← Back to branch summary

~mok0/clipper/trunk

« back to all changes in this revision

Viewing changes to examples/chltofom.cpp

  • Committer: Morten Kjeldgaard
  • Date: 2011-02-09 21:25:56 UTC
  • Revision ID: mok@bioxray.dk-20110209212556-3zbon5ukh4zf3x00
Tags: 2.0.3
version 2.0.3

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
examples/chltofom.cpp
 
1
// Clipper app to convert HL coeffs to phi/fom or back
 
2
/* Copyright 2003-2004 Kevin Cowtan & University of York all rights reserved */
 
3
 
 
4
#include <clipper/clipper.h>
 
5
#include <clipper/clipper-ccp4.h>
 
6
 
 
7
 
 
8
int main( int argc, char** argv )
 
9
{
 
10
  CCP4Program prog( "chltofom", "0.1", "$Date: 2004/05/01" );
 
11
 
 
12
  // defaults
 
13
  clipper::String title;
 
14
  clipper::String ipfile = "NONE";
 
15
  clipper::String ipcolf = "NONE";
 
16
  clipper::String ipcolh = "NONE";
 
17
  clipper::String ipcolp = "NONE";
 
18
  clipper::String opfile = "hltofom.mtz";
 
19
  clipper::String opcol = "hltofom";
 
20
 
 
21
  // command input
 
22
  CCP4CommandInput args( argc, argv, true );
 
23
  int arg = 0;
 
24
  while ( ++arg < args.size() ) {
 
25
    if ( args[arg] == "-title" ) {
 
26
      if ( ++arg < args.size() ) title = args[arg];
 
27
    } else if ( args[arg] == "-mtzin" ) {
 
28
      if ( ++arg < args.size() ) ipfile = args[arg];
 
29
    } else if ( args[arg] == "-mtzout" ) {
 
30
      if ( ++arg < args.size() ) opfile = args[arg];
 
31
    } else if ( args[arg] == "-colin-hl" ) {
 
32
      if ( ++arg < args.size() ) ipcolh = args[arg];
 
33
    } else if ( args[arg] == "-colin-phifom" ) {
 
34
      if ( ++arg < args.size() ) ipcolp = args[arg];
 
35
    } else if ( args[arg] == "-colin-fo" ) {
 
36
      if ( ++arg < args.size() ) ipcolf = args[arg];
 
37
    } else if ( args[arg] == "-colout" ) {
 
38
      if ( ++arg < args.size() ) opcol = args[arg];
 
39
    } else {
 
40
      std::cout << "Unrecognized:\t" << args[arg] << "\n";
 
41
      args.clear();
 
42
    }
 
43
  }
 
44
  if ( args.size() <= 1 ) {
 
45
    std::cout << "Usage: chltofom\n\t-mtzin <filename>\n\t-mtzout <filename>\n\t-colin-fo <colpath>\n\t-colin-hl <colpath>\n\t-colin-phifom <colpath>\n\t-colout <colpath>\nIf -colin-hl is specified, conversion is ABCD->phi/fom.\nIf -colin-phifom is specified, conversion is phi/fom->ABCD.\nIf -colin-fo is specified, weighted map coefficients are calculated in addition.\nIf no FOM is present, it is set to 0.99.\n";
 
46
    exit(1);
 
47
  }
 
48
 
 
49
  // make data objects
 
50
  clipper::CCP4MTZfile mtzin, mtzout;
 
51
  clipper::HKL_info hkls;
 
52
 
 
53
  // actual work
 
54
  mtzin.open_read( ipfile );
 
55
  mtzin.import_hkl_info( hkls );
 
56
  clipper::HKL_data<clipper::data32::Phi_fom> phiw( hkls );
 
57
  clipper::HKL_data<clipper::data32::ABCD>    abcd( hkls );
 
58
  clipper::HKL_data<clipper::data32::F_sigF>  fsig( hkls );
 
59
  clipper::HKL_data<clipper::data32::F_phi>   fphi( hkls );
 
60
  if ( ipcolh != "NONE" ) mtzin.import_hkl_data( abcd, ipcolh );
 
61
  if ( ipcolp != "NONE" ) mtzin.import_hkl_data( phiw, ipcolp );
 
62
  if ( ipcolf != "NONE" ) mtzin.import_hkl_data( fsig, ipcolf );
 
63
  clipper::String opbase = mtzin.assigned_paths()[0];
 
64
  if      ( opcol == "" )     opcol = opbase.substr( 0, opbase.find(".") );
 
65
  else if ( opcol[0] != '/' ) opcol = opbase.notail()+"/"+opcol;
 
66
  mtzin.close_read();
 
67
  mtzout.open_append( ipfile, opfile );
 
68
  // compute phi+fom from abcd
 
69
  if ( ipcolh != "NONE" ) {
 
70
    phiw.compute( abcd, clipper::data32::Compute_phifom_from_abcd() );
 
71
    mtzout.export_hkl_data( phiw, opcol );
 
72
  }
 
73
  // compute abcd from phi+fom
 
74
  if ( ipcolp != "NONE" ) {
 
75
    // if weights absent, then set to 0.99
 
76
    clipper::HKL_data_base::HKL_reference_index ih;
 
77
    for ( ih = phiw.first(); !ih.last(); ih.next() )
 
78
      if ( !clipper::Util::is_nan( phiw[ih].fom() ) ) break;
 
79
    if ( ih.last() )
 
80
      for ( ih = phiw.first(); !ih.last(); ih.next() ) phiw[ih].fom() = 0.99;
 
81
    abcd.compute( phiw, clipper::data32::Compute_abcd_from_phifom() );
 
82
    mtzout.export_hkl_data( abcd, opcol );
 
83
  }
 
84
  // compute weighted F from F + phi
 
85
  if ( ipcolf != "NONE" ) {
 
86
    fphi.compute( fsig, phiw, clipper::data32::Compute_fphi_from_fsigf_phifom() );
 
87
    mtzout.export_hkl_data( fphi, opcol );
 
88
  }
 
89
  mtzout.close_append();
 
90
}