~nickpapior/siesta/mixing

« back to all changes in this revision

Viewing changes to Tests/Reference/md_pr.out

  • Committer: Nick Papior
  • Date: 2017-09-08 07:49:32 UTC
  • mfrom: (591.1.41 trunk)
  • Revision ID: nickpapior@gmail.com-20170908074932-l6hiee82h1vjnn2h
Merged trunk-r594-632

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
10
10
reinit: -----------------------------------------------------------------------
11
11
reinit: System Label: md_pr
12
12
reinit: -----------------------------------------------------------------------
13
 
Siesta Version: trunk-554
14
 
Architecture  : x86_64-linux-gcc
15
 
Compiler flags: mpif90 -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
16
 
PP flags      : -DSIESTA__FLOOK -DSIESTA__METIS -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DGRID_DP -DMPI_TIMING -DTRANSIESTA_TIMING -DTBTRANS_TIMING -DSIESTA__MUMPS -DNCDF_PARALLEL -DNCDF -DNCDF_4 -DSCALAPACK_DEBUG
17
 
Libraries     : -lzmumps -lmumps_common -lpord -lparmetis -lmetis -L/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/scalapack/204/gnu-6.1.0/lib -lscalapack  -L/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -Wl,-rpath=/opt/openblas/0.2.17/gnu-6.1.0/lib -lopenblas -L/home/nicpa/phd/esl/flook -lflookall -ldl -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz -m64 -fPIC -O3 -ftree-vectorize -fexpensive-optimizations -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fgraphite -fipa-icf -fipa-pure-const -march=native -fschedule-fusion -fselective-scheduling  -fipa-sra -fipa-cp -fno-second-underscore -I/opt/zlib/1.2.8/gnu-6.1.0/include -I/opt/hdf5/1.8.16/gnu-6.1.0/include -I/opt/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/netcdf/4.4.0/gnu-6.1.0/include -I/opt/openmpi/1.10.2/gnu-6.1.0/include -I/opt/mumps/5.0.1/gnu-6.1.0/include
 
13
Siesta Version: siesta-4.1--731
 
14
Architecture  : x86_64-linux-n-62-18-14
 
15
Compiler flags: mpifort -m64 -fPIC -O3 -march=native -ftree-vectorize -fexpensive-optimizatioons -funroll-loops -fprefetch-loop-arrays -fno-second-underscore  -flto -fuse-linker-plugin
 
16
PP flags      : -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/build-tools/1.0/include -I/zdatta/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gmp/6.1.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpfr/3.1.4/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/mpc/1.0.3/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/isl/0.16.1/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/gcc/6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/generic/numactl/2.0.11/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/zlib/1.2.8/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/libxml2/2.9.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hwloc/1.11.4/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openmpi/2.0.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/hdf5/1.8.17/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/pnetcdf/1.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/netcdf/4.4.1/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/parmetis/4.0.3/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/scalapack/204/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/openblas/0.2.19/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/mumps/5.0.2/gnu-6.2.0/include -I/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/fftw/3.3.5/gnu-6.2.0/include -DMPI -DFC_HAVE_FLUSH -DFC_HAVE_ABORT -DCDF -DCDF4 -DSIESTA__METIS -DSIESTA__MUMPS -DTS_NOCHECKS -DNCDF -DNCDF_4 -DNCDF_PARALLEL -DSIESTA__FLOOK
 
17
Libraries     : -lnetcdff -lnetcdf -lpnetcdf -lhdf5_hl -lhdf5 -lz  -lzmumps -lmumps_common -llpord -lparmetis -lmetis -lscalapack -lopenblas  -lmetis -flto -fuse-linker-plugin  -L/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -Wl,-rpath=/zdata/groups/common/nicpa/2016-oct/XeonE5-2665/flook/0.7.0/gnu-6.2.0/lib -lflookall -ldl
18
18
PARALLEL version
19
19
NetCDF support
20
20
NetCDF-4 support
21
21
NetCDF-4 MPI-IO support
22
22
METIS ordering support
23
23
 
24
 
* Running on 4 nodes in parallel
25
 
>> Start of run:  18-AUG-2016   8:43:55
 
24
* Running on 8 nodes in parallel
 
25
>> Start of run:   2-JUL-2017  11:41:33
26
26
 
27
27
initatom: Reading input for the pseudopotentials and atomic orbitals ----------
28
28
Species number:   1 Atomic number:   12 Label: Mg
425
425
redata: Recompute H after scf cycle                 =   F
426
426
redata: Mix DM in first SCF step                    =   T
427
427
redata: Write Pulay info on disk                    =   F
428
 
redata: Discard 1st Pulay DM after kick             =   F
429
428
redata: New DM Mixing Weight                        =     0.1000
430
429
redata: New DM Occupancy tolerance                  = 0.000000000001
431
430
redata: No kicks to SCF
433
432
redata: Require Harris convergence for SCF          =   F
434
433
redata: Harris energy tolerance for SCF             =     0.000100 eV
435
434
redata: Require DM convergence for SCF              =   T
436
 
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.001000
 
435
redata: DM tolerance for SCF                        =     0.0010
 
436
redata: Require EDM convergence for SCF             =   F
 
437
redata: EDM tolerance for SCF                       =     0.001000 eV
437
438
redata: Require H convergence for SCF               =   T
438
439
redata: Hamiltonian tolerance for SCF               =     0.001000 eV
439
440
redata: Require (free) Energy convergence for SCF   =   F
454
455
redata: Parrinello-Rahman mass                      =  1360.5800 eV/fs**2
455
456
redata: Target Pressure                             =     0.0624 eV/Ang**3
456
457
mix.SCF: Broyden mixing                          = Broyden
457
 
mix.SCF:    History steps                        = 3
 
458
mix.SCF:    History steps                        = 4
458
459
mix.SCF:    Jacobian weight                      =     0.100000
459
460
mix.SCF:    Weight prime                         =     0.100000
460
 
redata: Save data in SIESTA.nc                      =   F
 
461
redata: Save all siesta data in one NC              =   F
461
462
redata: ***********************************************************************
462
463
 
463
464
%block SCF.Mixers
464
 
  Broyden                 
 
465
  Broyden
465
466
%endblock SCF.Mixers
466
467
 
467
468
%block SCF.Mixer.Broyden
472
473
  weight 0.1000
473
474
  weight.linear 0.1000
474
475
  history 4
475
 
  restart 0
476
 
  restart.save 1
477
 
 
478
 
  # Continuation options
479
476
%endblock SCF.Mixer.Broyden
480
477
 
481
478
DM_history_depth set to zero for 'Harris' run
483
480
Total number of electrons:    48.000000
484
481
Total ionic charge:    48.000000
485
482
 
486
 
* ProcessorY, Blocksize:    2   9
487
 
 
488
 
 
489
 
* Orbital distribution balance (max,min):     9     7
 
483
* ProcessorY, Blocksize:    2   4
 
484
 
 
485
 
 
486
* Orbital distribution balance (max,min):     6     4
490
487
 
491
488
 Kpoints in:            1 . Kpoints trimmed:            1
492
489
 
525
522
 Folding of H and S is implicitly performed
526
523
<dSpData1D:S at geom step 1
527
524
  <sparsity:sparsity for geom step 1
528
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
529
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
525
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
526
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
530
527
refcount: 1>
531
 
New_DM. Step:     1
 
528
new_DM -- step:     1
532
529
Initializing Density Matrix...
533
 
DM after filling with atomic data:
534
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
530
DM filled with atomic data:
 
531
<dSpData2D:DM initialized from atoms
535
532
  <sparsity:sparsity for geom step 1
536
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
537
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
533
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
534
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
538
535
refcount: 1>
 
536
 
539
537
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.58964258
 
538
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
540
539
New grid distribution:   1
541
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
542
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
543
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
544
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
540
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
541
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
542
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
543
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
544
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
545
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
546
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
547
           8       1:   12    7:   12   10:   12
545
548
 
546
549
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
547
550
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
548
551
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.482 Ry
549
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
552
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
550
553
New grid distribution:   2
551
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
552
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
553
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
554
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
554
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
555
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
556
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
557
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
558
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
559
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
560
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
561
           8       8:   12    7:   12    7:   12
555
562
New grid distribution:   3
556
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
557
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
558
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
559
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
563
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
564
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
565
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
566
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
567
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
568
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
569
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
570
           8       1:    6    7:   12    1:    6
560
571
Setting up quadratic distribution...
561
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
562
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
563
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 9991
564
 
rdiag-debug: Node=1, lwork=      5744>= lworkq=      5742, liwork=       204>= liworkq=       204
565
 
rdiag-debug: Node=2, lwork=      5744>= lworkq=      5742, liwork=       204>= liworkq=       204
566
 
rdiag-debug: Node=3, lwork=      5744>= lworkq=      5742, liwork=       204>= liworkq=       204
567
 
rdiag-debug: Node=0, lwork=      5744>= lworkq=      5742, liwork=       204>= liworkq=       204
 
572
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
573
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
574
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5554
568
575
 
569
576
stepf: Fermi-Dirac step function
570
577
 
571
578
siesta: Program's energy decomposition (eV):
572
 
siesta: Ebs     =      -718.671412
 
579
siesta: Ebs     =      -718.671408
573
580
siesta: Eions   =      5228.674091
574
581
siesta: Ena     =      1092.429444
575
582
siesta: Ekin    =      2069.792750
576
583
siesta: Enl     =      -254.036133
577
584
siesta: Eso     =         0.000000
578
585
siesta: Eldau   =         0.000000
579
 
siesta: DEna    =        15.961140
 
586
siesta: DEna    =        15.961139
580
587
siesta: DUscf   =         0.158223
581
588
siesta: DUext   =         0.000000
582
589
siesta: Exc     =      -679.402766
585
592
siesta: Emeta   =         0.000000
586
593
siesta: Emolmec =         0.000000
587
594
siesta: Ekinion =         0.000000
588
 
siesta: Eharris =     -2966.596232
 
595
siesta: Eharris =     -2966.596231
589
596
siesta: Etot    =     -2983.771434
590
597
siesta: FreeEng =     -2983.771434
591
598
 
592
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.596232
593
 
 
594
 
 
595
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.596232
596
 
 
597
 
timer: Routine,Calls,Time,% =    IterSCF     1       0.020   2.49
 
599
siesta: Eharris(eV) =   -2966.596231
 
600
 
 
601
 
 
602
siesta: Eharris(eV) =   -2966.596231
 
603
 
 
604
timer: Routine,Calls,Time,% = IterSCF        1       0.015   2.53
 
605
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
606
Geom step, scf iteration, dmax:   1  1    1.795009
598
607
 
599
608
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
609
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
600
610
 
601
611
siesta: E_KS - E_eggbox =     -2945.6640
602
612
 
603
613
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
604
614
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
605
615
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
606
 
     3   -0.000000    0.000000    0.000000
607
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
608
 
     5    2.998821   -6.707247    0.000000
609
 
     6   -0.000000    4.024012   -6.147146
610
 
     7   -2.998821    2.683234    6.147146
611
 
     8   -2.998821    6.707247    0.000000
612
 
     9   -0.000000   -4.024012    6.147146
613
 
    10    2.998821   -2.683234   -6.147146
 
616
     3   -0.000001    0.000001   -0.000001
 
617
     4    0.000001   -0.000001    0.000001
 
618
     5    2.998821   -6.707248   -0.000000
 
619
     6    0.000000    4.024012   -6.147148
 
620
     7   -2.998820    2.683234    6.147148
 
621
     8   -2.998821    6.707248    0.000000
 
622
     9   -0.000000   -4.024012    6.147148
 
623
    10    2.998820   -2.683234   -6.147148
614
624
----------------------------------------
615
625
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
616
626
----------------------------------------
617
 
   Max    6.707247
618
 
   Res    3.285729    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
627
   Max    6.707248
 
628
   Res    3.285730    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
619
629
----------------------------------------
620
 
   Max    6.707247    constrained
 
630
   Max    6.707248    constrained
621
631
 
622
632
Stress-tensor-Voigt (kbar):      720.98      465.34      428.84      142.85       41.81       93.51
623
633
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2976.9707
628
638
         0.089162    0.290438    0.026096
629
639
         0.058367    0.026096    0.267657
630
640
 
631
 
siesta: Pressure (static):       -538.38541830  kBar
 
641
siesta: Pressure (static):       -538.38539039  kBar
632
642
 
633
643
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
634
644
         0.449996    0.089162    0.058367
635
645
         0.089162    0.290438    0.026096
636
646
         0.058367    0.026096    0.267657
637
647
 
638
 
siesta: Pressure (total):       -538.38541830  kBar
 
648
siesta: Pressure (total):       -538.38539039  kBar
639
649
 
640
650
siesta: E_kin PR =       5.259 K
641
651
 
668
678
 Folding of H and S is implicitly performed
669
679
<dSpData1D:S at geom step 2
670
680
  <sparsity:sparsity for geom step 2
671
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
672
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
681
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
682
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
673
683
refcount: 1>
674
 
New_DM. Step:     2
 
684
new_DM -- step:     2
675
685
Initializing Density Matrix...
676
 
DM after filling with atomic data:
677
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
686
DM filled with atomic data:
 
687
<dSpData2D:DM initialized from atoms
678
688
  <sparsity:sparsity for geom step 2
679
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
680
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
689
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
690
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
681
691
refcount: 1>
 
692
 
682
693
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.58990828
 
694
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
683
695
New grid distribution:   1
684
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
685
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
686
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
687
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
696
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
697
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
698
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
699
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
700
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
701
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
702
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
703
           8       1:   12    7:   12   10:   12
688
704
 
689
705
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
690
706
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
691
707
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.484 Ry
692
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
708
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
693
709
New grid distribution:   2
694
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
695
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
696
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
697
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
710
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
711
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
712
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
713
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
714
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
715
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
716
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
717
           8       8:   12    7:   12    7:   12
698
718
New grid distribution:   3
699
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
700
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
701
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
702
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
719
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
720
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
721
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
722
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
723
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
724
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
725
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
726
           8       1:    6    7:   12    1:    6
703
727
Setting up quadratic distribution...
704
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
705
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
706
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 9991
707
 
 
708
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.604740
709
 
 
710
 
 
711
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.604740
712
 
 
 
728
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
729
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
730
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5554
 
731
 
 
732
siesta: Eharris(eV) =   -2966.604744
 
733
 
 
734
 
 
735
siesta: Eharris(eV) =   -2966.604744
 
736
 
 
737
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
738
Geom step, scf iteration, dmax:   2  1    1.795020
713
739
 
714
740
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
741
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
715
742
 
716
743
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
717
744
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
718
745
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
719
 
     3   -0.000000    0.000000    0.000000
720
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
721
 
     5    2.995559   -6.699949    0.000000
722
 
     6   -0.000000    4.019634   -6.140459
723
 
     7   -2.995559    2.680315    6.140459
 
746
     3    0.000000   -0.000001    0.000000
 
747
     4   -0.000000    0.000001   -0.000000
 
748
     5    2.995559   -6.699949   -0.000000
 
749
     6    0.000000    4.019634   -6.140457
 
750
     7   -2.995559    2.680314    6.140458
724
751
     8   -2.995559    6.699949    0.000000
725
 
     9   -0.000000   -4.019634    6.140459
726
 
    10    2.995559   -2.680315   -6.140459
 
752
     9   -0.000000   -4.019634    6.140457
 
753
    10    2.995559   -2.680314   -6.140458
727
754
----------------------------------------
728
755
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
729
756
----------------------------------------
730
757
   Max    6.699949
731
 
   Res    3.282155    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
758
   Res    3.282154    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
732
759
----------------------------------------
733
760
   Max    6.699949    constrained
734
761
 
741
768
         0.089117    0.290428    0.026083
742
769
         0.058337    0.026083    0.267658
743
770
 
744
 
siesta: Pressure (static):       -538.33220100  kBar
 
771
siesta: Pressure (static):       -538.33225658  kBar
745
772
 
746
773
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
747
774
         0.449905    0.089117    0.058337
748
775
         0.089117    0.290428    0.026083
749
776
         0.058337    0.026083    0.267658
750
777
 
751
 
siesta: Pressure (total):       -538.33220100  kBar
 
778
siesta: Pressure (total):       -538.33225658  kBar
752
779
 
753
780
siesta: E_kin PR =      47.320 K
754
781
 
781
808
 Folding of H and S is implicitly performed
782
809
<dSpData1D:S at geom step 3
783
810
  <sparsity:sparsity for geom step 3
784
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
785
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
811
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
812
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
786
813
refcount: 1>
787
 
New_DM. Step:     3
 
814
new_DM -- step:     3
788
815
Initializing Density Matrix...
789
 
DM after filling with atomic data:
790
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
816
DM filled with atomic data:
 
817
<dSpData2D:DM initialized from atoms
791
818
  <sparsity:sparsity for geom step 3
792
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
793
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
819
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
820
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
794
821
refcount: 1>
 
822
 
795
823
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.59043989
 
824
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
796
825
New grid distribution:   1
797
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
798
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
799
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
800
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
826
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
827
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
828
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
829
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
830
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
831
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
832
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
833
           8       1:   12    7:   12   10:   12
801
834
 
802
835
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
803
836
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
804
837
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.487 Ry
805
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
838
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
806
839
New grid distribution:   2
807
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
808
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
809
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
810
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
840
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
841
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
842
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
843
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
844
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
845
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
846
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
847
           8       8:   12    7:   12    7:   12
811
848
New grid distribution:   3
812
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
813
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
814
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
815
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
849
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
850
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
851
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
852
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
853
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
854
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
855
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
856
           8       1:    6    7:   12    1:    6
816
857
Setting up quadratic distribution...
817
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
818
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
819
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10003
820
 
 
821
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.630710
822
 
 
823
 
 
824
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.630710
825
 
 
 
858
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
859
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
860
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5566
 
861
 
 
862
siesta: Eharris(eV) =   -2966.630707
 
863
 
 
864
 
 
865
siesta: Eharris(eV) =   -2966.630707
 
866
 
 
867
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
868
Geom step, scf iteration, dmax:   3  1    1.795026
826
869
 
827
870
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
871
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
828
872
 
829
873
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
830
874
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
831
875
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
832
 
     3   -0.000000    0.000000    0.000000
833
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
834
 
     5    2.984218   -6.674585    0.000000
835
 
     6   -0.000000    4.004417   -6.117212
836
 
     7   -2.984218    2.670168    6.117212
837
 
     8   -2.984218    6.674585    0.000000
838
 
     9   -0.000000   -4.004417    6.117212
839
 
    10    2.984218   -2.670168   -6.117212
 
876
     3    0.000000   -0.000001   -0.000000
 
877
     4   -0.000000    0.000001    0.000000
 
878
     5    2.984218   -6.674584    0.000000
 
879
     6   -0.000001    4.004418   -6.117212
 
880
     7   -2.984218    2.670167    6.117212
 
881
     8   -2.984218    6.674584   -0.000000
 
882
     9    0.000001   -4.004418    6.117212
 
883
    10    2.984218   -2.670167   -6.117212
840
884
----------------------------------------
841
885
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
842
886
----------------------------------------
843
 
   Max    6.674585
 
887
   Max    6.674584
844
888
   Res    3.269729    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
845
889
----------------------------------------
846
 
   Max    6.674585    constrained
 
890
   Max    6.674584    constrained
847
891
 
848
892
Stress-tensor-Voigt (kbar):      721.17      466.44      430.07      142.34       41.66       93.18
849
893
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2977.0239
854
898
         0.088811    0.291203    0.025993
855
899
         0.058137    0.025993    0.268511
856
900
 
857
 
siesta: Pressure (static):       -539.32251656  kBar
 
901
siesta: Pressure (static):       -539.32250107  kBar
858
902
 
859
903
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
860
904
         0.450111    0.088843    0.058158
861
905
         0.088843    0.291124    0.026003
862
906
         0.058158    0.026003    0.268424
863
907
 
864
 
siesta: Pressure (total):       -539.22328439  kBar
 
908
siesta: Pressure (total):       -539.22326890  kBar
865
909
 
866
910
siesta: E_kin PR =     131.501 K
867
911
 
894
938
 Folding of H and S is implicitly performed
895
939
<dSpData1D:S at geom step 4
896
940
  <sparsity:sparsity for geom step 4
897
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
898
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
941
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
942
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
899
943
refcount: 1>
900
 
New_DM. Step:     4
 
944
new_DM -- step:     4
901
945
Initializing Density Matrix...
902
 
DM after filling with atomic data:
903
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
946
DM filled with atomic data:
 
947
<dSpData2D:DM initialized from atoms
904
948
  <sparsity:sparsity for geom step 4
905
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
906
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
949
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
950
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
907
951
refcount: 1>
 
952
 
908
953
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.59123844
 
954
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
909
955
New grid distribution:   1
910
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
911
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
912
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
913
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
956
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
957
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
958
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
959
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
960
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
961
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
962
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
963
           8       1:   12    7:   12   10:   12
914
964
 
915
965
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
916
966
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
917
967
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.492 Ry
918
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
968
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
919
969
New grid distribution:   2
920
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
921
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
922
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
923
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
970
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
971
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
972
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
973
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
974
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
975
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
976
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
977
           8       8:   12    7:   12    7:   12
924
978
New grid distribution:   3
925
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
926
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
927
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
928
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
979
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
980
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
981
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
982
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
983
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
984
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
985
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
986
           8       1:    6    7:   12    1:    6
929
987
Setting up quadratic distribution...
930
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
931
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
932
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10003
933
 
 
934
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.673907
935
 
 
936
 
 
937
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.673907
938
 
 
 
988
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
989
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
990
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5566
 
991
 
 
992
siesta: Eharris(eV) =   -2966.673907
 
993
 
 
994
 
 
995
siesta: Eharris(eV) =   -2966.673907
 
996
 
 
997
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
998
Geom step, scf iteration, dmax:   4  1    1.795029
939
999
 
940
1000
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
1001
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
941
1002
 
942
1003
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
943
1004
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
944
1005
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
945
 
     3   -0.000000   -0.000000    0.000000
946
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
947
 
     5    2.964988   -6.631575    0.000000
948
 
     6   -0.000000    3.978613   -6.077794
949
 
     7   -2.964988    2.652962    6.077794
950
 
     8   -2.964988    6.631575    0.000000
951
 
     9   -0.000000   -3.978613    6.077794
952
 
    10    2.964988   -2.652962   -6.077794
 
1006
     3   -0.000000    0.000000    0.000001
 
1007
     4    0.000000   -0.000000   -0.000001
 
1008
     5    2.964990   -6.631576   -0.000001
 
1009
     6    0.000000    3.978613   -6.077795
 
1010
     7   -2.964990    2.652962    6.077794
 
1011
     8   -2.964990    6.631576    0.000001
 
1012
     9   -0.000000   -3.978613    6.077795
 
1013
    10    2.964990   -2.652962   -6.077794
953
1014
----------------------------------------
954
1015
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
955
1016
----------------------------------------
956
 
   Max    6.631575
957
 
   Res    3.248659    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
1017
   Max    6.631576
 
1018
   Res    3.248660    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
958
1019
----------------------------------------
959
 
   Max    6.631575    constrained
 
1020
   Max    6.631576    constrained
960
1021
 
961
1022
Stress-tensor-Voigt (kbar):      722.05      468.69      432.51      141.58       41.44       92.68
962
1023
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2977.1415
967
1028
         0.088238    0.292843    0.025825
968
1029
         0.057762    0.025825    0.270297
969
1030
 
970
 
siesta: Pressure (static):       -541.48173166  kBar
 
1031
siesta: Pressure (static):       -541.48171580  kBar
971
1032
 
972
1033
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
973
1034
         0.450665    0.088367    0.057846
974
1035
         0.088367    0.292530    0.025863
975
1036
         0.057846    0.025863    0.269951
976
1037
 
977
 
siesta: Pressure (total):       -541.08562436  kBar
 
1038
siesta: Pressure (total):       -541.08560853  kBar
978
1039
 
979
1040
siesta: E_kin PR =     258.163 K
980
1041
 
1007
1068
 Folding of H and S is implicitly performed
1008
1069
<dSpData1D:S at geom step 5
1009
1070
  <sparsity:sparsity for geom step 5
1010
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1011
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
1071
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
1072
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1012
1073
refcount: 1>
1013
 
New_DM. Step:     5
 
1074
new_DM -- step:     5
1014
1075
Initializing Density Matrix...
1015
 
DM after filling with atomic data:
1016
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
1076
DM filled with atomic data:
 
1077
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1017
1078
  <sparsity:sparsity for geom step 5
1018
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1019
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
1079
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
1080
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1020
1081
refcount: 1>
 
1082
 
1021
1083
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.59230592
 
1084
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1022
1085
New grid distribution:   1
1023
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1024
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1025
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1026
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1086
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
1087
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
1088
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
1089
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
1090
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
1091
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
1092
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
1093
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1027
1094
 
1028
1095
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1029
1096
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1030
1097
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.499 Ry
1031
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
1098
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1032
1099
New grid distribution:   2
1033
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1034
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1035
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1036
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1100
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
1101
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
1102
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
1103
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
1104
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
1105
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
1106
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
1107
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1037
1108
New grid distribution:   3
1038
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1039
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1040
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1041
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1109
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
1110
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
1111
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
1112
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
1113
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
1114
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
1115
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
1116
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1042
1117
Setting up quadratic distribution...
1043
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1044
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1045
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10004
1046
 
 
1047
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.734047
1048
 
 
1049
 
 
1050
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.734047
1051
 
 
 
1118
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
1119
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
1120
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5567
 
1121
 
 
1122
siesta: Eharris(eV) =   -2966.734043
 
1123
 
 
1124
 
 
1125
siesta: Eharris(eV) =   -2966.734043
 
1126
 
 
1127
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
1128
Geom step, scf iteration, dmax:   5  1    1.795030
1052
1129
 
1053
1130
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
1131
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1054
1132
 
1055
1133
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1056
1134
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1057
1135
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1058
 
     3   -0.000000   -0.000000    0.000000
1059
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
1136
     3   -0.000000    0.000000   -0.000001
 
1137
     4    0.000000   -0.000000    0.000001
1060
1138
     5    2.938079   -6.571388    0.000000
1061
 
     6   -0.000000    3.942504   -6.022633
 
1139
     6    0.000000    3.942504   -6.022632
1062
1140
     7   -2.938079    2.628884    6.022633
1063
 
     8   -2.938079    6.571388    0.000000
1064
 
     9   -0.000000   -3.942504    6.022633
 
1141
     8   -2.938079    6.571388   -0.000000
 
1142
     9   -0.000000   -3.942504    6.022632
1065
1143
    10    2.938079   -2.628884   -6.022633
1066
1144
----------------------------------------
1067
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
1145
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1068
1146
----------------------------------------
1069
1147
   Max    6.571388
1070
1148
   Res    3.219175    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1080
1158
         0.087450    0.295202    0.025595
1081
1159
         0.057246    0.025595    0.272858
1082
1160
 
1083
 
siesta: Pressure (static):       -544.61606876  kBar
 
1161
siesta: Pressure (static):       -544.61607298  kBar
1084
1162
 
1085
1163
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1086
1164
         0.451511    0.087739    0.057435
1087
1165
         0.087739    0.294500    0.025679
1088
1166
         0.057435    0.025679    0.272082
1089
1167
 
1090
 
siesta: Pressure (total):       -543.72809567  kBar
 
1168
siesta: Pressure (total):       -543.72809990  kBar
1091
1169
 
1092
1170
siesta: E_kin PR =     427.980 K
1093
1171
 
1120
1198
 Folding of H and S is implicitly performed
1121
1199
<dSpData1D:S at geom step 6
1122
1200
  <sparsity:sparsity for geom step 6
1123
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1124
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
1201
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
1202
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1125
1203
refcount: 1>
1126
 
