← Back to branch summary

~logan/ubuntu/trusty/suitesparse/4.2.1-3ubuntu1

« back to all changes in this revision

Viewing changes to CHOLMOD/MATLAB/Test/mmread.m

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Christophe Prud'homme
  • Date: 2007-05-29 09:36:29 UTC
  • mfrom: (1.1.1 upstream)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20070529093629-zowquo0b7slkk6nc
Tags: 3.0.0-2
http://bugs.debian.org/426349
http://bugs.debian.org/426354
* suitesparse builds properly twice in a row
* Bug fix: "suitesparse - FTBFS: Broken build depens: libgfortran1-dev",
  thanks to Bastian Blank (Closes: #426349).
* Bug fix: "suitesparse_3.0.0-1: FTBFS: build-depends on
  libgfortran1-dev", thanks to Steve Langasek (Closes: #426354).

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
CHOLMOD/MATLAB/Test/mmread.m
1
 
function  [A,rows,cols,entries,rep,field,symm] = mmread(filename)
2
 
%
3
 
% function  [A] = mmread(filename)
4
 
%
5
 
% function  [A,rows,cols,entries,rep,field,symm] = mmread(filename)
6
 
%
7
 
%      Reads the contents of the Matrix Market file 'filename'
8
 
%      into the matrix 'A'.  'A' will be either sparse or full,
9
 
%      depending on the Matrix Market format indicated by
10
 
%      'coordinate' (coordinate sparse storage), or
11
 
%      'array' (dense array storage).  The data will be duplicated
12
 
%      as appropriate if symmetry is indicated in the header.
13
 
%
14
 
%      Optionally, size information about the matrix can be 
15
 
%      obtained by using the return values rows, cols, and
16
 
%      entries, where entries is the number of nonzero entries
17
 
%      in the final matrix. Type information can also be retrieved
18
 
%      using the optional return values rep (representation), field,
19
 
%      and symm (symmetry).
20
 
%
21
 
 
22
 
mmfile = fopen(filename,'r');
23
 
if ( mmfile == -1 )
24
 
 disp(filename);
25
 
 error('File not found');
26
 
end;
27
 
 
28
 
header = fgets(mmfile);
29
 
if (header == -1 )
30
 
  error('Empty file.')
31
 
end
32
 
 
33
 
% NOTE: If using a version of Matlab for which strtok is not
34
 
%       defined, substitute 'gettok' for 'strtok' in the 
35
 
%       following lines, and download gettok.m from the
36
 
%       Matrix Market site.    
37
 
[head0,header]   = strtok(header);  % see note above
38
 
[head1,header]   = strtok(header);
39
 
[rep,header]     = strtok(header);
40
 
[field,header]   = strtok(header);
41
 
[symm,header]    = strtok(header);
42
 
head1 = lower(head1);
43
 
rep   = lower(rep);
44
 
field = lower(field);
45
 
symm  = lower(symm);
46
 
if ( length(symm) == 0 )
47
 
   disp(['Not enough words in header line of file ',filename]) 
48
 
   disp('Recognized format: ')
49
 
   disp('%%MatrixMarket matrix representation field symmetry')
50
 
   error('Check header line.')
51
 
end
52
 
if ( ~ strcmp(head0,'%%MatrixMarket') )
53
 
   error('Not a valid MatrixMarket header.')
54
 
end
55
 
if (  ~ strcmp(head1,'matrix') )
56
 
   disp(['This seems to be a MatrixMarket ',head1,' file.']);
57
 
   disp('This function only knows how to read MatrixMarket matrix files.');
58
 
   disp('  ');
59
 
   error('  ');
60
 
end
61
 
 
62
 
% Read through comments, ignoring them
63
 
 
64
 
commentline = fgets(mmfile);
65
 
while length(commentline) > 0 & commentline(1) == '%',
66
 
  commentline = fgets(mmfile);
67
 
end
68
 
 
69
 
% Read size information, then branch according to
70
 
% sparse or dense format
71
 
 
72
 
if ( strcmp(rep,'coordinate')) %  read matrix given in sparse 
73
 
                              %  coordinate matrix format
74
 
 
75
 
  [sizeinfo,count] = sscanf(commentline,'%d%d%d');
76
 
  while ( count == 0 )
77
 
     commentline =  fgets(mmfile);
78
 
     if (commentline == -1 )
79
 
       error('End-of-file reached before size information was found.')
80
 
     end
81
 
     [sizeinfo,count] = sscanf(commentline,'%d%d%d');
82
 
     if ( count > 0 & count ~= 3 )
83
 
       error('Invalid size specification line.')
84
 
     end
85
 
  end
86
 
  rows = sizeinfo(1);
87
 
  cols = sizeinfo(2);
88
 
  entries = sizeinfo(3);
89
 
  
90
 
  if  ( strcmp(field,'real') )               % real valued entries:
91
 
  
92
 
    [T,count] = fscanf(mmfile,'%f',3);
93
 
    T = [T; fscanf(mmfile,'%f')];
94
 
    if ( size(T) ~= 3*entries )
95
 
       message = ...
96
 
       str2mat('Data file does not contain expected amount of data.',...
97
 
               'Check that number of data lines matches nonzero count.');
98
 
       disp(message);
99
 
       error('Invalid data.');
100
 
    end
101
 
    T = reshape(T,3,entries)';
102
 
