← Back to branch summary

~nickpapior/siesta/mixing

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_au_100_repetition_0.25V/elec_au_100.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2017-09-08 07:49:32 UTC
  • mfrom: (591.1.41 trunk)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20170908074932-l6hiee82h1vjnn2h
Merged trunk-r594-632

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
Tests/Reference/TranSiesta-TBTrans/ts_au_100_repetition_0.25V/elec_au_100.out
4
4
                           ***********************       
5
5
 
6
6
reinit: Reading from standard input
7
 
reinit: Dumped input in INPUT_TMP.12007
 
7
reinit: Dumped input in INPUT_TMP.05502
8
8
************************** Dump of input data file ****************************
9
9
SolutionMethod        diagon
10
10
SystemName  Au electrode (100)
83
83
reinit: -----------------------------------------------------------------------
84
84
reinit: System Label: elec_au_100
85
85
reinit: -----------------------------------------------------------------------
86
 
Siesta Version: trunk-557
87
 
Architecture  : x86_64-linux-gcc
88
 
Compiler flags: mpif90 -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
89
 
PP flags      : -DSIESTA__FLOOK -DSIESTA__METIS -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DGRID_DP -DMPI_TIMING -DTRANSIESTA_TIMING -DTBTRANS_TIMING -DSIESTA__MUMPS -DNCDF_PARALLEL -DNCDF -DNCDF_4 -DSCALAPACK_DEBUG -DTRANSIESTA
90
 
Libraries     : -lzmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lmetis -L/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -lscalapack  -L/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -lopenblas -L/home/nicpa/phd/esl/flook -lflookall -ldl -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
 
86
Siesta Version: siesta-4.1--731
 
87
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
 
88
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
 
89
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK  -DTRANSIESTA
 
90
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
91
91
PARALLEL version
92
92
TRANSIESTA support
93
93
NetCDF support
95
95
NetCDF-4 MPI-IO support
96
96
METIS ordering support
97
97
 
98
 
* Running on 2 nodes in parallel
99
 
>> Start of run:  18-AUG-2016  22:27:57
 
98
* Running on 8 nodes in parallel
 
99
>> Start of run:   2-JUL-2017  22:28:20
100
100
 
101
101
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
102
102
Species number:   1 Atomic number:   79 Label: Au
303
303
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
304
304
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
305
305
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
306
 
redata: Discard 1st Pulay DM after kick             =   F
307
306
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.0500
308
307
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
309
308
redata: No kicks to SCF
332
331
mix.SCF:    Linear mixing weight                 =     0.050000
333
332
mix.SCF:    Mixing weight                        =     0.050000
334
333
mix.SCF:    SVD condition                        = 0.1000E-07
335
 
redata: Save data in SIESTA.nc                      =   F
 
334
redata: Save all siesta data in one NC              =   F
336
335
redata: ***********************************************************************
337
336
 
338
337
%block SCF.Mixers
339
 
  Pulay                   
 
338
  Pulay
340
339
%endblock SCF.Mixers
341
340
 
342
341
%block SCF.Mixer.Pulay
348
347
  weight 0.0500
349
348
  weight.linear 0.0500
350
349
  history 5
351
 
  restart 0
352
 
  restart.save 1
353
 
 
354
 
  # Continuation options
355
350
%endblock SCF.Mixer.Pulay
356
351
 
357
352
DM_history_depth set to one: no extrapolation allowed by default for geometry relaxation
359
354
Total number of electrons:    44.000000
360
355
Total ionic charge:    44.000000
361
356
 
362
 
* ProcessorY, Blocksize:    1  19
363
 
 
364
 
 
365
 
* Orbital distribution balance (max,min):    19    17
 
357
* ProcessorY, Blocksize:    2   4
 
358
 
 
359
 
 
360
* Orbital distribution balance (max,min):     8     4
366
361
 
367
362
k-point displ. along   1 input, could be:     0.00    0.50
368
363
k-point displ. along   2 input, could be:     0.00    0.50
418
413
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     67.8273
419
414
<dSpData1D:S at geom step 0
420
415
  <sparsity:sparsity for geom step 0
421
 
    nrows_g=36 nrows=19 sparsity=21.0177 nnzs=27239, refcount: 7>
422
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=27239, refcount: 1>
 
416
    nrows_g=36 nrows=8 sparsity=8.9691 nnzs=11624, refcount: 7>
 
417
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=11624, refcount: 1>
423
418
refcount: 1>
424
 
New_DM. Step:     1
 
419
new_DM -- step:     1
425
420
Initializing Density Matrix...
 