New_DM. Step:     6
 
1204
new_DM -- step:     6
1127
1205
Initializing Density Matrix...
1128
 
DM after filling with atomic data:
1129
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
1206
DM filled with atomic data:
 
1207
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1130
1208
  <sparsity:sparsity for geom step 6
1131
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1132
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
1209
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
1210
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1133
1211
refcount: 1>
 
1212
 
1134
1213
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.59364513
 
1214
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1135
1215
New grid distribution:   1
1136
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1137
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1138
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1139
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1216
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
1217
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
1218
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
1219
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
1220
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
1221
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
1222
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
1223
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1140
1224
 
1141
1225
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1142
1226
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1143
1227
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.507 Ry
1144
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
1228
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1145
1229
New grid distribution:   2
1146
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1147
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1148
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1149
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1230
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
1231
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
1232
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
1233
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
1234
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
1235
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
1236
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
1237
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1150
1238
New grid distribution:   3
1151
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1152
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1153
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1154
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1239
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
1240
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
1241
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
1242
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
1243
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
1244
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
1245
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
1246
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1155
1247
Setting up quadratic distribution...
1156
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1157
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1158
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 9985
1159
 
 
1160
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.810258
1161
 
 
1162
 
 
1163
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.810258
1164
 
 
 
1248
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
1249
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
1250
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5567
 
1251
 
 
1252
siesta: Eharris(eV) =   -2966.810256
 
1253
 
 
1254
 
 
1255
siesta: Eharris(eV) =   -2966.810256
 
1256
 
 
1257
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
1258
Geom step, scf iteration, dmax:   6  1    1.795033
1165
1259
 
1166
1260
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
1261
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1167
1262
 
1168
1263
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1169
1264
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1170
1265
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1171
 
     3   -0.000000   -0.000000    0.000000
1172
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1173
 
     5    2.893815   -6.472386    0.000000
1174
 
     6   -0.000000    3.883107   -5.931898
1175
 
     7   -2.893815    2.589278    5.931898
1176
 
     8   -2.893815    6.472386    0.000000
1177
 
     9   -0.000000   -3.883107    5.931898
1178
 
    10    2.893815   -2.589278   -5.931898
 
1266
     3    0.000000    0.000000   -0.000000
 
1267
     4   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
1268
     5    2.893815   -6.472386   -0.000001
 
1269
     6   -0.000000    3.883107   -5.931897
 
1270
     7   -2.893815    2.589280    5.931898
 
1271
     8   -2.893815    6.472386    0.000001
 
1272
     9    0.000000   -3.883107    5.931897
 
1273
    10    2.893815   -2.589280   -5.931898
1179
1274
----------------------------------------
1180
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
1275
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1181
1276
----------------------------------------
1182
1277
   Max    6.472386
1183
1278
   Res    3.170676    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1190
1285
 
1191
1286
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
1192
1287
         0.452342    0.085570    0.056015
1193
 
         0.085570    0.299213    0.025045
1194
 
         0.056015    0.025045    0.277349
 
1288
         0.085570    0.299213    0.025044
 
1289
         0.056015    0.025044    0.277349
1195
1290
 
1196
 
siesta: Pressure (static):       -549.50118518  kBar
 
1291
siesta: Pressure (static):       -549.50117807  kBar
1197
1292
 
1198
1293
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1199
1294
         0.452016    0.086081    0.056350
1200
1295
         0.086081    0.297971    0.025194
1201
1296
         0.056350    0.025194    0.275977
1202
1297
 
1203
 
siesta: Pressure (total):       -547.93083700  kBar
 
1298
siesta: Pressure (total):       -547.93082988  kBar
1204
1299
 
1205
1300
siesta: E_kin PR =     642.244 K
1206
1301
 
1233
1328
 Folding of H and S is implicitly performed
1234
1329
<dSpData1D:S at geom step 7
1235
1330
  <sparsity:sparsity for geom step 7
1236
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1237
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
1331
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
1332
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1238
1333
refcount: 1>
1239
 
New_DM. Step:     7
 
1334
new_DM -- step:     7
1240
1335
Initializing Density Matrix...
1241
 
DM after filling with atomic data:
1242
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
1336
DM filled with atomic data:
 
1337
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1243
1338
  <sparsity:sparsity for geom step 7
1244
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1245
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
1339
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
1340
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1246
1341
refcount: 1>
 
1342
 
1247
1343
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.59526075
 
1344
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1248
1345
New grid distribution:   1
1249
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1250
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1251
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1252
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1346
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
1347
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
1348
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
1349
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
1350
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
1351
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
1352
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
1353
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1253
1354
 
1254
1355
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1255
1356
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1256
1357
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.517 Ry
1257
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
1358
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1258
1359
New grid distribution:   2
1259
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1260
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1261
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1262
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1360
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
1361
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
1362
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
1363
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
1364
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
1365
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
1366
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
1367
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1263
1368
New grid distribution:   3
1264
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1265
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1266
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1267
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1369
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
1370
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
1371
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
1372
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
1373
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
1374
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
1375
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
1376
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1268
1377
Setting up quadratic distribution...
1269
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1270
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1271
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 9985
1272
 
 
1273
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.901939
1274
 
 
1275
 
 
1276
 
siesta: Eharris(eV) =   -2966.901939
1277
 
 
 
1378
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
1379
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
1380
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5567
 
1381
 
 
1382
siesta: Eharris(eV) =   -2966.901942
 
1383
 
 
1384
 
 
1385
siesta: Eharris(eV) =   -2966.901942
 
1386
 
 
1387
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
1388
Geom step, scf iteration, dmax:   7  1    1.795038
1278
1389
 
1279
1390
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
1391
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1280
1392
 
1281
1393
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1282
1394
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1283
1395
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1284
1396
     3   -0.000000   -0.000000    0.000000
1285
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1286
 
     5    2.844475   -6.362032    0.000000
1287
 
     6   -0.000000    3.816901   -5.830760
1288
 
     7   -2.844475    2.545131    5.830760
1289
 
     8   -2.844475    6.362032    0.000000
1290
 
     9   -0.000000   -3.816901    5.830760
1291
 
    10    2.844475   -2.545131   -5.830760
1292
 
----------------------------------------
1293
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
1294
 
----------------------------------------
1295
 
   Max    6.362032
 
1397
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
 
1398
     5    2.844476   -6.362033    0.000000
 
1399
     6   -0.000000    3.816902   -5.830761
 
1400
     7   -2.844476    2.545132    5.830760
 
1401
     8   -2.844476    6.362033   -0.000000
 
1402
     9    0.000000   -3.816902    5.830761
 
1403
    10    2.844476   -2.545132   -5.830760
 
1404
----------------------------------------
 
1405
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
1406
----------------------------------------
 
1407
   Max    6.362033
1296
1408
   Res    3.116617    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1297
1409
----------------------------------------
1298
 
   Max    6.362032    constrained
 
1410
   Max    6.362033    constrained
1299
1411
 
1300
1412
Stress-tensor-Voigt (kbar):      727.94      486.02      451.48      135.19       39.57       88.50
1301
1413
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2978.0057
1302
1414
Target enthalpy (eV/cell)    -2940.0005
1303
1415
 
1304
1416
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
1305
 
         0.454846    0.083583    0.054715
 
1417
         0.454847    0.083583    0.054715
1306
1418
         0.083583    0.305273    0.024463
1307
1419
         0.054715    0.024463    0.283917
1308
1420
 
1309
 
siesta: Pressure (static):       -557.58267845  kBar
 
1421
siesta: Pressure (static):       -557.58271300  kBar
1310
1422
 
1311
1423
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1312
1424
         0.454340    0.084376    0.055234
1313
1425
         0.084376    0.303347    0.024695
1314
 
         0.055234    0.024695    0.281788
 
1426
         0.055234    0.024695    0.281789
1315
1427
 
1316
 
siesta: Pressure (total):       -555.14728748  kBar
 
1428
siesta: Pressure (total):       -555.14732203  kBar
1317
1429
 
1318
1430
siesta: E_kin PR =     903.330 K
1319
1431
 
1346
1458
 Folding of H and S is implicitly performed
1347
1459
<dSpData1D:S at geom step 8
1348
1460
  <sparsity:sparsity for geom step 8
1349
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1350
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
1461
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
1462
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1351
1463
refcount: 1>
1352
 
New_DM. Step:     8
 
1464
new_DM -- step:     8
1353
1465
Initializing Density Matrix...
1354
 
DM after filling with atomic data:
1355
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
1466
DM filled with atomic data:
 
1467
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1356
1468
  <sparsity:sparsity for geom step 8
1357
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1358
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
1469
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
1470
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1359
1471
refcount: 1>
 
1472
 
1360
1473
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.59715941
 
1474
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1361
1475
New grid distribution:   1
1362
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1363
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1364
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1365
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1476
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
1477
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
1478
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
1479
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
1480
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
1481
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
1482
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
1483
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1366
1484
 
1367
1485
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1368
1486
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1369
1487
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.529 Ry
1370
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
1488
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1371
1489
New grid distribution:   2
1372
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1373
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1374
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1375
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1490
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
1491
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
1492
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
1493
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
1494
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
1495
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
1496
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
1497
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1376
1498
New grid distribution:   3
1377
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1378
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1379
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1380
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1499
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
1500
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
1501
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
1502
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
1503
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
1504
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
1505
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
1506
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1381
1507
Setting up quadratic distribution...
1382
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1383
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1384
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 9998
1385
 
 
1386
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.007750
1387
 
 
1388
 
 
1389
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.007750
1390
 
 
 
1508
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
1509
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
1510
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5577
 
1511
 
 
1512
siesta: Eharris(eV) =   -2967.007753
 
1513
 
 
1514
 
 
1515
siesta: Eharris(eV) =   -2967.007753
 
1516
 
 
1517
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
1518
Geom step, scf iteration, dmax:   8  1    1.795049
1391
1519
 
1392
1520
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
1521
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1393
1522
 
1394
1523
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1395
1524
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1396
1525
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1397
 
     3   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
1526
     3    0.000000    0.000000    0.000000
1398
1527
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1399
1528
     5    2.738140   -6.124198    0.000000
1400
 
     6   -0.000000    3.674213   -5.612787
 
1529
     6    0.000000    3.674213   -5.612788
1401
1530
     7   -2.738140    2.449986    5.612787
1402
 
     8   -2.738140    6.124198    0.000000
1403
 
     9   -0.000000   -3.674213    5.612787
 
1531
     8   -2.738140    6.124198   -0.000000
 
1532
     9   -0.000000   -3.674213    5.612788
1404
1533
    10    2.738140   -2.449986   -5.612787
1405
1534
----------------------------------------
1406
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
1535
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1407
1536
----------------------------------------
1408
1537
   Max    6.124198
1409
1538
   Res    3.000107    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1419
1548
         0.078779    0.318034    0.023057
1420
1549
         0.051570    0.023057    0.297905
1421
1550
 
1422
 
siesta: Pressure (static):       -574.09233329  kBar
 
1551
siesta: Pressure (static):       -574.09232190  kBar
1423
1552
 
1424
1553
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1425
1554
         0.458288    0.079909    0.052310
1426
1555
         0.079909    0.315288    0.023388
1427
1556
         0.052310    0.023388    0.294870
1428
1557
 
1429
 
siesta: Pressure (total):       -570.61954550  kBar
 
1558
siesta: Pressure (total):       -570.61953405  kBar
1430
1559
 
1431
1560
siesta: E_kin PR =    1216.983 K
1432
1561
 
1459
1588
 Folding of H and S is implicitly performed
1460
1589
<dSpData1D:S at geom step 9
1461
1590
  <sparsity:sparsity for geom step 9
1462
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1463
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
1591
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
1592
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1464
1593
refcount: 1>
1465
 
New_DM. Step:     9
 
1594
new_DM -- step:     9
1466
1595
Initializing Density Matrix...
1467
 
DM after filling with atomic data:
1468
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
1596
DM filled with atomic data:
 
1597
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1469
1598
  <sparsity:sparsity for geom step 9
1470
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1471
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
1599
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
1600
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1472
1601
refcount: 1>
 
1602
 
1473
1603
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.59935459
 
1604
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1474
1605
New grid distribution:   1
1475
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1476
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1477
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1478
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1606
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
1607
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
1608
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
1609
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
1610
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
1611
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
1612
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
1613
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1479
1614
 
1480
1615
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1481
1616
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1482
1617
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.542 Ry
1483
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
1618
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1484
1619
New grid distribution:   2
1485
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1486
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1487
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1488
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1620
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
1621
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
1622
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
1623
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
1624
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
1625
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
1626
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
1627
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1489
1628
New grid distribution:   3
1490
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1491
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1492
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1493
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1629
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
1630
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
1631
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
1632
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
1633
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
1634
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
1635
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
1636
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1494
1637
Setting up quadratic distribution...
1495
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1496
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1497
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10012
1498
 
 
1499
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.125475
1500
 
 
1501
 
 
1502
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.125475
1503
 
 
 
1638
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
1639
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
1640
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5593
 
1641
 
 
1642
siesta: Eharris(eV) =   -2967.125475
 
1643
 
 
1644
 
 
1645
siesta: Eharris(eV) =   -2967.125475
 
1646
 
 
1647
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
1648
Geom step, scf iteration, dmax:   9  1    1.795081
1504
1649
 
1505
1650
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
1651
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1506
1652
 
1507
1653
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1508
1654
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1509
1655
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1510
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1511
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1512
 
     5    2.679555   -5.993167    0.000000
1513
 
     6   -0.000000    3.595600   -5.492698
1514
 
     7   -2.679555    2.397567    5.492698
1515
 
     8   -2.679555    5.993167    0.000000
1516
 
     9   -0.000000   -3.595600    5.492698
1517
 
    10    2.679555   -2.397567   -5.492698
1518
 
----------------------------------------
1519
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
1520
 
----------------------------------------
1521
 
   Max    5.993167
 
1656
     3   -0.000000    0.000000    0.000000
 
1657
     4    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
1658
     5    2.679555   -5.993166    0.000000
 
1659
     6   -0.000000    3.595600   -5.492697
 
1660
     7   -2.679554    2.397567    5.492697
 
1661
     8   -2.679555    5.993166   -0.000000
 
1662
     9    0.000000   -3.595600    5.492697
 
1663
    10    2.679554   -2.397567   -5.492697
 
1664
----------------------------------------
 
1665
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
1666
----------------------------------------
 
1667
   Max    5.993166
1522
1668
   Res    2.935918    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1523
1669
----------------------------------------
1524
 
   Max    5.993167    constrained
 
1670
   Max    5.993166    constrained
1525
1671
 
1526
1672
Stress-tensor-Voigt (kbar):      737.20      512.03      479.89      125.82       36.83       82.37
1527
1673
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2979.2695
1532
1678
         0.077014    0.323268    0.022540
1533
1679
         0.050414    0.022540    0.303590
1534
1680
 
1535
 
siesta: Pressure (static):       -581.03263881  kBar
 
1681
siesta: Pressure (static):       -581.03263313  kBar
1536
1682
 
1537
1683
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1538
1684
         0.460117    0.078531    0.051408
1539
1685
         0.078531    0.319583    0.022984
1540
1686
         0.051408    0.022984    0.299518
1541
1687
 
1542
 
siesta: Pressure (total):       -576.37198918  kBar
 
1688
siesta: Pressure (total):       -576.37198332  kBar
1543
1689
 
1544
1690
siesta: E_kin PR =    1585.999 K
1545
1691
 
1572
1718
 Folding of H and S is implicitly performed
1573
1719
<dSpData1D:S at geom step 10
1574
1720
  <sparsity:sparsity for geom step 10
1575
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1576
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
1721
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
1722
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1577
1723
refcount: 1>
1578
 
New_DM. Step:    10
 
1724
new_DM -- step:    10
1579
1725
Initializing Density Matrix...
1580
 
DM after filling with atomic data:
1581
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
1726
DM filled with atomic data:
 
1727
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1582
1728
  <sparsity:sparsity for geom step 10
1583
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1584
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
1729
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
1730
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1585
1731
refcount: 1>
 
1732
 
1586
1733
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.60185267
 
1734
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1587
1735
New grid distribution:   1
1588
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1589
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1590
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1591
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1736
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
1737
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
1738
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
1739
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
1740
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
1741
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
1742
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
1743
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1592
1744
 
1593
1745
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1594
1746
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1595
1747
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.557 Ry
1596
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
1748
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1597
1749
New grid distribution:   2
1598
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1599
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1600
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1601
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1750
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
1751
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
1752
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
1753
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
1754
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
1755
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
1756
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
1757
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1602
1758
New grid distribution:   3
1603
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1604
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1605
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1606
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1759
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
1760
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
1761
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
1762
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
1763
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
1764
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
1765
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
1766
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1607
1767
Setting up quadratic distribution...
1608
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1609
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1610
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10024
1611
 
 
1612
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.255031
1613
 
 
1614
 
 
1615
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.255031
1616
 
 
 
1768
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
1769
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
1770
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5605
 
1771
 
 
1772
siesta: Eharris(eV) =   -2967.255029
 
1773
 
 
1774
 
 
1775
siesta: Eharris(eV) =   -2967.255029
 
1776
 
 
1777
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
1778
Geom step, scf iteration, dmax:  10  1    1.795128
1617
1779
 
1618
1780
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
1781
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1619
1782
 
1620
1783
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1621
1784
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1622
1785
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1623
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1624
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1625
 
     5    2.604368   -5.825002    0.000000
1626
 
     6   -0.000000    3.494710   -5.338575
1627
 
     7   -2.604368    2.330292    5.338575
1628
 
     8   -2.604368    5.825002    0.000000
1629
 
     9   -0.000000   -3.494710    5.338575
1630
 
    10    2.604368   -2.330292   -5.338575
 
1786
     3    0.000000    0.000000   -0.000001
 
1787
     4   -0.000000   -0.000000    0.000001
 
1788
     5    2.604369   -5.825002   -0.000001
 
1789
     6    0.000001    3.494710   -5.338576
 
1790
     7   -2.604368    2.330293    5.338576
 
1791
     8   -2.604369    5.825002    0.000001
 
1792
     9   -0.000001   -3.494710    5.338576
 
1793
    10    2.604368   -2.330293   -5.338576
1631
1794
----------------------------------------
1632
1795
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1633
1796
----------------------------------------
1645
1808
         0.074782    0.329205    0.021887
1646
1809
         0.048954    0.021887    0.310097
1647
1810
 
1648
 
siesta: Pressure (static):       -588.71692053  kBar
 
1811
siesta: Pressure (static):       -588.71692785  kBar
1649
1812
 
1650
1813
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1651
1814
         0.461786    0.076731    0.050229
1652
1815
         0.076731    0.324474    0.022457
1653
1816
         0.050229    0.022457    0.304869
1654
1817
 
1655
 
siesta: Pressure (total):       -582.73350082  kBar
 
1818
siesta: Pressure (total):       -582.73350795  kBar
1656
1819
 
1657
1820
siesta: E_kin PR =    2009.181 K
1658
1821
 
1685
1848
 Folding of H and S is implicitly performed
1686
1849
<dSpData1D:S at geom step 11
1687
1850
  <sparsity:sparsity for geom step 11
1688
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1689
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
1851
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
1852
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1690
1853
refcount: 1>
1691
 
New_DM. Step:    11
 
1854
new_DM -- step:    11
1692
1855
Initializing Density Matrix...
1693
 
DM after filling with atomic data:
1694
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
1856
DM filled with atomic data:
 
1857
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1695
1858
  <sparsity:sparsity for geom step 11
1696
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1697
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
1859
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
1860
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1698
1861
refcount: 1>
 
1862
 
1699
1863
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.60466106
 
1864
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1700
1865
New grid distribution:   1
1701
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1702
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1703
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1704
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1866
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
1867
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
1868
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
1869
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
1870
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
1871
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
1872
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
1873
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1705
1874
 
1706
1875
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1707
1876
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1708
1877
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.574 Ry
1709
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
1878
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1710
1879
New grid distribution:   2
1711
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1712
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1713
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1714
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1880
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
1881
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
1882
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
1883
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
1884
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
1885
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
1886
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
1887
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1715
1888
New grid distribution:   3
1716
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1717
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1718
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1719
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1889
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
1890
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
1891
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
1892
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
1893
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
1894
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
1895
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
1896
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1720
1897
Setting up quadratic distribution...
1721
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1722
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1723
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10045
1724
 
 
1725
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.394667
1726
 
 
1727
 
 
1728
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.394667
1729
 
 
 
1898
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
1899
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
1900
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5617
 
1901
 
 
1902
siesta: Eharris(eV) =   -2967.394665
 
1903
 
 
1904
 
 
1905
siesta: Eharris(eV) =   -2967.394665
 
1906
 
 
1907
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
1908
Geom step, scf iteration, dmax:  11  1    1.795193
1730
1909
 
1731
1910
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
1911
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1732
1912
 
1733
1913
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1734
1914
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1735
1915
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1736
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1737
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1738
 
     5    2.521180   -5.638941    0.000000
1739
 
     6   -0.000000    3.383082   -5.168052
1740
 
     7   -2.521180    2.255859    5.168052
1741
 
     8   -2.521180    5.638941    0.000000
1742
 
     9   -0.000000   -3.383082    5.168052
1743
 
    10    2.521180   -2.255859   -5.168052
 
1916
     3   -0.000000   -0.000000    0.000001
 
1917
     4    0.000000    0.000000   -0.000001
 
1918
     5    2.521180   -5.638941    0.000001
 
1919
     6    0.000000    3.383083   -5.168053
 
1920
     7   -2.521180    2.255858    5.168052
 
1921
     8   -2.521180    5.638941   -0.000001
 
1922
     9   -0.000000   -3.383083    5.168053
 
1923
    10    2.521180   -2.255858   -5.168052
1744
1924
----------------------------------------
1745
1925
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1746
1926
----------------------------------------
1747
1927
   Max    5.638941
1748
 
   Res    2.762390    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
1928
   Res    2.762391    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1749
1929
----------------------------------------
1750
1930
   Max    5.638941    constrained
1751
1931
 
1755
1935
 
1756
1936
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
1757
1937
         0.465634    0.072617    0.047536
1758
 
         0.072617    0.335684    0.021253
1759
 
         0.047536    0.021253    0.317129
 
1938
         0.072617    0.335684    0.021254
 
1939
         0.047536    0.021254    0.317129
1760
1940
 
1761
 
siesta: Pressure (static):       -597.32297797  kBar
 
1941
siesta: Pressure (static):       -597.32292967  kBar
1762
1942
 
1763
1943
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1764
1944
         0.464087    0.075038    0.049121
1765
1945
         0.075038    0.329804    0.021962
1766
1946
         0.049121    0.021962    0.310631
1767
1947
 
1768
 
siesta: Pressure (total):       -589.88642104  kBar
 
1948
siesta: Pressure (total):       -589.88637259  kBar
1769
1949
 
1770
1950
siesta: E_kin PR =    2489.020 K
1771
1951
 
1780
1960
    0.50000000    0.50000000    0.50000000   1       2  Mg
1781
1961
    0.25000000    0.25000000    0.25000000   2       3  C
1782
1962
   -0.25000000   -0.25000000   -0.25000000   2       4  C
1783
 
    0.53242408   -0.03242408    0.25000000   3       5  O
 
1963
    0.53242409   -0.03242408    0.25000000   3       5  O
1784
1964
    0.25000000    0.53242408   -0.03242408   3       6  O
1785
 
   -0.03242408    0.25000000    0.53242408   3       7  O
1786
 
   -0.53242408    0.03242408   -0.25000000   3       8  O
 
1965
   -0.03242409    0.25000000    0.53242408   3       7  O
 
1966
   -0.53242409    0.03242408   -0.25000000   3       8  O
1787
1967
   -0.25000000   -0.53242408    0.03242408   3       9  O
1788
 
    0.03242408   -0.25000000   -0.53242408   3      10  O
 
1968
    0.03242409   -0.25000000   -0.53242408   3      10  O
1789
1969
 
1790
1970
outcell: Unit cell vectors (Ang):
1791
1971
        5.669739    0.005004    0.003276
1798
1978
 Folding of H and S is implicitly performed
1799
1979
<dSpData1D:S at geom step 12
1800
1980
  <sparsity:sparsity for geom step 12
1801
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1802
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
1981
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
1982
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1803
1983
refcount: 1>
1804
 
New_DM. Step:    12
 
1984
new_DM -- step:    12
1805
1985
Initializing Density Matrix...
1806
 
DM after filling with atomic data:
1807
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
1986
DM filled with atomic data:
 
1987
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1808
1988
  <sparsity:sparsity for geom step 12
1809
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1810
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
1989
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
1990
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1811
1991
refcount: 1>
 
1992
 
1812
1993
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.60778792
 
1994
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1813
1995
New grid distribution:   1
1814
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1815
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1816
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1817
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
1996
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
1997
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
1998
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
1999
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
2000
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
2001
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
2002
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
2003
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1818
2004
 
1819
2005
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1820
2006
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1821
2007
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.592 Ry
1822
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
2008
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1823
2009
New grid distribution:   2
1824
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1825
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1826
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1827
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2010
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
2011
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
2012
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
2013
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
2014
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
2015
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
2016
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
2017
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1828
2018
New grid distribution:   3
1829
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1830
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1831
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1832
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2019
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
2020
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
2021
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
2022
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
2023
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
2024
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
2025
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
2026
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1833
2027
Setting up quadratic distribution...
1834
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1835
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1836
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10048
1837
 
 
1838
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.541044
1839
 
 
1840
 
 
1841
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.541044
1842
 
 
 
2028
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
2029
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
2030
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5620
 
2031
 
 
2032
siesta: Eharris(eV) =   -2967.541045
 
2033
 
 
2034
 
 
2035
siesta: Eharris(eV) =   -2967.541045
 
2036
 
 
2037
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
2038
Geom step, scf iteration, dmax:  12  1    1.795278
1843
2039
 
1844
2040
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
2041
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1845
2042
 
1846
2043
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1847
2044
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1848
2045
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1849
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1850
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1851
 
     5    2.349544   -5.255055    0.000000
1852
 
     6   -0.000000    3.152770   -4.816223
1853
 
     7   -2.349544    2.102285    4.816223
 
2046
     3    0.000000   -0.000001    0.000002
 
2047
     4   -0.000000    0.000001   -0.000002
 
2048
     5    2.349544   -5.255055   -0.000000
 
2049
     6   -0.000000    3.152770   -4.816225
 
2050
     7   -2.349545    2.102286    4.816224
1854
2051
     8   -2.349544    5.255055    0.000000
1855
 
     9   -0.000000   -3.152770    4.816223
1856
 
    10    2.349544   -2.102285   -4.816223
 
2052
     9    0.000000   -3.152770    4.816225
 
2053
    10    2.349545   -2.102286   -4.816224
1857
2054
----------------------------------------
1858
2055
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1859
2056
----------------------------------------
1871
2068
         0.064968    0.357295    0.019015
1872
2069
         0.042529    0.019015    0.340695
1873
2070
 
1874
 
siesta: Pressure (static):       -625.68089042  kBar
 
2071
siesta: Pressure (static):       -625.68088169  kBar
1875
2072
 
1876
2073
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1877
2074
         0.471684    0.067899    0.044448
1878
2075
         0.067899    0.350177    0.019873
1879
2076
         0.044448    0.019873    0.332828
1880
2077
 
1881
 
siesta: Pressure (total):       -616.67886073  kBar
 
2078
siesta: Pressure (total):       -616.67885173  kBar
1882
2079
 
1883
2080
siesta: E_kin PR =    3039.483 K
1884
2081
 
1911
2108
 Folding of H and S is implicitly performed
1912
2109
<dSpData1D:S at geom step 13
1913
2110
  <sparsity:sparsity for geom step 13
1914
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
1915
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
2111
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
2112
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
1916
2113
refcount: 1>
1917
 
