← Back to branch summary

~ubuntu-branches/debian/experimental/ncbi-tools6/experimental

« back to all changes in this revision

Viewing changes to make/readme.macosx

  • Committer: Bazaar Package Importer
  • Author(s): Aaron M. Ucko
  • Date: 2005-03-27 12:00:15 UTC
  • mfrom: (2.1.2 hoary)
  • Revision ID: james.westby@ubuntu.com-20050327120015-embhesp32nj73p9r
Tags: 6.1.20041020-3
http://bugs.debian.org/295110
* Fix FTBFS under GCC 4.0 caused by inconsistent use of "static" on
  functions.  (Closes: #295110.)
* Add a watch file, now that we can.  (Upstream's layout needs version=3.)

Show diffs side-by-side

added added

removed removed

Lines of Context:
make/readme.macosx
1
 
These binaries were compiled from the source distribution found at
2
 
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/toolbox/ncbi_tools/ncbi.tar.gz
3
 
using the Mac OS X Developer Tools with the following steps.
4
 
 
5
 
launch the terminal application
6
 
execute the following commands
7
 
 
8
 
gnutar zxvf ncbi.tar.gz
9
 
 
10
 
cp ncbi/platform/freebsd.ncbi.mk ncbi/platform/darwin.ncbi.mk
11
 
cp ncbi/corelib/ncbilcl.fbd ncbi/corelib/ncbilcl.dwn
12
 
 
13
 
performed the following modifications described in the diffs below
14
 
modified ncbi/platform/darwin.ncbi.mk
15
 
modified ncbi/corelib/ncbilcl.dwn
16
 
modified ncbi/make/makedis.csh
17
 
modified ncbi/corelib/ncbithr.c
18
 
modified ncbi/tools/dotseq.c
19
 
modified ncbi/make/makeall.unx
20
 
modified ncbi/make/makedemo.unx
21
 
modified ncbi/make/makenet.unx
22
 
modified ncbi/build/ncbienv.c
23
 
modified ncbi/build/ncbitime.c
24
 
 
25
 
diff -r before/ncbi/corelib/ncbienv.c after/ncbi/corelib/ncbienv.c
26
 
495c495
27
 
< #if  (defined(SOLARIS_THREADS_AVAIL) || defined(POSIX_THREADS_AVAIL)) && !defined(OS_UNIX_FREEBSD)
28
 
---
29
 
> #if  (defined(SOLARIS_THREADS_AVAIL) || defined(POSIX_THREADS_AVAIL)) && !defined(OS_UNIX_FREEBSD) && !defined(OS_UNIX_DARWIN)
30
 
525c525
31
 
< #if (defined(SOLARIS_THREADS_AVAIL) || defined(POSIX_THREADS_AVAIL)) && !defined(OS_UNIX_FREEBSD)
32
 
---
33
 
> #if (defined(SOLARIS_THREADS_AVAIL) || defined(POSIX_THREADS_AVAIL)) && !defined(OS_UNIX_FREEBSD) && !defined(OS_UNIX_DARWIN)
34
 
545c545
35
 
< #if (defined(SOLARIS_THREADS_AVAIL) || defined(POSIX_THREADS_AVAIL)) && !defined(OS_UNIX_FREEBSD)
36
 
---
37
 
> #if (defined(SOLARIS_THREADS_AVAIL) || defined(POSIX_THREADS_AVAIL)) && !defined(OS_UNIX_FREEBSD) && !defined(OS_UNIX_DARWIN)
38
 
Only in after/ncbi/corelib: ncbilcl.dwn
39
 
diff -r before/ncbi/corelib/ncbithr.c after/ncbi/corelib/ncbithr.c
40
 
634a635,637
41
 
> #elif defined(OS_UNIX_DARWIN)
42
 
>   const int min = -20;
43
 
>   const int max = 20;
44
 
diff -r before/ncbi/corelib/ncbitime.c after/ncbi/corelib/ncbitime.c
45
 
105c105
46
 
< #if defined(SOLARIS_THREADS_AVAIL)  ||  defined(POSIX_THREADS_AVAIL)  ||  defined(WIN32)
47
 
---
48
 
> #if (defined(SOLARIS_THREADS_AVAIL)  ||  defined(POSIX_THREADS_AVAIL)  ||  defined(WIN32)) && !defined(OS_UNIX_DARWIN)
49
 