421
 
426
422
Attempting to read DM from file... Failed...
427
 
DM after filling with atomic data:
428
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
423
DM filled with atomic data:
 
424
<dSpData2D:DM initialized from atoms
429
425
  <sparsity:sparsity for geom step 0
430
 
    nrows_g=36 nrows=19 sparsity=21.0177 nnzs=27239, refcount: 8>
431
 
  <dData2D:(DMatomic) n=27239 m=1, refcount: 1>
 
426
    nrows_g=36 nrows=8 sparsity=8.9691 nnzs=11624, refcount: 8>
 
427
  <dData2D:DM n=11624 m=1, refcount: 1>
432
428
refcount: 1>
 
429
 
 
430
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      76     267
433
431
New grid distribution:   1
434
 
           1       1:    9    1:    9    1:   13
435
 
           2       1:    9    1:    9   14:   25
 
432
           1       1:    9    1:    5    1:    7
 
433
           2       1:    9    1:    5    8:   13
 
434
           3       1:    9    1:    5   14:   19
 
435
           4       1:    9    1:    5   20:   25
 
436
           5       1:    9    6:    9    1:    7
 
437
           6       1:    9    6:    9    8:   13
 
438
           7       1:    9    6:    9   14:   19
 
439
           8       1:    9    6:    9   20:   25
436
440
 
437
441
InitMesh: MESH =    18 x    18 x    50 =       16200
438
442
InitMesh: (bp) =     9 x     9 x    25 =        2025
439
443
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =   100.000   103.859 Ry
440
 
ExtMesh (bp) on 0 =    57 x    57 x    61 =      198189
 
444
ExtMesh (bp) on 0 =    57 x    53 x    55 =      166155
441
445
New grid distribution:   2
442
 
           1       1:    9    1:    9    1:   12
443
 
           2       1:    9    1:    9   13:   25
 
446
           1       1:    9    6:    9   13:   18
 
447
           2       1:    9    6:    9    7:   12
 
448
           3       1:    9    1:    5   13:   18
 
449
           4       1:    9    1:    5   19:   25
 
450
           5       1:    9    1:    5    7:   12
 
451
           6       1:    9    1:    5    1:    6
 
452
           7       1:    9    6:    9    1:    6
 
453
           8       1:    9    6:    9   19:   25
444
454
New grid distribution:   3
445
 
           1       1:    9    1:    9    1:   13
446
 
           2       1:    9    1:    9   14:   25
 
455
           1       1:    9    1:    5    1:    7
 
456
           2       1:    9    6:    9    1:    7
 
457
           3       1:    9    1:    5   14:   19
 
458
           4       1:    9    6:    9    8:   13
 
459
           5       1:    9    1:    5    8:   13
 
460
           6       1:    9    1:    5   20:   25
 
461
           7       1:    9    6:    9   14:   19
 
462
           8       1:    9    6:    9   20:   25
447
463
Setting up quadratic distribution...
448
 
ExtMesh (bp) on 0 =    57 x    57 x    60 =      194940
449
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  972
450
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                86353
451
 
cdiag-debug: Node=1, lwork=      2052>= lworkq=      1442, lrwork=      2197>= lrworkq=      2161, liwork=       270>= liworkq=       270
452
 
cdiag-debug: Node=0, lwork=      2090>= lworkq=      1442, lrwork=      2413>= lrworkq=      2377, liwork=       270>= liworkq=       270
 
464
ExtMesh (bp) on 0 =    57 x    52 x    54 =      160056
 
465
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
466
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                19252
453
467
 