New_DM. Step:    13
 
2114
new_DM -- step:    13
1918
2115
Initializing Density Matrix...
1919
 
DM after filling with atomic data:
1920
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
2116
DM filled with atomic data:
 
2117
<dSpData2D:DM initialized from atoms
1921
2118
  <sparsity:sparsity for geom step 13
1922
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
1923
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
2119
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
2120
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
1924
2121
refcount: 1>
1925
 
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.61125667
 
2122
 
 
2123
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.61125666
 
2124
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1926
2125
New grid distribution:   1
1927
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1928
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1929
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1930
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2126
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
2127
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
2128
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
2129
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
2130
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
2131
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
2132
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
2133
           8       1:   12    7:   12   10:   12
1931
2134
 
1932
2135
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
1933
2136
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
1934
2137
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.612 Ry
1935
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
2138
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
1936
2139
New grid distribution:   2
1937
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1938
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1939
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1940
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2140
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
2141
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
2142
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
2143
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
2144
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
2145
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
2146
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
2147
           8       8:   12    7:   12    7:   12
1941
2148
New grid distribution:   3
1942
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
1943
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
1944
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
1945
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2149
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
2150
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
2151
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
2152
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
2153
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
2154
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
2155
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
2156
           8       1:    6    7:   12    1:    6
1946
2157
Setting up quadratic distribution...
1947
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
1948
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
1949
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10060
1950
 
 
1951
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.692957
1952
 
 
1953
 
 
1954
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.692957
1955
 
 
 
2158
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
2159
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
2160
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5626
 
2161
 
 
2162
siesta: Eharris(eV) =   -2967.692957
 
2163
 
 
2164
 
 
2165
siesta: Eharris(eV) =   -2967.692957
 
2166
 
 
2167
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
2168
Geom step, scf iteration, dmax:  13  1    1.795373
1956
2169
 
1957
2170
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
2171
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
1958
2172
 
1959
2173
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
1960
2174
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
1961
2175
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
1962
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1963
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1964
 
     5    2.241020   -5.012326    0.000000
1965
 
     6   -0.000000    3.007145   -4.593763
1966
 
     7   -2.241020    2.005181    4.593763
1967
 
     8   -2.241020    5.012326    0.000000
1968
 
     9   -0.000000   -3.007145    4.593763
1969
 
    10    2.241020   -2.005181   -4.593763
 
2176
     3    0.000001   -0.000001   -0.000000
 
2177
     4   -0.000001    0.000001    0.000000
 
2178
     5    2.241019   -5.012325    0.000000
 
2179
     6   -0.000000    3.007146   -4.593764
 
2180
     7   -2.241020    2.005179    4.593764
 
2181
     8   -2.241019    5.012325   -0.000000
 
2182
     9    0.000000   -3.007146    4.593764
 
2183
    10    2.241020   -2.005179   -4.593764
1970
2184
----------------------------------------
1971
2185
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
1972
2186
----------------------------------------
1973
 
   Max    5.012326
 
2187
   Max    5.012325
1974
2188
   Res    2.455426    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
1975
2189
----------------------------------------
1976
 
   Max    5.012326    constrained
 
2190
   Max    5.012325    constrained
1977
2191
 
1978
2192
Stress-tensor-Voigt (kbar):      760.49      571.67      544.72      105.51       30.88       69.07
1979
2193
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2982.1138
1984
2198
         0.062391    0.365216    0.018261
1985
2199
         0.040842    0.018261    0.349274
1986
2200
 
1987
 
siesta: Pressure (static):       -636.26126243  kBar
 
2201
siesta: Pressure (static):       -636.26131869  kBar
1988
2202
 
1989
2203
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
1990
2204
         0.474655    0.065854    0.043109
1991
2205
         0.065854    0.356808    0.019274
1992
2206
         0.043109    0.019274    0.339981
1993
2207
 
1994
 
siesta: Pressure (total):       -625.62657340  kBar
 
2208
siesta: Pressure (total):       -625.62662919  kBar
1995
2209
 
1996
2210
siesta: E_kin PR =    3667.226 K
1997
2211
 
2024
2238
 Folding of H and S is implicitly performed
2025
2239
<dSpData1D:S at geom step 14
2026
2240
  <sparsity:sparsity for geom step 14
2027
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2028
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
2241
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
2242
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2029
2243
refcount: 1>
2030
 
New_DM. Step:    14
 
2244
new_DM -- step:    14
2031
2245
Initializing Density Matrix...
2032
 
DM after filling with atomic data:
2033
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
2246
DM filled with atomic data:
 
2247
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2034
2248
  <sparsity:sparsity for geom step 14
2035
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2036
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
2249
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
2250
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2037
2251
refcount: 1>
 
2252
 
2038
2253
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.61507784
 
2254
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2039
2255
New grid distribution:   1
2040
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2041
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2042
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2043
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2256
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
2257
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
2258
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
2259
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
2260
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
2261
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
2262
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
2263
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2044
2264
 
2045
2265
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2046
2266
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2047
2267
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.633 Ry
2048
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
2268
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2049
2269
New grid distribution:   2
2050
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2051
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2052
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2053
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2270
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
2271
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
2272
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
2273
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
2274
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
2275
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
2276
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
2277
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2054
2278
New grid distribution:   3
2055
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2056
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2057
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2058
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2279
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
2280
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
2281
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
2282
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
2283
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
2284
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
2285
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
2286
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2059
2287
Setting up quadratic distribution...
2060
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2061
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2062
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10086
2063
 
 
2064
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.849049
2065
 
 
2066
 
 
2067
 
siesta: Eharris(eV) =   -2967.849049
2068
 
 
 
2288
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
2289
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
2290
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5645
 
2291
 
 
2292
siesta: Eharris(eV) =   -2967.849053
 
2293
 
 
2294
 
 
2295
siesta: Eharris(eV) =   -2967.849053
 
2296
 
 
2297
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
2298
Geom step, scf iteration, dmax:  14  1    1.795506
2069
2299
 
2070
2300
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
2301
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2071
2302
 
2072
2303
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2073
2304
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2074
2305
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2075
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2076
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2077
 
     5    2.120882   -4.743624    0.000000
2078
 
     6   -0.000000    2.845937   -4.347500
2079
 
     7   -2.120882    1.897687    4.347500
2080
 
     8   -2.120882    4.743624    0.000000
2081
 
     9   -0.000000   -2.845937    4.347500
2082
 
    10    2.120882   -1.897687   -4.347500
 
2306
     3    0.000001    0.000000   -0.000000
 
2307
     4   -0.000001   -0.000000    0.000000
 
2308
     5    2.120883   -4.743624   -0.000001
 
2309
     6   -0.000001    2.845937   -4.347500
 
2310
     7   -2.120883    1.897687    4.347500
 
2311
     8   -2.120883    4.743624    0.000001
 
2312
     9    0.000001   -2.845937    4.347500
 
2313
    10    2.120883   -1.897687   -4.347500
2083
2314
----------------------------------------
2084
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
2315
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2085
2316
----------------------------------------
2086
2317
   Max    4.743624
2087
2318
   Res    2.323795    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
2097
2328
         0.059560    0.373655    0.017432
2098
2329
         0.038989    0.017432    0.358437
2099
2330
 
2100
 
siesta: Pressure (static):       -647.46352747  kBar
 
2331
siesta: Pressure (static):       -647.46347235  kBar
2101
2332
 
2102
2333
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
2103
2334
         0.477680    0.063567    0.041612
2104
2335
         0.063567    0.363926    0.018605
2105
2336
         0.041612    0.018605    0.347684
2106
2337
 
2107
 
siesta: Pressure (total):       -635.15759798  kBar
 
2338
siesta: Pressure (total):       -635.15754228  kBar
2108
2339
 
2109
2340
siesta: E_kin PR =    4365.943 K
2110
2341
 
2137
2368
 Folding of H and S is implicitly performed
2138
2369
<dSpData1D:S at geom step 15
2139
2370
  <sparsity:sparsity for geom step 15
2140
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2141
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
2371
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
2372
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2142
2373
refcount: 1>
2143
 
New_DM. Step:    15
 
2374
new_DM -- step:    15
2144
2375
Initializing Density Matrix...
2145
 
DM after filling with atomic data:
2146
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
2376
DM filled with atomic data:
 
2377
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2147
2378
  <sparsity:sparsity for geom step 15
2148
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2149
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
2379
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
2380
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2150
2381
refcount: 1>
 
2382
 
2151
2383
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.61926305
 
2384
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2152
2385
New grid distribution:   1
2153
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2154
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2155
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2156
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2386
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
2387
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
2388
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
2389
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
2390
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
2391
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
2392
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
2393
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2157
2394
 
2158
2395
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2159
2396
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2160
2397
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.657 Ry
2161
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
2398
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2162
2399
New grid distribution:   2
2163
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2164
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2165
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2166
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2400
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
2401
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
2402
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
2403
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
2404
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
2405
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
2406
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
2407
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2167
2408
New grid distribution:   3
2168
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2169
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2170
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2171
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2409
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
2410
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
2411
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
2412
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
2413
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
2414
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
2415
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
2416
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2172
2417
Setting up quadratic distribution...
2173
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2174
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2175
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10094
2176
 
 
2177
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.007264
2178
 
 
2179
 
 
2180
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.007264
2181
 
 
 
2418
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
2419
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
2420
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5644
 
2421
 
 
2422
siesta: Eharris(eV) =   -2968.007266
 
2423
 
 
2424
 
 
2425
siesta: Eharris(eV) =   -2968.007266
 
2426
 
 
2427
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
2428
Geom step, scf iteration, dmax:  15  1    1.795681
2182
2429
 
2183
2430
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
2431
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2184
2432
 
2185
2433
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2186
2434
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2187
2435
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2188
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2189
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
2436
     3    0.000000    0.000001   -0.000001
 
2437
     4   -0.000000   -0.000001    0.000001
2190
2438
     5    1.999624   -4.472414    0.000000
2191
 
     6   -0.000000    2.683225   -4.098937
2192
 
     7   -1.999624    1.789189    4.098937
2193
 
     8   -1.999624    4.472414    0.000000
 
2439
     6    0.000000    2.683225   -4.098937
 
2440
     7   -1.999625    1.789190    4.098938
 
2441
     8   -1.999624    4.472414   -0.000000
2194
2442
     9   -0.000000   -2.683225    4.098937
2195
 
    10    1.999624   -1.789189   -4.098937
 
2443
    10    1.999625   -1.789190   -4.098938
2196
2444
----------------------------------------
2197
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
2445
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
2198
2446
----------------------------------------
2199
2447
   Max    4.472414
2200
2448
   Res    2.190935    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
2210
2458
         0.057273    0.380376    0.016763
2211
2459
         0.037492    0.016763    0.365742
2212
2460
 
2213
 
siesta: Pressure (static):       -656.35826044  kBar
 
2461
siesta: Pressure (static):       -656.35827129  kBar
2214
2462
 
2215
2463
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
2216
2464
         0.479953    0.061837    0.040479
2217
2465
         0.061837    0.369295    0.018098
2218
2466
         0.040479    0.018098    0.353495
2219
2467
 
2220
 
siesta: Pressure (total):       -642.34226991  kBar
 
2468
siesta: Pressure (total):       -642.34228010  kBar
2221
2469
 
2222
2470
siesta: E_kin PR =    5137.364 K
2223
2471
 
2250
2498
 Folding of H and S is implicitly performed
2251
2499
<dSpData1D:S at geom step 16
2252
2500
  <sparsity:sparsity for geom step 16
2253
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2254
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
2501
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
2502
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2255
2503
refcount: 1>
2256
 
New_DM. Step:    16
 
2504
new_DM -- step:    16
2257
2505
Initializing Density Matrix...
2258
 
DM after filling with atomic data:
2259
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
2506
DM filled with atomic data:
 
2507
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2260
2508
  <sparsity:sparsity for geom step 16
2261
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2262
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
2509
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
2510
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2263
2511
refcount: 1>
 
2512
 
2264
2513
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.62382277
 
2514
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2265
2515
New grid distribution:   1
2266
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2267
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2268
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2269
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2516
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
2517
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
2518
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
2519
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
2520
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
2521
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
2522
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
2523
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2270
2524
 
2271
2525
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2272
2526
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2273
2527
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.682 Ry
2274
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
2528
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2275
2529
New grid distribution:   2
2276
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2277
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2278
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2279
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2530
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
2531
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
2532
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
2533
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
2534
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
2535
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
2536
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
2537
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2280
2538
New grid distribution:   3
2281
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2282
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2283
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2284
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2539
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
2540
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
2541
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
2542
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
2543
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
2544
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
2545
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
2546
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2285
2547
Setting up quadratic distribution...
2286
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2287
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2288
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10095
2289
 
 
2290
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.165848
2291
 
 
2292
 
 
2293
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.165848
2294
 
 
 
2548
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
2549
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
2550
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5649
 
2551
 
 
2552
siesta: Eharris(eV) =   -2968.165850
 
2553
 
 
2554
 
 
2555
siesta: Eharris(eV) =   -2968.165850
 
2556
 
 
2557
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
2558
Geom step, scf iteration, dmax:  16  1    1.795899
2295
2559
 
2296
2560
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
2561
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2297
2562
 
2298
2563
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2299
2564
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2300
2565
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2301
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2302
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2303
 
     5    1.866363   -4.174358    0.000000
2304
 
     6   -0.000000    2.504406   -3.825771
2305
 
     7   -1.866363    1.669952    3.825771
2306
 
     8   -1.866363    4.174358    0.000000
2307
 
     9   -0.000000   -2.504406    3.825771
2308
 
    10    1.866363   -1.669952   -3.825771
 
2566
     3   -0.000001   -0.000000    0.000000
 
2567
     4    0.000001    0.000000   -0.000000
 
2568
     5    1.866362   -4.174358   -0.000000
 
2569
     6    0.000000    2.504407   -3.825771
 
2570
     7   -1.866361    1.669952    3.825771
 
2571
     8   -1.866362    4.174358    0.000000
 
2572
     9   -0.000000   -2.504407    3.825771
 
2573
    10    1.866361   -1.669952   -3.825771
2309
2574
----------------------------------------
2310
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
2575
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2311
2576
----------------------------------------
2312
2577
   Max    4.174358
2313
2578
   Res    2.044924    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
2320
2585
 
2321
2586
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
2322
2587
         0.485873    0.055139    0.036095
2323
 
         0.055139    0.387199    0.016138
 
2588
         0.055139    0.387200    0.016138
2324
2589
         0.036095    0.016138    0.373111
2325
2590
 
2326
 
siesta: Pressure (static):       -665.54241574  kBar
 
2591
siesta: Pressure (static):       -665.54245335  kBar
2327
2592
 
2328
2593
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
2329
2594
         0.482599    0.060266    0.039451
2330
2595
         0.060266    0.374751    0.017639
2331
2596
         0.039451    0.017639    0.359353
2332
2597
 
2333
 
siesta: Pressure (total):       -649.79814944  kBar
 
2598
siesta: Pressure (total):       -649.79818621  kBar
2334
2599
 
2335
2600
siesta: E_kin PR =    5982.393 K
2336
2601
 
2337
 
siesta: Temp_ion =    1300.399 K
 
2602
siesta: Temp_ion =    1300.400 K
2338
2603
 
2339
2604
                     ====================================
2340
2605
                        Begin MD step =     17
2363
2628
 Folding of H and S is implicitly performed
2364
2629
<dSpData1D:S at geom step 17
2365
2630
  <sparsity:sparsity for geom step 17
2366
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2367
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
2631
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
2632
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2368
2633
refcount: 1>
2369
 
New_DM. Step:    17
 
2634
new_DM -- step:    17
2370
2635
Initializing Density Matrix...
2371
 
DM after filling with atomic data:
2372
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
2636
DM filled with atomic data:
 
2637
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2373
2638
  <sparsity:sparsity for geom step 17
2374
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2375
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
2639
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
2640
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2376
2641
refcount: 1>
 
2642
 
2377
2643
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.62876809
 
2644
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2378
2645
New grid distribution:   1
2379
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2380
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2381
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2382
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2646
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
2647
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
2648
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
2649
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
2650
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
2651
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
2652
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
2653
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2383
2654
 
2384
2655
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2385
2656
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2386
2657
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.709 Ry
2387
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
2658
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2388
2659
New grid distribution:   2
2389
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2390
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2391
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2392
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2660
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
2661
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
2662
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
2663
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
2664
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
2665
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
2666
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
2667
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2393
2668
New grid distribution:   3
2394
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2395
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2396
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2397
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2669
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
2670
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
2671
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
2672
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
2673
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
2674
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
2675
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
2676
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2398
2677
Setting up quadratic distribution...
2399
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2400
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2401
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10109
2402
 
 
2403
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.322741
2404
 
 
2405
 
 
2406
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.322741
2407
 
 
 
2678
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
2679
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
2680
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5660
 
2681
 
 
2682
siesta: Eharris(eV) =   -2968.322738
 
2683
 
 
2684
 
 
2685
siesta: Eharris(eV) =   -2968.322738
 
2686
 
 
2687
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
2688
Geom step, scf iteration, dmax:  17  1    1.796159
2408
2689
 
2409
2690
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
2691
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2410
2692
 
2411
2693
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2412
2694
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2413
2695
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2414
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2415
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2416
 
     5    1.727130   -3.862947    0.000000
2417
 
     6   -0.000000    2.317575   -3.540365
2418
 
     7   -1.727130    1.545372    3.540365
2419
 
     8   -1.727130    3.862947    0.000000
2420
 
     9   -0.000000   -2.317575    3.540365
2421
 
    10    1.727130   -1.545372   -3.540365
2422
 
----------------------------------------
2423
 
   Tot   -0.000000    0.000000   -0.000000
2424
 
----------------------------------------
2425
 
   Max    3.862947
 
2696
     3    0.000001    0.000000   -0.000001
 
2697
     4   -0.000001   -0.000000    0.000001
 
2698
     5    1.727129   -3.862946   -0.000001
 
2699
     6   -0.000000    2.317574   -3.540364
 
2700
     7   -1.727130    1.545371    3.540365
 
2701
     8   -1.727129    3.862946    0.000001
 
2702
     9    0.000000   -2.317574    3.540364
 
2703
    10    1.727130   -1.545371   -3.540365
 
2704
----------------------------------------
 
2705
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
2706
----------------------------------------
 
2707
   Max    3.862946
2426
2708
   Res    1.892371    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
2427
2709
----------------------------------------
2428
 
   Max    3.862947    constrained
 
2710
   Max    3.862946    constrained
2429
2711
 
2430
2712
Stress-tensor-Voigt (kbar):      778.13      610.11      586.12       93.89       27.48       61.46
2431
2713
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2983.7776
2436
2718
         0.052910    0.394611    0.015486
2437
2719
         0.034636    0.015486    0.381092
2438
2720
 
2439
 
siesta: Pressure (static):       -675.59062260  kBar
 
2721
siesta: Pressure (static):       -675.59059767  kBar
2440
2722
 
2441
2723
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
2442
2724
         0.485662    0.058598    0.038359
2443
2725
         0.058598    0.380799    0.017151
2444
2726
         0.038359    0.017151    0.365826
2445
2727
 
2446
 
siesta: Pressure (total):       -658.12104347  kBar
 
2728
siesta: Pressure (total):       -658.12101766  kBar
2447
2729
 
2448
2730
siesta: E_kin PR =    6904.115 K
2449
2731
 
2476
2758
 Folding of H and S is implicitly performed
2477
2759
<dSpData1D:S at geom step 18
2478
2760
  <sparsity:sparsity for geom step 18
2479
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2480
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
2761
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
2762
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2481
2763
refcount: 1>
2482
 
New_DM. Step:    18
 
2764
new_DM -- step:    18
2483
2765
Initializing Density Matrix...
2484
 
DM after filling with atomic data:
2485
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
2766
DM filled with atomic data:
 
2767
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2486
2768
  <sparsity:sparsity for geom step 18
2487
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2488
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
2769
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
2770
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2489
2771
refcount: 1>
 
2772
 
2490
2773
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.63411128
 
2774
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2491
2775
New grid distribution:   1
2492
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2493
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2494
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2495
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2776
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
2777
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
2778
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
2779
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
2780
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
2781
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
2782
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
2783
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2496
2784
 
2497
2785
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2498
2786
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2499
2787
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.737 Ry
2500
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
2788
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2501
2789
New grid distribution:   2
2502
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2503
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2504
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2505
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2790
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
2791
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
2792
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
2793
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
2794
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
2795
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
2796
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
2797
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2506
2798
New grid distribution:   3
2507
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2508
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2509
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2510
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2799
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
2800
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
2801
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
2802
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
2803
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
2804
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
2805
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
2806
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2511
2807
Setting up quadratic distribution...
2512
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2513
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2514
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10112
2515
 
 
2516
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.475869
2517
 
 
2518
 
 
2519
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.475869
2520
 
 
 
2808
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
2809
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
2810
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5666
 
2811
 
 
2812
siesta: Eharris(eV) =   -2968.475869
 
2813
 
 
2814
 
 
2815
siesta: Eharris(eV) =   -2968.475869
 
2816
 
 
2817
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
2818
Geom step, scf iteration, dmax:  18  1    1.796449
2521
2819
 
2522
2820
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
2821
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2523
2822
 
2524
2823
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2525
2824
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2526
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2527
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2528
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2529
 
     5    1.564995   -3.500312    0.000000
2530
 
     6   -0.000000    2.100012   -3.208012
2531
 
     7   -1.564995    1.400300    3.208012
2532
 
     8   -1.564995    3.500312    0.000000
2533
 
     9   -0.000000   -2.100012    3.208012
2534
 
    10    1.564995   -1.400300   -3.208012
 
2825
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
2826
     3   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
2827
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
 
2828
     5    1.564994   -3.500311   -0.000000
 
2829
     6   -0.000001    2.100012   -3.208011
 
2830
     7   -1.564994    1.400299    3.208012
 
2831
     8   -1.564994    3.500311    0.000000
 
2832
     9    0.000001   -2.100012    3.208011
 
2833
    10    1.564994   -1.400299   -3.208012
2535
2834
----------------------------------------
2536
2835
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2537
2836
----------------------------------------
2538
 
   Max    3.500312
 
2837
   Max    3.500311
2539
2838
   Res    1.714724    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
2540
2839
----------------------------------------
2541
 
   Max    3.500312    constrained
 
2840
   Max    3.500311    constrained
2542
2841
 
2543
2842
Stress-tensor-Voigt (kbar):      785.31      625.18      602.31       89.49       26.19       58.58
2544
2843
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2984.4152
2549
2848
         0.049611    0.405356    0.014520
2550
2849
         0.032476    0.014520    0.392680
2551
2850
 
2552
 
siesta: Pressure (static):       -690.10380500  kBar
 
2851
siesta: Pressure (static):       -690.10377547  kBar
2553
2852
 
2554
2853
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
2555
2854
         0.490150    0.055852    0.036561
2556
2855
         0.055852    0.390201    0.016347
2557
2856
         0.036561    0.016347    0.375931
2558
2857
 
2559
 
siesta: Pressure (total):       -670.93560393  kBar
 
2858
siesta: Pressure (total):       -670.93557363  kBar
2560
2859
 
2561
2860
siesta: E_kin PR =    7909.944 K
2562
2861
 
2589
2888
 Folding of H and S is implicitly performed
2590
2889
<dSpData1D:S at geom step 19
2591
2890
  <sparsity:sparsity for geom step 19
2592
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2593
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
2891
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
2892
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2594
2893
refcount: 1>
2595
 
New_DM. Step:    19
 
2894
new_DM -- step:    19
2596
2895
Initializing Density Matrix...
2597
 
DM after filling with atomic data:
2598
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
2896
DM filled with atomic data:
 
2897
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2599
2898
  <sparsity:sparsity for geom step 19
2600
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2601
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
2899
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
2900
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2602
2901
refcount: 1>
 
2902
 
2603
2903
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.63986865
 
2904
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2604
2905
New grid distribution:   1
2605
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2606
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2607
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2608
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2906
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
2907
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
2908
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
2909
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
2910
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
2911
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
2912
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
2913
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2609
2914
 
2610
2915
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2611
2916
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2612
2917
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.767 Ry
2613
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
2918
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2614
2919
New grid distribution:   2
2615
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2616
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2617
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2618
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2920
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
2921
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
2922
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
2923
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
2924
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
2925
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
2926
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
2927
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2619
2928
New grid distribution:   3
2620
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2621
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2622
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2623
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
2929
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
2930
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
2931
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
2932
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
2933
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
2934
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
2935
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
2936
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2624
2937
Setting up quadratic distribution...
2625
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2626
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2627
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10141
2628
 
 
2629
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.623561
2630
 
 
2631
 
 
2632
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.623561
2633
 
 
 
2938
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
2939
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
2940
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5689
 
2941
 
 
2942
siesta: Eharris(eV) =   -2968.623562
 
2943
 
 
2944
 
 
2945
siesta: Eharris(eV) =   -2968.623562
 
2946
 
 
2947
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
2948
Geom step, scf iteration, dmax:  19  1    1.796715
2634
2949
 
2635
2950
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
2951
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2636
2952
 
2637
2953
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2638
2954
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2639
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2640
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2641
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
2955
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
2956
     3   -0.000000    0.000001    0.000001
 
2957
     4    0.000000   -0.000001   -0.000001
2642
2958
     5    1.407123   -3.147211    0.000000
2643
 
     6   -0.000000    1.888169   -2.884398
2644
 
     7   -1.407123    1.259042    2.884398
2645
 
     8   -1.407123    3.147211    0.000000
2646
 
     9   -0.000000   -1.888169    2.884398
2647
 
    10    1.407123   -1.259042   -2.884398
 
2959
     6   -0.000000    1.888169   -2.884397
 
2960
     7   -1.407123    1.259041    2.884397
 
2961
     8   -1.407123    3.147211   -0.000000
 
2962
     9    0.000000   -1.888169    2.884397
 
2963
    10    1.407123   -1.259041   -2.884397
2648
2964
----------------------------------------
2649
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
2965
   Tot   -0.000000   -0.000000    0.000000
2650
2966
----------------------------------------
2651
2967
   Max    3.147211
2652
2968
   Res    1.541748    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
2662
2978
         0.046306    0.416825    0.013553
2663
2979
         0.030313    0.013553    0.404993
2664
2980
 
2665
 
siesta: Pressure (static):       -705.77122545  kBar
 
2981
siesta: Pressure (static):       -705.77118027  kBar
2666
2982
 
2667
2983
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
2668
2984
         0.495363    0.053082    0.034749
2669
2985
         0.053082    0.400371    0.015536
2670
2986
         0.034749    0.015536    0.386808
2671
2987
 
2672
 
siesta: Pressure (total):       -684.96063818  kBar
 
2988
siesta: Pressure (total):       -684.96059248  kBar
2673
2989
 
2674
2990
siesta: E_kin PR =    9008.840 K
2675
2991
 
2702
3018
 Folding of H and S is implicitly performed
2703
3019
<dSpData1D:S at geom step 20
2704
3020
  <sparsity:sparsity for geom step 20
2705
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2706
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
3021
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
3022
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2707
3023
refcount: 1>
2708
 
New_DM. Step:    20
 
3024
new_DM -- step:    20
2709
3025
Initializing Density Matrix...
2710
 
DM after filling with atomic data:
2711
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
3026
DM filled with atomic data:
 
3027
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2712
3028
  <sparsity:sparsity for geom step 20
2713
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2714
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
3029
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
3030
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2715
3031
refcount: 1>
 
