min. number of SCF Iter          =        0
411
413
redata: Max. number of SCF Iter          =       50
470
472
outcell: Cell vector modules (Ang)   :    8.000000    8.000000    8.000000
471
473
outcell: Cell angles (23,13,12) (deg):     90.0000     90.0000     90.0000
472
474
outcell: Cell volume (Ang**3)        :    512.0000
473
 
 Folding of H and S is implicitly performed
 
475
Gamma-point calculation with multiply-connected orbital pairs
 
476
Folding of H and S implicitly performed
474
477
New_DM. Step:     1
475
478
Initializing Density Matrix...
476
479
New grid distribution:   1
513
516
stepf: Fermi-Dirac step function
514
517
 
515
518
siesta: Program's energy decomposition (eV):
516
 
siesta: Ebs     =      -140.912802
 
519
siesta: Ebs     =      -140.913691
517
520
siesta: Eions   =       825.824713
518
 
siesta: Ena     =       193.275340
519
 
siesta: Ekin    =       321.820414
520
 
siesta: Enl     =       -45.420222
521
 
siesta: DEna    =         0.000002
 
521
siesta: Ena     =       193.278637
 
522
siesta: Ekin    =       321.820415
 
523
siesta: Enl     =       -45.420633
 
524
siesta: DEna    =         0.000001
522
525
siesta: DUscf   =         0.000000
523
526
siesta: DUext   =         0.000000
524
527
siesta: Exc     =      -105.873189
527
530
siesta: Emeta   =         0.000000
528
531
siesta: Emolmec =         0.000000
529
532
siesta: Ekinion =         0.000000
530
 
siesta: Eharris =      -468.221781
531
 
siesta: Etot    =      -462.022368
532
 
siesta: FreeEng =      -462.022368
 
533
siesta: Eharris =      -468.219375
 
534
siesta: Etot    =      -462.019482
 
535
siesta: FreeEng =      -462.019482
533
536
 
534
537
   scf: iscf   Eharris(eV)      E_KS(eV)   FreeEng(eV)    dDmax  Ef(eV)
535
 
   scf:    1     -468.2218     -462.0224     -462.0224  0.97115 -5.6196
536
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.204  12.95
537
 