454
468
stepf: Fermi-Dirac step function
455
469
 
456
470
siesta: Program's energy decomposition (eV):
457
 
siesta: Ebs     =      -339.779576
 
471
siesta: Ebs     =      -339.779577
458
472
siesta: Eions   =      3801.028149
459
473
siesta: Ena     =        13.426543
460
 
siesta: Ekin    =      2560.662635
461
 
siesta: Enl     =     -1648.981819
 
474
siesta: Ekin    =      2560.662637
 
475
siesta: Enl     =     -1648.981821
462
476
siesta: Eso     =         0.000000
463
477
siesta: Eldau   =         0.000000
464
478
siesta: DEna    =         5.153614
465
479
siesta: DUscf   =         3.056084
466
480
siesta: DUext   =         0.000000
467
 
siesta: Exc     =     -2865.037068
 
481
siesta: Exc     =     -2865.037069
468
482
siesta: eta*DQ  =         0.000000
469
483
siesta: Emadel  =         0.000000
470
484
siesta: Emeta   =         0.000000
471
485
siesta: Emolmec =         0.000000
472
486
siesta: Ekinion =         0.000000
473
 
siesta: Eharris =     -5727.577471
474
 
siesta: Etot    =     -5732.748160
475
 
siesta: FreeEng =     -5732.752599
 
487
siesta: Eharris =     -5727.577472
 
488
siesta: Etot    =     -5732.748161
 
489
siesta: FreeEng =     -5732.752600
476
490
 
477
491
        iscf     Eharris(eV)        E_KS(eV)     FreeEng(eV)     dDmax    Ef(eV) dHmax(eV)
478
 
   scf:    1    -5727.577471    -5732.748160    -5732.752599  0.248013 -1.795205  1.827345
479
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       2.436  52.23
480
 
   scf:    2    -5732.962786    -5732.856147    -5732.860387  0.005365 -1.872259  1.693308
481
 
   scf:    3    -5733.927128    -5733.488498    -5733.492105  0.061676 -2.787863  0.025229
482
 
   scf:    4    -5733.484368    -5733.486762    -5733.490369  0.003526 -2.843003  0.082674
483
 
   scf:    5    -5733.489770    -5733.488415    -5733.492023  0.002106 -2.814627  0.020839
484
 
   scf:    6    -5733.488022    -5733.488226    -5733.491833  0.000482 -2.820378  0.033642
485
 
   scf:    7    -5733.488731    -5733.488501    -5733.492110  0.000826 -2.809643  0.009713
486
 
   scf:    8    -5733.488542    -5733.488525    -5733.492135  0.000306 -2.805151  0.000238
487
 
   scf:    9    -5733.488525    -5733.488525    -5733.492135  0.000008 -2.805062  0.000003
 
492
   scf:    1    -5727.577472    -5732.748161    -5732.752600  0.248013 -1.795205  1.827345
 
493
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       2.691  65.55
 
494
   scf:    2    -5732.962787    -5732.856148    -5732.860388  0.005365 -1.872259  1.693308
 
495
   scf:    3    -5733.927129    -5733.488498    -5733.492106  0.061676 -2.787863  0.025229
 
496
   scf:    4    -5733.484369    -5733.486763    -5733.490370  0.003526 -2.843003  0.082674
 
497
   scf:    5    -5733.489771    -5733.488416    -5733.492024  0.002106 -2.814627  0.020840
 
498
   scf:    6    -5733.488022    -5733.488226    -5733.491834  0.000482 -2.820386  0.033662
 
499
   scf:    7    -5733.488732    -5733.488502    -5733.492111  0.000827 -2.809643  0.009713
 
500
   scf:    8    -5733.488543    -5733.488526    -5733.492135  0.000306 -2.805151  0.000238
 
501
   scf:    9    -5733.488526    -5733.488526    -5733.492135  0.000008 -2.805062  0.000003
488
502
 
489
503
SCF Convergence by DM+H criterion
490
 
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000084738
491
 
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0000028375
 
504
max |DM_out - DM_in|         :     0.0000084718
 
505
max |H_out - H_in|      (eV) :     0.0000028366
492
506
SCF cycle converged after 9 iterations
493
507
 
494
508
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
509
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      76     267
495
510
 
496
511
siesta: E_KS(eV) =            -5733.4885
497
512
 
499
514
 
500
515
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
501
516
----------------------------------------
502
 
   Tot    0.000000    0.000000   -0.000000
 
517
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
503
518
----------------------------------------
504
519
   Max    0.000000
505
520
   Res    0.000000    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
506
521
----------------------------------------
507
522
   Max    0.000000    constrained
508
523
 
509
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):     -222.88     -222.88     -202.63        0.00        0.00        0.00
 