3032
 
2716
3033
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.64605798
 
3034
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2717
3035
New grid distribution:   1
2718
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2719
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2720
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2721
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3036
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
3037
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
3038
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
3039
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
3040
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
3041
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
3042
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
3043
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2722
3044
 
2723
3045
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2724
3046
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2725
3047
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.799 Ry
2726
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
3048
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2727
3049
New grid distribution:   2
2728
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2729
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2730
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2731
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3050
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
3051
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
3052
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
3053
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
3054
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
3055
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
3056
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
3057
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2732
3058
New grid distribution:   3
2733
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2734
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2735
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2736
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3059
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3060
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3061
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3062
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3063
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3064
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3065
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3066
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2737
3067
Setting up quadratic distribution...
2738
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2739
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2740
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10168
2741
 
 
2742
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.763427
2743
 
 
2744
 
 
2745
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.763427
2746
 
 
 
3068
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
3069
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
3070
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5697
 
3071
 
 
3072
siesta: Eharris(eV) =   -2968.763428
 
3073
 
 
3074
 
 
3075
siesta: Eharris(eV) =   -2968.763428
 
3076
 
 
3077
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
3078
Geom step, scf iteration, dmax:  20  1    1.797006
2747
3079
 
2748
3080
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
3081
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2749
3082
 
2750
3083
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2751
3084
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2752
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2753
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2754
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2755
 
     5    1.210650   -2.707774    0.000000
2756
 
     6   -0.000000    1.624529   -2.481657
 
3085
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
3086
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000001
 
3087
     4    0.000000    0.000000    0.000001
 
3088
     5    1.210651   -2.707775    0.000001
 
3089
     6   -0.000000    1.624530   -2.481657
2757
3090
     7   -1.210650    1.083245    2.481657
2758
 
     8   -1.210650    2.707774    0.000000
2759
 
     9   -0.000000   -1.624529    2.481657
 
3091
     8   -1.210651    2.707775   -0.000001
 
3092
     9    0.000000   -1.624530    2.481657
2760
3093
    10    1.210650   -1.083245   -2.481657
2761
3094
----------------------------------------
2762
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
3095
   Tot   -0.000000   -0.000000    0.000000
2763
3096
----------------------------------------
2764
 
   Max    2.707774
 
3097
   Max    2.707775
2765
3098
   Res    1.326478    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
2766
3099
----------------------------------------
2767
 
   Max    2.707774    constrained
 
3100
   Max    2.707775    constrained
2768
3101
 
2769
 
Stress-tensor-Voigt (kbar):      801.74      662.11      642.18       78.03       22.84       51.08
 
3102
Stress-tensor-Voigt (kbar):      801.74      662.12      642.18       78.03       22.84       51.08
2770
3103
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2985.9298
2771
3104
Target enthalpy (eV/cell)    -2940.3648
2772
3105
 
2775
3108
         0.041415    0.430943    0.012121
2776
3109
         0.027111    0.012121    0.420361
2777
3110
 
2778
 
siesta: Pressure (static):       -724.38389990  kBar
 
3111
siesta: Pressure (static):       -724.38393876  kBar
2779
3112
 
2780
3113
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
2781
3114
         0.500404    0.048699    0.031879
2782
3115
         0.048699    0.413255    0.014253
2783
3116
         0.031879    0.014253    0.400812
2784
3117
 
2785
 
siesta: Pressure (total):       -702.01265757  kBar
 
3118
siesta: Pressure (total):       -702.01269622  kBar
2786
3119
 
2787
3120
siesta: E_kin PR =   10210.456 K
2788
3121
 
2815
3148
 Folding of H and S is implicitly performed
2816
3149
<dSpData1D:S at geom step 21
2817
3150
  <sparsity:sparsity for geom step 21
2818
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2819
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
3151
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
3152
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2820
3153
refcount: 1>
2821
 
New_DM. Step:    21
 
3154
new_DM -- step:    21
2822
3155
Initializing Density Matrix...
2823
 
DM after filling with atomic data:
2824
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
3156
DM filled with atomic data:
 
3157
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2825
3158
  <sparsity:sparsity for geom step 21
2826
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2827
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
3159
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
3160
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2828
3161
refcount: 1>
 
3162
 
2829
3163
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.65270095
 
3164
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2830
3165
New grid distribution:   1
2831
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2832
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2833
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2834
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3166
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
3167
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
3168
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
3169
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
3170
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
3171
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
3172
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
3173
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2835
3174
 
2836
3175
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2837
3176
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2838
3177
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.833 Ry
2839
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
3178
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2840
3179
New grid distribution:   2
2841
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2842
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2843
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2844
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3180
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
3181
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
3182
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
3183
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
3184
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
3185
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
3186
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
3187
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2845
3188
New grid distribution:   3
2846
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2847
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2848
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2849
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3189
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3190
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3191
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3192
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3193
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3194
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3195
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3196
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2850
3197
Setting up quadratic distribution...
2851
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2852
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2853
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10188
2854
 
 
2855
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.893522
2856
 
 
2857
 
 
2858
 
siesta: Eharris(eV) =   -2968.893522
2859
 
 
 
3198
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
3199
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
3200
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5712
 
3201
 
 
3202
siesta: Eharris(eV) =   -2968.893523
 
3203
 
 
3204
 
 
3205
siesta: Eharris(eV) =   -2968.893523
 
3206
 
 
3207
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
3208
Geom step, scf iteration, dmax:  21  1    1.797320
2860
3209
 
2861
3210
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
3211
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2862
3212
 
2863
3213
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2864
3214
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2865
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2866
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2867
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2868
 
     5    1.037056   -2.319508    0.000000
2869
 
     6   -0.000000    1.391589   -2.125814
2870
 
     7   -1.037056    0.927919    2.125814
2871
 
     8   -1.037056    2.319508    0.000000
2872
 
     9    0.000000   -1.391589    2.125814
2873
 
    10    1.037056   -0.927919   -2.125814
2874
 
----------------------------------------
2875
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2876
 
----------------------------------------
2877
 
   Max    2.319508
 
3215
     2    0.000000   -0.000000    0.000000
 
3216
     3    0.000000    0.000000   -0.000000
 
3217
     4   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
3218
     5    1.037055   -2.319509    0.000000
 
3219
     6    0.000000    1.391590   -2.125814
 
3220
     7   -1.037056    0.927920    2.125814
 
3221
     8   -1.037055    2.319509   -0.000000
 
3222
     9   -0.000000   -1.391590    2.125814
 
3223
    10    1.037056   -0.927920   -2.125814
 
3224
----------------------------------------
 
3225
   Tot   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
3226
----------------------------------------
 
3227
   Max    2.319509
2878
3228
   Res    1.136275    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
2879
3229
----------------------------------------
2880
 
   Max    2.319508    constrained
 
3230
   Max    2.319509    constrained
2881
3231
 
2882
3232
Stress-tensor-Voigt (kbar):      809.58      678.10      659.32       73.47       21.50       48.10
2883
3233
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2986.5395
2888
3238
         0.038104    0.442061    0.011152
2889
3239
         0.024943    0.011152    0.432325
2890
3240
 
2891
 
siesta: Pressure (static):       -739.48432382  kBar
 
3241
siesta: Pressure (static):       -739.48430249  kBar
2892
3242
 
2893
3243
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
2894
3244
         0.505296    0.045859    0.030020
2895
3245
         0.045859    0.423231    0.013422
2896
3246
         0.030020    0.013422    0.411513
2897
3247
 
2898
 
siesta: Pressure (total):       -715.66780592  kBar
 
3248
siesta: Pressure (total):       -715.66778443  kBar
2899
3249
 
2900
3250
siesta: E_kin PR =   11520.177 K
2901
3251
 
2928
3278
 Folding of H and S is implicitly performed
2929
3279
<dSpData1D:S at geom step 22
2930
3280
  <sparsity:sparsity for geom step 22
2931
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
2932
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
3281
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
3282
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
2933
3283
refcount: 1>
2934
 
New_DM. Step:    22
 
3284
new_DM -- step:    22
2935
3285
Initializing Density Matrix...
2936
 
DM after filling with atomic data:
2937
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
3286
DM filled with atomic data:
 
3287
<dSpData2D:DM initialized from atoms
2938
3288
  <sparsity:sparsity for geom step 22
2939
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
2940
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
3289
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
3290
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
2941
3291
refcount: 1>
 
3292
 
2942
3293
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.65981711
 
3294
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2943
3295
New grid distribution:   1
2944
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2945
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2946
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2947
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3296
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
3297
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
3298
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
3299
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
3300
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
3301
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
3302
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
3303
           8       1:   12    7:   12   10:   12
2948
3304
 
2949
3305
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
2950
3306
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
2951
3307
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.868 Ry
2952
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
3308
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
2953
3309
New grid distribution:   2
2954
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2955
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2956
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2957
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3310
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
3311
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
3312
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
3313
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
3314
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
3315
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
3316
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
3317
           8       8:   12    7:   12    7:   12
2958
3318
New grid distribution:   3
2959
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
2960
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
2961
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
2962
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3319
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3320
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3321
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3322
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3323
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3324
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3325
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3326
           8       1:    6    7:   12    1:    6
2963
3327
Setting up quadratic distribution...
2964
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
2965
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
2966
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10201
2967
 
 
2968
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.013599
2969
 
 
2970
 
 
2971
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.013599
2972
 
 
 
3328
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
3329
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
3330
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5728
 
3331
 
 
3332
siesta: Eharris(eV) =   -2969.013596
 
3333
 
 
3334
 
 
3335
siesta: Eharris(eV) =   -2969.013596
 
3336
 
 
3337
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
3338
Geom step, scf iteration, dmax:  22  1    1.797676
2973
3339
 
2974
3340
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
3341
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
2975
3342
 
2976
3343
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
2977
3344
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
2978
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
2979
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2980
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
2981
 
     5    0.872567   -1.951608    0.000000
2982
 
     6   -0.000000    1.170867   -1.788636
2983
 
     7   -0.872567    0.780741    1.788636
 
3345
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
3346
     3   -0.000000   -0.000001    0.000001
 
3347
     4    0.000000    0.000001   -0.000001
 
3348
     5    0.872567   -1.951608   -0.000000
 
3349
     6    0.000001    1.170867   -1.788636
 
3350
     7   -0.872567    0.780741    1.788635
2984
3351
     8   -0.872567    1.951608    0.000000
2985
 
     9   -0.000000   -1.170867    1.788636
2986
 
    10    0.872567   -0.780741   -1.788636
 
3352
     9   -0.000001   -1.170867    1.788636
 
3353
    10    0.872567   -0.780741   -1.788635
2987
3354
----------------------------------------
2988
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
3355
   Tot   -0.000000   -0.000000    0.000000
2989
3356
----------------------------------------
2990
3357
   Max    1.951608
2991
3358
   Res    0.956049    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
3001
3368
         0.035492    0.450924    0.010388
3002
3369
         0.023234    0.010388    0.441855
3003
3370
 
3004
 
siesta: Pressure (static):       -751.54442207  kBar
 
3371
siesta: Pressure (static):       -751.54444291  kBar
3005
3372
 
3006
3373
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3007
3374
         0.509213    0.043672    0.028588
3008
3375
         0.043672    0.431061    0.012782
3009
3376
         0.028588    0.012782    0.419902
3010
3377
 
3011
 
siesta: Pressure (total):       -726.42233649  kBar
 
3378
siesta: Pressure (total):       -726.42235698  kBar
3012
3379
 
3013
3380
siesta: E_kin PR =   12935.473 K
3014
3381
 
3041
3408
 Folding of H and S is implicitly performed
3042
3409
<dSpData1D:S at geom step 23
3043
3410
  <sparsity:sparsity for geom step 23
3044
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3045
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
3411
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
3412
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3046
3413
refcount: 1>
3047
 
New_DM. Step:    23
 
3414
new_DM -- step:    23
3048
3415
Initializing Density Matrix...
3049
 
DM after filling with atomic data:
3050
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
3416
DM filled with atomic data:
 
3417
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3051
3418
  <sparsity:sparsity for geom step 23
3052
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3053
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
3419
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
3420
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3054
3421
refcount: 1>
 
3422
 
3055
3423
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.66742475
 
3424
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3056
3425
New grid distribution:   1
3057
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3058
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3059
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3060
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3426
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
3427
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
3428
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
3429
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
3430
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
3431
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
3432
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
3433
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3061
3434
 
3062
3435
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3063
3436
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3064
3437
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.905 Ry
3065
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
 
3438
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    47 =      131600
3066
3439
New grid distribution:   2
3067
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3068
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3069
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3070
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3440
           1       6:   12    1:    6    1:    6
 
3441
           2       7:   12    7:   12    1:    6
 
3442
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
3443
           4       1:    5    1:    6    1:    6
 
3444
           5       7:   12    1:    6    7:   12
 
3445
           6       1:    6    7:   12    1:    6
 
3446
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
3447
           8       8:   12    7:   12    7:   12
3071
3448
New grid distribution:   3
3072
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3073
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3074
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3075
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3449
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3450
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3451
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3452
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3453
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3454
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3455
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3456
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3076
3457
Setting up quadratic distribution...
3077
 
ExtMesh (bp) on 0 =    56 x    50 x    50 =      140000
3078
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3079
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10247
3080
 
 
3081
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.124156
3082
 
 
3083
 
 
3084
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.124156
3085
 
 
 
3458
ExtMesh (bp) on 0 =    51 x    50 x    50 =      127500
 
3459
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  252
 
3460
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5750
 
3461
 
 
3462
siesta: Eharris(eV) =   -2969.124159
 
3463
 
 
3464
 
 
3465
siesta: Eharris(eV) =   -2969.124159
 
3466
 
 
3467
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
3468
Geom step, scf iteration, dmax:  23  1    1.798071
3086
3469
 
3087
3470
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
3471
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3088
3472
 
3089
3473
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3090
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
3091
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3092
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3093
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3094
 
     5    0.715692   -1.600736    0.000000
3095
 
     6   -0.000000    0.960362   -1.467064
 
3474
     1   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
3475
     2    0.000000   -0.000000    0.000000
 
3476
     3   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
3477
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
 
3478
     5    0.715692   -1.600736   -0.000000
 
3479
     6    0.000000    0.960362   -1.467065
3096
3480
     7   -0.715692    0.640375    1.467064
3097
3481
     8   -0.715692    1.600736    0.000000
3098
 
     9   -0.000000   -0.960362    1.467064
 
3482
     9   -0.000000   -0.960362    1.467065
3099
3483
    10    0.715692   -0.640375   -1.467064
3100
3484
----------------------------------------
3101
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
3485
   Tot   -0.000000   -0.000000    0.000000
3102
3486
----------------------------------------
3103
3487
   Max    1.600736
3104
3488
   Res    0.784165    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
3114
3498
         0.031962    0.462387    0.009355
3115
3499
         0.020923    0.009355    0.454221
3116
3500
 
3117
 
siesta: Pressure (static):       -767.01926628  kBar
 
3501
siesta: Pressure (static):       -767.01924976  kBar
3118
3502
 
3119
3503
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3120
 
         0.514117    0.040522    0.026526
 
3504
         0.514116    0.040522    0.026526
3121
3505
         0.040522    0.441601    0.011860
3122
3506
         0.026526    0.011860    0.431247
3123
3507
 
3124
 
siesta: Pressure (total):       -740.72869046  kBar
 
3508
siesta: Pressure (total):       -740.72867360  kBar
3125
3509
 
3126
 
siesta: E_kin PR =   14461.622 K
 
3510
siesta: E_kin PR =   14461.621 K
3127
3511
 
3128
3512
siesta: Temp_ion =    1998.441 K
3129
3513
 
3154
3538
 Folding of H and S is implicitly performed
3155
3539
<dSpData1D:S at geom step 24
3156
3540
  <sparsity:sparsity for geom step 24
3157
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3158
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
3541
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
3542
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3159
3543
refcount: 1>
3160
 
New_DM. Step:    24
 
3544
new_DM -- step:    24
3161
3545
Initializing Density Matrix...
3162
 
DM after filling with atomic data:
3163
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
3546
DM filled with atomic data:
 
3547
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3164
3548
  <sparsity:sparsity for geom step 24
3165
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3166
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
3549
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
3550
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3167
3551
refcount: 1>
 
3552
 
3168
3553
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.67554600
 
3554
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3169
3555
New grid distribution:   1
3170
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3171
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3172
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3173
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3556
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
3557
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
3558
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
3559
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
3560
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
3561
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
3562
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
3563
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3174
3564
 
3175
3565
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3176
3566
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3177
3567
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.944 Ry
3178
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
3568
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
3179
3569
New grid distribution:   2
3180
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3181
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3182
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3183
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3570
           1       7:   12    1:    6    1:    6
 
3571
           2       1:    6    7:   12    1:    6
 
3572
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
3573
           4       7:   12    1:    6    7:   12
 
3574
           5       7:   12    7:   12    1:    6
 
3575
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3576
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
3577
           8       8:   12    7:   12    7:   12
3184
3578
New grid distribution:   3
3185
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3186
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3187
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3188
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3579
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3580
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3581
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3582
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3583
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3584
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3585
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3586
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3189
3587
Setting up quadratic distribution...
3190
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
3191
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3192
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10271
3193
 
 
3194
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.224857
3195
 
 
3196
 
 
3197
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.224857
3198
 
 
 
3588
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
3589
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
3590
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 4897
 
3591
 
 
3592
siesta: Eharris(eV) =   -2969.224859
 
3593
 
 
3594
 
 
3595
siesta: Eharris(eV) =   -2969.224859
 
3596
 
 
3597
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
3598
Geom step, scf iteration, dmax:  24  1    1.798506
3199
3599
 
3200
3600
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
3601
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3201
3602
 
3202
3603
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3203
3604
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
3204
3605
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3205
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
3606
     3    0.000000    0.000000    0.000000
3206
3607
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3207
 
     5    0.544764   -1.218434    0.000000
3208
 
     6   -0.000000    0.731000   -1.116687
3209
 
     7   -0.544764    0.487435    1.116687
3210
 
     8   -0.544764    1.218434    0.000000
3211
 
     9   -0.000000   -0.731000    1.116687
3212
 
    10    0.544764   -0.487435   -1.116687
 
3608
     5    0.544764   -1.218434    0.000001
 
3609
     6   -0.000001    0.730999   -1.116688
 
3610
     7   -0.544763    0.487435    1.116687
 
3611
     8   -0.544764    1.218434   -0.000001
 
3612
     9    0.000001   -0.730999    1.116688
 
3613
    10    0.544763   -0.487435   -1.116687
3213
3614
----------------------------------------
3214
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
3615
   Tot   -0.000000   -0.000000    0.000000
3215
3616
----------------------------------------
3216
3617
   Max    1.218434
3217
 
   Res    0.596884    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
3618
   Res    0.596883    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
3218
3619
----------------------------------------
3219
3620
   Max    1.218434    constrained
3220
3621
 
3227
3628
         0.027921    0.475465    0.008172
3228
3629
         0.018278    0.008172    0.468331
3229
3630
 
3230
 
siesta: Pressure (static):       -784.66184064  kBar
 
3631
siesta: Pressure (static):       -784.66184425  kBar
3231
3632
 
3232
3633
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3233
3634
         0.519749    0.036816    0.024101
3234
3635
         0.036816    0.453865    0.010775
3235
3636
         0.024101    0.010775    0.444458
3236
3637
 
3237
 
siesta: Pressure (total):       -757.34241297  kBar
 
3638
siesta: Pressure (total):       -757.34241632  kBar
3238
3639
 
3239
3640
siesta: E_kin PR =   16111.046 K
3240
3641
 
3249
3650
    0.50000000    0.50000000    0.50000000   1       2  Mg
3250
3651
    0.25000000    0.25000000    0.25000000   2       3  C
3251
3652
   -0.25000000   -0.25000000   -0.25000000   2       4  C
3252
 
    0.54839186   -0.04839186    0.25000000   3       5  O
3253
 
    0.25000000    0.54839186   -0.04839186   3       6  O
3254
 
   -0.04839186    0.25000000    0.54839186   3       7  O
3255
 
   -0.54839186    0.04839186   -0.25000000   3       8  O
3256
 
   -0.25000000   -0.54839186    0.04839186   3       9  O
3257
 
    0.04839186   -0.25000000   -0.54839186   3      10  O
 
3653
    0.54839187   -0.04839186    0.25000000   3       5  O
 
3654
    0.25000000    0.54839187   -0.04839186   3       6  O
 
3655
   -0.04839187    0.25000000    0.54839186   3       7  O
 
3656
   -0.54839187    0.04839186   -0.25000000   3       8  O
 
3657
   -0.25000000   -0.54839187    0.04839186   3       9  O
 
3658
    0.04839187   -0.25000000   -0.54839186   3      10  O
3258
3659
 
3259
3660
outcell: Unit cell vectors (Ang):
3260
3661
        5.639103    0.025647    0.016789
3267
3668
 Folding of H and S is implicitly performed
3268
3669
<dSpData1D:S at geom step 25
3269
3670
  <sparsity:sparsity for geom step 25
3270
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3271
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
3671
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
3672
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3272
3673
refcount: 1>
3273
 
New_DM. Step:    25
 
3674
new_DM -- step:    25
3274
3675
Initializing Density Matrix...
3275
 
DM after filling with atomic data:
3276
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
3676
DM filled with atomic data:
 
3677
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3277
3678
  <sparsity:sparsity for geom step 25
3278
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3279
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
3679
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
3680
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3280
3681
refcount: 1>
 
3682
 
3281
3683
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.68420591
 
3684
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3282
3685
New grid distribution:   1
3283
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3284
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3285
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3286
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3686
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
3687
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
3688
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
3689
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
3690
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
3691
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
3692
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
3693
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3287
3694
 
3288
3695
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3289
3696
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3290
3697
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    63.985 Ry
3291
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
3698
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
3292
3699
New grid distribution:   2
3293
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3294
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3295
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3296
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3700
           1       7:   12    1:    6    1:    6
 
3701
           2       1:    6    7:   12    1:    6
 
3702
           3       1:    6    1:    6    7:   12
 
3703
           4       7:   12    1:    6    7:   12
 
3704
           5       7:   12    7:   12    1:    6
 
3705
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3706
           7       1:    7    7:   12    7:   12
 
3707
           8       8:   12    7:   12    7:   12
3297
3708
New grid distribution:   3
3298
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3299
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3300
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3301
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3709
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3710
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3711
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3712
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3713
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3714
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3715
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3716
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3302
3717
Setting up quadratic distribution...
3303
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
3304
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3305
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10297
3306
 
 
3307
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.315981
3308
 
 
3309
 
 
3310
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.315981
3311
 
 
 
3718
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
3719
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
3720
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 4911
 
3721
 
 
3722
siesta: Eharris(eV) =   -2969.315980
 
3723
 
 
3724
 
 
3725
siesta: Eharris(eV) =   -2969.315980
 
3726
 
 
3727
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
3728
Geom step, scf iteration, dmax:  25  1    1.799014
3312
3729
 
3313
3730
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
3731
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3314
3732
 
3315
3733
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3316
3734
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
3317
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3318
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3319
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3320
 
     5    0.408490   -0.913641    0.000000
3321
 
     6   -0.000000    0.548139   -0.837346
 
3735
     2    0.000000   -0.000000    0.000000
 
3736
     3   -0.000000    0.000001   -0.000000
 
3737
     4    0.000000   -0.000001    0.000000
 
3738
     5    0.408490   -0.913639   -0.000000
 
3739
     6    0.000001    0.548137   -0.837347
3322
3740
     7   -0.408490    0.365502    0.837346
3323
 
     8   -0.408490    0.913641    0.000000
3324
 
     9   -0.000000   -0.548139    0.837346
 
3741
     8   -0.408490    0.913639    0.000000
 
3742
     9   -0.000001   -0.548137    0.837347
3325
3743
    10    0.408490   -0.365502   -0.837346
3326
3744
----------------------------------------
3327
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
3745
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
3328
3746
----------------------------------------
3329
 
   Max    0.913641
 
3747
   Max    0.913639
3330
3748
   Res    0.447572    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
3331
3749
----------------------------------------
3332
 
   Max    0.913641    constrained
 
3750
   Max    0.913639    constrained
3333
3751
 
3334
3752
Stress-tensor-Voigt (kbar):      839.74      742.85      729.01       54.14       15.85       35.44
3335
3753
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2988.6990
3340
3758
         0.024613    0.485936    0.007204
3341
3759
         0.016112    0.007204    0.479647
3342
3760
 
3343
 
siesta: Pressure (static):       -798.72877739  kBar
 
3761
siesta: Pressure (static):       -798.72873757  kBar
3344
3762
 
3345
3763
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3346
3764
         0.524119    0.033794    0.022122
3347
3765
         0.033794    0.463644    0.009891
3348
3766
         0.022122    0.009891    0.455009
3349
3767
 
3350
 
siesta: Pressure (total):       -770.53363446  kBar
 
3768
siesta: Pressure (total):       -770.53359444  kBar
3351
3769
 
3352
3770
siesta: E_kin PR =   17888.175 K
3353
3771
 
3380
3798
 Folding of H and S is implicitly performed
3381
3799
<dSpData1D:S at geom step 26
3382
3800
  <sparsity:sparsity for geom step 26
3383
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3384
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
3801
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
3802
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3385
3803
refcount: 1>
3386
 
New_DM. Step:    26
 
3804
new_DM -- step:    26
3387
3805
Initializing Density Matrix...
3388
 
DM after filling with atomic data:
3389
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
3806
DM filled with atomic data:
 
3807
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3390
3808
  <sparsity:sparsity for geom step 26
3391
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3392
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
3809
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
3810
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3393
3811
refcount: 1>
 
3812
 
3394
3813
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.69342822
 
3814
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3395
3815
New grid distribution:   1
3396
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3397
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3398
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3399
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3816
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
3817
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
3818
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
3819
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
3820
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
3821
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
3822
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
3823
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3400
3824
 
3401
3825
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3402
3826
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3403
3827
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.027 Ry
3404
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
3828
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
3405
3829
New grid distribution:   2
3406
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3407
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3408
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3409
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3830
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3831
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3832
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3833
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3834
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3835
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3836
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3837
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3410
3838
New grid distribution:   3
3411
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3412
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3413
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3414
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3839
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3840
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3841
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3842
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3843
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3844
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3845
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3846
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3415
3847
Setting up quadratic distribution...
3416
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
3417
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3418
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10342
3419
 
 
3420
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.398631
3421
 
 
3422
 
 
3423
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.398631
3424
 
 
 
3848
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
3849
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
3850
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 4938
 
3851
 
 
3852
siesta: Eharris(eV) =   -2969.398629
 
3853
 
 
3854
 
 
3855
siesta: Eharris(eV) =   -2969.398629
 
3856
 
 
3857
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
3858
Geom step, scf iteration, dmax:  26  1    1.799602
3425
3859
 
3426
3860
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
3861
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3427
3862
 
3428
3863
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3429
3864
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
3430
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3431
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3432
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3433
 
     5    0.262386   -0.586860    0.000000
3434
 
     6   -0.000000    0.352087   -0.537853
3435
 
     7   -0.262386    0.234773    0.537853
3436
 
     8   -0.262386    0.586860    0.000000
3437
 
     9   -0.000000   -0.352087    0.537853
3438
 
    10    0.262386   -0.234773   -0.537853
 
3865
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
3866
     3   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
3867
     4    0.000000   -0.000000    0.000000
 
3868
     5    0.262385   -0.586860    0.000001
 
3869
     6    0.000001    0.352087   -0.537853
 
3870
     7   -0.262386    0.234772    0.537852
 
3871
     8   -0.262385    0.586860   -0.000001
 
3872
     9   -0.000001   -0.352087    0.537853
 
3873
    10    0.262386   -0.234772   -0.537852
3439
3874
----------------------------------------
3440
3875
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3441
3876
----------------------------------------
3442
3877
   Max    0.586860
3443
 