    A = sparse(T(:,1), T(:,2), T(:,3), rows , cols);
103
 
  
104
 
  elseif   ( strcmp(field,'complex'))            % complex valued entries:
105
 
  
106
 
    T = fscanf(mmfile,'%f',4);
107
 
    T = [T; fscanf(mmfile,'%f')];
108
 
    if ( size(T) ~= 4*entries )
109
 
       message = ...
110
 
       str2mat('Data file does not contain expected amount of data.',...
111
 
               'Check that number of data lines matches nonzero count.');
112
 
       disp(message);
113
 
       error('Invalid data.');
114
 
    end
115
 
    T = reshape(T,4,entries)';
116
 
    A = sparse(T(:,1), T(:,2), T(:,3) + T(:,4)*sqrt(-1), rows , cols);
117
 
  
118
 
  elseif  ( strcmp(field,'pattern'))    % pattern matrix (no values given):
119
 
  
120
 
    T = fscanf(mmfile,'%f',2);
121
 
    T = [T; fscanf(mmfile,'%f')];
122
 
    if ( size(T) ~= 2*entries )
123
 
       message = ...
124
 
       str2mat('Data file does not contain expected amount of data.',...
125
 
               'Check that number of data lines matches nonzero count.');
126
 
       disp(message);
127
 
       error('Invalid data.');
128
 
    end
129
 
    T = reshape(T,2,entries)';
130
 
    A = sparse(T(:,1), T(:,2), ones(entries,1) , rows , cols);
131
 
 
132
 
  end
133
 
 
134
 
elseif ( strcmp(rep,'array') ) %  read matrix given in dense 
135
 
                               %  array (column major) format
136
 
 
137
 
  [sizeinfo,count] = sscanf(commentline,'%d%d');
138
 
  while ( count == 0 )
139
 
     commentline =  fgets(mmfile);
140
 
     if (commentline == -1 )
141
 
       error('End-of-file reached before size information was found.')
142
 
     end
143
 
     [sizeinfo,count] = sscanf(commentline,'%d%d');
144
 
     if ( count > 0 & count ~= 2 )
145
 
       error('Invalid size specification line.')
146
 
     end
147
 
  end
148
 
  rows = sizeinfo(1);
149
 
  cols = sizeinfo(2);
150
 
  entries = rows*cols;
151
 
  if  ( strcmp(field,'real') )               % real valued entries:
152
 
    A = fscanf(mmfile,'%f',1);
153
 
    A = [A; fscanf(mmfile,'%f')];
154
 
    if ( strcmp(symm,'symmetric') | strcmp(symm,'hermitian') | strcmp(symm,'skew-symmetric') ) 
155
 
      for j=1:cols-1,
156
 
        currenti = j*rows;
157
 
        A = [A(1:currenti); zeros(j,1);A(currenti+1:length(A))];
158
 
      end
159
 
    elseif ( ~ strcmp(symm,'general') )
160
 
      disp('Unrecognized symmetry')
161
 
      disp(symm)
162
 
      disp('Recognized choices:')
163
 
      disp('   symmetric')
164
 
      disp('   hermitian')
165
 
      disp('   skew-symmetric')
166
 
      disp('   general')
167
 
      error('Check symmetry specification in header.');
168
 
    end
169
 
      A = reshape(A,rows,cols);
170
 
  elseif  ( strcmp(field,'complex'))         % complx valued entries:
171
 
    tmpr = fscanf(mmfile,'%f',1);
172
 
    tmpi = fscanf(mmfile,'%f',1);
173
 
    A  = tmpr+tmpi*i;
174
 
    for j=1:entries-1
175
 
      tmpr = fscanf(mmfile,'%f',1);
176
 
      tmpi = fscanf(mmfile,'%f',1);
177
 
      A  = [A; tmpr + tmpi*i];
178
 
    end
179
 
    if ( strcmp(symm,'symmetric') | strcmp(symm,'hermitian') | strcmp(symm,'skew-symmetric') ) 
180
 
      for j=1:cols-1,
181
 
        currenti = j*rows;
182
 
        A = [A(1:currenti); zeros(j,1);A(currenti+1:length(A))];
183
 
      end
184
 
    elseif ( ~ strcmp(symm,'general') )
185
 
      disp('Unrecognized symmetry')
186
 
      disp(symm)
187
 
      disp('Recognized choices:')
188
 
      disp('   symmetric')
189
 
      disp('   hermitian')
190
 
      disp('   skew-symmetric')
191
 
      disp('   general')
192
 
      error('Check symmetry specification in header.');
193
 
    end
194
 
    A = reshape(A,rows,cols);
195
 
  elseif  ( strcmp(field,'pattern'))    % pattern (makes no sense for dense)
196
 
   disp('Matrix type:',field)
197
 
   error('Pattern matrix type invalid for array storage format.');
198
 
  else                                 % Unknown matrix type
199
 
   disp('Matrix type:',field)
200
 
   error('Invalid matrix type specification. Check header against MM documentation.');
201
 
  end
202
 
end
203
 
 
204
 
%
205
 
% If symmetric, skew-symmetric or Hermitian, duplicate lower
206
 
% triangular part and modify entries as appropriate:
207
 
%
208
 
 
209
 
if ( strcmp(symm,'symmetric') )
210
 
   A = A + A.' - diag(diag(A));
211
 
   entries = nnz(A);
212
 
elseif ( strcmp(symm,'hermitian') )
213
 
   A = A + A' - diag(diag(A));
214
 
   entries = nnz(A);
215
 
elseif ( strcmp(symm,'skew-symmetric') )
216
 
   A = A - A';
217
 
   entries = nnz(A);
218
 
end
219
 
 
220
 
fclose(mmfile);
221
 
% Done.
222