524
Stress-tensor-Voigt (kbar):     -222.88     -222.88     -202.63        0.00       -0.00        0.00
510
525
(Free)E + p*V (eV/cell)    -5724.3424
511
526
Target enthalpy (eV/cell)    -5733.4921
512
527
 
1350
1365
siesta: Fermi energy =      -2.805062 eV
1351
1366
 
1352
1367
siesta: Program's energy decomposition (eV):
1353
 
siesta: Ebs     =      -319.329862
 
1368
siesta: Ebs     =      -319.329863
1354
1369
siesta: Eions   =      3801.028149
1355
1370
siesta: Ena     =        13.426543
1356
 
siesta: Ekin    =      2613.072496
1357
 
siesta: Enl     =     -1689.699260
 
1371
siesta: Ekin    =      2613.072497
 
1372
siesta: Enl     =     -1689.699261
1358
1373
siesta: Eso     =         0.000000
1359
1374
siesta: Eldau   =         0.000000
1360
1375
siesta: DEna    =         3.637107
1361
1376
siesta: DUscf   =         1.466406
1362
1377
siesta: DUext   =         0.000000
1363
 
siesta: Exc     =     -2874.363668
 
1378
siesta: Exc     =     -2874.363669
1364
1379
siesta: eta*DQ  =         0.000000
1365
1380
siesta: Emadel  =         0.000000
1366
1381
siesta: Emeta   =         0.000000
1367
1382
siesta: Emolmec =         0.000000
1368
1383
siesta: Ekinion =         0.000000
1369
 
siesta: Eharris =     -5733.488525
1370
 
siesta: Etot    =     -5733.488525
 
1384
siesta: Eharris =     -5733.488526
 
1385
siesta: Etot    =     -5733.488526
1371
1386
siesta: FreeEng =     -5733.492135
1372
1387
 
1373
1388
siesta: Final energy (eV):
1374
 
siesta:  Band Struct. =    -319.329862
1375
 
siesta:       Kinetic =    2613.072496
1376
 
siesta:       Hartree =     408.941456
 
1389
siesta:  Band Struct. =    -319.329863
 
1390
siesta:       Kinetic =    2613.072497
 
1391
siesta:       Hartree =     408.941457
1377
1392
siesta:       Eldau   =       0.000000
1378
1393
siesta:       Eso     =       0.000000
1379
1394
siesta:    Ext. field =       0.000000
1380
 
siesta:   Exch.-corr. =   -2874.363668
1381
 
siesta:  Ion-electron =   -2809.045765
1382
 
siesta:       Ion-ion =   -3072.093044
 
1395
siesta:   Exch.-corr. =   -2874.363669
 
1396
siesta:  Ion-electron =   -2809.045768
 
1397
siesta:       Ion-ion =   -3072.093043
1383
1398
siesta:       Ekinion =       0.000000
1384
 
siesta:         Total =   -5733.488525
 
1399
siesta:         Total =   -5733.488526
1385
1400
siesta:         Fermi =      -2.805062
1386
1401
 
1387
1402
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
1388
1403
siesta:    -0.139110    0.000000    0.000000
1389
 
siesta:     0.000000   -0.139110    0.000000
1390
 
siesta:     0.000000    0.000000   -0.126470
 
1404
siesta:     0.000000   -0.139110   -0.000000
 
1405
siesta:     0.000000   -0.000000   -0.126470
1391
1406
 
1392
1407
siesta: Cell volume =         67.827326 Ang**3
1393
1408
 
1394
1409
siesta: Pressure (static):
1395
1410
siesta:                Solid            Molecule  Units
1396
1411
siesta:           0.00146920          0.00146920  Ry/Bohr**3
1397
 
siesta:           0.13489693          0.13489693  eV/Ang**3
1398
 
siesta:         216.13105024        216.13105024  kBar
1399
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =       -5730.720440
1400
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =       -5730.720440
1401
 
>> End of run:  18-AUG-2016  22:28:22
 
1412
siesta:           0.13489694          0.13489694  eV/Ang**3
 
1413
siesta:         216.13106599        216.13106598  kBar
 
1414
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =       -5730.720441
 
1415
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =       -5730.720441
 
1416
>> End of run:   2-JUL-2017  22:28:46
 
1417
Job completed