   Res    0.287490    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
3878
   Res    0.287489    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
3444
3879
----------------------------------------
3445
3880
   Max    0.586860    constrained
3446
3881
 
3450
3885
 
3451
3886
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
3452
3887
         0.536182    0.019963    0.013068
3453
 
         0.019963    0.500459    0.005843
 
3888
         0.019962    0.500459    0.005843
3454
3889
         0.013068    0.005843    0.495358
3455
3890
 
3456
 
siesta: Pressure (static):       -818.18632618  kBar
 
3891
siesta: Pressure (static):       -818.18636807  kBar
3457
3892
 
3458
3893
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3459
3894
         0.530168    0.029379    0.019232
3460
3895
         0.029379    0.477593    0.008599
3461
3896
         0.019232    0.008599    0.470086
3462
3897
 
3463
 
siesta: Pressure (total):       -789.26530774  kBar
 
3898
siesta: Pressure (total):       -789.26534964  kBar
3464
3899
 
3465
3900
siesta: E_kin PR =   19802.001 K
3466
3901
 
3493
3928
 Folding of H and S is implicitly performed
3494
3929
<dSpData1D:S at geom step 27
3495
3930
  <sparsity:sparsity for geom step 27
3496
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3497
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
3931
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
3932
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3498
3933
refcount: 1>
3499
 
New_DM. Step:    27
 
3934
new_DM -- step:    27
3500
3935
Initializing Density Matrix...
3501
 
DM after filling with atomic data:
3502
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
3936
DM filled with atomic data:
 
3937
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3503
3938
  <sparsity:sparsity for geom step 27
3504
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3505
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
3939
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
3940
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3506
3941
refcount: 1>
 
3942
 
3507
3943
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.70324236
 
3944
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3508
3945
New grid distribution:   1
3509
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3510
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3511
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3512
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3946
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
3947
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
3948
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
3949
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
3950
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
3951
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
3952
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
3953
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3513
3954
 
3514
3955
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3515
3956
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3516
3957
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.072 Ry
3517
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
3958
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
3518
3959
New grid distribution:   2
3519
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3520
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3521
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3522
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3960
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3961
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3962
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3963
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3964
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3965
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3966
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3967
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3523
3968
New grid distribution:   3
3524
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3525
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3526
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3527
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
3969
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
3970
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
3971
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
3972
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
3973
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
3974
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
3975
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
3976
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3528
3977
Setting up quadratic distribution...
3529
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
3530
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3531
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10372
3532
 
 
3533
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.473973
3534
 
 
3535
 
 
3536
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.473973
3537
 
 
 
3978
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
3979
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
3980
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 4959
 
3981
 
 
3982
siesta: Eharris(eV) =   -2969.473974
 
3983
 
 
3984
 
 
3985
siesta: Eharris(eV) =   -2969.473974
 
3986
 
 
3987
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
3988
Geom step, scf iteration, dmax:  27  1    1.800299
3538
3989
 
3539
3990
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
3991
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3540
3992
 
3541
3993
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3542
3994
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
3543
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3544
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3545
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3546
 
     5    0.153372   -0.343036    0.000000
3547
 
     6   -0.000000    0.205804   -0.314390
3548
 
     7   -0.153372    0.137231    0.314390
3549
 
     8   -0.153372    0.343036    0.000000
3550
 
     9   -0.000000   -0.205804    0.314390
3551
 
    10    0.153372   -0.137231   -0.314390
 
3995
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
3996
     3    0.000000    0.000000    0.000001
 
3997
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000001
 
3998
     5    0.153371   -0.343036   -0.000000
 
3999
     6   -0.000000    0.205803   -0.314389
 
4000
     7   -0.153371    0.137232    0.314389
 
4001
     8   -0.153371    0.343036    0.000000
 
4002
     9    0.000000   -0.205803    0.314389
 
4003
    10    0.153371   -0.137232   -0.314389
3552
4004
----------------------------------------
3553
4005
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3554
4006
----------------------------------------
3555
4007
   Max    0.343036
3556
 
   Res    0.168046    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
4008
   Res    0.168045    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
3557
4009
----------------------------------------
3558
4010
   Max    0.343036    constrained
3559
4011
 
3566
4018
         0.017543    0.509473    0.005135
3567
4019
         0.011484    0.005135    0.504991
3568
4020
 
3569
 
siesta: Pressure (static):       -830.64711156  kBar
 
4021
siesta: Pressure (static):       -830.64710051  kBar
3570
4022
 
3571
4023
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3572
4024
         0.534731    0.027150    0.017773
3573
4025
         0.027150    0.486145    0.007946
3574
4026
         0.017773    0.007946    0.479208
3575
4027
 
3576
 
siesta: Pressure (total):       -801.14232733  kBar
 
4028
siesta: Pressure (total):       -801.14231672  kBar
3577
4029
 
3578
4030
siesta: E_kin PR =   21856.048 K
3579
4031
 
3588
4040
    0.50000000    0.50000000    0.50000000   1       2  Mg
3589
4041
    0.25000000    0.25000000    0.25000000   2       3  C
3590
4042
   -0.25000000   -0.25000000   -0.25000000   2       4  C
3591
 
    0.55281383   -0.05281383    0.25000000   3       5  O
3592
 
    0.25000000    0.55281383   -0.05281383   3       6  O
 
4043
    0.55281384   -0.05281383    0.25000000   3       5  O
 
4044
    0.25000000    0.55281384   -0.05281383   3       6  O
3593
4045
   -0.05281383    0.25000000    0.55281383   3       7  O
3594
 
   -0.55281383    0.05281383   -0.25000000   3       8  O
3595
 
   -0.25000000   -0.55281383    0.05281383   3       9  O
 
4046
   -0.55281384    0.05281383   -0.25000000   3       8  O
 
4047
   -0.25000000   -0.55281384    0.05281383   3       9  O
3596
4048
    0.05281383   -0.25000000   -0.55281383   3      10  O
3597
4049
 
3598
4050
outcell: Unit cell vectors (Ang):
3606
4058
 Folding of H and S is implicitly performed
3607
4059
<dSpData1D:S at geom step 28
3608
4060
  <sparsity:sparsity for geom step 28
3609
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3610
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
4061
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
4062
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3611
4063
refcount: 1>
3612
 
New_DM. Step:    28
 
4064
new_DM -- step:    28
3613
4065
Initializing Density Matrix...
3614
 
DM after filling with atomic data:
3615
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
4066
DM filled with atomic data:
 
4067
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3616
4068
  <sparsity:sparsity for geom step 28
3617
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3618
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
4069
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
4070
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3619
4071
refcount: 1>
 
4072
 
3620
4073
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.71367330
 
4074
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3621
4075
New grid distribution:   1
3622
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3623
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3624
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3625
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4076
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
4077
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
4078
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
4079
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
4080
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
4081
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
4082
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
4083
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3626
4084
 
3627
4085
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3628
4086
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3629
4087
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.118 Ry
3630
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
4088
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
3631
4089
New grid distribution:   2
3632
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3633
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3634
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3635
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4090
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4091
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4092
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4093
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4094
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4095
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4096
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4097
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3636
4098
New grid distribution:   3
3637
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3638
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3639
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3640
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4099
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4100
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4101
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4102
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4103
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4104
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4105
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4106
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3641
4107
Setting up quadratic distribution...
3642
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
3643
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3644
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10419
3645
 
 
3646
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.544047
3647
 
 
3648
 
 
3649
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.544047
3650
 
 
 
4108
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
4109
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
4110
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 4991
 
4111
 
 
4112
siesta: Eharris(eV) =   -2969.544043
 
4113
 
 
4114
 
 
4115
siesta: Eharris(eV) =   -2969.544043
 
4116
 
 
4117
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
4118
Geom step, scf iteration, dmax:  28  1    1.801110
3651
4119
 
3652
4120
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
4121
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3653
4122
 
3654
4123
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3655
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
3656
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3657
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3658
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3659
 
     5    0.057364   -0.128301    0.000000
3660
 
     6   -0.000000    0.076974   -0.117587
3661
 
     7   -0.057364    0.051327    0.117587
3662
 
     8   -0.057364    0.128301    0.000000
 
4124
     1   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
4125
     2    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
4126
     3    0.000000    0.000000   -0.000001
 
4127
     4   -0.000000   -0.000000    0.000001
 
4128
     5    0.057363   -0.128301    0.000000
 
4129
     6    0.000000    0.076974   -0.117587
 
4130
     7   -0.057363    0.051327    0.117587
 
4131
     8   -0.057363    0.128301   -0.000000
3663
4132
     9   -0.000000   -0.076974    0.117587
3664
 
    10    0.057364   -0.051327   -0.117587
 
4133
    10    0.057363   -0.051327   -0.117587
3665
4134
----------------------------------------
3666
4135
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3667
4136
----------------------------------------
3671
4140
   Max    0.128301    constrained
3672
4141
 
3673
4142
Stress-tensor-Voigt (kbar):      864.90      795.51      785.60       38.78       11.35       25.38
3674
 
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2990.1926
 
4143
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2990.1925
3675
4144
Target enthalpy (eV/cell)    -2939.5184
3676
4145
 
3677
4146
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
3679
4148
         0.014449    0.520197    0.004229
3680
4149
         0.009458    0.004229    0.516505
3681
4150
 
3682
 
siesta: Pressure (static):       -845.29355377  kBar
 
4151
siesta: Pressure (static):       -845.29355125  kBar
3683
4152
 
3684
4153
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3685
4154
         0.539823    0.024203    0.015844
3686
4155
         0.024203    0.496511    0.007084
3687
4156
         0.015844    0.007084    0.490327
3688
4157
 
3689
 
siesta: Pressure (total):       -815.33610937  kBar
 
4158
siesta: Pressure (total):       -815.33610781  kBar
3690
4159
 
3691
4160
siesta: E_kin PR =   24048.229 K
3692
4161
 
3719
4188
 Folding of H and S is implicitly performed
3720
4189
<dSpData1D:S at geom step 29
3721
4190
  <sparsity:sparsity for geom step 29
3722
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3723
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
4191
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
4192
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3724
4193
refcount: 1>
3725
 
New_DM. Step:    29
 
4194
new_DM -- step:    29
3726
4195
Initializing Density Matrix...
3727
 
DM after filling with atomic data:
3728
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
4196
DM filled with atomic data:
 
4197
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3729
4198
  <sparsity:sparsity for geom step 29
3730
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3731
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
4199
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
4200
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3732
4201
refcount: 1>
 
4202
 
3733
4203
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.72474934
 
4204
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3734
4205
New grid distribution:   1
3735
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3736
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3737
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3738
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4206
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
4207
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
4208
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
4209
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
4210
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
4211
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
4212
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
4213
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3739
4214
 
3740
4215
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3741
4216
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3742
4217
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.165 Ry
3743
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
4218
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
3744
4219
New grid distribution:   2
3745
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3746
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3747
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3748
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4220
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4221
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4222
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4223
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4224
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4225
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4226
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4227
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3749
4228
New grid distribution:   3
3750
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3751
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3752
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3753
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4229
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4230
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4231
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4232
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4233
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4234
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4235
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4236
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3754
4237
Setting up quadratic distribution...
3755
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
3756
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3757
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10440
3758
 
 
3759
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.609964
3760
 
 
3761
 
 
3762
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.609964
3763
 
 
 
4238
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
4239
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
4240
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5021
 
4241
 
 
4242
siesta: Eharris(eV) =   -2969.609967
 
4243
 
 
4244
 
 
4245
siesta: Eharris(eV) =   -2969.609967
 
4246
 
 
4247
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
4248
Geom step, scf iteration, dmax:  29  1    1.802021
3764
4249
 
3765
4250
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
4251
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3766
4252
 
3767
4253
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3768
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
3769
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3770
 
     3   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3771
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
4254
     1   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
4255
     2    0.000000   -0.000000    0.000000
 
4256
     3   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
4257
     4    0.000000   -0.000000    0.000000
3772
4258
     5   -0.022971    0.051378    0.000000
3773
 
     6   -0.000000   -0.030824    0.047088
3774
 
     7    0.022971   -0.020554   -0.047088
3775
 
     8    0.022971   -0.051378    0.000000
3776
 
     9   -0.000000    0.030824   -0.047088
3777
 
    10   -0.022971    0.020554    0.047088
 
4259
     6    0.000000   -0.030824    0.047087
 
4260
     7    0.022971   -0.020553   -0.047087
 
4261
     8    0.022971   -0.051378   -0.000000
 
4262
     9   -0.000000    0.030824   -0.047087
 
4263
    10   -0.022971    0.020553    0.047087
3778
4264
----------------------------------------
3779
4265
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3780
4266
----------------------------------------
3792
4278
         0.012007    0.529997    0.003514
3793
4279
         0.007860    0.003514    0.526929
3794
4280
 
3795
 
siesta: Pressure (static):       -858.99491541  kBar
 
4281
siesta: Pressure (static):       -858.99487595  kBar
3796
4282
 
3797
4283
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3798
4284
         0.545182    0.021875    0.014319
3799
4285
         0.021875    0.506037    0.006402
3800
4286
         0.014319    0.006402    0.500447
3801
4287
 
3802
 
siesta: Pressure (total):       -828.68990461  kBar
 
4288
siesta: Pressure (total):       -828.68986644  kBar
3803
4289
 
3804
4290
siesta: E_kin PR =   26385.366 K
3805
4291
 
3832
4318
 Folding of H and S is implicitly performed
3833
4319
<dSpData1D:S at geom step 30
3834
4320
  <sparsity:sparsity for geom step 30
3835
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3836
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
4321
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
4322
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3837
4323
refcount: 1>
3838
 
New_DM. Step:    30
 
4324
new_DM -- step:    30
3839
4325
Initializing Density Matrix...
3840
 
DM after filling with atomic data:
3841
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
4326
DM filled with atomic data:
 
4327
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3842
4328
  <sparsity:sparsity for geom step 30
3843
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3844
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
4329
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
4330
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3845
4331
refcount: 1>
 
4332
 
3846
4333
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.73649927
 
4334
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3847
4335
New grid distribution:   1
3848
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3849
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3850
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3851
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4336
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
4337
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
4338
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
4339
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
4340
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
4341
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
4342
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
4343
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3852
4344
 
3853
4345
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3854
4346
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3855
4347
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.215 Ry
3856
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
4348
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
3857
4349
New grid distribution:   2
3858
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3859
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3860
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3861
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4350
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4351
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4352
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4353
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4354
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4355
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4356
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4357
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3862
4358
New grid distribution:   3
3863
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3864
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3865
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3866
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4359
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4360
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4361
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4362
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4363
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4364
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4365
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4366
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3867
4367
Setting up quadratic distribution...
3868
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
3869
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3870
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10447
3871
 
 
3872
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.674009
3873
 
 
3874
 
 
3875
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.674009
3876
 
 
 
4368
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
4369
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
4370
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5037
 
4371
 
 
4372
siesta: Eharris(eV) =   -2969.674013
 
4373
 
 
4374
 
 
4375
siesta: Eharris(eV) =   -2969.674013
 
4376
 
 
4377
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
4378
Geom step, scf iteration, dmax:  30  1    1.803047
3877
4379
 
3878
4380
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
4381
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3879
4382
 
3880
4383
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3881
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
 
4384
     1    0.000000    0.000000    0.000000
3882
4385
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3883
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
3884
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3885
 
     5   -0.089244    0.199605    0.000000
3886
 
     6   -0.000000   -0.119753    0.182937
3887
 
     7    0.089244   -0.079852   -0.182937
3888
 
     8    0.089244   -0.199605    0.000000
3889
 
     9   -0.000000    0.119753   -0.182937
3890
 
    10   -0.089244    0.079852    0.182937
 
4386
     3    0.000000   -0.000000    0.000000
 
4387
     4   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
4388
     5   -0.089244    0.199605    0.000001
 
4389
     6    0.000001   -0.119753    0.182937
 
4390
     7    0.089245   -0.079852   -0.182937
 
4391
     8    0.089244   -0.199605   -0.000001
 
4392
     9   -0.000001    0.119753   -0.182937
 
4393
    10   -0.089245    0.079852    0.182937
3891
4394
----------------------------------------
3892
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
4395
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
3893
4396
----------------------------------------
3894
4397
   Max    0.199605
3895
4398
   Res    0.097782    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
3905
4408
         0.009069    0.540631    0.002654
3906
4409
         0.005937    0.002654    0.538314
3907
4410
 
3908
 
siesta: Pressure (static):       -873.62585938  kBar
 
4411
siesta: Pressure (static):       -873.62586932  kBar
3909
4412
 
3910
4413
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
3911
4414
         0.550504    0.019020    0.012451
3912
4415
         0.019020    0.516468    0.005567
3913
4416
         0.012451    0.005567    0.511608
3914
4417
 
3915
 
siesta: Pressure (total):       -843.06360301  kBar
 
4418
siesta: Pressure (total):       -843.06361427  kBar
3916
4419
 
3917
4420
siesta: E_kin PR =   28872.546 K
3918
4421
 
3945
4448
 Folding of H and S is implicitly performed
3946
4449
<dSpData1D:S at geom step 31
3947
4450
  <sparsity:sparsity for geom step 31
3948
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
3949
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
4451
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
4452
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
3950
4453
refcount: 1>
3951
 
New_DM. Step:    31
 
4454
new_DM -- step:    31
3952
4455
Initializing Density Matrix...
3953
 
DM after filling with atomic data:
3954
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
4456
DM filled with atomic data:
 
4457
<dSpData2D:DM initialized from atoms
3955
4458
  <sparsity:sparsity for geom step 31
3956
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
3957
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
4459
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
4460
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
3958
4461
refcount: 1>
 
4462
 
3959
4463
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.74895443
 
4464
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3960
4465
New grid distribution:   1
3961
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3962
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3963
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3964
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4466
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
4467
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
4468
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
4469
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
4470
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
4471
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
4472
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
4473
           8       1:   12    7:   12   10:   12
3965
4474
 
3966
4475
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
3967
4476
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
3968
4477
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.266 Ry
3969
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
4478
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
3970
4479
New grid distribution:   2
3971
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3972
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3973
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3974
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4480
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4481
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4482
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4483
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4484
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4485
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4486
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4487
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3975
4488
New grid distribution:   3
3976
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
3977
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
3978
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
3979
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4489
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4490
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4491
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4492
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4493
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4494
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4495
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4496
           8       1:    6    7:   12    1:    6
3980
4497
Setting up quadratic distribution...
3981
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
3982
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
3983
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10512
3984
 
 
3985
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.738085
3986
 
 
3987
 
 
3988
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.738085
3989
 
 
 
4498
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
4499
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
4500
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5084
 
4501
 
 
4502
siesta: Eharris(eV) =   -2969.738081
 
4503
 
 
4504
 
 
4505
siesta: Eharris(eV) =   -2969.738081
 
4506
 
 
4507
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
4508
Geom step, scf iteration, dmax:  31  1    1.804175
3990
4509
 
3991
4510
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
4511
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
3992
4512
 
3993
4513
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
3994
4514
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
3995
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
3996
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
3997
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
3998
 
     5   -0.138557    0.309901    0.000000
3999
 
     6   -0.000000   -0.185925    0.284022
4000
 
     7    0.138557   -0.123976   -0.284022
4001
 
     8    0.138557   -0.309901    0.000000
4002
 
     9   -0.000000    0.185925   -0.284022
4003
 
    10   -0.138557    0.123976    0.284022
 
4515
     2   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
4516
     3   -0.000000   -0.000001    0.000001
 
4517
     4    0.000000    0.000001   -0.000001
 
4518
     5   -0.138557    0.309901    0.000001
 
4519
     6   -0.000000   -0.185925    0.284021
 
4520
     7    0.138559   -0.123976   -0.284022
 
4521
     8    0.138557   -0.309901   -0.000001
 
4522
     9    0.000000    0.185925   -0.284021
 
4523
    10   -0.138559    0.123976    0.284022
4004
4524
----------------------------------------
4005
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
4525
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
4006
4526
----------------------------------------
4007
4527
   Max    0.309901
4008
 
   Res    0.151813    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
4528
   Res    0.151814    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4009
4529
----------------------------------------
4010
4530
   Max    0.309901    constrained
4011
4531
 
4018
4538
         0.006185    0.551630    0.001810
4019
4539
         0.004049    0.001810    0.550050
4020
4540
 
4021
 
siesta: Pressure (static):       -888.88571710  kBar
 
4541
siesta: Pressure (static):       -888.88572297  kBar
4022
4542
 
4023
4543
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4024
4544
         0.556305    0.016196    0.010602
4025
4545
         0.016196    0.527322    0.004740
4026
4546
         0.010602    0.004740    0.523184
4027
4547
 
4028
 
siesta: Pressure (total):       -858.14028493  kBar
 
4548
siesta: Pressure (total):       -858.14029221  kBar
4029
4549
 
4030
4550
siesta: E_kin PR =   31518.056 K
4031
4551
 
4058
4578
 Folding of H and S is implicitly performed
4059
4579
<dSpData1D:S at geom step 32
4060
4580
  <sparsity:sparsity for geom step 32
4061
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4062
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
4581
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
4582
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4063
4583
refcount: 1>
4064
 
New_DM. Step:    32
 
4584
new_DM -- step:    32
4065
4585
Initializing Density Matrix...
4066
 
DM after filling with atomic data:
4067
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
4586
DM filled with atomic data:
 
4587
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4068
4588
  <sparsity:sparsity for geom step 32
4069
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4070
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
4589
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
4590
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4071
4591
refcount: 1>
 
4592
 
4072
4593
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.76214823
 
4594
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4073
4595
New grid distribution:   1
4074
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4075
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4076
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4077
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4596
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
4597
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
4598
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
4599
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
4600
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
4601
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
4602
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
4603
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4078
4604
 
4079
4605
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4080
4606
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4081
4607
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.320 Ry
4082
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
4608
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4083
4609
New grid distribution:   2
4084
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4085
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4086
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4087
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4610
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4611
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4612
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4613
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4614
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4615
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4616
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4617
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4088
4618
New grid distribution:   3
4089
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4090
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4091
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4092
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4619
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4620
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4621
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4622
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4623
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4624
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4625
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4626
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4093
4627
Setting up quadratic distribution...
4094
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4095
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
4096
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10534
4097
 
 
4098
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.803142
4099
 
 
4100
 
 
4101
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.803142
4102
 
 
 
4628
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
4629
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
4630
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5106
 
4631
 
 
4632
siesta: Eharris(eV) =   -2969.803140
 
4633
 
 
4634
 
 
4635
siesta: Eharris(eV) =   -2969.803140
 
4636
 
 
4637
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
4638
Geom step, scf iteration, dmax:  32  1    1.805438
4103
4639
 
4104
4640
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
4641
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4105
4642
 
4106
4643
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
4107
4644
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
4108
4645
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
4109
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
4110
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4111
 
     5   -0.170742    0.381886    0.000000
4112
 
     6   -0.000000   -0.229112    0.349996
 
4646
     3   -0.000000   -0.000000    0.000001
 
4647
     4    0.000000    0.000000   -0.000001
 
4648
     5   -0.170741    0.381886   -0.000002
 
4649
     6   -0.000000   -0.229111    0.349997
4113
4650
     7    0.170742   -0.152773   -0.349996
4114
 
     8    0.170742   -0.381886    0.000000
4115
 
     9   -0.000000    0.229112   -0.349996
 
4651
     8    0.170741   -0.381886    0.000002
 
4652
     9    0.000000    0.229111   -0.349997
4116
4653
    10   -0.170742    0.152773    0.349996
4117
4654
----------------------------------------
4118
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
4655
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
4119
4656
----------------------------------------
4120
4657
   Max    0.381886
4121
4658
   Res    0.187077    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4131
4668
         0.003327    0.563087    0.000974
4132
4669
         0.002178    0.000974    0.562237
4133
4670
 
4134
 
siesta: Pressure (static):       -904.90023346  kBar
 
4671
siesta: Pressure (static):       -904.90032507  kBar
4135
4672
 
4136
4673
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4137
4674
         0.562621    0.013380    0.008758
4138
4675
         0.013380    0.538678    0.003916
4139
 
         0.008758    0.003916    0.535259
4140
 
 
4141
 
siesta: Pressure (total):       -874.02801154  kBar
4142
 
 
4143
 
siesta: E_kin PR =   34329.488 K
4144
 
 
4145
 
siesta: Temp_ion =    2186.786 K
 
4676
         0.008758    0.003916    0.535260
 
4677
 
 
4678
siesta: Pressure (total):       -874.02810472  kBar
 
4679
 
 
4680
siesta: E_kin PR =   34329.487 K
 
4681
 
 
4682
siesta: Temp_ion =    2186.785 K
4146
4683
 
4147
4684
                     ====================================
4148
4685
                        Begin MD step =     33
4171
4708
 Folding of H and S is implicitly performed
4172
4709
<dSpData1D:S at geom step 33
4173
4710
  <sparsity:sparsity for geom step 33
4174
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4175
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
4711
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
4712
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4176
4713
refcount: 1>
4177
 
New_DM. Step:    33
 
4714
new_DM -- step:    33
4178
4715
Initializing Density Matrix...
4179
 
DM after filling with atomic data:
4180
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
4716
DM filled with atomic data:
 
4717
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4181
4718
  <sparsity:sparsity for geom step 33
4182
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4183
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
4719
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
4720
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4184
4721
refcount: 1>
 
4722
 
4185
4723
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.77611636
 
4724
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4186
4725
New grid distribution:   1
4187
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4188
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4189
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4190
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4726
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
4727
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
4728
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
4729
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
4730
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
4731
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
4732
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
4733
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4191
4734
 
4192
4735
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4193
4736
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4194
4737
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.375 Ry
4195
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
4738
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4196
4739
New grid distribution:   2
4197
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4198
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4199
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4200
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4740
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4741
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4742
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4743
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4744
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4745
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4746
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4747
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4201
4748
New grid distribution:   3
4202
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4203
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4204
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4205
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4749
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4750
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4751
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4752
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4753
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4754
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4755
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4756
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4206
4757
Setting up quadratic distribution...
4207
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4208
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
4209
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10562
4210
 
 
4211
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.871479
4212
 
 
4213
 
 
4214
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.871479
4215
 
 
 
4758
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
4759
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
4760
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5128
 
4761
 
 
4762
siesta: Eharris(eV) =   -2969.871479
 
4763
 
 
4764
 
 
4765
siesta: Eharris(eV) =   -2969.871479
 
4766
 
 
4767
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
4768
Geom step, scf iteration, dmax:  33  1    1.806812
4216
4769
 
4217
4770
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
4771
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4218
4772
 
4219
4773
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
4220
4774
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
4221
4775
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
4222
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
4223
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4224
 
     5   -0.221493    0.495398    0.000000
4225
 
     6   -0.000000   -0.297214    0.454029
4226
 
     7    0.221493   -0.198184   -0.454029
4227
 
     8    0.221493   -0.495398   -0.000000
4228
 
     9   -0.000000    0.297214   -0.454029
4229
 
    10   -0.221493    0.198184    0.454029
4230
 
----------------------------------------
4231
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4232
 
----------------------------------------
4233
 
   Max    0.495398
 
4776
     3    0.000000    0.000000   -0.000001
 
4777
     4   -0.000000   -0.000000    0.000001
 
4778
     5   -0.221494    0.495399    0.000002
 
4779
     6    0.000000   -0.297213    0.454029
 
4780
     7    0.221494   -0.198183   -0.454029
 
4781
     8    0.221494   -0.495399   -0.000002
 
4782
     9   -0.000000    0.297213   -0.454029
 
4783
    10   -0.221494    0.198183    0.454029
 
4784
----------------------------------------
 
4785
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
4786
----------------------------------------
 