diff -r before/ncbi/make/makeall.unx after/ncbi/make/makeall.unx
50
 
66c66
51
 
< OTHERLIBS = -lm
52
 
---
53
 
> OTHERLIBS =
54
 
diff -r before/ncbi/make/makedemo.unx after/ncbi/make/makedemo.unx
55
 
50,51c50,51
56
 
< OTHERLIBS = -lm
57
 
< THREAD_OTHERLIBS = -lthread
58
 
---
59
 
> OTHERLIBS =
60
 
> THREAD_OTHERLIBS =
61
 
diff -r before/ncbi/make/makedis.csh after/ncbi/make/makedis.csh
62
 
133a134,137
63
 
> case Darwin:
64
 
>       set platform=darwin
65
 
>       set HAVE_MOTIF=0
66
 
>       breaksw
67
 
diff -r before/ncbi/make/makenet.unx after/ncbi/make/makenet.unx
68
 
66,67c66,67
69
 
< OTHERLIBS = -lm
70
 
< THREAD_OTHERLIBS = -lthread
71
 
---
72
 
> OTHERLIBS =
73
 
> THREAD_OTHERLIBS =
74
 
Only in after/ncbi/platform: darwin.ncbi.mk
75
 
diff -r before/ncbi/tools/dotseq.c after/ncbi/tools/dotseq.c
76
 
1229c1229,1230
77
 
<       if (score>(Score=hitlist[i]->score))
78
 
---
79
 
>       Score=hitlist[i]->score;
80
 
>       if (score>Score)
81
 
1251c1252,1253
82
 
<       if (score>(Score=hitlist[i]->score))
83
 
---
84
 
>       Score=hitlist[i]->score;
85
 
>       if (score>Score)
86
 
 
87
 
diff before/ncbi/corelib/ncbilcl.fbd after/ncbi/corelib/ncbilcl.dwn 
88
 
36c36
89
 
< *       version for FreeBSD 4.1.*
90
 
---
91
 
> *       version for Darwin 1.2.*
92
 
43,45c43,45
93
 
< * $Log: readme.macosx,v $
94
 
< * Revision 6.2  2001/12/12 20:37:50  beloslyu
95
 
< * change the name of ftp site to ftp.ncbi.nih.gov
96
 
< *
97
 
< * Revision 6.1  2001/01/19 20:31:18  kans
98
 
< * initial checkin
99
 
< *
100
 
< * Revision 1.1  2000/10/31 15:42:41  beloslyu
101
 
< * port to FreeBSD 4.1
102
 
---
103
 
> * $Log: readme.macosx,v $
104
 
> * Revision 6.2  2001/12/12 20:37:50  beloslyu
105
 
> * change the name of ftp site to ftp.ncbi.nih.gov
106
 
> *
107
 
> * Revision 6.1  2001/01/19 20:31:18  kans
108
 
> * initial checkin
109
 
> *
110
 
> * Revision 1.1  2001/01/13 15:42:41  vanetten
111
 
> * port to Darwin 1.2
112
 
54c54
113
 
< /* PLATFORM DEFINITION FOR FreeBSD 4.1.* */
114
 
---
115
 
> /* PLATFORM DEFINITION FOR Darwin 1.2.* */
116
 
58,59c58,59
117
 
< #define OS_UNIX_FREEBSD
118
 
< #define PROC_I80X86
119
 
---
120
 
> #define OS_UNIX_DARWIN
121
 
> #define PROC_POWERPC
122
 
65,66d64
123
 
< #define SYSV_IPC_AVAIL        /* System V Interprocess Communication available */
124
 
< #define _POSIX_C_SOURCE 199309L
125
 
90d87
126
 
< 
127
 
 
128
 
diff before/ncbi/platform/freebsd.ncbi.mk after/ncbi/platform/darwin.ncbi.mk
129
 
2c2
130
 
< # $Id: readme.macosx,v 6.2 2001/12/12 20:37:50 beloslyu Exp $
131
 
---
132
 
> # $Id: readme.macosx,v 6.2 2001/12/12 20:37:50 beloslyu Exp $
133
 
4c4,5
134
 
< # That platform is not supported. Tested on FreeBSD 4.1-RELEASE
135
 
---
136
 
> # Tested on Darwin localhost 1.2 Darwin Kernel Version 1.2: Wed Aug 30 23:32:53 PDT 2000;
137
 
> # root:xnu/xnu-103.obj~1/RELEASE_PPC  Power Macintosh powerpc
138
 
6c7
139
 
< NCBI_DEFAULT_LCL = fbd
140
 
---
141
 
> NCBI_DEFAULT_LCL = dwn
142
 
8c9
143
 
< NCBI_CC = gcc -pipe -pthread
144
 
---
145
 
> NCBI_CC = cc -pipe
146
 
10,11c11,12
147
 
< NCBI_LDFLAGS1 = -O
148
 
< NCBI_OPTFLAG = -O
149
 
---
150
 
> NCBI_LDFLAGS1 = -O2
151
 
> NCBI_OPTFLAG = -O2
152
 
18,21c19,22
153
 
< NCBI_VIBFLAG = -I/usr/X11R6/include -L/usr/X11R6/lib -DWIN_MOTIF
154
 
< NCBI_VIBLIBS = -lXm -lXmu -lXp -lXpm -lXt -lX11 -lXext 
155
 
< NCBI_DISTVIBLIBS = -L/usr/X11R6/lib /usr/X11R6/lib/libXm.a /usr/X11R6/lib/libXp.a /usr/X11R6/lib/libXpm.a -lXmu -lXt -lX11 -lXext
156
 
< NCBI_OTHERLIBS = -lm
157
 
---
158
 
> #NCBI_VIBFLAG = -I/usr/X11R6/include -L/usr/X11R6/lib -DWIN_MOTIF
159
 
> #NCBI_VIBLIBS = -lXm -lXmu -lXp -lXpm -lXt -lX11 -lXext 
160
 
> #NCBI_DISTVIBLIBS = -L/usr/X11R6/lib /usr/X11R6/lib/libXm.a /usr/X11R6/lib/libXp.a /usr/X11R6/lib/libXpm.a -lXmu -lXt -lX11 -lXext
161
 
> NCBI_OTHERLIBS =
162
 
 
163
 
executed the make distribution shell script
164
 
./ncbi/make/makedis.csh
165
 
 
166
 
copied directory to a 132 MB (HFS+) mounted image
167
 
converted the image to read only compressed format
168
 
compressed image file with drop-stuff
169
 
 
170
 
Bill
171
 
William Van Etten, PhD
172
 
Blackstone Technology Group
173
 
80 Summer Street
174
 
Boston, MA 02110
175
 
617-542-4770 x4003
176
 
vanetten@computefarm.com