   scf:    2     -471.1806     -463.3800     -463.3800  2.50713 -0.0334
538
 
   scf:    3     -466.4082     -463.4343     -463.4343  0.77787 -3.1520
539
 
   scf:    4     -466.2307     -465.5479     -465.5479  0.70360 -1.4088
540
 
   scf:    5     -466.1670     -467.4293     -467.4293  0.15135 -1.3993
541
 
   scf:    6     -466.1678     -467.0020     -467.0020  0.07961 -1.6756
542
 
   scf:    7     -466.1664     -466.6722     -466.6722  0.05997 -1.6837
543
 
   scf:    8     -466.1645     -466.0383     -466.0383  0.01001 -1.5947
544
 
   scf:    9     -466.1641     -466.1405     -466.1405  0.00413 -1.5841
545
 
   scf:   10     -466.1641     -466.1738     -466.1738  0.00379 -1.5909
546
 
   scf:   11     -466.1641     -466.1746     -466.1746  0.00253 -1.5916
547
 
   scf:   12     -466.1641     -466.1615     -466.1615  0.00058 -1.5901
548
 
   scf:   13     -466.1641     -466.1613     -466.1613  0.00047 -1.5898
549
 
   scf:   14     -466.1641     -466.1645     -466.1645  0.00024 -1.5889
550
 
   scf:   15     -466.1641     -466.1639     -466.1639  0.00023 -1.5888
551
 
   scf:   16     -466.1641     -466.1632     -466.1632  0.00009 -1.5884
 
538
   scf:    1     -468.2194     -462.0195     -462.0195  0.97113 -5.6200
 
539
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.131   8.88
 
540
   scf:    2     -471.1783     -463.3773     -463.3773  2.50726 -0.0334
 
541
   scf:    3     -466.4057     -463.4316     -463.4316  0.77787 -3.1522
 
542
   scf:    4     -466.2281     -465.5453     -465.5453  0.70355 -1.4088
 
543
   scf:    5     -466.1645     -467.4262     -467.4262  0.15133 -1.3994
 
544
   scf:    6     -466.1652     -466.9990     -466.9990  0.07957 -1.6757
 
545
   scf:    7     -466.1638     -466.6695     -466.6695  0.05995 -1.6838
 
546
   scf:    8     -466.1619     -466.0359     -466.0359  0.01000 -1.5949
 
547
   scf:    9     -466.1616     -466.1379     -466.1379  0.00413 -1.5843
 
548
   scf:   10     -466.1615     -466.1713     -466.1713  0.00379 -1.5911
 
549
   scf:   11     -466.1615     -466.1721     -466.1721  0.00253 -1.5917
 
550
   scf:   12     -466.1615     -466.1590     -466.1590  0.00058 -1.5902
 
551
   scf:   13     -466.1615     -466.1587     -466.1587  0.00047 -1.5899
 
552
   scf:   14     -466.1615     -466.1620     -466.1620  0.00024 -1.5890
 
553
   scf:   15     -466.1615     -466.1614     -466.1614  0.00023 -1.5889
 
554
   scf:   16     -466.1615     -466.1606     -466.1606  0.00009 -1.5885
552
555
 
553
556
SCF Convergence by dMax criterion
554
 
max |DM_out - DM_in|:     0.00008571
 
557
max |DM_out - DM_in|:     0.00008578
555
558
SCF cycle converged after   16 iterations
556
559
 
557
560
Using DM_out to compute the final energy and forces
558
561
 
559
 
siesta: E_KS(eV) =             -466.1641
 
562
siesta: E_KS(eV) =             -466.1615
560
563
 
561
 
siesta: E_KS - E_eggbox =      -466.1641
 
564
siesta: E_KS - E_eggbox =      -466.1615
562
565
 
563
566
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
564
 
     1    0.835279    0.000000    0.000000
565
 
     2   -0.412510   -1.259506   -0.000000
566
 
     3   -0.412510    1.259506   -0.000000
567
 
----------------------------------------
568
 
   Tot    0.010258   -0.000000    0.000000
569
 
----------------------------------------
570
 
   Max    1.259506
571
 
   Res    0.684002    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
572
 
----------------------------------------
573
 
   Max    1.259506    constrained
 
567
     1    0.825554    0.000000    0.000000
 
568
     2   -0.407652   -1.267533   -0.000000
 
569
     3   -0.407652    1.267533   -0.000000
 
570
----------------------------------------
 
571
   Tot    0.010250   -0.000000   -0.000000
 
572
----------------------------------------
 
573
   Max    1.267533
 
574
   Res    0.685337    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
575
----------------------------------------
 
576
   Max    1.267533    constrained
574
577
 
575
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):       -1.19        6.74        0.00       -0.00       -0.00       -0.00
576
 
(Free)E + p*V (eV/cell)     -466.7554
577
 
Target enthalpy (eV/cell)     -466.1641
 
578
Stress-tensor-Voigt (kbar):       -1.17        6.78        0.00       -0.00       -0.00       -0.00
 
579
(Free)E + p*V (eV/cell)     -466.7591
 
580
Target enthalpy (eV/cell)     -466.1615
578
581
 
579
582
mulliken: Atomic and Orbital Populations:
580
583
 
588
591
Species: H_am05              
589
592
Atom  Qatom  Qorb
590
593
               1s      1s      2py     2pz     2px     
591
 
   2  0.646   0.262   0.335   0.020   0.015   0.014
592
 
   3  0.646   0.262   0.335   0.020   0.015   0.014
 
594
   2  0.647   0.263   0.335   0.020   0.015   0.014
 
595
   3  0.647   0.263   0.335   0.020   0.015   0.014
593
596
 
594
597
mulliken: Qtot =        8.000
595
598
 
597
600
  ik is    eps
598
601
   1  1 -24.36 -13.29  -8.17  -6.75   0.42   2.95  13.91  15.40  15.95  15.95
599
602
         21.56  21.75  23.06  23.71  25.70  40.70  42.66  50.03  51.26  53.89
600
 