4787
   Max    0.495399
4234
4788
   Res    0.242684    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4235
4789
----------------------------------------
4236
 
   Max    0.495398    constrained
 
4790
   Max    0.495399    constrained
4237
4791
 
4238
4792
Stress-tensor-Voigt (kbar):      914.11      888.55      884.90       14.28        4.18        9.35
4239
4793
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2992.3336
4244
4798
        -0.001167    0.579065   -0.000341
4245
4799
        -0.000764   -0.000341    0.579363
4246
4800
 
4247
 
siesta: Pressure (static):       -926.81822957  kBar
 
4801
siesta: Pressure (static):       -926.81820714  kBar
4248
4802
 
4249
4803
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4250
4804
         0.570538    0.008915    0.005836
4251
4805
         0.008915    0.554585    0.002609
4252
4806
         0.005836    0.002609    0.552307
4253
4807
 
4254
 
siesta: Pressure (total):       -895.85555642  kBar
 
4808
siesta: Pressure (total):       -895.85553566  kBar
4255
4809
 
4256
4810
siesta: E_kin PR =   37326.035 K
4257
4811
 
4284
4838
 Folding of H and S is implicitly performed
4285
4839
<dSpData1D:S at geom step 34
4286
4840
  <sparsity:sparsity for geom step 34
4287
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4288
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
4841
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
4842
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4289
4843
refcount: 1>
4290
 
New_DM. Step:    34
 
4844
new_DM -- step:    34
4291
4845
Initializing Density Matrix...
4292
 
DM after filling with atomic data:
4293
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
4846
DM filled with atomic data:
 
4847
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4294
4848
  <sparsity:sparsity for geom step 34
4295
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4296
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
4849
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
4850
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4297
4851
refcount: 1>
 
4852
 
4298
4853
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.79090171
 
4854
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4299
4855
New grid distribution:   1
4300
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4301
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4302
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4303
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4856
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
4857
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
4858
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
4859
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
4860
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
4861
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
4862
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
4863
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4304
4864
 
4305
4865
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4306
4866
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4307
4867
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.432 Ry
4308
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
4868
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4309
4869
New grid distribution:   2
4310
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4311
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4312
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4313
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4870
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4871
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4872
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4873
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4874
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4875
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4876
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4877
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4314
4878
New grid distribution:   3
4315
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4316
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4317
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4318
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4879
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
4880
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
4881
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
4882
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
4883
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
4884
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
4885
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
4886
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4319
4887
Setting up quadratic distribution...
4320
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4321
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
4322
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10605
4323
 
 
4324
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.944549
4325
 
 
4326
 
 
4327
 
siesta: Eharris(eV) =   -2969.944549
4328
 
 
 
4888
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
4889
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
4890
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5147
 
4891
 
 
4892
siesta: Eharris(eV) =   -2969.944550
 
4893
 
 
4894
 
 
4895
siesta: Eharris(eV) =   -2969.944550
 
4896
 
 
4897
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
4898
Geom step, scf iteration, dmax:  34  1    1.808208
4329
4899
 
4330
4900
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
4901
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4331
4902
 
4332
4903
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
4333
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
 
4904
     1   -0.000000   -0.000000    0.000000
4334
4905
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
4335
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
4336
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4337
 
     5   -0.234366    0.524189   -0.000000
4338
 
     6   -0.000000   -0.314487    0.480416
4339
 
     7    0.234366   -0.209702   -0.480416
4340
 
     8    0.234366   -0.524189   -0.000000
4341
 
     9   -0.000000    0.314487   -0.480416
4342
 
    10   -0.234366    0.209702    0.480416
 
4906
     3   -0.000000   -0.000001    0.000001
 
4907
     4    0.000000    0.000001   -0.000001
 
4908
     5   -0.234365    0.524189    0.000000
 
4909
     6   -0.000000   -0.314486    0.480416
 
4910
     7    0.234364   -0.209701   -0.480416
 
4911
     8    0.234365   -0.524189   -0.000000
 
4912
     9    0.000000    0.314486   -0.480416
 
4913
    10   -0.234364    0.209701    0.480416
4343
4914
----------------------------------------
4344
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
4915
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
4345
4916
----------------------------------------
4346
4917
   Max    0.524189
4347
4918
   Res    0.256788    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4357
4928
        -0.004251    0.591775   -0.001244
4358
4929
        -0.002783   -0.001244    0.592861
4359
4930
 
4360
 
siesta: Pressure (static):       -944.65572977  kBar
 
4931
siesta: Pressure (static):       -944.65576305  kBar
4361
4932
 
4362
4933
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4363
4934
         0.577718    0.005848    0.003828
4364
 
         0.005848    0.567253    0.001712
 
4935
         0.005848    0.567253    0.001711
4365
4936
         0.003828    0.001712    0.565759
4366
4937
 
4367
 
siesta: Pressure (total):       -913.64005738  kBar
 
4938
siesta: Pressure (total):       -913.64009243  kBar
4368
4939
 
4369
4940
siesta: E_kin PR =   40518.605 K
4370
4941
 
4397
4968
 Folding of H and S is implicitly performed
4398
4969
<dSpData1D:S at geom step 35
4399
4970
  <sparsity:sparsity for geom step 35
4400
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4401
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
4971
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
4972
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4402
4973
refcount: 1>
4403
 
New_DM. Step:    35
 
4974
new_DM -- step:    35
4404
4975
Initializing Density Matrix...
4405
 
DM after filling with atomic data:
4406
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
4976
DM filled with atomic data:
 
4977
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4407
4978
  <sparsity:sparsity for geom step 35
4408
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4409
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
4979
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
4980
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4410
4981
refcount: 1>
 
4982
 
4411
4983
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.80654555
 
4984
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4412
4985
New grid distribution:   1
4413
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4414
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4415
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4416
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
4986
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
4987
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
4988
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
4989
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
4990
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
4991
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
4992
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
4993
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4417
4994
 
4418
4995
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4419
4996
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4420
4997
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.490 Ry
4421
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
4998
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4422
4999
New grid distribution:   2
4423
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4424
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4425
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4426
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5000
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5001
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5002
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5003
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5004
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5005
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5006
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5007
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4427
5008
New grid distribution:   3
4428
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4429
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4430
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4431
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5009
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5010
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5011
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5012
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5013
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5014
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5015
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5016
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4432
5017
Setting up quadratic distribution...
4433
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4434
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
4435
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10668
4436
 
 
4437
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.021453
4438
 
 
4439
 
 
4440
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.021453
4441
 
 
 
5018
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
5019
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
5020
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5180
 
5021
 
 
5022
siesta: Eharris(eV) =   -2970.021450
 
5023
 
 
5024
 
 
5025
siesta: Eharris(eV) =   -2970.021450
 
5026
 
 
5027
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
5028
Geom step, scf iteration, dmax:  35  1    1.809743
4442
5029
 
4443
5030
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
5031
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4444
5032
 
4445
5033
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
4446
5034
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
4447
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
4448
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5035
     2    0.000000   -0.000000    0.000000
 
5036
     3    0.000000    0.000000    0.000000
4449
5037
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4450
 
     5   -0.256128    0.572863   -0.000000
4451
 
     6   -0.000000   -0.343689    0.525025
4452
 
     7    0.256128   -0.229174   -0.525025
4453
 
     8    0.256128   -0.572863   -0.000000
4454
 
     9   -0.000000    0.343689   -0.525025
4455
 
    10   -0.256128    0.229174    0.525025
 
5038
     5   -0.256128    0.572864    0.000000
 
5039
     6   -0.000001   -0.343690    0.525025
 
5040
     7    0.256128   -0.229174   -0.525026
 
5041
     8    0.256128   -0.572864   -0.000000
 
5042
     9    0.000001    0.343690   -0.525025
 
5043
    10   -0.256128    0.229174    0.525026
4456
5044
----------------------------------------
4457
5045
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4458
5046
----------------------------------------
4459
 
   Max    0.572863
 
5047
   Max    0.572864
4460
5048
   Res    0.280633    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4461
5049
----------------------------------------
4462
 
   Max    0.572863    constrained
 
5050
   Max    0.572864    constrained
4463
5051
 
4464
5052
Stress-tensor-Voigt (kbar):      935.53      922.87      921.06        7.07        2.07        4.63
4465
5053
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2992.8760
4466
5054
Target enthalpy (eV/cell)    -2937.8845
4467
5055
 
4468
5056
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
4469
 
         0.590359   -0.005692   -0.003726
 
5057
         0.590358   -0.005692   -0.003726
4470
5058
        -0.005692    0.600545   -0.001666
4471
5059
        -0.003726   -0.001666    0.602000
4472
5060
 
4473
 
siesta: Pressure (static):       -957.52641833  kBar
 
5061
siesta: Pressure (static):       -957.52638408  kBar
4474
5062
 
4475
5063
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4476
5064
         0.583903    0.004415    0.002890
4477
5065
         0.004415    0.576002    0.001292
4478
5066
         0.002890    0.001292    0.574873
4479
5067
 
4480
 
siesta: Pressure (total):       -926.48355654  kBar
 
5068
siesta: Pressure (total):       -926.48352393  kBar
4481
5069
 
4482
5070
siesta: E_kin PR =   43893.767 K
4483
5071
 
4510
5098
 Folding of H and S is implicitly performed
4511
5099
<dSpData1D:S at geom step 36
4512
5100
  <sparsity:sparsity for geom step 36
4513
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4514
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
5101
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
5102
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4515
5103
refcount: 1>
4516
 
New_DM. Step:    36
 
5104
new_DM -- step:    36
4517
5105
Initializing Density Matrix...
4518
 
DM after filling with atomic data:
4519
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
5106
DM filled with atomic data:
 
5107
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4520
5108
  <sparsity:sparsity for geom step 36
4521
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4522
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
5109
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
5110
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4523
5111
refcount: 1>
 
5112
 
4524
5113
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.82308667
 
5114
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4525
5115
New grid distribution:   1
4526
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4527
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4528
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4529
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5116
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
5117
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
5118
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
5119
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
5120
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
5121
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
5122
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
5123
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4530
5124
 
4531
5125
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4532
5126
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4533
5127
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.551 Ry
4534
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
5128
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4535
5129
New grid distribution:   2
4536
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4537
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4538
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4539
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5130
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5131
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5132
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5133
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5134
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5135
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5136
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5137
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4540
5138
New grid distribution:   3
4541
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4542
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4543
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4544
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5139
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5140
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5141
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5142
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5143
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5144
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5145
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5146
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4545
5147
Setting up quadratic distribution...
4546
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4547
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
4548
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10735
4549
 
 
4550
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.101652
4551
 
 
4552
 
 
4553
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.101652
4554
 
 
 
5148
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
5149
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
5150
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5211
 
5151
 
 
5152
siesta: Eharris(eV) =   -2970.101651
 
5153
 
 
5154
 
 
5155
siesta: Eharris(eV) =   -2970.101651
 
5156
 
 
5157
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
5158
Geom step, scf iteration, dmax:  36  1    1.811385
4555
5159
 
4556
5160
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
5161
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4557
5162
 
4558
5163
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
4559
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
4560
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
4561
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
4562
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4563
 
     5   -0.267947    0.599298   -0.000000
4564
 
     6   -0.000000   -0.359549    0.549253
4565
 
     7    0.267947   -0.239749   -0.549253
4566
 
     8    0.267947   -0.599298   -0.000000
4567
 
     9   -0.000000    0.359549   -0.549253
4568
 
    10   -0.267947    0.239749    0.549253
4569
 
----------------------------------------
4570
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4571
 
----------------------------------------
4572
 
   Max    0.599298
4573
 
   Res    0.293583    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4574
 
----------------------------------------
4575
 
   Max    0.599298    constrained
 
5164
     1   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5165
     2   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
5166
     3   -0.000001    0.000000   -0.000000
 
5167
     4    0.000001   -0.000000    0.000000
 
5168
     5   -0.267947    0.599297    0.000001
 
5169
     6   -0.000001   -0.359548    0.549252
 
5170
     7    0.267947   -0.239749   -0.549252
 
5171
     8    0.267947   -0.599297   -0.000001
 
5172
     9    0.000001    0.359548   -0.549252
 
5173
    10   -0.267947    0.239749    0.549252
 
5174
----------------------------------------
 
5175
   Tot    0.000000    0.000000   -0.000000
 
5176
----------------------------------------
 
5177
   Max    0.599297
 
5178
   Res    0.293582    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
5179
----------------------------------------
 
5180
   Max    0.599297    constrained
4576
5181
 
4577
5182
Stress-tensor-Voigt (kbar):      947.76      937.99      936.59        5.46        1.60        3.57
4578
5183
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2993.0400
4583
5188
        -0.006706    0.609999   -0.001963
4584
5189
        -0.004390   -0.001963    0.611713
4585
5190
 
4586
 
siesta: Pressure (static):       -971.84313557  kBar
 
5191
siesta: Pressure (static):       -971.84307784  kBar
4587
5192
 
4588
5193
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4589
5194
         0.591539    0.003408    0.002231
4590
5195
         0.003408    0.585440    0.000997
4591
5196
         0.002231    0.000997    0.584570
4592
5197
 
4593
 
siesta: Pressure (total):       -940.78126146  kBar
 
5198
siesta: Pressure (total):       -940.78120534  kBar
4594
5199
 
4595
5200
siesta: E_kin PR =   47446.456 K
4596
5201
 
4606
5211
    0.25000000    0.25000000    0.25000000   2       3  C
4607
5212
   -0.25000000   -0.25000000   -0.25000000   2       4  C
4608
5213
    0.56632375   -0.06632375    0.25000000   3       5  O
4609
 
    0.25000000    0.56632375   -0.06632375   3       6  O
 
5214
    0.25000000    0.56632376   -0.06632375   3       6  O
4610
5215
   -0.06632375    0.25000000    0.56632375   3       7  O
4611
5216
   -0.56632375    0.06632375   -0.25000000   3       8  O
4612
 
   -0.25000000   -0.56632375    0.06632375   3       9  O
 
5217
   -0.25000000   -0.56632376    0.06632375   3       9  O
4613
5218
    0.06632375   -0.25000000   -0.56632375   3      10  O
4614
5219
 
4615
5220
outcell: Unit cell vectors (Ang):
4623
5228
 Folding of H and S is implicitly performed
4624
5229
<dSpData1D:S at geom step 37
4625
5230
  <sparsity:sparsity for geom step 37
4626
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4627
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
5231
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
5232
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4628
5233
refcount: 1>
4629
 
New_DM. Step:    37
 
5234
new_DM -- step:    37
4630
5235
Initializing Density Matrix...
4631
 
DM after filling with atomic data:
4632
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
5236
DM filled with atomic data:
 
5237
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4633
5238
  <sparsity:sparsity for geom step 37
4634
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4635
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
5239
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
5240
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4636
5241
refcount: 1>
 
5242
 
4637
5243
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.84056646
 
5244
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4638
5245
New grid distribution:   1
4639
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4640
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4641
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4642
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5246
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
5247
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
5248
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
5249
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
5250
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
5251
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
5252
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
5253
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4643
5254
 
4644
5255
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4645
5256
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4646
5257
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.614 Ry
4647
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
5258
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4648
5259
New grid distribution:   2
4649
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4650
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4651
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4652
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5260
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5261
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5262
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5263
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5264
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5265
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5266
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5267
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4653
5268
New grid distribution:   3
4654
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4655
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4656
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4657
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5269
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5270
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5271
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5272
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5273
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5274
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5275
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5276
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4658
5277
Setting up quadratic distribution...
4659
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4660
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
4661
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10833
4662
 
 
4663
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.186321
4664
 
 
4665
 
 
4666
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.186321
4667
 
 
 
5278
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
5279
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
5280
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5252
 
5281
 
 
5282
siesta: Eharris(eV) =   -2970.186321
 
5283
 
 
5284
 
 
5285
siesta: Eharris(eV) =   -2970.186321
 
5286
 
 
5287
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
5288
Geom step, scf iteration, dmax:  37  1    1.813110
4668
5289
 
4669
5290
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
5291
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4670
5292
 
4671
5293
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
4672
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
4673
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
4674
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
4675
 
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4676
 
     5   -0.282595    0.632060   -0.000000
4677
 
     6   -0.000000   -0.379205    0.579279
4678
 
     7    0.282595   -0.252856   -0.579279
4679
 
     8    0.282595   -0.632060   -0.000000
4680
 
     9   -0.000000    0.379205   -0.579279
4681
 
    10   -0.282595    0.252856    0.579279
4682
 
----------------------------------------
4683
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
4684
 
----------------------------------------
4685
 
   Max    0.632060
 
5294
     1   -0.000000    0.000000    0.000000
 
5295
     2   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5296
     3    0.000001   -0.000000   -0.000000
 
5297
     4   -0.000001    0.000000    0.000000
 
5298
     5   -0.282596    0.632061   -0.000001
 
5299
     6    0.000000   -0.379204    0.579279
 
5300
     7    0.282595   -0.252856   -0.579280
 
5301
     8    0.282596   -0.632061    0.000001
 
5302
     9   -0.000000    0.379204   -0.579279
 
5303
    10   -0.282595    0.252856    0.579280
 
5304
----------------------------------------
 
5305
   Tot    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5306
----------------------------------------
 
5307
   Max    0.632061
4686
5308
   Res    0.309632    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4687
5309
----------------------------------------
4688
 
   Max    0.632060    constrained
 
5310
   Max    0.632061    constrained
4689
5311
 
4690
5312
Stress-tensor-Voigt (kbar):      959.27      955.29      954.72        2.22        0.65        1.45
4691
5313
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2993.2423
4696
5318
        -0.008731    0.620807   -0.002555
4697
5319
        -0.005716   -0.002555    0.623038
4698
5320
 
4699
 
siesta: Pressure (static):       -987.50038848  kBar
 
5321
siesta: Pressure (static):       -987.50033074  kBar
4700
5322
 
4701
5323
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4702
5324
         0.598720    0.001386    0.000908
4703
5325
         0.001386    0.596239    0.000406
4704
5326
         0.000908    0.000406    0.595885
4705
5327
 
4706
 
siesta: Pressure (total):       -956.42693548  kBar
 
5328
siesta: Pressure (total):       -956.42687926  kBar
4707
5329
 
4708
5330
siesta: E_kin PR =   51187.061 K
4709
5331
 
4736
5358
 Folding of H and S is implicitly performed
4737
5359
<dSpData1D:S at geom step 38
4738
5360
  <sparsity:sparsity for geom step 38
4739
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4740
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
5361
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
5362
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4741
5363
refcount: 1>
4742
 
New_DM. Step:    38
 
5364
new_DM -- step:    38
4743
5365
Initializing Density Matrix...
4744
 
DM after filling with atomic data:
4745
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
5366
DM filled with atomic data:
 
5367
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4746
5368
  <sparsity:sparsity for geom step 38
4747
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4748
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
5369
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
5370
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4749
5371
refcount: 1>
 
5372
 
4750
5373
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.85903053
 
5374
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4751
5375
New grid distribution:   1
4752
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4753
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4754
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4755
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5376
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
5377
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
5378
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
5379
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
5380
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
5381
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
5382
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
5383
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4756
5384
 
4757
5385
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4758
5386
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4759
5387
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.678 Ry
4760
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
5388
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4761
5389
New grid distribution:   2
4762
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4763
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4764
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4765
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5390
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5391
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5392
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5393
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5394
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5395
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5396
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5397
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4766
5398
New grid distribution:   3
4767
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4768
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4769
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4770
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5399
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5400
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5401
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5402
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5403
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5404
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5405
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5406
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4771
5407
Setting up quadratic distribution...
4772
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4773
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
4774
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10909
4775
 
 
4776
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.272687
4777
 
 
4778
 
 
4779
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.272687
4780
 
 
 
5408
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
5409
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
5410
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5301
 
5411
 
 
5412
siesta: Eharris(eV) =   -2970.272685
 
5413
 
 
5414
 
 
5415
siesta: Eharris(eV) =   -2970.272685
 
5416
 
 
5417
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
5418
Geom step, scf iteration, dmax:  38  1    1.814940
4781
5419
 
4782
5420
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
5421
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4783
5422
 
4784
5423
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
4785
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
4786
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
4787
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
4788
 
     4    0.000000   -0.000000   -0.000000
4789
 
     5   -0.309008    0.691135   -0.000000
4790
 
     6   -0.000000   -0.414647    0.633421
 
5424
     1   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5425
     2   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
5426
     3    0.000001   -0.000001    0.000000
 
5427
     4   -0.000001    0.000001   -0.000000
 
5428
     5   -0.309009    0.691135    0.000000
 
5429
     6   -0.000001   -0.414646    0.633421
4791
5430
     7    0.309008   -0.276489   -0.633421
4792
 
     8    0.309008   -0.691135   -0.000000
4793
 
     9   -0.000000    0.414647   -0.633421
 
5431
     8    0.309009   -0.691135   -0.000000
 
5432
     9    0.000001    0.414646   -0.633421
4794
5433
    10   -0.309008    0.276489    0.633421
4795
5434
----------------------------------------
4796
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5435
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
4797
5436
----------------------------------------
4798
5437
   Max    0.691135
4799
5438
   Res    0.338572    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4809
5448
        -0.008328    0.624594   -0.002437
4810
5449
        -0.005451   -0.002437    0.626722
4811
5450
 
4812
 
siesta: Pressure (static):       -993.89884207  kBar
 
5451
siesta: Pressure (static):       -993.89886612  kBar
4813
5452
 
4814
5453
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4815
5454
         0.603228    0.001793    0.001174
4816
5455
         0.001793    0.600020    0.000525
4817
5456
         0.001174    0.000525    0.599562
4818
5457
 
4819
 
siesta: Pressure (total):       -962.81680412  kBar
 
5458
siesta: Pressure (total):       -962.81682958  kBar
4820
5459
 
4821
5460
siesta: E_kin PR =   55102.303 K
4822
5461
 
4849
5488
 Folding of H and S is implicitly performed
4850
5489
<dSpData1D:S at geom step 39
4851
5490
  <sparsity:sparsity for geom step 39
4852
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4853
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
5491
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
5492
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4854
5493
refcount: 1>
4855
 
New_DM. Step:    39
 
5494
new_DM -- step:    39
4856
5495
Initializing Density Matrix...
4857
 
DM after filling with atomic data:
4858
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
5496
DM filled with atomic data:
 
5497
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4859
5498
  <sparsity:sparsity for geom step 39
4860
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4861
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
5499
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
5500
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4862
5501
refcount: 1>
 
5502
 
4863
5503
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.87851805
 
5504
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4864
5505
New grid distribution:   1
4865
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4866
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4867
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4868
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5506
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
5507
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
5508
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
5509
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
5510
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
5511
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
5512
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
5513
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4869
5514
 
4870
5515
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4871
5516
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4872
5517
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.745 Ry
4873
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
5518
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4874
5519
New grid distribution:   2
4875
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4876
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4877
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4878
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5520
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5521
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5522
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5523
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5524
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5525
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5526
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5527
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4879
5528
New grid distribution:   3
4880
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4881
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4882
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4883
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5529
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5530
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5531
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5532
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5533
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5534
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5535
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5536
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4884
5537
Setting up quadratic distribution...
4885
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4886
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
4887
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                10951
4888
 
 
4889
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.359177
4890
 
 
4891
 
 
4892
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.359177
4893
 
 
 
5538
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
5539
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
5540
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5331
 
5541
 
 
5542
siesta: Eharris(eV) =   -2970.359177
 
5543
 
 
5544
 
 
5545
siesta: Eharris(eV) =   -2970.359177
 
5546
 
 
5547
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
5548
Geom step, scf iteration, dmax:  39  1    1.816910
4894
5549
 
4895
5550
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
5551
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4896
5552
 
4897
5553
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
4898
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
4899
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
4900
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
4901
 
     4    0.000000   -0.000000   -0.000000
4902
 
     5   -0.344531    0.770587   -0.000000
4903
 
     6   -0.000000   -0.462314    0.706238
4904
 
     7    0.344531   -0.308273   -0.706238
 
5554
     1   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
5555
     2   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
5556
     3    0.000000    0.000000    0.000000
 
5557
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5558
     5   -0.344531    0.770587    0.000000
 
5559
     6    0.000001   -0.462314    0.706237
 
5560
     7    0.344531   -0.308274   -0.706238
4905
5561
     8    0.344531   -0.770587   -0.000000
4906
 
     9   -0.000000    0.462314   -0.706238
4907
 
    10   -0.344531    0.308273    0.706238
 
5562
     9   -0.000001    0.462314   -0.706237
 
5563
    10   -0.344531    0.308274    0.706238
4908
5564
----------------------------------------
4909
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5565
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
4910
5566
----------------------------------------
4911
5567
   Max    0.770587
4912
5568
   Res    0.377493    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
4922
5578
        -0.010033    0.633319   -0.002936
4923
5579
        -0.006568   -0.002936    0.635882
4924
5580
 
4925
 
siesta: Pressure (static):      -1006.47965206  kBar
 
5581
siesta: Pressure (static):      -1006.47970685  kBar
4926
5582
 
4927
5583
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
4928
5584
         0.608901    0.000086    0.000057
4929
5585
         0.000086    0.608747    0.000025
4930
5586
         0.000057    0.000025    0.608725
4931
5587
 
4932
 
siesta: Pressure (total):       -975.40093188  kBar
 
5588
siesta: Pressure (total):       -975.40098818  kBar
4933
5589
 
4934
5590
siesta: E_kin PR =   59188.192 K
4935
5591
 
4944
5600
    0.50000000    0.50000000    0.50000000   1       2  Mg
4945
5601
    0.25000000    0.25000000    0.25000000   2       3  C
4946
5602
   -0.25000000   -0.25000000   -0.25000000   2       4  C
4947
 
    0.57083240   -0.07083240    0.25000000   3       5  O
 
5603
    0.57083240   -0.07083239    0.25000000   3       5  O
4948
5604
    0.25000000    0.57083240   -0.07083240   3       6  O
4949
5605
   -0.07083240    0.25000000    0.57083240   3       7  O
4950
 
   -0.57083240    0.07083240   -0.25000000   3       8  O
 
5606
   -0.57083240    0.07083239   -0.25000000   3       8  O
4951
5607
   -0.25000000   -0.57083240    0.07083240   3       9  O
4952
5608
    0.07083240   -0.25000000   -0.57083240   3      10  O
4953
5609
 
4962
5618
 Folding of H and S is implicitly performed
4963
5619
<dSpData1D:S at geom step 40
4964
5620
  <sparsity:sparsity for geom step 40
4965
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
4966
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
5621
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
5622
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
4967
5623
refcount: 1>
4968
 
New_DM. Step:    40
 
5624
new_DM -- step:    40
4969
5625
Initializing Density Matrix...
4970
 
DM after filling with atomic data:
4971
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
5626
DM filled with atomic data:
 
5627
<dSpData2D:DM initialized from atoms
4972
5628
  <sparsity:sparsity for geom step 40
4973
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
4974
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
5629
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
5630
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
4975
5631
refcount: 1>
 
5632
 
4976
5633
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.89907685
 
5634
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
4977
5635
New grid distribution:   1
4978
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4979
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4980
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4981
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5636
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
5637
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
5638
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
5639
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
5640
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
5641
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
5642
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
5643
           8       1:   12    7:   12   10:   12
4982
5644
 
4983
5645
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
4984
5646
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
4985
5647
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.813 Ry
4986
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
5648
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
4987
5649
New grid distribution:   2
4988
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4989
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4990
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4991
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5650
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5651
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5652
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5653
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5654
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5655
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5656
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5657
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4992
5658
New grid distribution:   3
4993
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
4994
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
4995
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
4996
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5659
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5660
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5661
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5662
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5663
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5664
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5665
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5666
           8       1:    6    7:   12    1:    6
4997
5667
Setting up quadratic distribution...
4998
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
4999
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5000
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11014
5001
 
 
5002
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.445862
5003
 
 
5004
 
 
5005
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.445862
5006
 
 
 
5668
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
5669
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
5670
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5358
 
5671
 
 
5672
siesta: Eharris(eV) =   -2970.445863
 
5673
 
 
5674
 
 
5675
siesta: Eharris(eV) =   -2970.445863
 
5676
 
 
5677
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
5678
Geom step, scf iteration, dmax:  40  1    1.818983
5007
5679
 
5008
5680
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
5681
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
5009
5682
 
5010
5683
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5011
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
 
5684
     1   -0.000000    0.000000   -0.000000
5012
5685
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
5013
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
5014
 
     4    0.000000   -0.000000   -0.000000
5015
 
     5   -0.387952    0.867705   -0.000000
5016
 
     6   -0.000000   -0.520580    0.795246
 
5686
     3   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
5687
     4    0.000000   -0.000000    0.000000
 
5688
     5   -0.387952    0.867705   -0.000001
 
5689
     6   -0.000001   -0.520579    0.795246
5017
5690
     7    0.387952   -0.347125   -0.795246
5018
 
     8    0.387952   -0.867705   -0.000000
5019
 
     9   -0.000000    0.520580   -0.795246
 
5691
     8    0.387952   -0.867705    0.000001
 
5692
     9    0.000001    0.520579   -0.795246
5020
5693
    10   -0.387952    0.347125    0.795246
5021
5694
----------------------------------------
5022
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5695
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
5023
5696
----------------------------------------
5024
5697
   Max    0.867705
5025
5698
   Res    0.425069    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5035
5708
        -0.010056    0.638196   -0.002943
5036
5709
        -0.006583   -0.002943    0.640766
5037
5710
 
5038
 
siesta: Pressure (static):      -1014.27595912  kBar
 
5711
siesta: Pressure (static):      -1014.27596406  kBar
5039
5712
 
5040
5713
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5041
5714
         0.613744    0.000054    0.000036
5042
5715
         0.000054    0.613647    0.000016
5043
5716
         0.000036    0.000016    0.613633
5044
5717
 
5045
 
siesta: Pressure (total):       -983.22542515  kBar
5046
 
 
5047
 
siesta: E_kin PR =   63450.672 K
5048
 
 
5049
 
siesta: Temp_ion =    2090.748 K
 
5718
siesta: Pressure (total):       -983.22543168  kBar
 
5719
 
 
5720
siesta: E_kin PR =   63450.671 K
 
5721
 
 
5722
siesta: Temp_ion =    2090.747 K
5050
5723
 
5051
5724
                     ====================================
5052
5725
                        Begin MD step =     41
5075
5748
 Folding of H and S is implicitly performed
5076
5749
<dSpData1D:S at geom step 41
5077
5750
  <sparsity:sparsity for geom step 41
5078
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5079
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
5751
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
5752
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5080
5753
refcount: 1>
5081
 
New_DM. Step:    41
 
5754
new_DM -- step:    41
5082
5755
Initializing Density Matrix...
5083
 
DM after filling with atomic data:
5084
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
5756
DM filled with atomic data:
 
5757
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5085
5758
  <sparsity:sparsity for geom step 41
5086
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5087
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
5759
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
5760
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5088
5761
refcount: 1>
 
5762
 
5089
5763
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.92075217
 
5764
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
5090
5765
New grid distribution:   1
5091
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5092
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5093
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5094
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5766
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
5767
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
5768
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
5769
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
5770
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
5771
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
5772
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
5773
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5095
5774
 
5096
5775
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
5097
5776
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
5098
5777
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.883 Ry
5099
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
5778
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
5100
5779
New grid distribution:   2
5101
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5102
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5103
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5104
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5780
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5781
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5782
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5783
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5784
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5785
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5786
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5787
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5105
5788
New grid distribution:   3
5106
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5107
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5108
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5109
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5789
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5790
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5791
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5792
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5793
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5794
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5795
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5796
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5110
5797
Setting up quadratic distribution...
5111
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
5112
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5113
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11066
5114
 
 
5115
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.533301
5116
 
 
5117
 
 
5118
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.533301
5119
 
 
 
5798
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
5799
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
5800
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5386
 
5801
 
 
5802
siesta: Eharris(eV) =   -2970.533301
 
5803
 
 
5804
 
 
5805
siesta: Eharris(eV) =   -2970.533301
 
5806
 
 
5807
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
5808
Geom step, scf iteration, dmax:  41  1    1.821157
5120
5809
 
5121
5810
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
5811
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      85
5122
5812
 
5123
5813
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5124
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
5125
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
5126
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
5127
 
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
5128
 
     5   -0.420637    0.940809   -0.000000
5129
 
     6   -0.000000   -0.564439    0.862245
5130
 
     7    0.420637   -0.376371   -0.862245
5131
 
     8    0.420637   -0.940809   -0.000000
5132
 
     9   -0.000000    0.564439   -0.862245
5133
 
    10   -0.420637    0.376371    0.862245
 
5814
     1    0.000000    0.000000    0.000000
 
5815
     2    0.000000   -0.000000    0.000000
 
5816
     3    0.000001   -0.000000    0.000000
 
5817
     4   -0.000001    0.000000   -0.000000
 
5818
     5   -0.420638    0.940809   -0.000000
 
5819
     6   -0.000000   -0.564438    0.862246
 
5820
     7    0.420637   -0.376370   -0.862246
 
5821
     8    0.420638   -0.940809    0.000000
 
5822
     9    0.000000    0.564438   -0.862246
 
5823
    10   -0.420637    0.376370    0.862246
5134
5824
----------------------------------------
5135
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
5825
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
5136
5826
----------------------------------------
5137
5827
   Max    0.940809
5138
5828
   Res    0.460881    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5148
5838
        -0.012495    0.649861   -0.003657
5149
5839
        -0.008179   -0.003657    0.653053
5150
5840
 
5151
 
siesta: Pressure (static):      -1030.96602382  kBar
 
5841
siesta: Pressure (static):      -1030.96605453  kBar
5152
5842
 
5153
5843
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5154
5844
         0.621057   -0.002406   -0.001575
5155
5845
        -0.002406    0.625361   -0.000704
5156
5846
        -0.001575   -0.000704    0.625976
5157
5847
 
5158
 
siesta: Pressure (total):       -999.97929952  kBar
 
5848
siesta: Pressure (total):       -999.97933179  kBar
5159
5849
 
5160
5850
siesta: E_kin PR =   67902.360 K
5161
5851
 
5188
5878
 Folding of H and S is implicitly performed
5189
5879
<dSpData1D:S at geom step 42
5190
5880
  <sparsity:sparsity for geom step 42
5191
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5192
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
5881
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
5882
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5193
5883
refcount: 1>
5194
 
New_DM. Step:    42
 
5884
new_DM -- step:    42
5195
5885
Initializing Density Matrix...
5196
 
DM after filling with atomic data:
5197
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
5886
DM filled with atomic data:
 
5887
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5198
5888
  <sparsity:sparsity for geom step 42
5199
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5200
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
5889
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
5890
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5201
5891
refcount: 1>
 
5892
 
5202
5893
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.94360035
 
5894
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5203
5895
New grid distribution:   1
5204
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5205
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5206
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5207
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5896
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
5897
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
5898
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
5899
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
5900
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
5901
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
5902
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
5903
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5208
5904
 
5209
5905
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
5210
5906
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
5211
5907
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    64.956 Ry
5212
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
5908
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
5213
5909
New grid distribution:   2
5214
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5215
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5216
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5217
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5910
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5911
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5912
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5913
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5914
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5915
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5916
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5917
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5218
5918
New grid distribution:   3
5219
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5220
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5221
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5222
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
5919
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
5920
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
5921
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
5922
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
5923
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
5924
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
5925
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
5926
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5223
5927
Setting up quadratic distribution...
5224
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
5225
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5226
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11119
5227
 
 
5228
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.622780
5229
 
 
5230
 
 
5231
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.622780
5232
 
 
 
5928
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
5929
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
5930
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5436
 
5931
 
 
5932
siesta: Eharris(eV) =   -2970.622779
 
5933
 
 
5934
 
 
5935
siesta: Eharris(eV) =   -2970.622779
 
5936
 
 
5937
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
5938
Geom step, scf iteration, dmax:  42  1    1.823434
5233
5939
 
5234
5940
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
5941
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5235
5942
 
5236
5943
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5237
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
 
5944
     1   -0.000000    0.000000    0.000000
5238
5945
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
5239
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
5240
 
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
5241
 
     5   -0.473087    1.058119   -0.000000
5242
 
     6   -0.000000   -0.634818    0.969759
5243
 
     7    0.473087   -0.423300   -0.969759
5244
 
     8    0.473087   -1.058119   -0.000000
5245
 
     9   -0.000000    0.634818   -0.969759
5246
 
    10   -0.473087    0.423300    0.969759
5247
 
----------------------------------------
5248
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
5249
 
----------------------------------------
5250
 
   Max    1.058119
5251
 
   Res    0.518349    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5252
 
----------------------------------------
5253
 
   Max    1.058119    constrained
 
5946
     3    0.000000    0.000001   -0.000000
 
5947
     4   -0.000000   -0.000001    0.000000
 
5948
     5   -0.473087    1.058117   -0.000000
 
5949
     6   -0.000000   -0.634818    0.969757
 
5950
     7    0.473087   -0.423301   -0.969758
 
5951
     8    0.473087   -1.058117    0.000000
 
5952
     9    0.000000    0.634818   -0.969757
 
5953
    10   -0.473087    0.423301    0.969758
 
5954
----------------------------------------
 
5955
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
 
5956
----------------------------------------
 
5957
   Max    1.058117
 
5958
   Res    0.518348    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
5959
----------------------------------------
 
5960
   Max    1.058117    constrained
5254
5961
 
5255
5962
Stress-tensor-Voigt (kbar):     1004.78     1017.35     1019.15       -7.02       -2.06       -4.60
5256
5963
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2992.6085
5261
5968
        -0.014442    0.659396   -0.004227
5262
5969
        -0.009454   -0.004227    0.663086
5263
5970
 
5264
 
siesta: Pressure (static):      -1044.64833288  kBar
 
5971
siesta: Pressure (static):      -1044.64829411  kBar
5265
5972
 
5266
5973
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5267
5974
         0.627129   -0.004384   -0.002870
5268
5975
        -0.004384    0.634974   -0.001283
5269
5976
        -0.002870   -0.001283    0.636094
5270
5977
 
5271
 
siesta: Pressure (total):      -1013.75954647  kBar
 
5978
siesta: Pressure (total):      -1013.75950917  kBar
5272
5979
 
5273
5980
siesta: E_kin PR =   72563.971 K
5274
5981
 
5301
6008
 Folding of H and S is implicitly performed
5302
6009
<dSpData1D:S at geom step 43
5303
6010
  <sparsity:sparsity for geom step 43
5304
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5305
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
6011
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
6012
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5306
6013
refcount: 1>
5307
 
New_DM. Step:    43
 
6014
new_DM -- step:    43
5308
6015
Initializing Density Matrix...
5309
 
DM after filling with atomic data:
5310
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
6016
DM filled with atomic data:
 
6017
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5311
6018
  <sparsity:sparsity for geom step 43
5312
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5313
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
6019
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
6020
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5314
6021
refcount: 1>
 
6022
 
5315
6023
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.96767783
 
6024
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5316
6025
New grid distribution:   1
5317
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5318
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5319
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5320
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6026
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
6027
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
6028
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
6029
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
6030
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
6031
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
6032
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
6033
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5321
6034
 
5322
6035
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
5323
6036
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
5324
6037
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    65.030 Ry
5325
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
6038
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
5326
6039
New grid distribution:   2
5327
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5328
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5329
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5330
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6040
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6041
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6042
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6043
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6044
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6045
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6046
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6047
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5331
6048
New grid distribution:   3
5332
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5333
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5334
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5335
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6049
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6050
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6051
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6052
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6053
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6054
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6055
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6056
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5336
6057
Setting up quadratic distribution...
5337
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
5338
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5339
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11205
5340
 
 
5341
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.708152
5342
 
 
5343
 
 
5344
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.708152
5345
 
 
 
6058
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
6059
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
6060
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5468
 
6061
 
 
6062
siesta: Eharris(eV) =   -2970.708148
 
6063
 
 
6064
 
 
6065
siesta: Eharris(eV) =   -2970.708148
 
6066
 
 
6067
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
6068
Geom step, scf iteration, dmax:  43  1    1.825817
5346
6069
 
5347
6070
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
6071
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5348
6072
 
5349
6073
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5350
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
5351
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
5352
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
5353
 
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
5354
 
     5   -0.556469    1.244613   -0.000000
5355
 
     6   -0.000000   -0.746705    1.140679
5356
 
     7    0.556469   -0.497907   -1.140679
5357
 
     8    0.556469   -1.244613   -0.000000
5358
 
     9   -0.000000    0.746705   -1.140679
5359
 
    10   -0.556469    0.497907    1.140679
5360
 
----------------------------------------
5361
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
5362
 
----------------------------------------
5363
 
   Max    1.244613
 
6074
     1   -0.000000    0.000000    0.000000
 
6075
     2   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
6076
     3   -0.000001   -0.000000    0.000000
 
6077
     4    0.000001    0.000000   -0.000000
 
6078
     5   -0.556469    1.244614   -0.000000
 
6079
     6   -0.000001   -0.746706    1.140679
 
6080
     7    0.556469   -0.497908   -1.140680
 
6081
     8    0.556469   -1.244614    0.000000
 
6082
     9    0.000001    0.746706   -1.140679
 
6083
    10   -0.556469    0.497908    1.140680
 
6084
----------------------------------------
 
6085
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
 
6086
----------------------------------------
 
6087
   Max    1.244614
5364
6088
   Res    0.609708    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5365
6089
----------------------------------------
5366
 
   Max    1.244613    constrained
 
6090
   Max    1.244614    constrained
5367
6091
 
5368
6092
Stress-tensor-Voigt (kbar):     1011.94     1023.62     1025.28       -6.52       -1.91       -4.27
5369
6093
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2992.1260
5374
6098
        -0.014084    0.663197   -0.004122
5375
6099
        -0.009220   -0.004122    0.666796
5376
6100
 
5377
 
siesta: Pressure (static):      -1051.03155207  kBar
 
6101
siesta: Pressure (static):      -1051.03145555  kBar
5378
6102
 
5379
6103
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5380
6104
         0.631598   -0.004072   -0.002666
5381
6105
        -0.004072    0.638884   -0.001192
5382
6106
        -0.002666   -0.001192    0.639925
5383
6107
 
5384
 
siesta: Pressure (total):      -1020.28068593  kBar
 
6108
siesta: Pressure (total):      -1020.28059059  kBar
5385
6109
 
5386
6110
siesta: E_kin PR =   77410.619 K
5387
6111
 
5414
6138
 Folding of H and S is implicitly performed
5415
6139
<dSpData1D:S at geom step 44
5416
6140
  <sparsity:sparsity for geom step 44
5417
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5418
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
6141
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
6142
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5419
6143
refcount: 1>
5420
 
New_DM. Step:    44
 
6144
new_DM -- step:    44
5421
6145
Initializing Density Matrix...
5422
 
DM after filling with atomic data:
5423
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
6146
DM filled with atomic data:
 
6147
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5424
6148
  <sparsity:sparsity for geom step 44
5425
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5426
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
6149
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
6150
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5427
6151
refcount: 1>
 
6152
 
5428
6153
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         48.99303621
 
6154
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5429
6155
New grid distribution:   1
5430
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5431
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5432
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5433
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6156
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
6157
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
6158
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
6159
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
6160
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
6161
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
6162
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
6163
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5434
6164
 
5435
6165
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
5436
6166
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
5437
6167
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    65.106 Ry
5438
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
6168
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
5439
6169
New grid distribution:   2
5440
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5441
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5442
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5443
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6170
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6171
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6172
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6173
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6174
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6175
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6176
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6177
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5444
6178
New grid distribution:   3
5445
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5446
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5447
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5448
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6179
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6180
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6181
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6182
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6183
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6184
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6185
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6186
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5449
6187
Setting up quadratic distribution...
5450
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
5451
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5452
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11300
5453
 
 
5454
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.789167
5455
 
 
5456
 
 
5457
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.789167
5458
 
 
 
6188
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
6189
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
6190
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5518
 
6191
 
 
6192
siesta: Eharris(eV) =   -2970.789168
 
6193
 
 
6194
 
 
6195
siesta: Eharris(eV) =   -2970.789168
 
6196
 
 
6197
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
6198
Geom step, scf iteration, dmax:  44  1    1.828259
5459
6199
 
5460
6200
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
6201
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5461
6202
 
5462
6203
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5463
 
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
 
6204
     1   -0.000000    0.000000   -0.000000
5464
6205
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
5465
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
5466
 
     4    0.000000    0.000000    0.000000
5467
 
     5   -0.619094    1.384682   -0.000000
5468
 
     6   -0.000000   -0.830740    1.269052
5469
 
     7    0.619094   -0.553942   -1.269052
5470
 
     8    0.619094   -1.384682   -0.000000
5471
 
     9   -0.000000    0.830740   -1.269052
5472
 
    10   -0.619094    0.553942    1.269052
 
6206
     3   -0.000001   -0.000000    0.000000
 
6207
     4    0.000001    0.000000   -0.000000
 
6208
     5   -0.619095    1.384682   -0.000000
 
6209
     6    0.000001   -0.830740    1.269051
 
6210
     7    0.619094   -0.553941   -1.269053
 
6211
     8    0.619095   -1.384682    0.000000
 
6212
     9   -0.000001    0.830740   -1.269051
 
6213
    10   -0.619094    0.553941    1.269053
5473
6214
----------------------------------------
5474
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
6215
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
5475
6216
----------------------------------------
5476
6217
   Max    1.384682
5477
6218
   Res    0.678325    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5483
6224
Target enthalpy (eV/cell)    -2934.6946
5484
6225
 
5485
6226
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
5486
 
         0.644757   -0.015413   -0.010089
 
6227
         0.644756   -0.015413   -0.010089
5487
6228
        -0.015413    0.672338   -0.004511
5488
6229
        -0.010089   -0.004511    0.676276
5489
6230
 
5490
 
siesta: Pressure (static):      -1064.58877928  kBar
 
6231
siesta: Pressure (static):      -1064.58873805  kBar
5491
6232
 
5492
6233
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5493
6234
         0.638405   -0.005468   -0.003580
5494
6235
        -0.005468    0.648191   -0.001600
5495
6236
        -0.003580   -0.001600    0.649588
5496
6237
 
5497
 
siesta: Pressure (total):      -1034.04761951  kBar
 
6238
siesta: Pressure (total):      -1034.04757936  kBar
5498
6239
 
5499
 
siesta: E_kin PR =   82442.569 K
 
6240
siesta: E_kin PR =   82442.568 K
5500
6241
 
5501
6242
siesta: Temp_ion =    1983.493 K
5502
6243
 
5527
6268
 Folding of H and S is implicitly performed
5528
6269
<dSpData1D:S at geom step 45
5529
6270
  <sparsity:sparsity for geom step 45
5530
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5531
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
6271
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
6272
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5532
6273
refcount: 1>
5533
 
New_DM. Step:    45
 
6274
new_DM -- step:    45
5534
6275
Initializing Density Matrix...
5535
 
DM after filling with atomic data:
5536
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
6276
DM filled with atomic data:
 
6277
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5537
6278
  <sparsity:sparsity for geom step 45
5538
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5539
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
6279
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
6280
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5540
6281
refcount: 1>
 
6282
 
5541
6283
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         49.01973671
 
6284
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5542
6285
New grid distribution:   1
5543
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5544
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5545
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5546
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6286
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
6287
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
6288
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
6289
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
6290
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
6291
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
6292
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
6293
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5547
6294
 
5548
6295
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
5549
6296
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
5550
6297
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    65.184 Ry
5551
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
6298
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
5552
6299
New grid distribution:   2
5553
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5554
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5555
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5556
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6300
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6301
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6302
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6303
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6304
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6305
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6306
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6307
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5557
6308
New grid distribution:   3
5558
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5559
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5560
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5561
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6309
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6310
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6311
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6312
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6313
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6314
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6315
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6316
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5562
6317
Setting up quadratic distribution...
5563
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
5564
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5565
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11420
5566
 
 
5567
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.867119
5568
 
 
5569
 
 
5570
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.867119
5571
 
 
 
6318
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
6319
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
6320
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5572
 
6321
 
 
6322
siesta: Eharris(eV) =   -2970.867119
 
6323
 
 
6324
 
 
6325
siesta: Eharris(eV) =   -2970.867119
 
6326
 
 
6327
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
6328
Geom step, scf iteration, dmax:  45  1    1.830712
5572
6329
 
5573
6330
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
6331
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5574
6332
 
5575
6333
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5576
 
     1    0.000000    0.000000    0.000000
5577
 
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
5578
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
6334
     1    0.000000   -0.000000   -0.000000
 
6335
     2    0.000000   -0.000000    0.000000
 
6336
     3   -0.000000   -0.000000    0.000000
5579
6337
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
5580
 
     5   -0.671184    1.501189   -0.000000
5581
 
     6   -0.000000   -0.900638    1.375829
5582
 
     7    0.671184   -0.600551   -1.375829
5583
 
     8    0.671184   -1.501189   -0.000000
5584
 
     9   -0.000000    0.900638   -1.375829
5585
 
    10   -0.671184    0.600551    1.375829
5586
 
----------------------------------------
5587
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
5588
 
----------------------------------------
5589
 
   Max    1.501189
5590
 
   Res    0.735399    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5591
 
----------------------------------------
5592
 
   Max    1.501189    constrained
 
6338
     5   -0.671184    1.501188   -0.000001
 
6339
     6    0.000000   -0.900639    1.375829
 
6340
     7    0.671184   -0.600550   -1.375829
 
6341
     8    0.671184   -1.501188    0.000001
 
6342
     9   -0.000000    0.900639   -1.375829
 
6343
    10   -0.671184    0.600550    1.375829
 
6344
----------------------------------------
 
6345
   Tot    0.000000    0.000000   -0.000000
 
6346
----------------------------------------
 
6347
   Max    1.501188
 
6348
   Res    0.735398    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
 
6349
----------------------------------------
 
6350
   Max    1.501188    constrained
5593
6351
 
5594
6352
Stress-tensor-Voigt (kbar):     1031.18     1045.45     1047.49       -7.98       -2.33       -5.22
5595
6353
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2991.4655
5600
6358
        -0.014829    0.676431   -0.004340
5601
6359
        -0.009707   -0.004340    0.680220
5602
6360
 
5603
 
siesta: Pressure (static):      -1071.62483918  kBar
 
6361
siesta: Pressure (static):      -1071.62484894  kBar
5604
6362
 
5605
6363
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5606
6364
         0.643602   -0.004979   -0.003259
5607
6365
        -0.004979    0.652512   -0.001457
5608
6366
        -0.003259   -0.001457    0.653784
5609
6367
 
5610
 
siesta: Pressure (total):      -1041.37178738  kBar
 
6368
siesta: Pressure (total):      -1041.37179837  kBar
5611
6369
 
5612
 
siesta: E_kin PR =   87662.769 K
 
6370
siesta: E_kin PR =   87662.768 K
5613
6371
 
5614
6372
siesta: Temp_ion =    1945.433 K
5615
6373
 
5622
6380
    0.50000000    0.50000000    0.50000000   1       2  Mg
5623
6381
    0.25000000    0.25000000    0.25000000   2       3  C
5624
6382
   -0.25000000   -0.25000000   -0.25000000   2       4  C
5625
 
    0.57974821   -0.07974821    0.25000000   3       5  O
 
6383
    0.57974820   -0.07974820    0.25000000   3       5  O
5626
6384
    0.25000000    0.57974821   -0.07974821   3       6  O
5627
 
   -0.07974821    0.25000000    0.57974821   3       7  O
5628
 
   -0.57974821    0.07974821   -0.25000000   3       8  O
 
6385
   -0.07974820    0.25000000    0.57974820   3       7  O
 
6386
   -0.57974820    0.07974820   -0.25000000   3       8  O
5629
6387
   -0.25000000   -0.57974821    0.07974821   3       9  O
5630
 
    0.07974821   -0.25000000   -0.57974821   3      10  O
 
6388
    0.07974820   -0.25000000   -0.57974820   3      10  O
5631
6389
 
5632
6390
outcell: Unit cell vectors (Ang):
5633
6391
        5.530139    0.109015    0.071363
5640
6398
 Folding of H and S is implicitly performed
5641
6399
<dSpData1D:S at geom step 46
5642
6400
  <sparsity:sparsity for geom step 46
5643
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5644
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
6401
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
6402
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5645
6403
refcount: 1>
5646
 
New_DM. Step:    46
 
6404
new_DM -- step:    46
5647
6405
Initializing Density Matrix...
5648
 
DM after filling with atomic data:
5649
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
6406
DM filled with atomic data:
 
6407
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5650
6408
  <sparsity:sparsity for geom step 46
5651
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5652
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
6409
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
6410
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5653
6411
refcount: 1>
 
6412
 
5654
6413
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         49.04783669
 
6414
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5655
6415
New grid distribution:   1
5656
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5657
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5658
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5659
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6416
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
6417
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
6418
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
6419
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
6420
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
6421
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
6422
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
6423
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5660
6424
 
5661
6425
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
5662
6426
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
5663
6427
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    65.264 Ry
5664
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
6428
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
5665
6429
New grid distribution:   2
5666
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5667
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5668
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5669
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6430
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6431
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6432
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6433
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6434
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6435
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6436
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6437
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5670
6438
New grid distribution:   3
5671
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5672
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5673
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5674
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6439
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6440
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6441
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6442
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6443
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6444
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6445
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6446
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5675
6447
Setting up quadratic distribution...
5676
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
5677
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5678
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11536
5679
 
 
5680
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.941360
5681
 
 
5682
 
 
5683
 
siesta: Eharris(eV) =   -2970.941360
5684
 
 
 
6448
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
6449
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
6450
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5610
 
6451
 
 
6452
siesta: Eharris(eV) =   -2970.941359
 
6453
 
 
6454
 
 
6455
siesta: Eharris(eV) =   -2970.941359
 
6456
 
 
6457
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
6458
Geom step, scf iteration, dmax:  46  1    1.833231
5685
6459
 
5686
6460
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
6461
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5687
6462
 
5688
6463
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5689
 
     1    0.000000    0.000000    0.000000
 
6464
     1   -0.000000   -0.000000    0.000000
5690
6465
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
5691
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
5692
 
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
5693
 
     5   -0.722108    1.615086   -0.000000
5694
 
     6   -0.000000   -0.968971    1.480215
5695
 
     7    0.722108   -0.646115   -1.480215
 
6466
     3    0.000000    0.000000   -0.000000
 
6467
     4   -0.000000   -0.000000    0.000000
 
6468
     5   -0.722108    1.615086    0.000000
 
6469
     6    0.000000   -0.968971    1.480216
 
6470
     7    0.722107   -0.646114   -1.480215
5696
6471
     8    0.722108   -1.615086   -0.000000
5697
 
     9   -0.000000    0.968971   -1.480215
5698
 
    10   -0.722108    0.646115    1.480215
 
6472
     9   -0.000000    0.968971   -1.480216
 
6473
    10   -0.722107    0.646114    1.480215
5699
6474
----------------------------------------
5700
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
6475
   Tot    0.000000    0.000000    0.000000
5701
6476
----------------------------------------
5702
6477
   Max    1.615086
5703
6478
   Res    0.791194    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5713
6488
        -0.015016    0.682732   -0.004395
5714
6489
        -0.009830   -0.004395    0.686568
5715
6490
 