         62.18  65.05  67.01
601
 
siesta: Fermi energy =      -1.588367 eV
 
603
         62.17  65.05  67.01
 
604
siesta: Fermi energy =      -1.588511 eV
602
605
 
603
606
siesta: Program's energy decomposition (eV):
604
 
siesta: Ebs     =      -105.137735
 
607
siesta: Ebs     =      -105.136667
605
608
siesta: Eions   =       825.824713
606
 
siesta: Ena     =       193.275340
607
 
siesta: Ekin    =       345.658447
608
 
siesta: Enl     =       -57.212821
609
 
siesta: DEna    =       -11.628901
610
 
siesta: DUscf   =         1.558302
 
609
siesta: Ena     =       193.278637
 
610
siesta: Ekin    =       345.659416
 
611
siesta: Enl     =       -57.214387
 
612
siesta: DEna    =       -11.628907
 
613
siesta: DUscf   =         1.558462
611
614
siesta: DUext   =         0.000000
612
 
siesta: Exc     =      -111.989748
 
615
siesta: Exc     =      -111.990035
613
616
siesta: eta*DQ  =         0.000000
614
617
siesta: Emadel  =         0.000000
615
618
siesta: Emeta   =         0.000000
616
619
siesta: Emolmec =         0.000000
617
620
siesta: Ekinion =         0.000000
618
 
siesta: Eharris =      -466.164094
619
 
siesta: Etot    =      -466.164094
620
 
siesta: FreeEng =      -466.164094
 
621
siesta: Eharris =      -466.161528
 
622
siesta: Etot    =      -466.161528
 
623
siesta: FreeEng =      -466.161528
621
624
 
622
625
siesta: Final energy (eV):
623
 
siesta:  Band Struct. =    -105.137735
624
 
siesta:       Kinetic =     345.658447
625
 
siesta:       Hartree =     417.095167
 
626
siesta:  Band Struct. =    -105.136667
 
627
siesta:       Kinetic =     345.659416
 
628
siesta:       Hartree =     417.097051
626
629
siesta:    Ext. field =       0.000000
627
 
siesta:   Exch.-corr. =    -111.989748
628
 
siesta:  Ion-electron =   -1138.939991
629
 
siesta:       Ion-ion =      22.012031
 
630
siesta:   Exch.-corr. =    -111.990035
 
631
siesta:  Ion-electron =   -1138.943288
 
632
siesta:       Ion-ion =      22.015329
630
633
siesta:       Ekinion =       0.000000
631
 
siesta:         Total =    -466.164094
 
634
siesta:         Total =    -466.161528
632
635
 
633
636
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
634
 
siesta:      1    0.835279    0.000000    0.000000
635
 
siesta:      2   -0.412510   -1.259506   -0.000000
636
 
siesta:      3   -0.412510    1.259506   -0.000000
 
637
siesta:      1    0.825554    0.000000    0.000000
 
638
siesta:      2   -0.407652   -1.267533   -0.000000
 
639
siesta:      3   -0.407652    1.267533   -0.000000
637
640
siesta: ----------------------------------------
638
 
siesta:    Tot    0.010258   -0.000000    0.000000
 
641
siesta:    Tot    0.010250   -0.000000   -0.000000
639
642
 
640
643
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
641
 
siesta:    -0.000742    0.000000    0.000000
642
 
siesta:    -0.000000    0.004206    0.000000
 
644
siesta:    -0.000733   -0.000000    0.000000
 
645
siesta:    -0.000000    0.004233    0.000000
643
646
siesta:    -0.000000   -0.000000    0.000001
644
647
 
645
648
siesta: Cell volume =        512.000000 Ang**3
646
649
 
647
650
siesta: Pressure (static):
648
651
siesta:                Solid            Molecule  Units
649
 
siesta:          -0.00001258         -0.00002443  Ry/Bohr**3
650
 
siesta:          -0.00115492         -0.00224265  eV/Ang**3
651
 
siesta:          -1.85040653         -3.59315713  kBar
652
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -464.709581
653
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -464.709581
 
652
siesta:          -0.00001271         -0.00002543  Ry/Bohr**3
 
653
siesta:          -0.00116707         -0.00233508  eV/Ang**3
 
654
siesta:          -1.86986549         -3.74125619  kBar
 
655
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =        -464.707015
 
656
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =        -464.707015
654
657
 
655
658
siesta: Electric dipole (a.u.)  =   -0.000000   -0.000000    0.000000
656
659
siesta: Electric dipole (Debye) =   -0.000000   -0.000000    0.000000
657
 
>> End of run:   3-JUL-2017   9:18:43
 
660
>> End of run:  10-JUN-2018  21:46:45
658
661
Job completed