5716
 
siesta: Pressure (static):      -1081.56653815  kBar
 
6491
siesta: Pressure (static):      -1081.56649914  kBar
5717
6492
 
5718
6493
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5719
6494
         0.649641   -0.005278   -0.003455
5720
6495
        -0.005278    0.659087   -0.001545
5721
6496
        -0.003455   -0.001545    0.660436
5722
6497
 
5723
 
siesta: Pressure (total):      -1051.66074538  kBar
 
6498
siesta: Pressure (total):      -1051.66070758  kBar
5724
6499
 
5725
 
siesta: E_kin PR =   93061.212 K
 
6500
siesta: E_kin PR =   93061.211 K
5726
6501
 
5727
6502
siesta: Temp_ion =    1903.981 K
5728
6503
 
5753
6528
 Folding of H and S is implicitly performed
5754
6529
<dSpData1D:S at geom step 47
5755
6530
  <sparsity:sparsity for geom step 47
5756
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5757
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
6531
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
6532
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5758
6533
refcount: 1>
5759
 
New_DM. Step:    47
 
6534
new_DM -- step:    47
5760
6535
Initializing Density Matrix...
5761
 
DM after filling with atomic data:
5762
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
6536
DM filled with atomic data:
 
6537
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5763
6538
  <sparsity:sparsity for geom step 47
5764
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5765
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
6539
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
6540
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5766
6541
refcount: 1>
 
6542
 
5767
6543
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         49.07739911
 
6544
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5768
6545
New grid distribution:   1
5769
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5770
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5771
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5772
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6546
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
6547
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
6548
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
6549
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
6550
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
6551
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
6552
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
6553
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5773
6554
 
5774
6555
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
5775
6556
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
5776
6557
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    65.347 Ry
5777
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
6558
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
5778
6559
New grid distribution:   2
5779
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5780
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5781
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5782
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6560
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6561
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6562
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6563
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6564
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6565
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6566
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6567
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5783
6568
New grid distribution:   3
5784
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5785
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5786
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5787
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6569
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6570
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6571
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6572
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6573
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6574
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6575
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6576
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5788
6577
Setting up quadratic distribution...
5789
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
5790
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5791
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11662
5792
 
 
5793
 
siesta: Eharris(eV) =   -2971.011535
5794
 
 
5795
 
 
5796
 
siesta: Eharris(eV) =   -2971.011535
5797
 
 
 
6578
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
6579
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
6580
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5661
 
6581
 
 
6582
siesta: Eharris(eV) =   -2971.011535
 
6583
 
 
6584
 
 
6585
siesta: Eharris(eV) =   -2971.011535
 
6586
 
 
6587
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
6588
Geom step, scf iteration, dmax:  47  1    1.835886
5798
6589
 
5799
6590
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
6591
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5800
6592
 
5801
6593
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5802
 
     1    0.000000    0.000000   -0.000000
 
6594
     1   -0.000000    0.000000   -0.000000
5803
6595
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
5804
 
     3    0.000000   -0.000000   -0.000000
5805
 
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
5806
 
     5   -0.788851    1.764366   -0.000000
5807
 
     6   -0.000000   -1.058532    1.617030
5808
 
     7    0.788851   -0.705835   -1.617030
5809
 
     8    0.788851   -1.764366   -0.000000
5810
 
     9   -0.000000    1.058532   -1.617030
5811
 
    10   -0.788851    0.705835    1.617030
5812
 
----------------------------------------
5813
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
5814
 
----------------------------------------
5815
 
   Max    1.764366
 
6596
     3    0.000000    0.000000    0.000001
 
6597
     4   -0.000000   -0.000000   -0.000001
 
6598
     5   -0.788852    1.764367   -0.000001
 
6599
     6    0.000000   -1.058532    1.617029
 
6600
     7    0.788851   -0.705834   -1.617030
 
6601
     8    0.788852   -1.764367    0.000001
 
6602
     9   -0.000000    1.058532   -1.617029
 
6603
    10   -0.788851    0.705834    1.617030
 
6604
----------------------------------------
 
6605
   Tot    0.000000   -0.000000    0.000000
 
6606
----------------------------------------
 
6607
   Max    1.764367
5816
6608
   Res    0.864323    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5817
6609
----------------------------------------
5818
 
   Max    1.764366    constrained
 
6610
   Max    1.764367    constrained
5819
6611
 
5820
6612
Stress-tensor-Voigt (kbar):     1047.15     1065.58     1068.21      -10.29       -3.01       -6.74
5821
6613
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2990.5586
5826
6618
        -0.016033    0.688403   -0.004693
5827
6619
        -0.010495   -0.004693    0.692500
5828
6620
 
5829
 
siesta: Pressure (static):      -1089.82005652  kBar
 
6621
siesta: Pressure (static):      -1089.82001093  kBar
5830
6622
 
5831
6623
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5832
6624
         0.653575   -0.006425   -0.004206
5833
6625
        -0.006425    0.665074   -0.001881
5834
6626
        -0.004206   -0.001881    0.666716
5835
6627
 
5836
 
siesta: Pressure (total):      -1060.31347765  kBar
5837
 
 
5838
 
siesta: E_kin PR =   98646.328 K
5839
 
 
5840
 
siesta: Temp_ion =    1858.661 K
 
6628
siesta: Pressure (total):      -1060.31343317  kBar
 
6629
 
 
6630
siesta: E_kin PR =   98646.327 K
 
6631
 
 
6632
siesta: Temp_ion =    1858.660 K
5841
6633
 
5842
6634
                     ====================================
5843
6635
                        Begin MD step =     48
5866
6658
 Folding of H and S is implicitly performed
5867
6659
<dSpData1D:S at geom step 48
5868
6660
  <sparsity:sparsity for geom step 48
5869
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5870
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
6661
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
6662
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5871
6663
refcount: 1>
5872
 
New_DM. Step:    48
 
6664
new_DM -- step:    48
5873
6665
Initializing Density Matrix...
5874
 
DM after filling with atomic data:
5875
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
6666
DM filled with atomic data:
 
6667
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5876
6668
  <sparsity:sparsity for geom step 48
5877
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5878
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
6669
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
6670
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5879
6671
refcount: 1>
 
6672
 
5880
6673
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         49.10849019
 
6674
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5881
6675
New grid distribution:   1
5882
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5883
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5884
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5885
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6676
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
6677
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
6678
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
6679
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
6680
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
6681
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
6682
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
6683
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5886
6684
 
5887
6685
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
5888
6686
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
5889
6687
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    65.431 Ry
5890
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
6688
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
5891
6689
New grid distribution:   2
5892
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5893
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5894
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5895
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6690
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6691
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6692
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6693
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6694
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6695
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6696
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6697
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5896
6698
New grid distribution:   3
5897
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5898
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5899
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5900
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6699
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6700
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6701
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6702
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6703
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6704
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6705
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6706
           8       1:    6    7:   12    1:    6
5901
6707
Setting up quadratic distribution...
5902
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
5903
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
5904
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11736
5905
 
 
5906
 
siesta: Eharris(eV) =   -2971.072742
5907
 
 
5908
 
 
5909
 
siesta: Eharris(eV) =   -2971.072742
5910
 
 
 
6708
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
6709
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
6710
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5708
 
6711
 
 
6712
siesta: Eharris(eV) =   -2971.072741
 
6713
 
 
6714
 
 
6715
siesta: Eharris(eV) =   -2971.072741
 
6716
 
 
6717
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
6718
Geom step, scf iteration, dmax:  48  1    1.838629
5911
6719
 
5912
6720
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
6721
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5913
6722
 
5914
6723
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
5915
 
     1    0.000000    0.000000   -0.000000
5916
 
     2   -0.000000    0.000000   -0.000000
5917
 
     3    0.000000    0.000000   -0.000000
5918
 
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
5919
 
     5   -0.892698    1.996632   -0.000000
5920
 
     6   -0.000000   -1.197879    1.829900
5921
 
     7    0.892698   -0.798753   -1.829900
5922
 
     8    0.892698   -1.996632   -0.000000
5923
 
     9   -0.000000    1.197879   -1.829900
5924
 
    10   -0.892698    0.798753    1.829900
5925
 
----------------------------------------
5926
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
5927
 
----------------------------------------
5928
 
   Max    1.996632
 
6724
     1   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
6725
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
 
6726
     3   -0.000000    0.000000   -0.000000
 
6727
     4    0.000000   -0.000000    0.000000
 
6728
     5   -0.892697    1.996631   -0.000000
 
6729
     6   -0.000000   -1.197880    1.829900
 
6730
     7    0.892698   -0.798752   -1.829900
 
6731
     8    0.892697   -1.996631    0.000000
 
6732
     9    0.000000    1.197880   -1.829900
 
6733
    10   -0.892698    0.798752    1.829900
 
6734
----------------------------------------
 
6735
   Tot    0.000000   -0.000000    0.000000
 
6736
----------------------------------------
 
6737
   Max    1.996631
5929
6738
   Res    0.978105    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
5930
6739
----------------------------------------
5931
 
   Max    1.996632    constrained
 
6740
   Max    1.996631    constrained
5932
6741
 
5933
6742
Stress-tensor-Voigt (kbar):     1053.13     1065.09     1066.80       -6.68       -1.96       -4.38
5934
6743
(Free)E + p*V (eV/cell)    -2989.6491
5939
6748
        -0.013630    0.687735   -0.003989
5940
6749
        -0.008922   -0.003989    0.691217
5941
6750
 
5942
 
siesta: Pressure (static):      -1090.71815084  kBar
 
6751
siesta: Pressure (static):      -1090.71815283  kBar
5943
6752
 
5944
6753
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
5945
6754
         0.657304   -0.004172   -0.002731
5946
6755
        -0.004172    0.664770   -0.001221
5947
6756
        -0.002731   -0.001221    0.665836
5948
6757
 
5949
 
siesta: Pressure (total):      -1061.67175797  kBar
 
6758
siesta: Pressure (total):      -1061.67176101  kBar
5950
6759
 
5951
 
siesta: E_kin PR =  104389.379 K
 
6760
siesta: E_kin PR =  104389.377 K
5952
6761
 
5953
6762
siesta: Temp_ion =    1807.545 K
5954
6763
 
5979
6788
 Folding of H and S is implicitly performed
5980
6789
<dSpData1D:S at geom step 49
5981
6790
  <sparsity:sparsity for geom step 49
5982
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
5983
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
6791
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
6792
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
5984
6793
refcount: 1>
5985
 
New_DM. Step:    49
 
6794
new_DM -- step:    49
5986
6795
Initializing Density Matrix...
5987
 
DM after filling with atomic data:
5988
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
6796
DM filled with atomic data:
 
6797
<dSpData2D:DM initialized from atoms
5989
6798
  <sparsity:sparsity for geom step 49
5990
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
5991
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
6799
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
6800
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
5992
6801
refcount: 1>
5993
 
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         49.14116907
 
6802
 
 
6803
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         49.14116906
 
6804
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
5994
6805
New grid distribution:   1
5995
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
5996
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
5997
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
5998
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6806
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
6807
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
6808
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
6809
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
6810
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
6811
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
6812
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
6813
           8       1:   12    7:   12   10:   12
5999
6814
 
6000
6815
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
6001
6816
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
6002
6817
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    65.517 Ry
6003
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
6818
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
6004
6819
New grid distribution:   2
6005
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
6006
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
6007
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
6008
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6820
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6821
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6822
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6823
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6824
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6825
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6826
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6827
           8       1:    6    7:   12    1:    6
6009
6828
New grid distribution:   3
6010
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
6011
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
6012
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
6013
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6829
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6830
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6831
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6832
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6833
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6834
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6835
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6836
           8       1:    6    7:   12    1:    6
6014
6837
Setting up quadratic distribution...
6015
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
6016
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
6017
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11797
6018
 
 
6019
 
siesta: Eharris(eV) =   -2971.126261
6020
 
 
6021
 
 
6022
 
siesta: Eharris(eV) =   -2971.126261
6023
 
 
 
6838
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
6839
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
6840
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5727
 
6841
 
 
6842
siesta: Eharris(eV) =   -2971.126261
 
6843
 
 
6844
 
 
6845
siesta: Eharris(eV) =   -2971.126261
 
6846
 
 
6847
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
6848
Geom step, scf iteration, dmax:  49  1    1.841396
6024
6849
 
6025
6850
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
6851
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
6026
6852
 
6027
6853
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
6028
6854
     1    0.000000    0.000000   -0.000000
6029
 
     2   -0.000000    0.000000   -0.000000
6030
 
     3    0.000000    0.000000   -0.000000
6031
 
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
6032
 
     5   -0.959685    2.146457   -0.000000
6033
 
     6   -0.000000   -1.287767    1.967213
6034
 
     7    0.959685   -0.858690   -1.967213
6035
 
     8    0.959685   -2.146457   -0.000000
6036
 
     9   -0.000000    1.287767   -1.967213
6037
 
    10   -0.959685    0.858690    1.967213
 
6855
     2   -0.000000    0.000000    0.000000
 
6856
     3    0.000001   -0.000000   -0.000001
 
6857
     4   -0.000001    0.000000    0.000001
 
6858
     5   -0.959684    2.146457   -0.000000
 
6859
     6   -0.000000   -1.287768    1.967213
 
6860
     7    0.959684   -0.858690   -1.967214
 
6861
     8    0.959684   -2.146457    0.000000
 
6862
     9    0.000000    1.287768   -1.967213
 
6863
    10   -0.959684    0.858690    1.967214
6038
6864
----------------------------------------
6039
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
6865
   Tot    0.000000   -0.000000    0.000000
6040
6866
----------------------------------------
6041
6867
   Max    2.146457
6042
6868
   Res    1.051501    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
6052
6878
        -0.015719    0.695039   -0.004601
6053
6879
        -0.010290   -0.004601    0.699056
6054
6880
 
6055
 
siesta: Pressure (static):      -1100.70920073  kBar
 
6881
siesta: Pressure (static):      -1100.70920630  kBar
6056
6882
 
6057
6883
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
6058
6884
         0.660984   -0.006442   -0.004217
6059
6885
        -0.006442    0.672512   -0.001885
6060
 
        -0.004217   -0.001885    0.674158
6061
 
 
6062
 
siesta: Pressure (total):      -1072.21626031  kBar
6063
 
 
6064
 
siesta: E_kin PR =  110297.105 K
 
6886
        -0.004217   -0.001885    0.674157
 
6887
 
 
6888
siesta: Pressure (total):      -1072.21626689  kBar
 
6889
 
 
6890
siesta: E_kin PR =  110297.103 K
6065
6891
 
6066
6892
siesta: Temp_ion =    1750.866 K
6067
6893
 
6074
6900
    0.50000000    0.50000000    0.50000000   1       2  Mg
6075
6901
    0.25000000    0.25000000    0.25000000   2       3  C
6076
6902
   -0.25000000   -0.25000000   -0.25000000   2       4  C
6077
 
    0.58548449   -0.08548449    0.25000000   3       5  O
 
6903
    0.58548448   -0.08548448    0.25000000   3       5  O
6078
6904
    0.25000000    0.58548449   -0.08548449   3       6  O
6079
6905
   -0.08548449    0.25000000    0.58548449   3       7  O
6080
 
   -0.58548449    0.08548449   -0.25000000   3       8  O
 
6906
   -0.58548448    0.08548448   -0.25000000   3       8  O
6081
6907
   -0.25000000   -0.58548449    0.08548449   3       9  O
6082
6908
    0.08548449   -0.25000000   -0.58548449   3      10  O
6083
6909
 
6092
6918
 Folding of H and S is implicitly performed
6093
6919
<dSpData1D:S at geom step 50
6094
6920
  <sparsity:sparsity for geom step 50
6095
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 7>
6096
 
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=306, refcount: 1>
 
6921
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 7>
 
6922
  <dData1D:(new from dSpData1D) n=204, refcount: 1>
6097
6923
refcount: 1>
6098
 
New_DM. Step:    50
 
6924
new_DM -- step:    50
6099
6925
Initializing Density Matrix...
6100
 
DM after filling with atomic data:
6101
 
<dSpData2D:(DM initialized from atoms)
 
6926
DM filled with atomic data:
 
6927
<dSpData2D:DM initialized from atoms
6102
6928
  <sparsity:sparsity for geom step 50
6103
 
    nrows_g=34 nrows=9 sparsity=.2647 nnzs=306, refcount: 8>
6104
 
  <dData2D:(DMatomic) n=306 m=1, refcount: 1>
 
6929
    nrows_g=34 nrows=6 sparsity=.1765 nnzs=204, refcount: 8>
 
6930
  <dData2D:DM n=204 m=1, refcount: 1>
6105
6931
refcount: 1>
 
6932
 
6106
6933
Note: For starting DM, Qtot, Tr[D*S] =         48.00000000         49.17551009
 
6934
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
6107
6935
New grid distribution:   1
6108
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
6109
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
6110
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
6111
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6936
           1       1:   12    1:    6    1:    3
 
6937
           2       1:   12    1:    6    4:    6
 
6938
           3       1:   12    1:    6    7:    9
 
6939
           4       1:   12    1:    6   10:   12
 
6940
           5       1:   12    7:   12    1:    3
 
6941
           6       1:   12    7:   12    4:    6
 
6942
           7       1:   12    7:   12    7:    9
 
6943
           8       1:   12    7:   12   10:   12
6112
6944
 
6113
6945
InitMesh: MESH =    24 x    24 x    24 =       13824
6114
6946
InitMesh: (bp) =    12 x    12 x    12 =        1728
6115
6947
InitMesh: Mesh cutoff (required, used) =    50.000    65.606 Ry
6116
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
 
6948
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    51 =      165240
6117
6949
New grid distribution:   2
6118
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
6119
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
6120
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
6121
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6950
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6951
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6952
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6953
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6954
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6955
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6956
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6957
           8       1:    6    7:   12    1:    6
6122
6958
New grid distribution:   3
6123
 
           1       1:   12    1:    6    1:    6
6124
 
           2       1:   12    1:    6    7:   12
6125
 
           3       1:   12    7:   12    1:    6
6126
 
           4       1:   12    7:   12    7:   12
 
6959
           1       1:    6    7:   12    7:   12
 
6960
           2       7:   12    1:    6    1:    6
 
6961
           3       7:   12    1:    6    7:   12
 
6962
           4       7:   12    7:   12    1:    6
 
6963
           5       1:    6    1:    6    7:   12
 
6964
           6       1:    6    1:    6    1:    6
 
6965
           7       7:   12    7:   12    7:   12
 
6966
           8       1:    6    7:   12    1:    6
6127
6967
Setting up quadratic distribution...
6128
 
ExtMesh (bp) on 0 =    60 x    54 x    54 =      174960
6129
 
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  432
6130
 
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                11913
6131
 
 
6132
 
siesta: Eharris(eV) =   -2971.183253
6133
 
 
6134
 
 
6135
 
siesta: Eharris(eV) =   -2971.183253
6136
 
 
 
6968
ExtMesh (bp) on 0 =    54 x    54 x    54 =      157464
 
6969
PhiOnMesh: Number of (b)points on node 0 =                  216
 
6970
PhiOnMesh: nlist on node 0 =                 5813
 
6971
 
 
6972
siesta: Eharris(eV) =   -2971.183252
 
6973
 
 
6974
 
 
6975
siesta: Eharris(eV) =   -2971.183252
 
6976
 
 
6977
SCF_NOT_CONV: SCF did not converge in maximum number of steps.
 
6978
Geom step, scf iteration, dmax:  50  1    1.844185
6137
6979
 
6138
6980
Using DM_out to compute the final energy and forces
 
6981
No. of atoms with KB's overlaping orbs in proc 0. Max # of overlaps:      10      91
6139
6982
 
6140
6983
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
6141
 
     1    0.000000    0.000000   -0.000000
6142
 
     2   -0.000000    0.000000   -0.000000
6143
 
     3    0.000000    0.000000   -0.000000
6144
 
     4    0.000000    0.000000   -0.000000
6145
 
     5   -1.042792    2.332337   -0.000000
6146
 
     6   -0.000000   -1.399286    2.137572
6147
 
     7    1.042792   -0.933052   -2.137572
6148
 
     8    1.042792   -2.332337   -0.000000
 
6984
     1    0.000000   -0.000000    0.000000
 
6985
     2    0.000000    0.000000    0.000000
 
6986
     3    0.000000    0.000001   -0.000000
 
6987
     4   -0.000000   -0.000001    0.000000
 
6988
     5   -1.042792    2.332337   -0.000001
 
6989
     6    0.000000   -1.399286    2.137572
 
6990
     7    1.042792   -0.933052   -2.137573
 
6991
     8    1.042792   -2.332337    0.000001
6149
6992
     9   -0.000000    1.399286   -2.137572
6150
 
    10   -1.042792    0.933052    2.137572
 
6993
    10   -1.042792    0.933052    2.137573
6151
6994
----------------------------------------
6152
 
   Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
6995
   Tot    0.000000   -0.000000    0.000000
6153
6996
----------------------------------------
6154
6997
   Max    2.332337
6155
6998
   Res    1.142560    sqrt( Sum f_i^2 / 3N )
6165
7008
        -0.023378    0.720304   -0.006842
6166
7009
        -0.015303   -0.006842    0.726277
6167
7010
 
6168
 
siesta: Pressure (static):      -1134.91455924  kBar
 
7011
siesta: Pressure (static):      -1134.91453076  kBar
6169
7012
 
6170
7013
siesta: Stress tensor (total) (eV/Ang**3):
6171
7014
         0.672678   -0.014311   -0.009368
6172
7015
        -0.014311    0.698287   -0.004188
6173
7016
        -0.009368   -0.004188    0.701944
6174
7017
 
6175
 
siesta: Pressure (total):      -1107.06757282  kBar
6176
 
 
6177
 
siesta: E_kin PR =  116487.371 K
6178
 
 
6179
 
siesta: Temp_ion =    1689.674 K
 
7018
siesta: Pressure (total):      -1107.06754536  kBar
 
7019
 
 
7020
siesta: E_kin PR =  116487.369 K
 
7021
 
 
7022
siesta: Temp_ion =    1689.673 K
6180
7023
 
6181
7024
outcell: Unit cell vectors (Ang):
6182
7025
        5.499877    0.133574    0.087440
6188
7031
outcell: Cell volume (Ang**3)        :     76.9031
6189
7032
 
6190
7033
siesta: Program's energy decomposition (eV):
6191
 
siesta: Ebs     =      -736.099978
 
7034
siesta: Ebs     =      -736.099975
6192
7035
siesta: Eions   =      5228.674091
6193
7036
siesta: Ena     =      1092.841594
6194
 
siesta: Ekin    =      2411.129938
 
7037
siesta: Ekin    =      2411.129934
6195
7038
siesta: Enl     =      -399.387042
6196
7039
siesta: Eso     =         0.000000
6197
7040
siesta: Eldau   =         0.000000
6198
 
siesta: DEna    =      -121.413048
6199
 
siesta: DUscf   =        36.081406
 
7041
siesta: DEna    =      -121.413046
 
7042
siesta: DUscf   =        36.081404
6200
7043
siesta: DUext   =         0.000000
6201
 
siesta: Exc     =      -727.238789
 
7044
siesta: Exc     =      -727.238788
6202
7045
siesta: eta*DQ  =         0.000000
6203
7046
siesta: Emadel  =         0.000000
6204
7047
siesta: Emeta   =         0.000000
6205
7048
siesta: Emolmec =         0.000000
6206
7049
siesta: Ekinion =         1.965589
6207
 
siesta: Eharris =     -2969.217664
6208
 
siesta: Etot    =     -2934.694444
6209
 
siesta: FreeEng =     -2934.694444
 
7050
siesta: Eharris =     -2969.217663
 
7051
siesta: Etot    =     -2934.694445
 
7052
siesta: FreeEng =     -2934.694445
6210
7053
 
6211
7054
siesta: Final energy (eV):
6212
 
siesta:  Band Struct. =    -736.099978
6213
 
siesta:       Kinetic =    2411.129938
6214
 
siesta:       Hartree =     894.739006
 
7055
siesta:  Band Struct. =    -736.099975
 
7056
siesta:       Kinetic =    2411.129934
 
7057
siesta:       Hartree =     894.739002
6215
7058
siesta:       Eldau   =       0.000000
6216
7059
siesta:       Eso     =       0.000000
6217
7060
siesta:    Ext. field =       0.000000
6218
 
siesta:   Exch.-corr. =    -727.238789
6219
 
siesta:  Ion-electron =   -3750.353251
6220
 
siesta:       Ion-ion =   -1764.936936
 
7061
siesta:   Exch.-corr. =    -727.238788
 
7062
siesta:  Ion-electron =   -3750.353242
 
7063
siesta:       Ion-ion =   -1764.936940
6221
7064
siesta:       Ekinion =       1.965589
6222
 
siesta:         Total =   -2934.694444
 
7065
siesta:         Total =   -2934.694445
6223
7066
siesta:         Fermi =      -5.089759
6224
7067
 
6225
7068
siesta: Atomic forces (eV/Ang):
6226
 
siesta:      1    0.000000    0.000000   -0.000000
6227
 
siesta:      2   -0.000000    0.000000   -0.000000
6228
 
siesta:      3    0.000000    0.000000   -0.000000
6229
 
siesta:      4    0.000000    0.000000   -0.000000
6230
 
siesta:      5   -1.042792    2.332337   -0.000000
6231
 
siesta:      6   -0.000000   -1.399286    2.137572
6232
 
siesta:      7    1.042792   -0.933052   -2.137572
6233
 
siesta:      8    1.042792   -2.332337   -0.000000
 
7069
siesta:      1    0.000000   -0.000000    0.000000
 
7070
siesta:      2    0.000000    0.000000    0.000000
 
7071
siesta:      3    0.000000    0.000001   -0.000000
 
7072
siesta:      4   -0.000000   -0.000001    0.000000
 
7073
siesta:      5   -1.042792    2.332337   -0.000001
 
7074
siesta:      6    0.000000   -1.399286    2.137572
 
7075
siesta:      7    1.042792   -0.933052   -2.137573
 
7076
siesta:      8    1.042792   -2.332337    0.000001
6234
7077
siesta:      9   -0.000000    1.399286   -2.137572
6235
 
siesta:     10   -1.042792    0.933052    2.137572
 
7078
siesta:     10   -1.042792    0.933052    2.137573
6236
7079
siesta: ----------------------------------------
6237
 
siesta:    Tot   -0.000000   -0.000000   -0.000000
 
7080
siesta:    Tot    0.000000   -0.000000    0.000000
6238
7081
 
6239
7082
siesta: Stress tensor (static) (eV/Ang**3):
6240
7083
siesta:     0.678469   -0.023378   -0.015303
6246
7089
siesta: Pressure (static):
6247
7090
siesta:                Solid            Molecule  Units
6248
7091
siesta:          -0.00771484         -0.00668407  Ry/Bohr**3
6249
 
siesta:          -0.70835030         -0.61370843  eV/Ang**3
6250
 
siesta:       -1134.91455924       -983.27993901  kBar
6251
 
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =       -2935.465735
6252
 
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =       -2969.988956
6253
 
>> End of run:  18-AUG-2016   8:44:06
 
7092
siesta:          -0.70835028         -0.61370842  eV/Ang**3
 
7093
siesta:       -1134.91453076       -983.27991853  kBar
 
7094
(Free)E+ p_basis*V_orbitals  =       -2935.465736
 
7095
(Free)Eharris+ p_basis*V_orbitals  =       -2969.988955
 
7096
>> End of run:   2-JUL-2017  11:41:39
 
7097
Job completed